劉秀稱帝之時，年僅三十歲，如飢似渴。公孫述稱帝之時，卻是年近花甲，日之將暮。人一旦上了年紀，心態難免保守，在幾次軍事嘗試均告失敗之後，公孫述很快便蕭條下來，少不入川，老不離蜀，既然去日無多，不如索性偏安蜀地，享受天子之樂。
公孫述諳熟皇室制度，稱帝之後，出入法駕，鸞旗旄騎，陳置陛戟，皇帝派頭十足。然而辦起事來，卻依然是一副做清水縣縣長時的小吏嘴臉，察於細節，苛刻深究，擅用誅殺。又性喜折騰，動輒便給郡縣和官職胡亂改名，廢銅錢，鑄鐵錢，貨幣不行，百姓苦之。
公孫述立兩個兒子爲王，食犍爲、廣漢各數縣。羣臣上諫阻止，道：“成敗尚未可知，戎士暴露而先王愛子，示無大志也！”公孫述不聽。朝中大權，也都掌握在公孫述家族手中，外姓不得重用，由此大臣皆怨。
公孫述做了九年的安樂天子，到了建武九年，隗囂敗亡，公孫述這才如夢方醒，寒意陡起。不知不覺之間，他竟然已經成了劉秀在這世上唯一的敵人。和劉秀爭奪天下已經不現實，他已經錯過了最佳時機，他現在唯一能做的，就是禦敵於國門之外，守住自己的一畝三分地。
公孫述於是拜隗囂降將王元爲將軍，與領軍環安拒守河池，防守關中方向的進攻。又命翼江王田戎、大司徒任滿、南郡太守程汎率數萬人下江關，攻拔夷道、夷陵，據守荊門、虎牙，防止漢軍從水路入蜀。
而在劉秀這邊，隗囂一死，便迅速開始了進攻蜀國的部署。
關中大軍，以來歙爲主帥，馮異、祭遵、耿弇、蓋延、馬成、劉尚等人爲輔。
劉秀任命來歙爲主帥，顯然經過一番深思熟慮。關中戰區，名將薈萃，堪稱全明星陣容。尤其是馮異、祭遵、耿弇、蓋延四人，此前都是威震一方的帥才——馮異爲關中戰區主帥，剿滅赤眉軍，平定三輔；祭遵爲河北戰區主帥，討滅彭寵；耿弇爲青徐戰區主帥，討滅張步；蓋延爲東方戰區主帥，討滅劉永。
以前敵人多，馮異等人都有機會獨當一面，現在敵人只剩下一個公孫述，所謂僧多粥少，大家只能擠在一塊扎堆。
文人相輕，武將亦然。馮異四人當中，每個人都有資格擔任主帥，這也就意味着，不管劉秀選誰擔任主帥，其餘三人都未必肯服。
要想鎮住這些桀驁不馴的將領，保證大軍不起內訌，指揮如意，除了劉秀親自督陣之外，數來數去，也就只有來歙最爲適合。
和諸將相比，來歙投奔劉秀的時間相對要晚了許多，但卻隱然有後來居上之勢，尤其是略陽一戰，來歙以兩千壯士毀掉了隗囂的整條隴山防線，立下平隴之戰的頭功，諸將無不心服口服。況且，來歙又是劉秀的親表兄，平時連劉秀都敬他三分，以來歙爲關中主帥，諸將自然無話可講。
來歙就任主帥之後，一面繼續清剿隗囂餘黨，拜馬援爲隴西太守，安撫隴西、天水二郡，以解除日後伐蜀的後顧之憂；一面增選兵馬，儲積資糧，在汧縣積穀六萬斛，進討金城羌族，又斬首數千人，獲牛羊萬餘頭，谷數十萬斛。
公孫述已經孤立無援，巴蜀的面積又只佔帝國的九分之一，兵馬未動，勝負已分，消滅公孫述，可以說只是時間問題。儘管如此，劉秀仍然是盡遣名將上陣，意思很明顯，這是統一天下的最後一戰，打完公孫述之後，將再無大仗可打，起用這些名將，就是要往他們的功勞簿上送分，給其軍旅生涯一個完美的謝幕，然後直接保送進歷史的名人堂，也算是對他們多年戰功的一種犒賞。
然而，儘管劉秀有心成全，兩位名將卻已過早凋零，來不及享受在功勞簿上繼續刷分的福分。
先是徵虜大將軍祭遵病死於軍中。祭遵爲劉秀早年嫡系，一直追隨劉秀左右，劉秀聽聞祭遵之死，悲痛不已。祭遵喪車行至河南，劉秀身着素服，親往接喪，望哭哀慟；喪車入洛陽城，劉秀又在城門親迎，涕泣如雨；喪禮完畢之後，劉秀又親自拜祭，祠以太牢；下葬之時，劉秀親往送葬；下葬完畢，劉秀又親自上墳憑弔。前後五次親臨，哀榮無人能及。
劉秀追思祭遵，每當朝會，常喟嘆道：“什麼時候才能再有像祭遵這樣憂國奉公的好大臣啊。”羣臣聽了，心裡都不是滋味，合着你劉秀的言外之意，我們這些大臣，就不憂國奉公了？
劉秀唸叨祭遵，沒完沒了，衛尉銚期硬着頭皮勸諫道：“陛下至仁，哀念祭遵不已，羣臣各懷慚懼。”意思是說，祭遵死了，你哀悼也是應該的，但是也不能老拿祭遵說事，我們這些活着的大臣，還要繼續做人，繼續討生活的呀。劉秀這纔不再提起祭遵。
建武十年，馮異也病死於軍中。相比祭遵而言，馮異和劉秀的關係更加親密，然而有了銚期的勸諫在先，劉秀這次的表現便剋制了許多，葬禮事宜，一切皆按列侯禮儀。
日後雲臺二十八將，馮異排名第七，以馮異的功勳，這個排名明顯有些偏低。倘若馮異不曾早逝，有機會參與滅蜀之戰，其功臣排名，必當殺進三甲無疑。
再說荊州戰區這邊，一開始則是雙主帥制——吳漢和岑彭皆爲主帥。吳漢官居大司馬，在所有武將中級別最高，擔任主帥自然不成問題。然而岑彭卻也不容小覷，岑彭官居徵南大將軍（約略相當於南方總司令），是劉秀麾下僅有的兩位建方面之號的戰將之一（另一位則爲徵西大將軍馮異），完全有資格和吳漢分庭抗禮。
公孫述遣田戎、任滿據守荊門、虎牙，吳漢和岑彭數次出擊，皆無功而返。岑彭深知，要想攻破荊門天險，光靠步兵和騎兵遠遠不夠，必須再建立一支強大的水師，於是造戰船數千艘，又從桂陽、零陵、長沙三郡調集船伕萬餘人，日夜操練。
吳漢和岑彭兩人資歷相當，戰功相當，免不了明爭暗鬥，都想獨攬荊州戰區的指揮大權。吳漢是靠步兵和騎兵起家的，見岑彭日夜訓練水軍，心中大不以爲然，這萬餘名船伕，只會划船，又不能上陣殺敵，養着他們非但無用，而且每天還要白白消耗大量糧食，於是下令解散船伕，各回原籍。
岑彭聞訊大怒，道：“欲破蜀兵，這些船伕斷不可少。”向吳漢據理力爭。吳漢也毫不示弱，說什麼也不肯收回成命。
兩人爭執不下，誰也不肯服誰，最後只能上書劉秀，請劉秀裁決。兩虎相爭，劉秀卻並不當和事佬，回書毫不客氣，道：“大司馬吳漢慣用步騎，不懂水戰，荊門之事，由徵南大將軍岑彭做主。”
劉秀金口一開，主帥之爭塵埃落定，荊州戰區的最高指揮權歸於岑彭一人。吳漢雖然貴爲大司馬，從此也只得屈居於岑彭之下。
在幾乎所有人看來，來歙統帥的關中大軍纔是滅蜀之戰的當然主力，從關中出發，取道天水，入漢中，進而攻蜀，一路陸上坦途，既穩妥又便捷。至於岑彭統帥的荊州大軍，則主要起牽制作用，擺出一副逆長江而上，進攻蜀國的姿態，吸引公孫述分兵來守。
在此前的歷史上，從未有過走長江水路伐蜀的先例，原因很簡單，沒人敢這麼幹。且不說長江天險本就易守難攻，即便公孫述在整條長江防線不放一兵一卒，從長江進攻蜀國仍是風險性十足，路程遙遠，而且又是逆流而上，途中還要穿越險峻的三峽，運輸補給都成問題，大軍千里深入，後無援軍接應，前有敵人據險而守，一旦登陸失敗，立足不住，結局只能是被趕下長江，餵了魚鱉。
然而，岑彭卻偏不信邪，率先從水路發難，從而掀開了滅蜀之戰的序幕。
建武十一年（公元三十五年）春，岑彭領誅虜將軍劉隆、輔威將軍臧宮、驍騎將軍劉歆諸將，率騎兵五千，步卒五萬，戰船數千艘，開拔荊門、虎牙前線。
荊門、虎牙二山，隔江對峙，控制着三峽的門戶，由翼江王田戎、大司徒任滿、南郡太守程汎等人駐守。田戎等人佈下固如金湯的防禦工事，在荊門、虎牙二山建立要塞，屯以大軍，又架起一座橫跨長江的巨大浮橋，將荊門、虎牙二山連爲一體，浮橋上又建起軍事塔樓，而這還嫌不夠，又在江水中多栽巨木攢柱，斷絕航道，攢柱上裝有反把鉤，一旦船撞上攢柱，便會被反把鉤死死鉤住，動彈不得，從而只能任由守軍宰割，想用箭射就用箭射，想拿石頭砸就拿石頭砸。
漢軍抵達荊門、虎牙，面對如此森嚴的防守陣勢，皆有畏懼之色。岑彭傳令軍中，徵募敢死之士，前攻浮橋，先登者重賞。偏將軍魯奇應募而前，岑彭大喜，撥給魯奇冒突露橈二十餘艘，又細細叮囑，使其作先鋒突擊。