按照大明的制度，哪怕是總督這樣的地方大員，屬下有品級的官員也沒有多少，如何處理龐大而繁雜的事務，只靠總督一人肯定不行，所以每一個總督都會自行招募許多的幕僚，協助自己處理各項事宜。
各個督撫手下，都有許多這樣的幕僚，多是功名無望的讀書人。陳越在南京時，原本也有許多士子想到他的麾下任幕僚，可惜陳越後來在媚香樓的舉動，得罪了整個復社，方名夏甚至做了一出類似桃花扇的戲曲，來諷刺陳越，這使得陳越在南京士林名氣極差，竟然沒人肯爲他效力。當然，陳越也不準備用這些除了嘴炮屁都不會的讀書人，他要的是真正有能力的人，而不是讀了幾本詩書只會舞文弄墨之人。
餘楓林給陳越勾畫的幕府則是一個很是複雜的機構，竟然和官府機構極爲類似，要比招募幾個幕僚幫着處理事務負責無數倍。
按照餘楓林的規劃，整個幕府分爲戰訓、參謀、敵情、鎮撫、軍械、後勤六個司，分別管理下轄軍隊所有事情。竟然比照府縣六曹設置幕府體系。而陳越又按照自己的理解，參照後世軍隊的機構，給各司設計增加了獨有的職能。
戰訓司負責士兵的招募，以及所以新募士兵的訓練，訓練週期爲三個月，完成訓練的新兵再編入各軍。有了戰訓司，就把陳越轄下所有軍隊的募兵權收了上來，所有將領無權自行招募軍隊，士兵的缺額只能由都督府統一補充，如此有利於控制下轄軍隊。
參謀司顧名思義，就是參贊軍務，戰時負責制定作戰計劃，平時測量各地地形制作地圖，行軍時制定行軍路線日期等等。戰爭從來就是複雜的事務，設計到的方面極多，天時地利人和這些只是大而籠統的概念。
而實際上一條河流突然漲水就會導致一支軍隊延遲一日乃至數日到達指定的戰場，從而導致一場戰事的失利。一場突入其來的暴雨就會使得騎兵陷入絕境，就會使得弓弦鬆軟，使得火銃無法發射，從而影響戰爭的勝負。
對於戰爭天賦極高的名將來說，也許這些都不成問題。可是對於資質普通的將領，有了參謀司的籌謀，至少可以避免很多失誤，也就增加了勝利的可能。而戰爭，往往比的就是交戰雙方誰犯得錯誤更少。
陳越自認不是名將，雖然從軍一年多，可對戰爭還是一知半解，也就靠着超前的見識打了一些勝仗。可他打的也多是小規模的戰役，遇到的也多是如高傑、劉良佐這樣的“名將”，並未和這個時代真正的強軍交手。
而按照原本的歷史，不到一年，滿清主力就會南下攻明。而八旗兵，可以說是這個時代最強的軍隊了吧，軍隊裡多是征戰沙場多年強兵悍卒，都是職業軍人，組織力強大，士兵的個人戰力更是驚人。
面對這樣的強敵，陳越並沒有一點把握能夠對付，他也不認爲自己的領兵能力指揮作戰會比多鐸阿濟格這樣的打慣了仗的悍將要強。
若何才能戰而勝之，如何才能取長補短，自然要靠更爲先進更爲完善的制度。所以，陳越對參謀司寄予厚望。
敵情司故名思義，自然是負責探查敵情。在戰場上，能準確的探得敵方的情報做到知己知彼極爲重要，關係到軍隊能否取得勝利。當然，在每一支軍隊中都有夜不收這樣的編制，負責的就是探查敵情。
而都督府的敵情司職能超越了一場戰鬥探查敵情這麼低級的任務，而是要在戰鬥未發生前，就要往敵方派出敵情人員，打探敵方的一切情報，兵力、佈防、將領名字愛好等等，必要時還要擔負着收買暗殺這樣的任務，同時要防範敵方人員滲透。
按照陳越的瞭解，滿清就經常採用收買明軍將領、勸降這樣的手段，不得不防。所以敵情司還有一個不能說的職責，就是監控己方重要將領！防止己方人員被敵方收買，甚至叛變。
在以前，是錦衣衛負責這樣的職責，可是如今，錦衣衛只是初建，根本擔負不起這樣的重任。雖然現在的錦衣衛指揮使是陳江河，可畢竟錦衣衛是皇帝的親軍，名義上並不歸陳越指揮。也許有一日，崇禎就會把錦衣衛交給他人，陳越不能把平南軍的前途寄予不受控制的錦衣衛的身上。
鎮撫司，自然是負責軍紀，鎮壓軍中貪腐之軍官，負責軍中秩序，戰時負責督戰，戰鬥中記錄將士的戰功。在明軍中就有鎮撫這樣的職位，按照餘楓林的籌劃，在都督府有鎮撫司，各營中也設有鎮撫官，而各營的鎮撫官受鎮撫司直領，對鎮撫官的工作，各營主將無權過問，更無權任命鎮撫。
軍械司負責軍中所有武器軍械之補充。新成立一支軍隊，不是招募幾萬士兵就可，要給他們配備鎧甲武器。新成立的軍隊士兵個人戰鬥力不如敵軍，經驗不如敵軍，各方面比八旗兵這樣的軍隊都相去甚遠，如何能守住江淮，只有在裝備上下功夫。
雖然說士兵的裝備要由朝廷負責兵部補充，可以兵部的效率兵部官員的貪腐程度，陳越根本就不敢指望兵部提供的武器鎧甲。要負責武器的打造、修繕、保養，下面會設弓弩司、火銃司、火炮司、甲衣司等各個分司，計劃徵調南京有名的工匠填充軍械司，在揚州直接開始工坊打造各種兵器。當然在平南軍中，原來就設有將作營，也有幾十位工匠，能製作一些軍械，不過靠他們爲數萬大軍提供軍備，則遠遠不夠。
一支龐大的軍隊事務極其繁雜，要想讓士兵們安心訓練打仗，自然要做好一切後勤工作，糧食蔬菜的補給，膳食的製作，營房的搭建，輜重的管理等等。當然，在每個營中，都會有一定數量的輜重兵，專門負責這些工作，不過各營物質的調配，則由後勤司負總責。