在糾正“大躍進”運動的失誤時，想到了陳雲，說：
真理有時掌握在一個人手裡。並說：家貧念賢妻，國亂思良將
在大躍進運動處於時，針對各地提出的不切實際的冒進主張，陳雲率先委婉地對不切實際的高指標提出懷疑。1958年9月，在華北協作區基本建設工作會議上，他說：北戴河會議時提出用“土”爐子鍊鐵，對開採礦石、運輸考慮不周到。現在看，明年鍊鋼3000萬噸不很困難，困難的是鍊鐵和軋鋼。鍊鐵需要大量礦石和煤，“土”爐子和小高爐用煤要比“洋”爐子多兩倍。明年要生產4000萬噸鐵，耗煤要比原來計算的多出1億噸。我國現有的運輸條件，適應不了這麼多礦石和煤的運輸。鋼產量跳上去了，翻了番，但各方面並不能配合起來一起發展。10月，在西北協作區基建會議上又說：建立比較完整的工業體系，首先是就全國而言，其次是就協作區而言，各個省不能這樣搞。否則，把材料、設備分散了，會影響全國和協作區的建設進度。“工業經濟是一種協作經濟，‘萬事不求人’的想法是辦不到的。”
隨後，陳雲被任命爲國家基本建設委員會主任。他在《紅旗》雜誌發表文章，指出現在許多大區甚至省也要求建設完整的工業體系，這是不必要而且也做不到的。他建議大大壓縮基本建設規模，不要超過國家計委規定的指標。1959年初，國家計委提出1959年鋼產量爲2000萬噸，糧食產量5250億公斤的龐大計劃。有一次，薛暮橋和宋邵文去見陳雲，希望他找談談他對“大躍進”中的一些問題的想法，陳雲說：“現在不是一個人熱，全國許多領導都熱，不吃一點苦頭，這些話是聽不進去的。”
“大躍進”出現後不久，也很快發現了問題。於是，從1958年11月第一次鄭州會議起，開始對他已認識到的錯誤進行糾正。其中首先是確定1959年的鋼產量。在武昌政治局擴大會議上，提出要將1959年的鋼產量指標降爲1800至2000萬噸。但陳雲認爲指標仍然過高，建議不要對外公佈。12月，在的生日聚餐上，陳雲又提出：明年鋼產量1800萬噸恐怕完不成。此時的心情頗爲矛盾。一方面，他對各種高得離譜的指標表示懷疑，希望“壓縮空氣”，另一方面又想避免打擊幹部和羣衆的建設熱情。因此對陳雲的建議很是不以爲然，他說：我提出的東西，對不對要由實踐來檢驗。1959年1月，他在約請陳雲等人談話時，陳雲提出1958年11月底到12上旬召開的武昌會議確定的1959年鋼鐵糧棉指標難以完成，希望將1959年的鋼產量指標降到1600萬噸。聽後說：“那就拉倒。甚至於這個總路線究竟正確不正確，我還得觀察。我隨時準備修改總路線。”
此後，瞭解到指標確實過高，認識到陳雲關於經濟建設要堅持有計劃按比例的主張是對的。在1959年4月初召開的八屆七中全會上，號召人們要學習海瑞直言敢諫的精神，說：“陳雲表示了非常正確的態度。他講武昌會議定的今年的生產計劃難於完成。他這個人是很勇敢的，犯錯誤勇敢，堅持真理也勇敢。在武昌，對是否發表1959年糧、棉、鋼、煤指標的問題，正確的就是他一個人。今年1月，也是他正確。他的話很有一些同志牴觸，我就賞識。我看他這個同志還是經驗比較多一點。真理往往在一個人手裡。”會議決定鋼產量計劃降爲1650萬至1800萬噸。但仍感到不放心，決定讓陳雲去進一步研究確定。經過反覆調研和認真核實，6月中央政治局會議根據陳雲的建議，決定將鋼產量指標減爲1300萬噸。
廬山會議召開前夕，承認搞經濟建設不能違背綜合平衡規律。他說：“經濟建設靠陳雲，我不行了”。會議開始時，說：“過去陳雲同志提過：先市場，後基建，先安排好市場，再安排基建。有同志（指黃敬——引者注）不贊成。現在看來，陳雲同志的意見是對的。要把衣、食、住、用、行5個字安排好，這是六億五千萬人民安定不安定的問題”。7月11日晚，找周小舟、周惠、李銳談話。他說：“國亂思良將，家貧念賢妻”，這是《三國志》郭嘉傳上的話，曹操打袁紹，吃了大敗仗，於是想起郭嘉。陳雲當總指揮好，他有短處也有長處。又說，提倡敢想敢幹，確實會引起唯心主義，我這個人也有胡思亂想。有些事不能全怪下面，怪各部門。17日，胡喬木向反映了的意見，說還是讓陳雲主管計委比較好。彭德懷在西北組的發言中也說：我們黨內真正懂得經濟工作的人不多，陳雲是一個，賈拓夫是一個。
但是，本來決定進一步糾“左”的廬山會議因輕率地決定要在全黨大反所謂“彭德懷右傾機會主義錯誤”而改變了原有議程。在7月23日的講話中，在重點批評彭德懷的同時，又說：我勸另一部分同志，在這樣緊急關頭，不要動搖。南寧會議、成都會議、二次黨代大會講過，1956年、1957年的動搖，對動搖分子，我不贊成戴帽子，講成是思想方法問題，如果現在要講有小資產階級狂熱性，反過來講，那時的反冒進，就是資產階級的冷冷清清悽悽慘慘慼戚的泄氣性、悲觀性了。那些同志是要搞社會主義，沒經驗，一點風吹草動，就以爲冒了，於是反冒進。並對周恩來講：總理，你那次反冒進，這回站住腳了，幹勁很大。受過那次教訓，相信陳雲同志來了，也會站住腳的。那次批周、陳的人，一部分取其地位而代之。不講冒了，可是有反冒進的味道。8月1日，在中央政治局常委會上，又說：計委從不下毛毛雨，四時八節逼着簽字，10年改不過來，橫直不讓瞭解情況。“設計院”不在常委、書記處，而在財經機關，那些人臉皮之厚可觀，出來的東西使人看不懂，自己也不懂。像那些教授。這種批評還要繼續下去。
廬山會議召開時，陳雲因身體不好沒有與會。其後，他先後到北戴河、上海、杭州等地療養。到12月中旬，經過療養，身體有所好轉，便致信向做了說明。陳雲在信中說：“身體情況比之9月在北京見你時有了進步，現在可以走兩千米（四華里），但是與今年4月下旬上海會議後在杭休息半個月時比較起來，還沒有恢復到那時的健康情況。那時已經可以走三千米遠。這次到杭州在11月初有一天走了二千五百米遠，12月初有一天走了二千二百米遠，這兩次都因爲走過了體力和心臟負擔能力的程度而躺倒了幾天。看來病情在好轉，但是進步程度還不快。今年5月23日並復發到現在已經休息6個多月，目前還不能工作，只能待我身體能工作時再工作，特此報告。”接信後，當即回信說：“病有起色，十分高興。”同時安慰道：“心情要愉快，準備持久戰，一定會好的。”
廬山會議由糾“左”向反右的改變，不僅使前一階段的糾“左”成果全部付之東流，而且引發了新的更爲嚴重的後果和災難：國民經濟的重要比例關係嚴重失調，大量人口非正常死亡，社會局勢趨於緊張。在嚴峻的經濟慘象面前，不得不於1960年底再次決定徹底糾正“左”傾錯誤，確定對國民經濟實行“調整、鞏固、充實、提高”八字方針，陳雲再一次受命負責領導糾正“左”傾錯誤工作。
爲此，陳雲先後對農業、煤炭及冶金工業等做了大量調查研究，爲作出決定提供依據。僅對煤炭工業的調查研究就做了28次之多。陳雲自己曾說：“我搞財經工作以來，從來沒有用這麼長的時間研究一個問題。”陳雲認爲，搞調查研究可以有兩種做法，一個是開內部座談會，一個是到外面去直接調查。對此頗爲讚賞，明確表示陳雲的“這個辦法好”。
在1960年12月召開的中央工作會議上，在插話中說：“陳雲同志說的幾條我都贊成。一是低標準、瓜菜代，今後幾年都要注意。總之口糧標準不能提高，好日子當窮日子過，有了儲備，才能抗禦災害。二是人畜要休息。三是進口糧食。”
在七千人大會上，曾有意要陳雲發表一個講話，但陳雲因沒有做好準備，沒有講。會議結束時，在會上表示：“本想讓陳雲同志講講他的意見，他說他沒有想好，不講了，等想好了再講吧。”散會時，一直沒有開口發言的陳雲這時開始講述了自己的意見，站立着身子，非常認真地側耳聆聽。已經開始收拾攝影箱的記者見狀，趕忙拿出相機對準了他們。鏡頭中，露出了滿意的笑容，伸着手和陳雲緊緊地握着。
陳雲後來主動談了他之所以在會上一再拒絕要求其也講一講的建議的原因：“1962年七千人大會，要我講話，我不講話，主要是和稀泥這不是我陳雲的性格，同時不能給難堪。”