後來挹江門終於打開，隨即發生慘劇：擁過去的軍民達到數萬人，而且還在不斷增加，一時間發生了人踩人的混亂場面，在光華門阻擊日軍的教導總隊團長謝承瑞，拖着受傷之軀也來到這裡，在混亂中被人擠倒在地，最後竟被後面擁上來的人羣蹬踩而死！
謝承瑞從炮兵專科學校到兵工大學，又在法國系統地學習了軍事，是當時難得的人才。後來有一次，有人對桂永清說：你們教導總隊出身的將士都是一流的軍事人才。桂黯然回答：一流的都在南京殉國了，現在剩下的都是二流的，包括我在內。那人問：誰是一流的？桂回答：謝承瑞。
軍民都往下關去。這時候，下關江邊有多少船呢？
按很多人的說法，此時江邊看不到船。這也比較誇張。如果一條船也沒有的話，脫險的那部分將領和士兵又是怎麼走的呢（南京突圍後，作戰科長譚道平負責統計脫險士兵數量，各地共收容44，000多人，除從正面突圍的兩支廣東部隊和教導總隊馬威龍第3旅外，大多數仍是渡江脫險的），不可能全靠浮木登上對岸。
日軍圍城前，下關本來停有兩艘大型火輪（每艘可運送800人），但唐生智嚷嚷着要死守南京，所以他下令把這兩艘船趕往上游武漢了。據宋希濂的回憶，1937年12月12日夜，下關江邊只有四五艘小型火輪，其中司令部掌握一艘，俞濟時的第74軍掌握一艘。下關到燕子磯一段的江邊，則有兩百多條民船，外加最多3艘小火輪，掌握在第36師手裡。
小火輪就那幾艘，民船雖然有一些，但搭載人員有限，而且速度慢，在江兩邊往返的話，耗時自然就要長，加上不少民船到對岸後就不再返回，所以也就成了“一次性用品”。更要命的是，這個時候，江北岸胡宗南的部隊還沒接到南京突圍的命令，不許對岸的人過來，甚至一度槍擊渡江者。這是當初唐生智下的命令。說到這個老唐，如果當初他有個周全計劃，不把兩艘大型火輪（過江運一趟來回45分鐘）趕走，那麼從12月12日下午5點以後，到第二天7點天亮前，足足有14個小時的時間，可以算一算能運送多少軍民！
但這所有的一切，僅僅是“如果”，歷史恰恰不相信“如果”。
第一時間安全渡過長江的部隊，除了一直在江邊防守又掌握渡船的宋希濂第36師外，就是王耀武的第51師和馮聖法的第58師。
由於船隻不夠用，更多的士兵和市民只能望江興嘆。情急之下，有的人四處尋找木料編筏子，但筏子剛投進江裡，就有一羣人跳上去，很多筏子到不了對岸就沉了；有的人抱着木頭直接跳進冬天的長江，最終被急流吞沒；有的人則蹲在木盆中，隨着江水無望地漂流。
很多人在焦急中沿江往下游燕子磯方向逃去；有的則奔往上游上新河方向；更多的婦孺老弱以及傷兵跺腳捶胸，不知如何是好。
在城垣上受傷昏迷的邱維達被部下用擔架擡到江邊，王耀武派來的人正在四處尋找，最後終於發現邱維達，緊急把他送上小火輪！
當初，第88師殘部從雨花臺撤下來後，由於進不了中華門，副旅長廖齡奇只好帶人往江邊退，反倒因禍得福，在渡江時佔了先機，奇蹟般地過了江。後來，留在城裡的旅長吳求劍和師參謀長張柏亭也脫險了，但師長孫元良卻沒能跑出去。
在中山門外作戰的第87師第261旅旅長陳頤鼎、第260旅旅長劉啓雄，直到13日零點才知道南京可能已經棄城，但已經聯繫不上王敬久和沈發藻了，所以他們跟部下一起簽字，擔負在沒有命令的前提下撤離陣地的責任。
往下關撤退的路上，陳頤鼎想：既然是主動撤退，下關必定有船隻接應部隊。當拂曉達到下關江邊後，他們傻了：眼前是一片片逃難的市民和撤下來的軍隊，而船隻寥寥！
劉啓雄跟陳頤鼎商量，想潛藏到難民區。後者一聽就說不行，此時再進城不等於往老虎嘴裡鑽麼？但劉啓雄堅持個人想法（實際上最後沒能回城），陳頤鼎只好與他分手，帶人奔下游燕子磯。到了那裡，他們先是坐着木板順水漂流，木板沉沒了，又僥倖搭上蘆葦編成的筏子，多次歷險後（一度滯於江心的八卦洲），直到12月16日才上了北岸。
第87師最終也成爲南京突圍中損失最慘重的部隊，最終渡江脫險的，只有師直屬部隊300多人！
下關江邊的混亂雖然在繼續，但這一帶卻亮如白晝，因爲電廠仍在爲江邊的路燈供着電。有人說，亮着路燈，這不是給日軍飛機軍艦照亮麼？實際上，這時候日軍雖突破了烏龍山防線，但還沒衝到下關江面（轉天上午纔到），而日機一貫是白天轟炸。所以，江邊的路燈，在12月12日的突圍之夜，更多地幫助我們的同胞。但歷史永遠忽略細節。在這樣的晚上，又有誰會去注意那亮着的路燈呢？又有誰會想到路燈後堅守崗位的工人呢？因爲電廠工人都堅守崗位，沒有逃跑，所以城陷後很多人來不及脫身，最終死於屠城中。
在人們涌向下關時，兩支來自廣東的部隊：葉肇第66軍、鄧龍光第83軍主力，以及教導總隊第3旅馬威龍部，已經決定從正面突圍！
按衛戍司令部計劃，第83軍應在掩護其他部隊撤退後，再於13日凌晨突圍。在隨後的行動中，鄧龍光沒執行這一命令。現在看來，當時很多部隊都往下關方向撤，沒選擇從正面突圍，這也使第83軍的掩護任務實際上無法實施（後來，鄧龍光被“記大過”處分）。
第83軍不是全軍從正面突圍的，其所轄第156師（師長李江，從下關渡江）大部沒接到突圍命令，最後選擇了向下關撤退，只有一小部跟隨該師參謀長姚中英少將（黃埔軍校2期，廣東平遠人）從正面突圍。走太平門從正面突圍的，還有第154師（師長巫劍雄，但他本人沒隨隊，而是出下關，從烏龍山渡江）、第159師（羅策羣代師長）、第160師（師長葉肇兼任）。
突圍的廣東部隊以葉肇爲總指揮，時任第83軍參謀處處長劉紹武（黃埔軍校6期，廣東興寧人）脫險後寫有《83軍南京突圍記》，多少年後讀起來，當時緊張危急的場面，彷彿就在眼前：
（12日）大約下午二時，忽接長官部電話，找軍長鄧龍光去開會，鄧與參謀長陳文一同前去。五時左右，上校參議柯申甫突然駕駛鄧龍光的汽車來找我。他一進軍部大門，就大叫一聲：“走呀！”……葉肇部作先鋒（葉部入城後未被使用，故集結容易），鄧龍光部作後衛，搶先突圍。於是葉（肇）、羅（策羣）、鄧（龍光）、陳（文）等一擁上車。此時廣場已萬頭攢動，水泄不通，將軍的怒罵，汽車的喇叭，均失作用。只得棄車乘馬，但馬也無迴旋餘地，又迫而棄馬步行。那時人都準備輕裝逃命，不少珍貴行李都視如敝屣。鄧龍光的幾枝人蔘浸製的酒和幾盒頭號的高麗蔘皆棄諸道旁，無人過問。只見失卻節制的隊伍蜂擁向太平門方向移動，秩序大亂。我們八時許到達太平門。據報，葉肇、羅策羣親自指揮部隊拆除堵塞城門的沙包。我們就在一間守兵用的小房子內靜候出城。當時紫金山的敵炮斷斷續續地向太平門內盲目射擊，麇集在太平門內的我軍迭有死傷，越城之心愈急。九時許，忽然人聲鼎沸，人流蠕動，據報先頭部隊已開路出城，我們就爭先恐後繼續跟上，各顯身手，從城門夾縫之中擠出去……
葉肇和鄧龍光的廣東部隊急於出城從正面突圍，而教導總隊士兵正從城外陣地撤回城內，準備奔下關渡江，兩股部隊堵在太平門！經交涉，最後教導總隊的士兵同意廣東部隊先出城。在廣東部隊完全奔出太平門後，教導總隊的這隊士兵始涌進城內，他們並沒有覺察到自己踏上了更爲危險的道路。
進入12月12日深夜，很多部隊開始突圍或向下關撤時，固守紫金山的教導總隊第3旅還在旅長馬威龍率領下與日軍死戰。直到13日零點以後纔開始撤退，這支部隊沿紫金山北麓繞行敵人薄弱的空隙，成功迂迴到皖南。在轉年的河南蘭封之役中，馬旅長在與友軍圍攻土肥原賢二第14師團，率軍衝鋒時爲日軍擊中，殉國於中原大地。
廣東部隊一出太平門，就遭到日軍第16師團的阻擊，姚中英少將陣亡。但此時日軍還沒意識到中隊開始突圍。到12月13日零點，突圍到至仙鶴門、堯化門時，日軍發現了中隊的意圖。幾次衝擊，廣東部隊都沒衝過封鎖線。第159師羅策羣代師長身先士卒，揮動手槍帶隊衝擊：“丟那媽，衝呀！唔好做哀仔呀！（粵語：不要丟臉！）”
衝擊中，羅策羣代師長殉國。
12月13日，廣東部隊接近湯山。又一場大戰後，第159師餘部奮勇衝出包圍，向小九華山一線轉進。第160師抵達湯山後，又遭日軍攔截，葉肇和軍參謀長黃植南在戰鬥中跟部隊失去聯絡。此時，第83軍軍長鄧龍光率154師、第156師餘部向淳化鎮方向突圍而去，於21日到達南陵（安徽東南）安全地帶。
從太平門正面突圍的中隊付出的代價是巨大的。除了羅策羣代師長外，在突圍中力戰而死的還有第156師參謀長姚中英少將、第160師參謀長司徒非（保定陸軍軍官學校6期，廣東開平人）少將等人，士兵傷亡更多。第66軍軍長葉肇和他的參謀長黃植南的經歷更令人感嘆。在與大部隊失去聯繫後，他們化裝成村民，于山間潛行，14日轉上寧滬公路，夾雜在難民中，沒想到被日軍輜重部隊抓了壯丁，後僥倖逃脫，艱難抵達上海，返回廣州時已是1938年2月了。
雖然代價巨大，但從正面突圍的廣東部隊經過浴血奮戰，殺出一條生路，爲部隊保留了大量抗日精英。
廣東部隊突圍時，有一點不知道，就是當他們衝到湯水鎮時，把正待在這裡的包括上海派遣軍司令官朝香宮鳩彥親王在內的日軍司令部成員嚇了個半死。因爲此時保衛日軍司令部的只有一個步兵大隊。朝香宮完全不知道從南京突出的中隊的來頭，慌忙急電南京城下的日軍救援，駐在城外高橋門的第9師團人見秀三聯隊火速派了第2大隊救火，朝香宮一幫人才轉危爲安。
中隊在陰差陽錯中失去了意外殲滅日軍司令部的機會。
當1938年1月初的朝陽升起時，廣東部隊已完全脫離日軍控制區，在安徽南部集結後，轉赴湖南休整，不久後又走上抗日戰場。
12月12日夜，到達下關江邊的中民已越聚越多，超過5萬人。
唐生智率衛戍司令部的人於當晚10點到達長江北岸的浦口，隨後一行人往滁州方向撤退，但在花旗營遭到日軍（國崎支隊）伏擊，脫險後改路線奔揚州顧祝同那裡。到揚州附近後，顧祝同已轉駐安徽臨淮關，走之前給唐生智留下了汽車，隨後唐生智等人乘車到達滁州。
在滁州著名的醉翁亭，衛戍司令部召開會議，唐生智說：我打了一輩子仗，從來沒有打過這樣糟的仗。我對不起國人，也對不起自己。
隨後，唐生智帶衛戍司令部人員去了武漢，蔣介石在那裡等着他了。南京城，在唐生智離開的當天夜裡，火光不熄。
日軍第114師團的士兵爲了衝過護城河，放倒了一根木製的電線杆，在一側釘上木板，搞了一個獨木橋，工兵跳進水裡充當人柱，日軍敢死隊踏上獨木橋，衝向雨花門，通過多次爆破，終於把鐵門炸開了一條僅能通過一人的縫隙，他們攻入雨花門，踏上南京城土地的日軍，越來越多了……
到了後半夜，槍炮聲漸漸稀疏了。
整個城市一度陷入巨大的寂靜。在這個冬天的夜晚，清冷的月光照耀着南京的大地和被炮彈掀去頂子的房屋，地上遍是瓦礫，再就是被丟棄的各種裝備，以及殘破的青天白日旗。
這是南京城陷前的寂靜。
這寂靜，讓南京市民更加恐慌。
當天，日軍飛機轟炸了長江中的美艦帕奈號，而由橋本欣五郎任聯隊長的野戰重炮第13聯隊，攻擊了長江中的英國“瓢蟲”號和“蜜蜂”號軍艦，理由是“運送中國敗殘兵”。
日本人徹底瘋了。
而歷史，無可挽回地進入了1937年12月13日。
地獄之門
我吐了一口菸圈兒，說：不用愁！進了南京城，就和進了無錫一樣，應有盡有！
田中看上去老態龍鍾，已沒什麼，卻依然惦記着女人的事兒，他說：女人也會有的吧！
另外，古董也會有的吧！
是啊，如果我能多帶一些回國的話，就可以開古董店啦！
我進了南京後首先要衝進點心店！
島田，你去什麼店？
我去照相機店和鐘錶店。
你小子不是有表了嗎？
我最近在收集這些玩意兒。
爬了30米左右時，小隊長“刷”地高高舉起戰刀，大聲喊：衝哇！
我胸口像被人踢了一腳，跟着也哇哇地喊起來。喊聲激發起我的情緒，我就像瘋了似的。
上面這段話，摘自第16師團大野聯隊士兵東史郎的陣中日記。當時他和他的中隊（森英生中隊）正在中山門外的四方城。
第6師團攻進中華門、水西門一線時，大野聯隊也在琢磨怎麼能突破中山門，但琢磨琢磨着，就到了13日凌晨。聯隊派一個叫四方藤造的少尉去中山門偵察，四方帶了十來個人，潛行到坍塌的城牆後，沒見到中國守軍，於是就帶人爬了上去。到中山門城樓才發現，中國守軍已經撤了，於是四方少尉從鋼盔中抽出塞在裡面的軍旗，插在了中山門上。
中山門大鐵門左側的城垣已經坍塌，四方少尉在門上用白油漆寫下這樣的字：
昭和十二年十二月十三日午前三時十分大野部隊佔領。
鐵門下，戰死的中國士兵一層層倒臥在地。寫完字後，四方藤造得意揚揚，但沒想到剛走幾步，他就踩上了地雷。
於是，那字也就成了他的“絕筆”。
在日軍第16師團“攻佔”中山門後，快打得沒脾氣的第9師團脅阪聯隊也通過爆破，在13日凌晨5點爬上了光華門。
第3師團第68聯隊佔領了通濟門和武定門。
後來，第6師團和第9師團爲誰第一個攻佔南京而爭吵不休，第6師團說在12月12日傍晚他們岡本鎮臣聯隊的一箇中隊就破進了中華門和水西門之間的城垣；第9師團說，第6師團不算第一個佔領南京的，因爲在10日傍晚他們的山際少尉就在光華門插旗了，有朝香宮親王御賜山際少尉的皇刀爲證。
柳川當然向着第6師團，朝香宮則護着第9師團。
最後找鬆井石根評理，鬆井裁斷：頭功還得歸第6師團。山際雖然是第一個插旗的，但國旗最後被中奪了下來，山際的部隊又被轟下了城牆。不過，按鬆井的裁決，第一個攻入南京的不是第6師團的岡本鎮臣聯隊，而是最先在中華門上插上日章旗的長谷川正憲聯隊緒方敬志大隊的三明保真中隊。
就這樣，1937年12月13日凌晨，星期五，日軍在付出7200多人的傷亡後，終於攻陷***首都南京。但日軍沒立即入城，只是在城垣上固守陣地，因爲天還沒亮，怕中了中隊的埋伏。