（1937年12月）
在顧、唐通電話的當夜，南京槍聲不息，市民們伏在家，於黑暗中繼續忍受煎熬。在外面，蜷縮在寒冬馬路上的是無家可歸的難民，以及從前方陣地上撤下來的痛苦呻吟的傷兵。此夜天空暗無星斗，有的只是炮彈滑過後恐怖的聲音和爆炸時慘白的光亮。
遙望紫金山，那裡的戰鬥已進入白熱化。
唐生智是12月11日晚上11點接到顧祝同電話的，3個小時後，也就是12日凌晨2點，他在自己的公館召集副司令羅卓英、劉興，以及參謀長周斕和參謀處長廖肯等人開會，將撤退的命令通告諸人。短暫的會議結束後，唐叫參謀處長廖肯、作戰科長譚道平迅速起草撤退計劃。在如此危急的情況下，撤退計劃的擬訂，成了對參謀們的一次大考。
12月12日傍晚5點，唐生智召開會議，但他沒馬上下達撤退令，而是先問與會將領：在一部日軍（第23聯隊肥後盛英中隊）已攻入中華門與水西門之間城垣的危局下，是否還能對南京進行有效守衛？
此時，南京環城處處激戰，衛戍司令部的氣氛緊張到極點。由於不是蔣介石直接向唐下的命令，所以老唐還是留了個心眼，叫各部隊長分別代表自己的部隊在撤退令上簽字：
人們好像都不願意第一個籤。過了一會兒，第66軍軍長葉肇說：情勢危急，我先簽。
隨後，周瀾簽了。第三個簽字的是孫元良，第四個是宋希濂，隨後俞濟時、鄧龍光都簽了字。王敬久則一個勁地抽菸，最後也簽了。
按桂永清的說法，在一片沉默中，他站起來說：城防左側（烏龍山、幕府山一線）並沒有多少敵人，紫金山的大部分陣地仍在手裡，中山門外的四方城到白骨墳雖處於激戰中，但敵人並沒突破防線，而光華門更是牢固，只有中華門與水西門一線告急，但可以派教導總隊的預備隊去支援。
唐生智這時候從口袋裡摸出蔣介石通過顧祝同下達的命令：宣佈放棄南京。
沒人知道唐生智此時的心情，因爲他曾宣佈要與南京共存亡。同時，他也對蔣介石說過：沒你的命令我決不撤退。現在命令也來了，撤退似乎順理成章。
唐在會上說的最後一句話是：“戰爭不是在今日結束，而是在明日繼續；戰爭不是在南京衛戍戰中結止，而是在南京以外的地區無限地延展。請大家記住今日的恥辱，爲今日的仇恨報復。”
唐生智終於沒有做到死守南京。他此前採取的一切背水一戰的措施，開始慢慢顯露出惡果了。
唐生智叫人下發了參謀處擬出的撤退計劃，原則是大部（從正面）突圍，一部過江（從下關渡長江北撤）。命令如下：
一、敵情如貴官所知。
二、首都衛戍部隊決於本日晚衝破當面之敵，向浙、皖邊區轉進。我第7戰區（新成立戰區，由劉湘任司令長官）各部隊刻據守安吉、柏墊（寧國東北）、孫家鋪（宣城東南）、楊柳鋪（宣城西南）之線，牽制當面之敵，並準備接應我首都各部隊之轉進。蕪湖有我第76師，其南石炮鎮有我第6師佔領陣地，正與敵抗戰中。
三、本日晚各部隊行動開始時機、經過區域及集結地區，如另紙附表規定。
四、要塞炮及運動困難之各種火炮並彈藥，應徹底自行炸燬，不使爲敵利用。
五、通信兵團，除配屬外部隊者應隨所屬部隊行動，其餘固定而笨重之通信器材及城內外既設一切通信網，應協同地方通信機關徹底破壞之。
六、各部隊突圍後運動務避開公路，並須酌派部隊破壞重要公路、橋樑，阻止敵之運動爲要。
七、各部隊官兵應攜帶4日份炒米及食鹽。
八、予刻在衛戍司令部，爾後到浦鎮。
南京衛戍軍各部突圍計劃：
一、第74軍所轄第51師、第58師自鐵心橋、谷裡村、陸郎橋一線以右地區突圍，向祁門附近集結。
二、第87師、第88師自飛機場東側高橋門、淳化鎮、溧水一線以右方向突圍，向黟縣附近集結。
三、教導總隊、第103師、第112師、第66軍，自紫金山北麓、麒麟門、土橋鎮、天王寺一線以南地區突圍，教導部隊向昌化附近集結，第66軍向休寧附近集結，第103師、第112師向於潛附近集結。
四、第83軍自紫金山、麒麟門、土橋鎮一線東北地區突圍，向歙縣附近集結。
五、第2軍團應極力固守烏龍山要塞封鎖線，萬不得已時渡江，向集結。
六、第36師應掩護各機關及直屬部隊渡江後開始渡江，向花旗鎮、烏衣附近集結待命。
按命令，守衛烏龍山要塞的第2軍團掩護大軍撤退，但由於徐源泉的部隊跟城內司令部的通訊已斷，所以唐生智並不知道第2軍團在他們開會前就已經渡江了。12日下午，徐源泉聽一名逃兵說南京已經失守（實際上是中華門、水西門一線城垣攻進來少量日軍），於是馬上跟城裡聯繫，但發現電話不通了，給唐生智發電報，也沒得到迴音，在這種情況下，他先行帶軍隊渡江而去了。
這倒是一支安全脫險的部隊。徐源泉先派了一支部隊對沿江而來的日軍（山田支隊）進行警戒，又命令在烏龍山要塞的守備隊接應從前進陣地撤下來的部隊，在12日天黑後以主力在周家沙、黃泥蕩兩處安然渡江，轉天天亮前，把留在南岸的最後一個士兵運送到了北岸。
雖然徐源泉“擅自”撤退，但由於已經跟城裡聯繫不上了，而且在撤退時很有章法，爲抗日軍保留了大量戰士，所以也很難給他什麼指責。至於日軍軍艦衝過烏龍山要塞開到下關，已經是13日早晨8點以後的事了。
按唐生智的命令，大部突圍在12日晚11點後，第83軍爲13日晨6時。在會上，唐生智將撤退路線下發諸將領後，又口頭補充了一句：每支部隊在撤退時應有長官率領，如部隊已脫離掌握，可同我一起過江，第51師、第58師、第87師、第88師和教導總隊，如不能全部從正面突圍，有渡輪時可向北渡江，奔滁州集結。
不少人說，壞就壞在這道口頭命令上了。
南京衛戍司令部參謀擬出的撤退計劃還是很具體的，但當時通訊多已中斷，在操作上已無法完成了。而且，搞軍事的人都知道，兩軍對壘時，一個撤退令會對士兵的心理產生多大影響，也許在下令前士兵們還在浴血奮戰，而一旦得知全線撤退後，意志就有可能在瞬間崩潰。所以，即使沒有那道口頭命令，在孤城危局下，撤退一方的軍隊也很難做到從容而行了。口頭命令反而加快了這種混亂。
散會後，唐生智叫人對衛戍司令部的大量機密文件進行了處理，然後命令部下將自己的公館焚燬，隨後率羅卓英、劉興、周斕等人奔向下關江邊煤炭港海軍碼頭。在路上，他問渡船的情況，周斕告訴他司令部掌握着一艘小火輪。
對，就是當初留下的那艘。
譚道平等人已經在火輪上等着了。唐生智等人上船後，等佘念慈和廖肯，但沒等到，於是在晚上9點多的時候開船，奔向江北。他們坐的這隻船，還是前幾天從江陰那邊開來運送軍用品的，被參謀長周斕多了個心眼，留了下來。這艘船，成了衛戍司令部的救命之船。
教導總隊第2旅第3團團長李西開（雲南講武堂，雲南開遠人）回憶，12月12日傍晚6點半，由於他的這個團傷亡慘重，接到了教導總隊參謀長邱清泉的電話，告訴他鄧龍光第83軍將接替第3團的陣地，讓他帶部隊到太平門外的岡子村。也就是說，此時桂永清開會還沒回來。如果是這樣的話，那麼桂永清返回富貴山指揮部時，至少在傍晚6點半以後。半個小時前，紫金山第二峰剛剛陷落，第一峰戰鬥正在進行中。
桂永清是和王敬久一起回到富貴山地下室的。在指揮部，桂永清計劃召開個緊急會議，但由於時間緊迫，又取消了會議，放了歸桂節制的第103師副師長戴之奇的鴿子，惹得戴大罵。
桂永清決定用電話通知前面的部隊長，王敬久也採取了同樣的辦法，於是有的部隊聯繫上了，大多數則沒聯繫上。王敬久不管那些了，先行渡江。
桂永清也決定走，想帶邱清泉一起，被後者拒絕。邱清泉說，馬威龍第3旅還在紫金山第一峰與日軍激戰，他想跟前線各陣地的部隊長再聯絡一下，儘量都通知到，再商議一下撤退路線。這時候，第1團（秦士銓）、第2團（謝承瑞）、第6團（劉子淑）聯繫上了，紫金山上與敵激戰的馬威龍的兩個團和太平門外的第3團（李西開）還沒聯繫上。
桂永清望着自己的這位參謀長，說了聲：保重，時間緊迫，現在南京已是危城。
隨後，桂永清離開了富貴山指揮部。
桂永清撤離時也可謂歷經磨難，九死一生。由於身體肥胖，他行動起來比較緩慢，好不容易到達下關江邊，又無船可渡。跟隨着的衛兵臨時紮了一個小木筏，渡江時又多次出現險情，最終還算幸運，被衛兵連拉帶拽，終於抵達江對面。桂永清逃過一劫。
王耀武於當晚8點多接到軍長俞濟時傳達的撤退令，他領着第51師往雨花臺地區的雙閘鎮方向突擊，殺出一條血路後來到下關江邊。作爲一師之長，他亦無船可渡。以睿智精明著稱的老王閉上眼：此即生人之江，也是絕命之江！
恍然中，他聽到有人大喊了一聲：王師長，快跟我們走！
睜眼一看，竟是第74軍軍部的副官。原來，此時軍長俞濟時和第58師師長馮聖法已安全過江，俞濟時有先見之明，南京戰前爲自己的部隊準備了一艘小火輪，現在專門來接王耀武。
王耀武脫險了，第51師、第58師的大部分士兵，最後也乘這艘小火輪抵達對岸。王耀武過江後，不見邱維達，萬分着急，立即命人返回江南岸。
1937年12月12日夜，打起仗來以亡命和脾氣壞著稱的教導總隊參謀長邱清泉陷入了巨大的傷感中。
按教導總隊參謀處作戰參謀劉庸誠（中央軍校10期，四川成都人）的回憶，在桂永清走後，“邱叫衛士把一堆文件拿去燒掉，靜坐在電話機旁，一支接一支抽着煙，有時兩眼微閉，若有所思。”
悲從心起的邱清泉等來了劉庸誠的同學、炮兵連代理連長嚴開運（中央軍校10期，四川邛崍人）。
臨近黃昏時分，嚴開運的陣地擊落了一架日軍飛機。當時規定，擊落敵機者獎銀洋500塊。邱清泉告訴小嚴，獎勵以後會給你，現在你帶人撤吧，渡江到浦口。但走前，把戰炮全部炸燬。
嚴開運知道南京已經棄城，但心有不甘，捨不得自己的戰炮。
邱清泉想了想說：那你就帶走吧，但如果帶不走，一定毀掉，不能留給日本人。
嚴開運向他的長官敬了一個軍禮，走到既是同學又是老鄉的劉庸誠面前，握住手，用四川話說：老劉，你什麼時候撤？保重啊！
劉庸誠鼻子一酸，說：你也要保重！我和參謀長還要繼續通知一下前面的部隊。
嚴開運轉身奔出富貴山地下室。
在已經決定棄城的12月12日夜，由於沒接到命令，教導總隊的防線從紫金山、靈谷寺、陵園新村、西山孝陵衛到白骨墳一線仍處處激戰。
當晚7點半，教導總隊第2旅第3團的人到太平門外的岡子村後，沒發現前來接防的鄧龍光部隊，隨後報告團長李西開，後者再給邱清泉掛電話時，電話已經打不通了。
到8點半時，教導總隊第3團把指揮所從明孝陵轉移到廖仲愷墓附近，團長李西開和他的副手彭月翔（黃埔軍校6期，江蘇如東人）開了一個緊急會議，商量下一步打算。這時候，第6團團長劉子淑（黃埔軍校4期，湖南津市人）、第1團團長秦士銓（黃埔軍校4期，湖南零陵人）陸續來到指揮所，劉子淑告知李西開，衛戍司令部已決定棄城。
劉子淑大怒道：他胡啓儒（第2旅旅長）先跑了！
棄城令下達後，胡啓儒在電話裡告訴劉子淑，他到下關宋希濂那接洽第2旅撤退的事，但到下關後發現情況不好，於是“先行一步”了。
李西開說：現在罵也沒用，當務之急是定個撤退計劃！
三個團長一碰，出了兩個方案（也只能是這兩個方案）：一是進城後到下關渡江；二是從正面突圍，經太平門向皖南轉進。但由於此時秦士銓的一個團已經快打沒了，劉子淑雖然還有點人，但以新兵爲主，而且傷亡也不小，所以大家還是決定向江邊撤。
隨後，幾位團長分了手，卻不想秦士銓團長在突圍中殉國了。而紫金山上馬威龍的兩個團，由於接不到命令，仍在苦戰中。
教導總隊通訊營的石懷瑜連長接到撤退令時已是12日深夜。他帶着20多名士兵向太平門跑去，到軍校大禮堂時已是零點。此時回望紫金山，一片火光，第一峰的戰鬥更趨激烈。石連長和他的戰友淚水奪眶而出。12月12日晚，悲壯的氣氛渲染着古都的每一棵枯草。南京的悲歌，已在壯烈中奏響。
南京已三面被圍，不願從正面突圍的士兵和逃難的市民奔向下關江邊。在他們看來這裡是唯一的出口。很多市民舉家跑出屋子，加入逃難的人流。於南京脫險的教導總隊輜重營營長郭岐（黃埔軍校4期，山西山陰人），在1938年寫下《陷都血淚錄》，其中有這樣一段：
各級部隊都在向下關蜂擁撤退，寬敞坦蕩的大馬路上，一片大亂的情景，出乎我的想象，人潮洶涌，遍地凌亂，極少有部隊能夠保持隊形，幾乎每一個人都在鑽隙北進，儘快地奔向下關的挹江門，部隊長掌握不住部隊，各級官兵似乎也無意跟着部隊行進。沒有人知道他們擠向前去的遭遇，更遑論未來的命運，唯一的目的就只有往前擠過去。
很多人沒接到撤退令，包括作爲南京衛戍軍司令部參謀的程奎朗。
12日傍晚，他看到憲兵第2團團長羅友勝神色緊張地來到位於鐵道部大樓的衛戍司令部，告知他一部分日軍已經衝了進來，他的部隊奉命去中華門和水西門一線增援，但已經頂不住了。
羅走後，程奎朗在食堂裡遇到一名傳令兵，傳令兵說：司令長官和參謀長都走了，你還不走！
他才知道南京已經棄城。當程奎朗回到參謀處辦公室時，已空無一人，他慌忙出了鐵道部大樓後門，往金川門去，但被人告知那裡已走不通，於是折回到中山北路，也奔向挹江門，在回憶錄中他這樣寫道：
到了中山北路海軍部門口，遇到第36師部隊在馬路上架起機槍封鎖交通，不準由南來的部隊通過。這時天已黃昏，只見城南火光沖天，炮聲震耳，尤以紫金山方向槍炮聲最烈。中山北路上，車輛、部隊，黑壓壓的，如潮水般地向挹江門涌來。出城的人們爭先恐後，前推後擁，擠作一團，有的被踩倒在地上，喊爺叫娘。第36師的哨兵在城門口架起機槍大聲喊着：不要擠，再擠就開槍打！人們依然擠着，我艱難地出了挹江門……
去下關江邊，必從挹江門穿過。守挹江門的是作爲南京守軍總預備隊的宋希濂第36師。
保衛戰開始時，唐生智就把挹江門封了。12日傍晚決定棄城後，由於通訊不靈，命令並沒馬上下達到挹江門守軍這裡。此時挹江門前，兩邊是鐵絲網，中間只有一條小道，第36師士兵舉着步槍，做瞄準狀，不叫人們出城。衝到門前的軍民，則一起往前擠。第36師士兵隨即開槍阻擊，南京城內陷入大混亂！
正如程奎朗所說，此時城南中華門方向槍聲大作，紫金山方向更是烈焰升起如同白晝。