由人民法院指定清算人，主要是考慮個人獨資企業解散時，在有些情況下難以由投資人自行清算，例如，在投資人死亡或者被宣告死亡，無繼承人或者繼承人決定放棄繼承時，這時個人獨資企業的投資人出現空缺，只能由債權人申請人民法院指定清算人進行清算。另外，在個人獨資企業投資人自行清算可能會影響債權人的債權和損害社會公共利益時（如某些被依法吊銷營業執照的情形），也應允許法院適當介入，以對個人獨資企業清算行爲進行必要的限制。人民法院指定清算人時，既可從企業經營管理人員中指定，也可聘請註冊會計師、律師、或有關行政主管部門的執法人員等。指定的清算人在進行企業清算時，應遵照有關法律的規定，並接受人民法院的監督。關於由債權人申請人民法院指定清算人進行清算的具體程序，個人獨資企業法未作規定，可參照投資人自行清算的程序。但必須執行法律有關通知和申報債權的規定，以維護債權人的利益。
（三）清算人的法律地位和職責
清算人的法律地位集中體現爲清算人與個人獨資企業的關係。一般來說，無論採用哪種方式，清算人確定後，個人獨資企業即進入清算程序，個人獨資企業管理人員應停止執行職務，而由清算人對內組織清算，對外代表個人獨資企業了結有關事務和參與民事訴訟活動。我國《個人獨資企業法》沒有明確規定清算人與個人獨資企業的關係，但從清算人職權來看，其取代個人獨資企業投資人或管理人員在清算期間對內處理事務，對外代表個人獨資企業的地位還是相當明確的，所以，清算人是從事個人獨資企業清算事務的法定臨時性執行機構。
個人獨資企業清算雖然不象其他企業清算那樣複雜，但出於保證清算順利進行，提高清算效率，減少清算損失，維護債權人、個人獨資企業職工及其他當事人的合法權益，有必要明確清算人的職責。根據有關法律的規定，我國個人獨資企業清算人的職責有以下六個方面：
1.清理個人獨資企業財產，分別編制資產負債表和財產清單
清算人一經確定，即應接管個人獨資企業及其全部財產，同時對資產和債權債務進行全面清理和核查，並在查實個人獨資企業全部財產及負債的基礎上，分別編制資產負債表和財產清單。
2.處理與清算有關的個人獨資企業未了結的事務
與清算有關的個人獨資企業未了結事務，是指個人獨資企業解散前已經訂立的目前尚在履行的有關合同事項；拖欠的職工工資和社會保險費用；未結清的債權債務及有關納稅事宜等。清算人在處理個人獨資企業未了結事務時，有權根據清算工作的需要，對個人獨資企業解散之前已經訂立目前尚在履行的合同，決定繼續履行或者終止履行，但是不得開展與個人獨資企業清算無關的新業務。對清算人決定終止履行的合同，個人獨資企業應承擔違約責任，因此給對方造成財產損失的，應當予以賠償，違約金和賠償金從企業財產中支付。清算人在處理個人獨資企業未了結事務時，應遵循以下原則：第一，作出的處理決定必須合法；第二，有利於保護投資人、債權人的合法權益；第三，有利於迅速了結個人獨資企業未了結的事務，儘可能減少損失。
3.清繳所欠稅款
稅收是國家財政收入的主要來源和經濟建設的重要支柱，一切負有納稅義務的單位和個人均應依法履行納稅義務。在個人獨資企業解散時，清算人應當對個人獨資企業納稅事項進行審查，發現欠繳國家稅款的情況，應當及時報請國家稅務機關，並依法將所欠稅款繳入國庫。
4.清理債權、債務
根據我國《民法通則》規定，債是按照合同的約定或依照法律的規定，在當事人之間產生的特定的權利和義務關係。享有權利的人是債權人，負有義務的人是債務人。債權人有權要求債務人按照合同的約定或依照法律的規定履行義務。清理債權，是指要求個人獨資企業的債務人對企業履行債務。對於已到期債權，應立即收取；對於未到期債權，可視情形，或轉讓，或抵銷本企業債務。清理債務，是指以個人獨資企業的財產清償債務。這項工作直接涉及到個人獨資企業和債權人利益，必須依照個人獨資企業法規定的程序進行清理。
5.處理個人獨資企業清償債務後的剩餘財產
清償債務後個人獨資企業仍有剩餘財產的，應歸還投資人。
6.編制清算報告，辦理註銷企業登記
清算結束後，清算人應當製作清算報告，編制有關清算費用、收支報表和企業財產清償分配帳冊。編制清算報告，一方面便於債權人瞭解和監督投資人或人民法院指定的清算人在對個人獨資企業財產進行保管、清理、估價、處理和分配這一清算過程中的工作情況，另一方面也是辦理個人獨資企業註銷登記手續所必備的法律文件，因此，投資人或人民法院指定的清算人必須認真編制清算報告，並保證清算報告的內容真實、準確、完整，不得有虛假的記載或不實的謊報。另外，如果清算人是由人民法院指定，應將有關報告和材料報人民法院確認。並應當自清算結束之日起15日內；到原企業登記機關辦理註銷登記。
（四）清算後清償債務的原則
個人獨資企業清算後清償債務的一般原則可以歸結如下：
1.根據企業解散清償債務的一般原則，個人獨資企業因解散而清償債務的，如有未到期的債務，應視爲已到期；處於訴訟中的債務，應當保留償還債務的財產份額，待訴訟完結後處理。
2.清算人在清理完畢個人獨資企業財產後，應依一定的順序清償債務。依《個人獨資企業法》第29條之規定，個人獨資企業清算後的清償順序如下：第一，支付清算費用；第二，所欠職工工資和社會保險費用；第三，所欠稅款；第四，其他債務。
3.個人獨資企業財產不足以清償全部債務的，投資人應當以其個人的其他財產予以清償。
4.個人獨資企業解散後，原投資人對個人獨資企業存續期間的債務仍應承擔償還責任，但債權人在5年內未向債務人提出償債請求的，該責任消滅。實質上，這是視債權人放棄債權。
（五）個人獨資企業解散後原投資人的償債責任
《個人獨資企業法》第28條規定：“個人獨資企業解散後，原投資人對個人獨資企業存續期間的債務仍應承擔償還責任，但債權人在五年內未向債務人提出償債請求的，該責任消滅。”與有限責任公司或者股份有限公司等法人企業相比，本條的規定充分體現了個人獨資企業的投資人承擔無限責任的特徵。在通常情況下，有限責任公司或者股份有限公司的股東只承擔有限責任，即以自己的出資額爲限對公司的債務承擔清償責任。根據《企業破產法（試行）》第38的規定，破產財產分配完畢，由清算組提請人民法院終結破產程序。破產程序終結後，未得到清償的債權不再清償。
《個人獨資企業法》第28條的規定實際上具有兩方面的含義：
一方面，個人獨資企業的投資人在清算結束後仍應對未清償的債務承擔持續的償還責任；另一方面，投資人的這種持續償還責任又具有一定的期限，超過了這個期限，投資人不再承擔清償責任。因此也可以說，個人獨資企業投資人的無限責任是相對的，而不是絕對的。
1.投資人的持續償還責任
個人獨資企業投資人對企業債務應當承擔無限責任，即個人獨資企業的投資人企業在解散後，對企業尚未清償的債務，不能像有限責任公司等法人企業那樣一筆勾銷，而是要繼續承擔償還的責任。這就是說，假如在清算時投資人未能足額清償企業存續期間的全部債務，那麼，在清算結束、企業終止後，投資人仍然有義務清償尚未清償的債務。
個人獨資企業的投資人在企業解散後仍應對企業存續期間的債務承擔責任，不僅從理論上體現了個人獨資企業的無限責任特徵，而且也具有重要的實際意義，因爲在個人獨資企業清算期間，可能還有不知情的債權人；或者債權人雖然知情，但由於不可抗力原因，未能在規定的期限內向投資人或者清算人申報債權；或者企業可能還有正處在訴訟中的債權債務尚未完全了結等。在這些情況下，債權人都不能在清算時得到償付。規定個人獨資企業投資人的持續責任，就可以保證這些債權人的債權今後可以獲得清償。
2.投資人的持續償還責任有一定的期限
個人獨資企業投資人的無限責任如果是絕對的、無期限的，難免就會帶來一些不必要的麻煩，比如說，使投資人長期處於不確定的、隨時可能被迫索的狀態，對投資人的生活可能造成不利影響。
因此，爲了在個人獨資企業解散並清算結束後能夠使投資人在一定期限後得以解脫，而不是長期處於償還債務的不確定性之中，《個人獨資企業法》第28條又規定，雖然投資人對企業存續期間的債務必須承擔持續的償還責任，但是，在企業清算時未獲得清償或者未獲得足額清償的債權人，如果在五年內未向投資人提出償債請求的，投資人的償還責任即行消滅。
爲投資人承擔的償還責任規定一個期限，實際上等於是在期限屆滿後免除了投資人償還責任，也就是有些學者所說的免責主義。立法中採取這種免責主義態度，主要是基於下述兩個方面的原因：
其一，隨着市場經濟的發展，負債已經成爲現代社會經濟生活中非常普通的事情，債務人不能清償債務的，只要不是惡意或者欺詐性的，就不再作爲犯罪行爲看待。同時，越來越多的人逐漸認識到，在一項特定的債權債務關係中，雖然債務人理應對自己所欠債務承擔責任，但是，債權人似乎也應當對自己的債權得不到償還承擔一定的風險，這樣更能促進交易的公平。相反，過分地片面強調債務人的責任，會促使潛在的債權人在交易中忽視自己可能面臨的風險，結果反而會增大交易的風險。因此，在一定的期限屆滿後，依法免除個人獨資企業投資人對債權人未主張的債權承擔責任，也在一定程度上體現了債權人對自己的交易風險應承擔一定的責任，這樣規定會更公平一些。
其二，立法的價值取向逐漸從着重保護債權人的利益，轉向在保護債權人的同時，也兼顧債務人的利益。在一定期限屆滿後免除個人獨資企業債務人的持續償還責任，可以減輕投資人的負擔，這也是對誠實而過失的投資人的一種保護，有利於促進和活躍商業交易。
四、個人獨資企業的註銷登記
（一）註銷登記的概念和意義
註銷登記是個人獨資企業終止應當履行的法律程序，是指登記機關依法對解散的個人獨資企業，收繳營業執照和印章，撤銷其註冊號，取消其企業資格或經營權的登記行爲。《個人獨資企業法》第32條規定，個人獨資企業清算結束後，應依法向原登記機關申請辦理註銷登記。所謂“清算結束”，是指個人獨資企業經過清算，其未了結的業務已經了結，應收回的債權已經收回，應清償的債務已經償還，可以依法終結個人獨資企業各種法律關係的時候。
個人獨資企業因各種原因解散並清算結束後，其權利能力和行爲能力事實上已不復存在。但若不辦理註銷登記，其民事權利能力和民事行爲能力在法律上並未消失，企業的經營資格仍然存在。不法分子有可能會利用未收繳的營業執照作爲合法手段，從事不正當的經營活動，損害債權人、投資人甚至社會公衆和國家的利益。因此，及時辦理註銷登記，依法終止企業，具有重要意義。
（二）辦理註銷登記應提交的材料
個人獨資企業申請辦理註銷登記，應向登記機關提交下列文件：
（1）投資人或清算人簽署的註銷登記申請書；（2）投資人或清算人簽署的清算報告；（3）國家工商行政管理局規定提交的其他文件。
個入獨資企業辦理註銷登記時，應當繳回營業執照。
（三）註銷登記的程序
（1）個人獨資企業清算結束後，投資人或人民法院指定的清算人應當於15日內向原登記機關申請註銷登記。
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（2）登記機關應當自收到規定的申請註銷登記需要提交的全部文件之日起15日內，作出覈准登記或者不予登記的決定。予以覈准的，發給覈准通知書；不予覈准的，發給企業登記駁回通知書。
（3）經登記機關注銷登記，個人獨資企業終止。登記機關收繳企業營業執照正、副本，收繳企業印章，並通知其開戶銀行。