翰林院就在千步廊，與皇極殿隔一道紅牆，五府六部都在紅牆之外，東公生門、西公生門是進入皇宮的便門，有內堂五楹，堂西是讀講廳，堂東編檢廳，還有狀元廳、典簿廳、後堂。後堂之東是藏書庫。後堂之內，還設有皇帝寶座，供皇帝駕臨時專用。
這裡既是儲才之地，同時又是讀書的好去處。在這裡上任第一天起，徐階就依可久的囑咐，不多走一步，不多講一句，只要沒有旨令下達，就埋頭讀書，瞭解前朝掌故、詔書的格式，研究大明的律令，包括前朝的非常事件的發生過程、處理手段。這一切爲他日後的發展打下了紮實的基礎。
但是，樹欲靜而風不止，上任不到三個月，也就在嘉靖二年（公元1523年）十二月，大禮議風波又起。
話說嘉靖元年（公元1522年）春，大禮議以嘉靖帝的暫時讓步而告一段落。當時的諭旨是：稱孝宗爲“皇考”，孝宗的皇后慈壽皇太后爲“聖母”，也就是接受了繼統同時繼嗣的主張，至於自己的父母親，則尊爲興獻帝、後，再加上“本生”兩字，不用“考”。
這年的十二月，南京有個刑部主事叫桂萼，與同樣是南京刑部主事的張璁，還有南京兵部侍郎席書，共謀揣測稱孝宗爲“皇考”，稱自己父母爲“本生父母”並非嘉靖皇帝的本意，是朝中大臣竭力主張的結果。他們看準了機會，就由桂萼再次上書，推翻前議，堅決主張稱孝宗爲“皇伯父”，興獻帝爲“皇考”，時仍健在的興獻王后爲“聖母”。在大內爲興獻帝立廟。史書稱“上得疏，爲之心動”，說明這主張，正中嘉靖下懷。於是嘉靖三年（公元1524年），發生了一場浩劫。
嘉靖三年（公元1524年）正月，桂萼的奏疏發下，令羣臣“詳議”。大學士楊廷和見羣奸誤導，嘉靖胡爲，朝事已不可爲，再次請求致仕並獲准。楊廷和立馬打道回鄉。力主尊奉孝宗爲“皇考”的楊廷和這棵大樹一倒，張璁、桂萼精神大振，大禮議的巨浪又迎面撲來。禮部尚書汪俊召集大臣七十三員上疏反對桂萼之見。見廷臣反對的勢力強大，嘉靖急傳聖旨，命在南京供職的張璁、桂萼、霍韜來京。此時，徐階的同僚修撰舒芬按捺不住，開了幾炮，被“奪俸三月”；御史朱制、馬明衡開了幾炮，被杖八十，削職爲民。相繼論救朱、馬兩人的御史季本、陳逅、戶部員外郎林應聰被下詔獄，後都被貶官。緊接着，徐階的同僚修撰唐臬、編修鄒守益據理力爭，結果是“守益出位妄言，姑置不問，餘皆奪俸（停發工資）三月”。
此年五月，接楊廷和位的首輔、大學士蔣冕在首輔的位置上**還沒有坐熱，就要求退休回鄉，接着尚書喬宇致仕回鄉。六月，張璁、桂萼從南京趕到，被破格提爲翰林學士，成了翰林院的主管，徐階的頂頭上司。“考”興獻帝的勢力大增，於是翰林院反了天。修撰楊慎糾集三十六位同僚，反對張、桂進翰林院，恥與張璁、桂萼爲伍，“願貶罷歸”，也就是集體辭職。接着伏門事件便爆發。
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