一年後，多災多難的蘇鬆地區突發大水，吳淞江又嚴重淤塞，沿江八十里，一片汪洋，平原十里，巨浸渺然。豆麥秧苗，無一存者”，災“民如過江之鯽，攜婦將雛，擁入府城。
有人盼海瑞：“當年海大人……”有人責海瑞：“疏浚沒幾年，怎又……”
獨無人看到，此次水災，極爲兇險，十萬災民，命懸一線！
徐階聽得門外喧嚷，不禁又想起當年圍府景象，便問左右：“府外何事？”徐璠告說：“吳淞江淤塞，竟發大水，大街上災民雜沓，嗷嗷待哺。”徐璠話音剛落，徐階便拄杖起身道：“駕舟，璠兒隨爲父一觀究竟。”徐璠阻攔說：“父親耄耋之年，不良於行……”徐階搖手道：“人命關天，爲父怎能安坐？”父子倆駕舟一路行來，但見“十里平疇，頃成巨浸”，浩渺大水中，梁木、盆桶雜用之物，隨水漂浮，無數災民，涉水而向府城奔去。徐階不免嘆息連連。
災民擁入城中，熙熙攘攘，逢人乞討，而官府卻遲遲沒有賑災之舉，富戶鄉官也不似往年踊躍施粥，災民坐臥大街小巷，哀聲動地。
是夜，年已七十有七的徐階，輾轉難寐，他分明知道，此次大災，官府施救無望了。
官府何以不施救，富戶何以不施粥？那就說來話長。
須知明代江南應天十府，自有其自然形成之社會生態，尤其是蘇鬆地區，鄉官多，富戶也多。富戶鄉官盤剝百姓也罷，勤勞致富也罷，每逢饑荒之年，或出於同情，或迫於輿論，都會捐錢捐糧，開粥廠施粥，救災民於水火；而官府則動用府庫錢糧，予以賑濟，這已成一種常態。但到了萬曆七年（公元1579年），情況已大不同。官府庫藏空虛，尚未恢復。當年海瑞疏浚吳淞江，工程款皆地方自籌，甚至寅吃卯糧，蘇鬆庫藏已被掏空，尚未緩過氣來，自然無力賑濟。至於富戶鄉官，則或因退田，或因遵海瑞之令僅留口糧，其餘皆借貸民間，內囊也罄了。
此中內情，徐階心中瞭然。當年海瑞迫富戶貸糧，徐階深知其弊，致書知府衷貞吉稱：“那海瑞爲民的心思很懇切，但他逼迫富戶出借糧米，引來奸詐者趁火打劫，他們把富戶留存的口糧都指爲餘糧，強行借貸，把富民掏空，富民怎麼存活呢？富民不是民嗎？更兼奸詐者今日擁入富戶甲家，明日擁入富戶乙家，富戶掏空，老實貧困的老百姓只能坐以待斃了。這豈不是利奸詐而斃良善嗎？”可見所稱富家，當年也“罄其所有”了。
當晚，徐階披衣掌燈，文不加點，揮毫書寫《上太嶽少師乞救荒書》，懇請時任首輔的學生張居正伸援手，救萬民。在書中，徐階描述了慘不忍睹的水災情景，闡述了“蘇鬆之人，素習耕作，一失農業，便無可謀生”的危害，哀訴了受災百姓希望官府發糧救濟，可是官府的庫藏早已空虛，想到大戶家借糧，大戶家的糧倉早已枯竭，想到鄰縣行乞，可是周邊都遭水淹。肯求朝廷破格減免應徵賦稅，發糧賑災。首輔張居正拆閱《上太嶽少師乞救荒書》，不敢怠慢，立即覆信恩師，稱蘇鬆地區久雨成災，百姓遭溺的原因都是因爲執政者不稱職所致，對海瑞應天之政做了批評，解釋了朝廷遲遲未有舉動實因需要調查受災程度，最後決定減免松江當年稅收一半，地方稅收也減半，馬價銀、顏料銀、馬草銀等苛捐雜稅一概豁免。統計下來，僅松江一府，減徵大米二十二萬石，同時發糧賑濟災民。