嘉靖閱後怒髮衝冠，渾身發抖，竭盡全力把《治安疏》擲在地上，在萬壽宮滿地亂走，大呼：“快快抓來，別讓這畜生逃了！”
說海瑞的《治安疏》不合時宜，怎的不合時宜了？
嚴嵩在內閣凡二十一年，到晚年弊端叢生，一片亂象。其時前後彈劾嚴嵩的不下三十餘人，最爲著名的有“越中四諫”、“戊午三子”，還有楊繼盛等，可謂前仆後繼，壯烈異常。試問此時的海瑞何以不呈上《治安疏》，而偏要待到嚴嵩倒臺？嘉靖四十一年（公元1562年）嚴嵩倒臺之後，四年之間徐階實施“三語新政”，**要官買官之風已殺，嚴氏黨羽大部罷斥，正人君子破格提拔，勸諫嘉靖放寬輿論，言官議政不拘不殺，東南倭平，鹽稅降低，朱衡、潘季馴治河大展拳腳，良好的政治局面初步形成。海瑞爲甚在此時此刻來個《治安疏》引起軒然大波，分散內閣精力，得個直諫之名，於事卻絲毫無補，此中原因，耐人尋味。
此次覽疏，嘉靖暴怒，下旨說：“海瑞，畜生，辱罵皇上有悖爲人臣的道理，着錦衣衛捕獲交給鎮撫司，嚴厲查處幕後主使和他的同謀。”
如果海瑞被論死，寬鬆的輿論又被扼殺，對建言者的殺戒重開，後果不堪設想，徐階不得不集中精力應對。
法司審訊議罪，刑部尚書黃光升進退維谷。不定海瑞死罪，嘉靖定然不依，弄不好三法司也被一鍋端掉；論海瑞死罪吧，自己名節難保。束手無策之際，他又約同張守直、張永亮，同去徐府求救。
徐階正爲此事發愁，見三位法家到，立即延請入府，共商良策。坐停之後，三人大嘆苦經。四個人都想保住海瑞，但無計可施。危急關頭，徐階一反謹慎之態，直截了當授計，說：“與聖上的獨處，我比諸君多，聖上的性格，我也比諸君瞭解爲多。欲救海瑞，爲今之計，勞駕三位，先論死。”三人大吃一驚：“ “
論死？”徐階立即解釋:聖上性疑，凡論擬輕罪，必怒而重處，海瑞必死無疑。擬重罪，反倒冷靜，未必馬上聽從。”於是，三法司議擬海瑞“子罵父律”處死。
當嘉靖從太監黃錦那兒得知海瑞已備好棺材，訣別妻子時，沉默了；又看到三法司“論死”的奏本，覺得法司還是能體會聖心，維護帝王權威的，怒氣稍稍平息。嘉靖反覆取讀《治安疏》，說：“此人可比比干，但朕非紂王。”於是海瑞奏疏“留中”達數月之久，不擬旨批紅就不殺，不殺就有救。徐階贏得了喘息之機。
一波未平，一波又起。因袁煒告病，徐階不願獨自擅政，閣臣又增三人，他們是李春芳、郭樸、高拱。嘉靖有天突然召見閣臣，說想宣佈退位，把皇位讓給兒子。此時景王已死，嘉靖膝下唯獨裕王一個兒子。他說：“海瑞說我不上朝的話沒錯，可朕病得久了，怎能上朝？朕想專事玄修，傳位於裕王，卿等票擬施行。”嘉靖內心劇痛，心力交瘁，撂挑子了！風雲突變。
四位閣臣緊急商議，由徐階擬本呈上：“臣等捧讀聖諭，不勝驚悚！不勝驚悚！海瑞就是孟子所謂的禽獸，《治安疏》不必放在心上，傳位一事，臣等不敢聞。謹將聖諭封還。”
封還當天，嘉靖又下諭旨說：“不依朕的傳位，海瑞帶頭，將來指斥聯不理朝政的大臣會更多。”徐階接第二道諭旨後回家，張氏一見大驚：“老爺斑白的頭髮怎麼全白了？”
幾天之內，徐階鬚髮皆白。郭樸、高拱經徐階薦舉三月份才入閣，內閣的運轉尚不熟諳，李春芳又是個好好先生，如此棘手的大事，只能是徐階全力承擔，加上嘉靖、裕王父子關係疏遠，迄今尚未將裕王冊立爲太子。此番嘉靖撂挑子，朝中大臣不明所以，如果上表擁立裕王，一旦嘉靖震怒，連得裕王的地位也難保。所以徐階不得不全力周旋。
徐階再次復奏，針對嘉靖恐怕今後更多的大臣指斥自己不理朝政的擔心開導說：“海瑞的話，凡是有見識的人，都認爲是狂妄錯誤的，自然不會有人跟着來指斥。”徐階又批海瑞“沽名釣譽”、“不足與他計較”，又稱“主聖則臣直”，結論還是將嘉靖聖諭退了回去。
嘉靖執拗之性大發，第三道諭旨下達，依然要傳位。徐階再次封還，並第三次上奏稱：“臣等捧讀，不勝驚懼！不勝驚懼！”拒絕了嘉靖要求傳位的要求，並懇請嘉靖“勿生疑”。嘉靖三次傳諭，徐階三次復奏，處死海瑞的時間就被延宕下來。對此，嘉靖稍有不滿，曾說：“徐相國庇護海瑞。”
徐階三複疏，終於安定了大局。嘉靖繼續做他的皇帝，海瑞仍然被關押牢中，死亡的威脅遠去了。
這一年，大明軍隊抵禦韃靼的能力得到了提高，俺答進犯，被徐階破格提拔的總兵官馬芳擊退。流竄福建廣東的海寇吳平基本剿平。薊遼總督趙炳然擊敗錫林阿部。但固原、偏頭關兩戰，明軍還是敗北。給事中沈束，拘押十八年，終於釋放。而張居正多了一職，掌翰林院事。
時光荏苒，轉眼到了十一月，嘉靖病重。