嚴世蕃一案，對嚴府的打擊可謂大矣。嚴府諸男，凡有文武官職的，一律查革爲民，發回原籍；嚴嵩畏子欺君，大負聖恩，也革職爲民。
對嚴府實行抄家，追贓銀二百萬兩。一代權相嚴嵩，只得在祖墳旁搭一茅屋，晚景淒涼。嘉靖四十五年（公元1566年），嚴嵩貧病交加去世，留下了“平生報國唯忠赤，身死從人說是非”的絕筆。
誠如徐階所預料，處死嚴世蕃一事，後人之議論頗多。有的讚賞，有的詬病。最著名詬病出於《世宗實錄》的按語，稱嚴世蕃的罪狀，足以判死刑，何必要指其“謀逆”？有失公正。讚譽者則是松江華亭（今上海青浦區）人，神宗繼位拜爲禮部尚書的陸樹聲，他說：“嚴嵩機腸滿腹，急則嫁禍於人，看他擠夏言於死地，他的智謀計策走的是詭邪的一道。最終兒子被殺，家產抄沒，上無片瓦。所以說設計害人者死於自設之機，設邪謀害人者死於自設之邪謀。”功過是非，由他人評說去吧。
嚴世蕃伏誅是在嘉靖四十四年（公元1565年）的四月，徐階得以定下神來，驅方士、佈局政府、治理黃河。
其時嘉靖爲求長生下詔書徵求方術書籍。有個方士胡大順，系真人陶仲文之徒，在宮中施術不驗被逐，更名胡以寧，託同黨獻上僞造的《萬壽金書》給嘉靖。嘉靖問：“其人何術？”“術在扶乩，請祖師呂洞賓卜兇吉。”“其人安在？”身邊的術士藍田玉急傳胡以寧進京，胡以寧到京不久就穿幫。嘉靖情知受騙，與徐階商議此事。徐階稟明嘉靖，扶乩靈驗，皆是通同作弊，力主驅逐。嘉靖一怒，將胡以寧、藍田玉殺了。並下旨京府衛軍，在城內搜捕扶乩惑人的方士，一時間，京城扶乩方士，逃了個罄盡。
禮部尚書李春芳入閣，繼任者董份因屬嚴黨革職爲民，禮部尚書缺額，徐階認定吏部侍郎高拱纔可大用，薦爲禮部尚書。
同年七月，黃河在沛縣（今江蘇沛縣）決口，百姓遭災。查得黃河自碭山而下，兩百餘里故道淤塞。徐階向嘉靖推薦南京刑部尚書朱衡負責治河，得允，乃票擬調任朱衡爲工部尚書兼副都御史。十一月，又薦大理少卿潘季馴爲僉都御史，協助朱衡治理黃河。此二人，後來都成了治理黃河的專家，對治理黃河做出了卓越的貢獻。
徐階萬萬沒有想到剿倭總督胡宗憲出事。其時胡宗憲已致仕閒居，誰知御史抄羅龍文之家，竟然抄到了胡宗憲給羅龍文的書信。原來當年在東南剿倭，受到彈劾，胡宗憲馳書在京的羅龍文，轉告嚴世蕃按下此事。彈劾奏章皇帝是要批覆的，票擬權在嚴嵩手中。胡宗憲深恐嚴世蕃、羅龍文兩個活寶不明情事，就命徐渭徐文長代爲擬了一份批覆，以備嚴嵩票擬時參考。沒料想羅龍文不曾銷燬，被抄了個正着！妄自擬旨，罪該萬死。但嘉靖還是記着胡宗憲剿倭大功，只命逮至京師，徐階自然更不想流血，暫將胡宗憲拘在獄中。誰知此信曝光，人人都將胡宗憲視爲嚴黨，胡宗憲憤慨之極，一代名將竟病死獄中，應着了當年王翠翹的預言。徐文長知情大恐，逃回紹興，佯狂避罪。
徐階正焦頭爛額之時，戶部主事海瑞不合時宜地上了道奏本《治安疏》，指斥嘉靖“一意修真（齋天），竭民脂膏，濫興土木，不上朝，法紀鬆弛，不見兒子，父子情薄，不見羣臣，君臣情薄，不住內宮，夫婦情薄，吏貪將橫，民不聊生……”總之，“陛下之誤多矣”，希望“幡然悔悟”，否則“勞苦終身而無成也”。同時稍帶指責徐階“嚴嵩罷官之後，仍未看到力挽弊政的執政大臣”。