陸軍整編完，接下來就是海軍了，朱慈炅對海軍的建設歷來都相當的重視，因爲這個時代是大航海時代，陸上力量再強都是假的，列強只要控制了海洋，到處開拓殖民地，搜刮財富，就算是用銀子砸，也能把你砸趴下！
可以說海上爭霸才是這個時代的主題，但是大明由於倭寇肆虐的原因實行了一百多年海禁，海軍實力急劇萎縮，到朱慈炅接手的時候，大明水師連明初都不如，更別說兩百多年前鄭和下西洋那段海軍巔峰時期了。
好在大明海軍力量雖然薄弱，但是造船的底子還在，火炮技術跟上來以後建造超級戰列艦壓根就不是問題，經過這幾年的發展，大明海軍的力量成爆發式增長，已經擁有超級戰列艦一百艘，福船戰艦一千多艘，各式小型戰船將近三千艘，更有巨無霸級的寶船鉅艦三艘，可以說已經具備了與列強海上爭霸的實力。
而且，在朱慈炅的主持下，大明造船行業也得到飛速發展，東大營的造船廠已經達到年產一百艘超級戰列艦和五艘寶船鉅艦的能力，而現在正是年底，今年的一百艘超級戰列艦和五艘寶船鉅艦馬上就要交付了，正是整編海軍的大好時機。
在朱慈炅的規劃中，海軍軍團同樣分爲三等，但現在就光有南洋水師和北洋水師兩個一等軍團，二等軍團和三等軍團都是空白，不過三十萬新招的水軍經過兩年多的操練倒是基本能操作戰艦了，所以朱慈炅決定將其整編爲三個三等軍團，而且他還準備再組建一個海軍預備軍團，至於主將就只能在南洋水師和北洋水師裡面提拔了，經過一段時間的深思熟慮之後，大明海軍的整編計劃終於出爐了。
首先，將新生產的一百艘超級戰列艦全部裝備給南洋水師和北洋水師，這樣兩個水師都擁有了一百艘超級戰列艦，組成了純戰列艦的超級艦隊，至於淘汰下來的福船戰艦則用來組建三等軍團，名字朱慈炅也想好了，分別是北海艦隊、東海艦隊和南海艦隊，新生產的五艘超級戰列艦則配給五個艦隊司令作爲旗艦，另外再招十萬新兵作爲預備軍團，駐紮在南大營操練，具體人員和裝備配置如下：
一等軍團北洋水師，司令正一品五星上將黃龍，炮兵五萬，水兵五萬，裝備寶船鉅艦一艘，超級戰列艦一百艘，炮兵每人配備左輪手槍一把，手雷兩顆，水兵每人配備轉輪步槍一把，手雷五顆。
一等軍團南洋水師，司令正一品五星上將鄭芝虎，炮兵五萬，水兵五萬，裝備寶船鉅艦一艘，超級戰列艦一百艘，炮兵每人配備左輪手槍一把，手雷兩顆，水兵每人配備轉輪步槍一把，手雷五顆。
三等軍團北海艦隊，司令正三品一星上將楊耿，炮兵一萬，水兵九萬，裝備寶船鉅艦一艘，福船戰艦五百艘，其他各類小型戰船一千艘，炮兵每人配備左輪手槍一把，手雷兩顆，水兵每人配備二四式燧發槍一把，手雷五顆。
三等軍團東海艦隊，司令正三品一星上將陳暉，炮兵一萬，水兵九萬，裝備寶船鉅艦一艘，福船戰艦五百艘，其他各類小型戰船一千艘，炮兵每人配備左輪手槍一把，手雷兩顆，水兵每人配備二四式燧發槍一把，手雷五顆。
三等軍團南海艦隊，司令正三品一星上將鄭興，炮兵一萬，水兵九萬，裝備寶船鉅艦一艘，福船戰艦五百艘，其他各類小型戰船一千艘，炮兵每人配備左輪手槍一把，手雷兩顆，水兵每人配備二四式燧發槍一把，手雷五顆。
水師預備軍團，司令正三品一星上將鄭明，炮兵五萬，水兵五萬，駐紮在南大營水師基地訓練火槍、火炮和戰艦的操作並負責東南防線所有棱堡和炮臺的駐防，至於裝備，火槍只能讓他們用北洋水師和南洋水師淘汰下來的二四式燧發槍了，火炮也只能用棱堡和炮臺上的火炮了，戰艦那就只能看五大軍團整編之後還剩下多少了！
經過整編之後，大明的水師將顯露出無敵海軍的雛形，當然，離真正的無敵還有一定的差距，依大明水師整編後的整體實力也就與現在的荷蘭海軍大致相當，甚至還差那麼一點點。
當然，這是在不算殖民擴張的情況下，如果大明開始殖民擴張，就必須派駐艦隊駐守殖民地，到那個時候，戰艦分散於世界各地，這點戰艦有也相當於沒有，因爲依現在這航行速度，派出去的艦隊半年能回來就算不錯了，如果發生什麼戰鬥，根本就指望不上。
大航海時代就存在這樣一個致命的問題，你要不去開拓殖民地那就只能呆在家裡看着人家搶錢，看着人家壯大，最後必定會將你踩在腳下，你要是去開拓殖民地，到處都要戰艦駐守，戰艦數量好像永遠都不夠！
這個問題在風帆動力時期好像是個怎麼都解決不了的絕症，要知道荷蘭鼎盛時期可有各類遠洋艦船一萬五千多艘，數量是世界上其他國家所有艦船總數的三倍，就這他們還是被英法打敗了！
當然，大明與荷蘭不一樣，因爲荷蘭還有另外一個致命的缺陷，那就是他們人口數量太少了，荷蘭現在的造船能力應該是遠超大明的，因爲他們1588年才獨立，到現在纔不到五十年時間就造出了一萬多艘能遠洋航行的大船，這證明他們每年最少能造出兩百多艘大船，那他們得超級戰列艦爲什麼這麼少呢？
主要原因還是因爲他們人太少，那個時候荷蘭整個國家總共才一百多萬人，如果一萬多艘都是超級戰列艦，那將是什麼情況，一艘超級戰列艦可有一百多門大炮，光是炮兵就需要三四百人，其他維持帆船航行的起碼還需要一百來人，這樣算下來，荷蘭將舉國上下所有人全部搬到超級戰列艦上都沒用！所以他們只能維持兩三百艘超級戰列艦的數量，再多，造出來也沒人操控。
當然，大明是不存在這個問題的，就依大明現在的海軍數量，操控一千艘超級戰列艦都綽綽有餘，現在只是個時間問題，大明需要時間積累戰艦數量，只要給大明十年時間，海軍無敵那也不是不可能的！