雖然李成樑己經解職，但是努爾哈赤和李家仍然保持密切聯繫。
萬曆二十年抗倭援朝戰爭爆發後，李成樑的長子李如鬆率軍赴朝作戰。努爾哈赤申請派兵跟隨李如鬆入朝，明廷沒有批准。
努爾哈赤爲什麼要申請赴朝作戰，是誰出的主意，朝廷爲什麼不批准，不得而知，但是這件事情充分顯示了努爾哈赤與李家不同尋常的關係。
此外，努爾哈赤的侄女嫁給了李成樑二子李如柏爲妾，並生有一子，努爾哈赤與李家好上加親。
萬曆二十五年冬，李如鬆從朝鮮戰場得勝歸來，接替董一元任遼東總兵，海西四部一看努爾哈赤的靠山回來了，急忙見風使舵，一同派出使者到費阿拉向努爾哈赤謝罪，他們的使者對努爾哈赤說：“以前是我們不對，以至兵敗損名，從今以後，我們要和好如初，互相結親。”
第二年四月，蒙古土蠻寇犯遼東，李如鬆率輕騎遠出搗巢，中伏戰死，其弟李如梅接任遼東總兵。也許是受到李如鬆戰死的影響，李如梅變得明哲保身，很少出戰，不久因“擁兵畏敵”之罪被撤。
萬曆二十九年，李成樑老樹開花，以七十五歲高齡，再次出任遼東總兵，在遼東又鎮守了八年。
努爾哈赤利用這一段時間取得了對海西女真的絕對優勢，滅哈達、輝發、蠶食烏拉，兼併女真的野心逐漸暴露。
萬曆三十四年，李成樑放棄六堡，把居民遷到內地，部分居民不肯離去，李成樑派兵驅趕，殺死不從令者，李成樑卻以招復逃人爲名向朝廷報功，增秩受賞。
對於放棄六堡這件事，大多數人持否定態度，認爲這是李成樑自毀長城，將八百里國土拱手讓於努爾哈赤，是賣國行爲。但從另一個角度看，李成樑此舉也是爲了遏制努爾哈赤。
明朝遏制女真的手段主要有二：一是經濟手段；二是軍事手段。
李成樑與努爾哈赤的特殊關係，不可能撕破臉皮大打出手，只有採取經濟手段。
六堡作爲明朝與女真的結合部，是漢人與女真人聯繫的橋頭堡，明朝先進的生產力和先進文化通過六堡傳到建州女真地區，客觀上促進了建州女真的發展壯大。
這種促進不僅體現在經濟文化上，也體現在人口素質上。六堡地區經過幾十年的發展，人口不斷增加，己經達到六萬戶，人口在二十萬以上。建州人口稀少，一旦打仗就沒有人從事生產，極其需要人員來發展生產，擴充隊伍，因此人口對建州來說是很寶貴的財富，隨着努爾哈赤佔領的地盤越來越大，這種需求也不斷增長。
建州女真地廣人稀，物產豐富，吸引了不少漢族人逃往建州，建州女真人漢化程度較高，與漢人隔閡很小，對於來自天朝上國的漢人，並不排拆，努爾哈赤更是從小與漢人打交道，能識漢字，說漢語，常與漢人打成一片。
大量漢人逃往建州促進了建州經濟和軍事力量的發展和人口素質的提高，這也是建州女真能夠迅速發展壯大，超過海西女真的重要原因。
明朝嚴令禁止漢人逃往女真人地區，要求女真人將逃亡的漢人遣回，朝鮮史書記載，努爾哈赤曾經多次“刷還人口於撫順”。
但是隨着六堡人口的增多，逃逸人口也不斷增加，很難進行有效的管理，另一方面，努爾哈赤翅膀變硬以後，不如原先聽話，能否繼續“刷還人口”，很難保證，唯一的辦法，就是將六堡的漢人遷回。
放棄六堡的另外一個重要原因是李成樑擔心女真對六堡發起進攻，六堡軍事力量弱小，主要功能是生活區，很容易招致攻擊，一旦被攻擊肯定會造成巨大損失，而李成樑將會因此獲罪，一世英名，毀於一旦。
後來的事實證明，像撫順、清河、開原、鐵嶺這些比較大的城市都被努爾哈赤輕易拿下，六堡更是不在話下。
總之，六堡的存在，只能促進女真尤其是建州女真的發展，而對我方則是一個定時**。因此李成樑纔會採取強制手段，不惜殺人，也要放棄六堡。這也說明了李成樑雖然對努爾哈赤的崛起負有不可推卸的責任，但是他並沒有完全放棄自己的職責。
李成樑放棄六堡，標誌着努爾哈赤己經強大到難以控制，對明朝形成了威脅，而李成樑對努爾哈赤的態度也從扶持利用轉變爲防範，對於努爾哈赤來講，李成樑也漸漸從靠山變成了絆腳石，許多事情，還要顧忌李成樑的觀感。
努爾哈赤的崛起除了與李成樑的縱容和支持有關以外，也與明朝統治集團內部的黨爭有直接關係。
萬曆二十九年，李成樑第二次任職遼東的時候，黨爭己經日趨激烈，李成樑對於廟堂之爭不感興趣，他只想做他的東北王。朝臣對李成樑也不感興趣，因爲他地處偏遠，是地方官，遠離權力中心。李成樑和他所負責的遼東問題都被邊緣化。這爲李成樑實行“綏靖”政策提供了條件，而努爾哈赤正是利用這段時間悶聲發大財，逐漸坐大。
萬曆三十六年，明**再次罷免李成樑，並對後金實行經濟封鎖，停止了朝貢，第二年又關閉了市場。
這麼做雖然起到了遏制努爾哈赤的作用，但也爲努爾哈赤搬掉了李成樑這個絆腳石，使他不再投鼠忌器，擴張的腳步邁得更快。
此後幾年，努爾哈赤吞併烏拉、攻打葉赫、歸服東海女真，定八旗制，建都赫圖阿拉，基本上完成了對的女真統一。
萬曆四十四年（1616年）正月，李成樑死後幾個月，努爾哈赤在赫圖阿拉稱汗，建立“大金”政權，建元“天命”。
他還是很給李成樑面子的。