女媧文化演變史上有一個奇怪的現象，許多學者有意無意的曲解女媧性別和身份，讓女媧傳說變得神秘和矛盾，其中最爲啼笑皆非的莫過於把女媧說男性。這種做法在清代最爲頻繁。
例如清人陳康祺《郎潛紀聞》說:金秦檜門宗伯，奉命祭祀古帝王陵，回奏女媧聖皇，於是陵殿塑個像，村婦女都去祭祀，很驚訝看到聽到命令有關部門整頓。奉聖旨照所議行。康祺論斷:婦女祭祀，原本屬於禁止命令。若說女媧氏是男、是女，那茫茫太古時代，荒幻難考察，百家紀說，更多錯誤……古書籍大都指向爲女身的很多，但是怎麼知道這不是互相附會。並且將婦女做爲天子，道德正義有違於當今陽剛，恐怕會被後世流傳垢弊，就如同唐朝人曾用這貢奉獻媚武則天。聽說從宗伯奏報後，河南地方官員擬改爲男人像，臣的意思也類似不安。據《列子》注說:"女媧是古代的天子。"只有採取他的意思更換形象，裝飾是木材爲主，而刻寫說:"古代皇女媧"，就可以稱對正並且典禮也不荒廢了。讓知禮的清楚本質。
這則筆記反應了多方面的信息:一是清朝婦女地位低下，連祭祀都是駭人聽聞的行爲;二是女媧是衆多婦女心目中有至高無上的神祗，她們甘願犯禁受罰也要祭祀女媧，女媧信仰已經深入人心。
朝廷強行禁止女媧崇拜，也有不得已的苦衷:婦女祭祀女媧很可能點燃壓抑千年的女權激情，進而破壞男尊女卑的社會秩序。
對女媧性別，陳康祺只是懷疑，而趙翼的《陔餘叢考》乾脆說"有男人而女名者。如帝有女媧氏"同書《女媧或以爲婦人》說:女媧，是遠古的聖明帝王，上古沒有文字，但是用音節呼叫，後面的人因爲讀音而貼上字，正好得到這個"女媧"二字，當初最早並不是因爲她是女人，所以加上這稱號的。《風俗通》說:女媧祈禱祭祀上天，爲女子婚姻設置行媒從這裡開始。《路史》因爲這個，記載女媧輔佐太昊，對蒼天祈禱，而充當婦女，訂正姓氏，職位婚姻，這就是神媒。那麼女媧也只系創設婚姻媒人的人，而不能是女子的。於是後人根據女媧的名字，於是有認爲女人的。王充《論衡》引董仲舒的說法:久雨不止，就去祭祀女媧。按照董仲舒的思想，因爲女媧爲古代的女性帝王，男人屬陽女人屬陰，兩股氣息(不調)造成危害，所以祭祀女媧以求保佑了。王充又說:現 在一般圖女媧大多是婦女的形象。所以女媧被謠言傳說是女人，這來歷便久了。
趙翼的言論有意曲解女媧性別，沒有提供女媧爲男性的證據，臆斷女媧非女，曲解古文。創置婚姻媒妁就不能是女人--這種邏輯不可靠。他還把已經去世一千六百多年的王充也拉來"佐證"。
不過王充也有醜化女媧之嫌:"久雨不止，祭祀女媧"，在禮節上有什麼見地。伏羲、女媧，都是聖人一流，捨棄伏羲去祭祀女媧，《春秋》不說原因。一般畫女媧的形象，是婦女的形象，同時又稱她爲"女"。董仲舒的思想，大概認爲女媧爲古代的女性帝王。男人屬陽而女人屬陰，陰氣造成危害，所以祭祀女媧求福保佑了。
王充揣測董仲舒祭祀女媧的意圖，因爲女媧的女性身份造成陰陽不調進而導致乾旱災害，祭祀她的根本目的不爲求福而爲避害，這裡的女媧儼然凶神惡煞，災禍之源。
曲解女媧傳說的做法是改變女媧的身份，設法把她從獨立女神降格成依附於伏羲的對偶神。先秦時期就有女媧造物傳說，秦漢明確記載女媧煉石補天，雖把女媧和伏羲相提並論，但未說二神有什麼特殊關係，女媧神系是獨立自主的行爲。
到了東漢，《風俗通》讓女媧伏羲成了兄妹，唐代的盧仝說"女媧本是伏羲婦"，兩人結爲夫妻並生兒育女，這種說法看似理所當然，卻又與人民廣泛接受的傳統觀念格格不入，女媧既是媒妁之神，親自制定了"男婦同姓，其生不蕃"的婚姻制度，卻又自身"知法犯法";既有摶土造人的本領，也不需依靠兄妹結婚孕育人類。
該是時人已經發現了這個矛盾，晚唐李亢發揮想象，在《獨異志》裡爲二人成婚製造了合理的細節:上天如果讓兄妹兩人是夫妻，雲聚攏;如果不讓，雲散開。"於是雲煙馬上就合在一起，妹妹就來到哥哥身邊，於是結草爲扇，以擋住兩人的臉。現 在人們娶妻拿着扇子，就是這樣的例子。
需要注意的是這裡並沒有說"兄"就是伏羲，作者也知道二人並列三皇，強行婚配有傷大雅。況且當代已有伏羲女媧爲夫婦的傳說，雖然語焉不詳讀者自然會合二爲一，李亢之狡黠可見一斑。用合理情節設置成功掩蓋了新作品與舊傳說的矛盾，把"娶婦執扇"的風俗附會到女媧身上，成功的把女媧伏羲結成夫妻。
這些學者緣何煞費苦心的曲解女媧性別和身份。醜化女媧是爲凶神、變女媧爲伏羲妹發生在東漢，正值儒家思想發揚光大，"天尊地卑，男尊女卑"廣泛普及的時期，再加上兩漢政治一大特色是經常性的太后垂簾，外戚秉政。對女主執政黑暗統治的深刻恐懼使女媧遭受牽連，對外戚秉政的司空見慣又讓"二皇"結成兄妹。