《大秦秘史》是一部大男主文，大秦國先帝與其皇后伉儷情深，先帝不惜代價廢了後宮，獨寵皇后。
朝陽公主是先帝和先皇后的長女，大秦尊貴的長公主，從小被嬌寵，性情活潑任性，從小和太子也就是男主秦君屹學習權謀，還偷溜出宮和將軍學武，一來二去倒是和小將軍兩小無猜。
直到北翼來犯，西越暗中幫助，先帝御駕親征，戰死沙場，先皇后殉情，小太子登基，邊境戰事未平，朝堂之上派系分明，保皇黨式微，小皇帝又年幼。一時之間，大秦實力大退，內憂外患。
朝陽公主褪去了頑劣，強勢入了朝堂給幼弟掃平障礙，昔日活潑的長公主也才十六歲啊，臉上再沒了笑容。
老將軍戰死，朝中無可用之將，朝陽公主差點掛帥出征，小將軍卻主動請纓。
小將軍出征前夕，兩人互訴衷腸，約定局勢穩定就在一起。
小將軍一路北下，北翼節節敗退，西越見勢不妙早就退出戰爭，明哲保身。
小將軍要拿下北翼當做聘禮，他的姑娘配得上最好的。
小將軍征戰的這三年朝堂保持着一種微妙的平衡，丞相爲首的激進派忍不住了，以幼帝的安全威脅朝陽公主，朝陽公主被迫和親。
可這般女子，恐對大秦不利，丞相等人合謀要在和親途中殺害朝陽。
那日，十九歲的朝陽公主和九歲的小皇帝說：“小屹，阿姐再也不能護着你了，要快點成長起來啊。”朝陽一改往日的嚴厲，眼裡滿是慈愛不捨。自此一別，怕是陰陽兩隔了，朝陽何其聰明，自然明白那羣人不可能讓她活着。
朝陽留在宮裡的人僅剩一個李公公了，從此以後小皇帝就是孤身一人了，丞相想挾天子以令諸侯，把小皇帝架空，小皇帝沒了阿姐以後迅速成長，從之前在阿姐身後到獨當一面，他隱忍了九年。
他爲阿姐報了仇，和小將軍一起，小將軍拿下北翼回到大秦聽到了什麼，他的姑娘沒了，那他該怎麼辦，對了，他要守護好大秦，幫助小皇帝，爲她報仇。
小將軍一夜白頭，卻愈發狠厲，沒了朝陽，他不過行屍走肉。
他們的勝利也離不開女主宋硯，宋硯一家忠臣，卻被滿門抄斬，女扮男裝入朝堂，只爲替家人翻案，卻捲入了更大的漩渦，她遇見了更大的陰謀。
再三斟酌，她加入了小皇帝的陣營，她知朝堂之上一步錯，步步錯，丞相雖是她的仇人，但他太過強大，原本只想翻案，深入朝堂才知難如登天，她賭一次。
小皇帝韜光養晦，麻痹敵人，九年來端的是不學無數，沉迷女色，甚至爲了迷惑敵人出口侮辱阿姐，夜裡卻抱着朝陽公主的遺物哭泣。連李公公都騙過了，李公公恨鐵不成鋼，當着衆臣的面都敢打皇帝，大罵昏君，說他對不起朝陽公主，小皇帝心如刀割，阿姐，是他害死的啊，他卻因爲局勢連給阿姐下葬都不能。
小將軍在朝堂上到處樹敵，爲其分散戰火。
宋硯則八面玲瓏，與誰都交好，收集證據。
九年後朝堂肅清，丞相下臺，小皇帝立宋硯爲後，happy ending。
朝陽公主被追封爲秦王，以軍禮下葬。
以國號爲封號，無人有異議，朝陽公主她擔得起，百姓無不惋惜，小將軍在朝陽公主下葬的那天服毒自盡，小皇帝聽了此事紅了眼眶，封其爲鎮國將軍，爲兩人賜婚合葬。
他的阿姐，本該是世間最幸福的女子啊，本該無憂無慮的長大，然後嫁給深愛的將軍。
後來，秦君屹和宋硯生了一對雙胞胎，兒子取名秦衍，女兒取名秦朝陽，希望她能替朝陽無憂無慮一回。她走的時候才十九歲啊。
宋硯雖沒見過朝陽，但她對這個未曾謀面的姐姐很是欽佩，沒有她，也就沒有如今的大秦。
無憂公主那是打小被寵到大的，和朝陽公主小的時候一模一樣，和朝陽不同的是她一直如此，後來嫁給了成安侯世子，也是被寵上天，夫妻和睦，一世無憂。
後來無論哪朝哪代，封號朝陽的女子，無不是對國家有巨大貢獻的女子。
秦朝出現了朝陽公主和宋硯這麼兩個奇女子，女性地位上升，女子也可參加科舉考試入朝爲官。
宋硯和秦君屹的夫妻情深，朝陽公主和小將軍的生死相許，也影響着人們都愛情觀，自那以後，一夫一妻制流行，婚姻也逐漸不再是父母之命媒妁之言。
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這就是大秦的故事