1、中央
東漢中央政府的官員分省官、宮官、外官三大系統。內官、外朝的區分古已有之，而在宮廷之中，皇帝日常起居的區域稱省中（亦稱“禁中”），因此內宮官員中又有宮官與聲官的區分。
在皇帝身邊執役、照顧皇帝日常生活的是宦官，省中的宦者均隸屬黃門令管轄。省內的禁衛工作亦由宦官但任。
尚書檯是皇帝的秘書機關，其官署設在宮廷之內、禁省之外。它的主要執掌是管理章奏文書、起草詔令，但實際上政務都由上書擡代表君主執掌，權力極大。上書檯設長官（令）一人、副長官（僕射）一人，下設尚書六人分十八人。溝通上書檯與皇帝聯繫的官員有侍中、中常侍、黃門侍郎等。其中，侍中由士人充任；中常侍、黃門侍郎則由宦者承擔。侍中有事才入禁省，中常侍、黃門侍郎則日常居住在省中，因此，雖然三者之中侍中的級別最高、中常侍次之，但與君主的親密程度，則以中常侍爲最。宮內省外的禁衛工作由九卿中的光碌勳與衛尉負責，光碌勳偏於內，衛尉偏於外。光碌勳下屬五官、左、右、虎賁、羽林等五名郎將，中郎將以下有中郎、侍郎、郎中等官。光碌勳的禁衛力量是郎官，衛尉的禁衛力量是武裝衛士，所以，衛尉在宮衛事務中的地位相當重要。
外官主要有三宮九卿，他們是中央政府的主要行政官員。
三宮指太尉、司徒、司空，他們的品級最高，名義上的職責是輔導皇帝主持國家政務；三公之上還有太傅，其職責輔導皇帝，但不常設。東漢的實際政務都同屬尚書檯，因此，三公、太傅如沒有“錄尚書事”的頭銜，就是沒有實權的虛職。三公的屬官有長史一名，掾屬、令史、御屬各二、三十名。其中，長史是三公的主要副手，掾、屬是分管具體事務的部門負責人（掾是正職，屬是副職），除長史由朝廷任命外，其他屬官均由三公自行聘用。
九卿是太常、光掾、衛尉、太僕、廷尉、大鴻臚、宗正、大司農、少府。他們各自分管的政務是：太長掌典禮，光碌勳、衛尉掌宮省禁衛，太僕掌皇帝車馬，廷尉掌司法，大鴻臚掌接待諸侯與少數名族，宗正掌皇族事務，大司農掌國家財政收支，少府掌皇帝器用服飾。九卿各官的長官是卿，副職爲丞；其下分設各官管理具體事務，大體以令爲正職，丞爲副職。
與九卿級別相當的外官（亦稱“列卿”）還有執金吾、將作大匠、大長秋等。其中，執金吾負責宮廷之外、都城之內的治安（都城門另有城門校尉負責守衛），將作大匠負責宗廟殿堂、宮室陵園等土木工程，其副手爲丞，下屬的部門負責亦以令爲正職，丞爲副職；大長秋主管皇后事物。性質與就卿中的少府類似，由宦者擔當。皇位繼承人太子正式確立之後，有專門隸屬太子的東管宮。其設官大體與政府類似，但分級沒有後者細密。東宮官職均冠“太子”，如太子太傅、太子少傅、太子家令等。
在軍事方面，相當三公的中央高級官員有大將軍、驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍，相當九卿的有前、後、左、右將軍，均不常設。其屬官與三公相同，唯在長史之下另有司馬一人，主管軍務；從事中郎二人，職掌參謀，均由朝廷任命。將軍直接領兵的，在部、曲、屯等建置上分別設校尉、司馬、軍侯、屯長等統兵官。
常備軍由中央與地方軍（郡國兵）組成。中央軍中，京師衛戍部隊由城門校尉統領，野戰部隊（北軍）由北軍中侯統領。北軍下轄五個兵種的部，番號分別爲屯騎（騎兵）、越騎（特種兵）、步兵、長水（水軍）、射聲（弓箭）。長官爲校尉，副職司馬。全軍總數約五千人不到。北軍平十卒駐屯在京城長管君主宿衛、助理首都治安，發生戰事就成爲組建出徵步槍隊的核心。地方上的郡國兵經東漢初期多次裁撤、削減，只剩下邊郡與內地關隘的少數駐軍。遇有戰亂，都是臨時募兵或抽調京師北軍出戰。
2、地方
東漢的行政區分爲郡（國）、省二級。郡之上還有監察區性質的州。
州的長官爲刺史（中平五年改稱州牧；京畿地區的司隸部長官特稱校尉），其主要職責是巡察下屬郡國政務，年終遣吏到京城向司徒府彙報（上計），劾奏不稱職的郡國長官。屬官有從事（亦稱掾史）、假佐。從事有治中從事、別駕從事、簿曹從事、兵曹從事、部郡國從事等，均由州長官自行聘用。治中別駕是州長官的主要助手，在從事中地位最高；簿曹掌文書；兵曹掌軍事，僅在有軍務時設；部郡國從事，每郡國一人，負責糾劾郡國長官、按治郡僚屬，其地位僅次於治中、別駕。假佐是州長官的低級屬官，主管文書，其中的典郡書佐分管州所屬郡國的有關文書，每郡一人，由郡史輪流充當。
郡的長官稱太守（因太守兼領武事，故別稱郡將；州治所在郡的長官稱尹），根據郡的大小、沒惡，太守的級別有中二千石至八百石六級。郡內原設有專掌軍事的都尉，在建武六年之後，邊郡常設，內地大多不設。每郡的都尉，爲一至五千人不等。都尉在一人以上時，在郡之下分設都尉轄區。有時，在不足設郡的地方，亦設置過渡性的都尉區（屬國都尉）進行管理，其性質相當小郡。郡太守助手爲郡丞（邊郡爲長史），由中央任命。此外，郡府的僚屬有：功曹，掌管郡內一切人事；主簿，掌管文書；督郵，主管糾察屬縣、監管本郡官民；掾、史‘，分曹辦理郡政，掾爲正職，史爲副職，每曹有辦理文書的書佐。又設三老，幫助推行政施和教化。郡府僚屬由郡太守自行聘用，其的位以功曹最高，依次爲主簿、督郵等。郡都尉的僚屬與太守類似，亦由郡都尉自行聘用。
分封給諸侯王的郡稱國，其行政級別與郡相等。王國的官屬分兩個系統，一是類似於郡官的民政系統，有相（相當太守）、長史（相當都尉），其屬官亦與郡大體相同；一個是管理諸侯王生活、禁衛的官屬，如郎中令（相當光祿勳）、僕（相當太僕）、治書（相當尚書）等。此外，王國還設有類似於太傅的傅，負責輔導諸侯王，級別等同於王冠相。
分管少數民族的使匈奴中郎將、護烏桓校尉、護羌校尉，級別與郡太守相當，其屬官有從事、掾，無定員，根據事務多少而設。
縣的長官爲縣令或縣長，級別從千石至三百石不等。下設屬官有；丞一人，管理文書、倉獄；縣尉一至二人，管理治安；主簿、功曹、掾、史，均與官類似；三老，掌教化。縣的長官由朝廷任命，但州郡也可以過問縣的人事，縣長官或丞、尉出缺又無合適人選的，上級機關可派出屬官或另行任命他人代理。縣長官的行政事務，受郡府的監督，每年年終要向郡長官彙報功作（上計），聽侯考覈。
分封給列侯的縣稱侯國，其行政級別與縣相等。侯國的官屬也像王國一樣分兩個系統：主管民政的是國相，相當於縣令或縣長，僅負責向列侯交納租，行政上則聽命於郡；列侯的家臣有家丞、庶子各一人（不滿千戶的侯國不置家丞）。
此外，與縣的級別相當的地方行政單位還有道（境內有少數民族的縣）、邑（封賜給公主的縣）及郡所設的鹽官、鐵官、工官、都水官。道、邑的官屬與縣、侯國差不多，郡在縣境所設鹽鐵工官等，由縣暑調撥屬官理事，不另外設置官屬。
縣以下的行政單爲有鄉、亭、裡，大體是百戶爲一里，十里爲一停，十亭爲一鄉。鄉的長官爲秩、嗇夫，令有遊徼掌治安、鄉佐收稅、三老掌教化；亭設亭長主管治安，令有亭侯、亭卒；裡的長官爲裡魁。鄉、亭、裡的官員一般由郡、縣等上級機關任免。
3、東漢末年的變化
（1）建安十三年罷三公官，設丞相，由曹操但任。其官屬設置與三公略同，以服務於軍事的居多，如領軍、護軍、軍師、軍師祭酒、軍謀掾等；長史之下設有主簿，約爲三至四人，負責典掌機要，出納教令。此外，還設過校事一職，用以監督臣下。
（2）常設四徵（東南西北）、四鎮（東南西北）將軍，地位相當九卿，官屬設置與領兵的將軍相同。
（3）地方上的州正式成爲郡以上的行政單位，掌有行政實權。
（4）曹操被封爲魏王后，曾設秘書監、丞以統轄上書奏事。這是上書檯流爲一般政務機關的先兆。