進入六月後，江南也進入了一年雨水最多的時候，尤其的江浙地區暴雨接連不斷，江河湖水暴漲，雖沒有釀成大災，但也有幾處險工出現險情。趙昺一邊接連下旨詔令地方統計災情，發放賑糧，一邊令沿江駐軍停止對江北的襲擾，轉入協助地方抗險救災，同時派員到災區視察，督促救災工作。
趙昺也暫時放下手頭的事情，乘船沿運河視察防汛工作，指導救災工作，在六月底纔回到臨安宮中，又忙着處理了些緊要的事情，纔算喘了口氣。可讓他失望的是劉黻舉薦的陳普稱自己已經老邁，且學識淺薄，難以勝任陛下重託，婉拒了出任科學院學監的職務。
不過趙昺很快得知陳普其實並非不想重新出仕，其在劉黻的力邀下也興致勃勃的入京，但他卻沒有貿然答應，而是提出要先行考察一番再做定奪，劉黻答應提供方便，且派人陪同其參觀了大內匠作坊，軍器監所屬的工坊及處於籌建階段的科學院，當然騎兵旅的沼氣系統也是必遊之地。
沒想到本來還頗爲自信的陳普在參觀完畢後，態度便逐漸曖昧起來，臉上的傲氣也變成了喪氣。尤其是‘拜讀’了小皇帝編撰的幾本有關算學的小冊子，驚爲天人，自己鑽研了這麼多年的問題，在這裡只是最爲普通的基礎知識，而得知這還只是陛下在十幾年前在崖山閒着無事的時候用於教導侍衛的時候，更是極爲沮喪。
再想想在軍器監看到的水利機械設備，在船場看到的一艘艘設計精巧的戰船，巧奪天工的沼氣系統，而自己引以爲豪的漏壺簡直就如同小孩子的玩具一般，陳普知道只要小皇帝願意，就能造出比之更爲精巧和準確的工具。讓他更爲歎服的是陛下小小年紀對於算學和自然、地理深厚理論功底，自己是拍馬不及。
再三思索後，陳普修書一封給劉黻，其中除了對於小皇帝學識的欽佩外，自己也做了深刻的反省，認爲他已成井底之蛙，若是擔當此職纔是誤人子弟，實不敢赴任，只能辜負陛下的重託。之後便帶着所能收集到相關陛下的‘著作’不辭而別，悄然返鄉。
陳普這一走，算是又給趙昺出了個難題，自己也沒打算讓其搞研究，只是想找個內行來領導，可其卻覺得臉上無光，自慚形穢的溜了，連個談話的機會對沒留給自己，一切又都回到了從前。他想想，當前社會可能沒有人能比自己更精通了，而這些士人們又死要面子，尤其是在做學問上，乾脆還是自己做吧！
趙昺知道在當下官方研究算學主要運用於天文曆法的推演計算，這也算是學而致用，在宋代也不例外，算學往往與天文苑、司天監等機構融合起來。他琢磨了下，物理和化學及地理也大致能算在一個體系，於是他決定以司天監和科學院的預科班爲基礎組建自然天文監，以此爲依託進行科學研究，並將歸於內監管理，由他進行指導，同時下詔在天下徵辟在這些領域有所長的能人異士，且不論出身和職業，只要有真本事就好……
這天午後，一場大雨又如期而至，雖然帶來了清涼卻讓屋子中悶熱難耐，讓批閱公文的趙昺依然是汗流浹背，覺得悶的喘不過氣來，連飲了幾杯涼茶也難以消去心中的燥熱，索性令人連書桌帶公文都搬到四面亭中，那裡四面透風起碼不會覺得悶的慌。
烏雲壓頂，風狂雨急，豆大的雨點敲打着湖面，四面亭此時就如同漂浮在海面上的小舟，但趙昺卻靜下心來，能夠更爲專注的批閱公文，爲了防止公文被風吹走，王德在旁小心的伺候着，一邊將批閱完畢的奏章收好，一邊又將新的公文用鎮尺小心的壓好。
“蒙元賊酋真金下旨調伯顏回京，隨後令其仍以尚書右丞的身份陪同三王子鐵穆耳前往和林撫軍；任命中書左丞李謙爲中書平章國事；桑哥升任尚書平章國事；尚書左丞葉李調任京畿按察使；以徽宗院使月赤察兒兼管樞密院；調第一怯薛長玉速帖木兒爲河南山東行省樞密使；以哈剌哈孫爲大宗正……”趙昺拿起一份兵部送來的公文輕聲念道。
“官家，這與鄭主事前些日子報送上來的公文幾乎一模一樣啊！”王德聽了有些納悶地道。
“當然一樣了，不過鄭虎臣送來的只是內議，兵部機宜司送到的卻是蒙元明發的詔令，兩者能一樣嗎？”趙昺笑笑道。
“官家，蒙元朝廷如此大規模調整是爲什麼，對我們是喜還是憂啊？”王德皺皺眉好奇地問道。
“當然是喜事了，蒙元要亂了！”趙昺笑出聲來言道。
“官家怎知蒙元要亂了？”王德更爲驚詫地道。
“漢法派失勢，桑哥主政豈能不亂！”趙昺在桌几上重重拍了一下站起身望着激盪的湖水言道。
蒙元政局的變動，其實也是趙昺謀劃的一部分，看似事情是因漢法與蒙古守舊派的爭端，說到底其實還是錢的問題，而這也早在窩闊臺爲汗時就已經埋下了伏筆，此時只不過是他順勢而爲，頂多是放了點兒催化劑而已。
趙昺作爲後來者，自然知道元代作爲一個異族征服者建立的政權，其吸收了諸多民族的文化，從而導致政出多源，但回回法與漢法是其中最爲重要的兩大源流。終元一代，蒙元政府除了要竭力保持蒙古草原政權的特質以外，總是力求在回法與漢法之間達成某種平衡，以充分發掘出兩者的優勢和特長，由此形成了蒙元獨特的多元政治格局的歷史現象。
因此行回回法還是行漢法是蒙元時代所有君主必須面對的一個嚴肅的問題，但實際上由於種種原因，元朝統治者無法堅持某個固定的政策，使用漢法還是回法，一般都是根據皇帝個人的好惡或當時實際情況來定，這就使得這個問題變得很複雜，後人認識尤爲困難，而這種多元的政治格局的基本形態一直保存了下來，終元不變。
忽必烈可以說爲蒙元推動漢化的始作俑者。蒙哥即汗位後其主管“漠南漢地軍國庶事”。使得忽必烈自乃馬貞稱制元年就已經接觸到了漢文化，他命海雲禪師去漠北講佛法，且問其“佛法中有安天下之法否？”海雲則要求他“求天下大賢碩儒，問以古今治亂興亡之事”，並將自己徒弟劉秉忠介紹給了他。
自此，忽必烈開始儲儒養士之道。此後姚樞、趙璧、竇默、張德輝等名士相繼進入他的幕府中，他十分欣賞儒學，對儒士說：我雖未能即行汝言，安知異日不能行之。忽必烈掌管漢地以後，又有商挺、許衡、郝經、宋子貞等人先後應詔而至。
隨着這些中原人材的加入，忽必烈建立了一個以儒士爲主的金蓮川幕府，保護並且發展儒學事業。此後他又接受了“儒教大宗師”的稱號，表明忽必烈將自己塑造爲一個由中原正統文化支持的中國之主的決心。而金蓮川幕府爲忽必烈建立元朝打下了良好的社會基礎。
事實上，這些儒士不僅積極給忽必烈獻計獻策，還幫助忽必烈有效地治理了中原漢地，由是其益重儒士，任之以政。爲進一步在中原推行漢法取得了經驗。儒士姚樞向忽必烈進言：“今天下之廣，人民之衆，財富之阜，有如漢地者乎？……異時廷臣問之，必悔見奪，不若惟手兵權……則事順理安”。
姚樞的建議對忽必烈很有幫助，此後不久，蒙哥果然對忽必烈勢力的擴張有所懷疑，派遣阿蘭答兒鉤考漢地財賦。儒士們又策劃忽必烈入和林覲見蒙哥，消除了蒙哥對忽必烈的猜疑。在這一時期的中原漢地，漢法派陣營空前強大，回回法在中原地區實行受到遏制。
忽必烈即位以後，“祖述變通”，對原來以草原官制爲主的大蒙古國進行改革，逐步建立了一套適合對全國進行統治的中央集權的政治制度。中統、至元之初，忽必烈對以其“藩府舊臣”爲主體的這批儒臣十分信任和重用，實行了卓有成效的漢化政策，建元表歲，建構新型的政治制度，在軍事上建立了一支雜糅蒙漢軍制的武裝力量，並仿照中國傳統建立禮儀制度。
不過好景不長，漢法派對於言利統統反對，沒有更好的方法也不想採取措施解決元政府面臨的財政問題，他們與忽必烈的關係逐步疏遠。阿合馬等回回理財大臣則利用忽必烈的信任，拉籠理財之人，謀取個人私利、販賣官爵。這些行爲與傳統漢族儒臣所理想的儒治完全相背，因此受到大部分儒臣的反對。
安童時任首相，能薦用和親厚儒臣，崇尚漢法，政刑寬平，故有賢相之譽。這些儒士集中在太子真金和丞相安童周圍，形成了一個主張漢法，反對理財之臣的政治勢力。至元二年到至元六年之間，儒臣支持和輔佐丞相安童，加緊制定完善各項制度，推動忽必烈在行漢法的路線上繼續前進，穩定漢法派在中書省的地位，與阿合馬集團形成對抗。
回法派和漢法派之間就此發生了激烈的衝突，而趙昺清楚回法與漢法的主要分歧其實還在於對理財的態度。
回法注重理財，符合了忽必烈在取得全國政權之後，爲了解決財政問題而實行的“理財助國”方針，但是，回法在理財的過程中完全不顧民間的承受能力以及國家法度，並不利於元朝國家政權的運行和吏治的完善，漢法派對之極力攻擊，不是沒有道理。
可就漢法派來說，漢族儒臣雖在建立各項制度方面可以說是做出了較大的貢獻，但是在國家政權建立之後，對於國家財政困難的現狀，他們的認識並不適應當時社會發展的需要，他們對於理財的觀點與忽必烈正好相左，這纔是導致了忽必烈對他們的疏遠的主要原因。
阿合馬在政治鬥爭中被殺死後，忽必烈別無選擇的實行了二期儒治，但是儒臣們對於理財的觀點並沒有絲毫的改變，以至於阿合馬死後，朝廷之臣諱言財利事，皆無以忽必烈裕國足民之意。使得在阿合馬時以賄進的盧世榮得以爲所用。其一上臺，馬上就以阿合馬專政時所用大小官員，二期儒治旋即而亡。
趙昺清楚這種衝突的主要原因十分複雜，尤其是經歷了這個時代的洗禮後更是深有體會。蒙元兩派的爭執之所以難以調和，首先在文化方面，此時期回漢民族所崇尚的兩種完全異質文化，漢族儒家文化和回回人的信仰之間存在隔閡，在其共處中，必然出現種種誤解和衝突。
文化的差異使得漢回兩者之間在統制政策上有着根本性的區別。回法主張個人擁有財富，創造財富，諸回回官員將其運用於國家之上，導致了他們對“包稅制”、國家壟斷等可以“開利源”政策的偏好；而這恰好和儒家主張的民本和“藏富於民”的思想相背離，因此兩者在對中原漢地如何進行統治時發生了尖銳的衝突。
再者，在官員自身道德修養上，崇尚程朱理學的漢人儒士主張“修身治國平天下”而以修身爲本，但是大部分回回理財官員往往是“亦官亦商”，以官爲商，因此食利是他們最大的追求，故回回官員多貪贓枉法、恃寵邀權、黨羣爲奸，這也是造成漢人漢法派官員和回回法官員之間水火不容局面的一個原因。
此外有元一代的回漢衝突也是由於蒙古貴族的統治政策所決定的。蒙古人人數不及漢人的二十分之一，要完成對漢族地區的統治、保持自己的民族特點，蒙古人不僅需要漢族士大夫參與政權中，也需要用回回人來平衡漢人政治勢力，實施以回回人治漢地，而以漢人治回回地的統治理念卻貫穿了整個蒙元時代……