本來對於廣州被圍的事件，朱由校在得知後心情已然憤怒至極，他沒想到這些西洋番竟如此大膽，爲了獲得對澳門的控制權竟然不惜挑戰自己大明的底線，而圍住整個廣州城，還殺了幾個平民。
朱由校爲此甚至已經命兵部左侍郎楊嗣昌開始調集京畿附近的禁衛軍和此刻在四川、湖廣、南直隸以及京畿一帶新招的禁衛軍立即齊聚兩廣，並命北海艦隊和東海艦隊提前做好應戰準備，以應對很可能出現大明不僅僅要與鄭氏海盜對戰還會與佛郎機進行對戰的局面。
朱由校不想在這個時候大動干戈，畢竟這個時候整個帝國的戰略資源還沒準備充分，禁衛軍6海空（飛行營勉強算空軍）三軍的擴編還沒完成，但現在涉及到大明的主權正在受到威脅，所以朱由校不得不做好破釜沉舟，集全國之力應對外敵入侵的準備。
然而，作爲大臣的李明睿和楊嗣昌等人並不認爲因爲佛郎機人的挑戰而表現得如此緊張，作爲一個明朝人，李明睿和楊嗣昌沒有對佛郎機這樣的西洋番並沒有什麼警惕之心，遠遠不及他們對韃子侵掠關內之事的重視，甚至在他們看來這種事件還不如之前生的民變，畢竟這些都可以導致亂象生。
而縱觀大明乃至於整個華夏曆史，還沒有南來的外夷的作亂導致了整個中央王朝爲之傾覆的歷史事件生。
李明睿和楊嗣昌等官員也就沒有從主觀上覺得這些西洋番是代表着當今世界先進生產展方式源頭而對這些西洋番有什麼畏懼，而作爲後世子人的朱由校卻深知此時的佛郎機是個什麼樣的存在，也不得不擔心大明會像後世的晚清一樣也要經歷一個鴉片戰爭。
儘管朱由校現在已經足夠相信自己大明不會像後世的晚清一樣淪落爲半殖民地半封建國家，但當他得知這些西洋番開始圍困自己的廣州府城時已經不得不條件性的產生警覺，並擔憂會出現自己大明會在短時間內獲得較大損失。
楊嗣昌不願意朱由校這樣以調集全國之力的代價來應對一個海外蠻夷，因而在執行任務面前不得不冒着觸龍鱗的危險對朱由校諫言道：“陛下，這些佛郎機人不過是從歐羅巴來的一羣蠻夷之輩而已，仗着自己船堅利炮就以爲自己可以縱橫整個海上，還敢挑釁我大明，依照微臣看，不過是夜郎自大而已，要不然他們也不會被一個鄭氏海盜擠壓，所以，微臣認爲此次廣州城被圍不比大動干戈，出動兩廣之兵即可。”
“或許正如你所言，我們大可不必如此，但現在朕最擔心的卻是這些西洋番是不是和鄭芝龍等海盜聯合了起來，要不然也不敢圍我廣州城，如此以來，我大明在海疆上面對將不是一個敵人而是一羣敵人！”
朱由校說後，李明睿則也站了出來，道：“陛下，無論鄭芝龍是否與佛郎機等西洋番聯合，他們也只能在海上縱橫，即便攻我一二座城池，我大明亦可斷其供應，逼其撤離，而且除此之外，誠如嘉靖朝的汪天官所言，我大明只要器物不落於其西洋，則以地利之優勢，西洋番夷將難以佔我大明半寸之地！”
朱由校不知道是誰給了這些大明官員們這麼大的自信，或許對於他們而言，佛郎機的確算不上什麼，而李明睿所說的那位汪天官就是在嘉靖朝官至吏部尚書的汪鋐，此人在廣東擔任海道副使時曾指揮過一次針對抗擊佛郎機人侵略的屯門海戰並在此戰中大獲全勝，還順帶把佛郎機的火器引入了大明，使得大明本來開始落後的火器技術再次縮小了與西方的差距，併爲日後萬曆三大徵打好了基礎。
現在李明睿以汪鋐的話來勸諫朱由校無非就是想告訴朱由校現在的大明無論是火炮還是船體的度與規模都不亞於佛郎機，因而也就不必擔憂佛郎機和鄭芝龍聯合起來後會對大明形成大的威脅，至少其影響也只能侷限在沿海一帶，也不可能會讓整個大明內地出現動盪。
朱由校也聽明白了他的意思，但還是讓楊嗣昌繼續做好調兵方案，並命李明睿隨時在西暖閣待命，至少暫不立即將旨意下達，以等待南邊商周祚呈遞的最新消息。
就在這時候，外面突然傳來一陣緊急的馬蹄聲，並聽其聲音高喊道：“大捷！我南海艦隊於東沙大敗鄭芝豹船隊，擊沉敵艦四十三艘！”
儘管顧三麻子引誘鄭芝豹的船隊到了東沙纔對大敗其部，使得鄭芝龍和其他海盜勢力沒有及時得知南海艦隊主動對鄭氏海盜出擊的消息，且因鄭芝豹的狼狽出逃而導致鄭芝豹完全沒有獲得半點關於南海艦隊與自己生海戰的證據，但作爲朝廷官員的顧三麻子在離開東沙時還是主動的命人將這個消息傳遞給了駐紮在艦隊裡的錦衣衛。
不過，當錦衣衛提前把顧三麻子打敗鄭芝豹的這個勝仗以八百里加急的方式不通過錦衣衛北鎮撫司和司禮監傳遞而是直接走中門傳給朱由校時，朱由校聽後卻是半點也高興不起來，他甚至不由得大怒，直接把手裡的筆拍在了案上：
“這個顧三麻子是在做什麼！朕不是再三叮囑過他，不到萬不得已不能與擅自與鄭氏開啓戰端嗎！如今他竟敢違背朕的意旨，真是狂妄！”
朱由校氣呼呼的說後就坐了回來，他不得不承認顧三麻子是一員很善戰的海軍驍將，但他現在開始懷疑這個顧三麻子是不是有點好大喜功，竟敢罔顧自己的指示而貿然開啓戰端。
“陛下，常言道，將在外君命有所不受，或許事情並不是我們想象的那樣，這個顧三麻子縱然有天大的膽子也不敢違抗陛下的意旨，而且陛下您也給了他便宜行事之權，於情於理也說的過去，何不細問問具體是何緣由再做定奪也不遲”。
李明睿的諫言很是中肯，朱由校也並不是聽不進去的人，儘管今天這李明睿和楊嗣昌似乎是在故意跟自己對着幹，但朱由校還是表現出了自己作爲一個帝王的胸襟，沒有表現惱怒的樣子，還點了點頭道：“你說得對，讓跪在外面的錦衣衛信差進來，朕要好好問問他。”
海上不比內地，難以建設固定的驛站和驛卒，因而也就只有錦衣衛來充當這個信息傳遞的角色，他們很多時候會假扮成漁民，或者潛伏在各路海盜勢力之中，甚至也在一些海岸重要據點有自己的錦衣衛聯絡點，在各軍中也有和軍法處掛一個牌子的錦衣衛辦事處。
因而，顧三麻子在打敗鄭芝豹後其消息傳遞便交給了錦衣衛自己的信差。
這錦衣衛信差被王承恩帶了進來，並跪在朱由校面前將一份顧三麻子親自寫的密奏盒遞了上來。
朱由校也沒立即問這錦衣衛信差，而是先將顧三麻子的密奏盒子用鑰匙解開，看了起來。
爲了監控百官，朱由校沒有打算單單隻靠現在負責大明內部維o穩工作的東廠，他給了大明二品以上的官員們一個密奏權，也算是加劇官員們自己之間的內鬥，避免他們凝結成一股繩來對抗自己這個君王。
而顧三麻子現在是總兵官，算是二品大員，因而也有密奏的特權。
但朱由校沒有想到的是，這個顧三麻子的字跡是如此的爛！爛得本來對顧三麻子的冒然之舉而有些不悅的朱由校一看見這字就不由得噗呲一聲笑了起來，但最終還是忍住看了下去，還不由得唸了起來：“陛下，我顧三麻子知道您說過不讓我打鄭芝豹是因爲不想朝廷與鄭氏現在徹底撕破臉，但那叫鄭芝豹一路上盯着我們，還一個勁的展示他是有多麼的笨，我實在受不了纔不得不給他教訓；
不過，陛下放心，我顧三麻子知道分寸，也不敢耽誤了陛下的如意算盤，就故意把鄭芝豹給引誘到呂宋一帶去，如果這鄭芝豹能聰明點，知道老子是給他設的陷阱，提前走開，老子還不會收拾他，但偏偏他自己還送上門來，追老子的時候也是一個勁的猛追，也不知道擺好陣型，觀察附近海域地形，如此，老子實在受不了只能吃了他，這就跟一如花似玉的姑娘都脫光了在你跟前，你要是不幹就真是太虧了的緣故，不過，微臣的確是違背了陛下意旨，若是陛下想給鄭芝龍一個交代，微臣可以受罪。”
唸完這顧三麻子的密奏，朱由校依舊忍俊不禁的笑了笑，並指着這顧三麻子的密奏道：“好，好個顧三麻子，算是把朕給說服了，楊嗣昌，你令兵部武選司，承認顧三麻子此次打敗鄭芝豹的功績，併爲以後此人加官進爵的加分一項，但此戰的事蹟不能承認，無論任何人問也不準透露出任何信息，也不準對此事大肆宣傳。”
之所以這樣做，就是因爲朱由校現在還不想對外承認這場海戰的存在性，以及朝廷是否參與了其中，甚至有必要會直接拿顧三麻子去背鍋，但現在朱由校也不得不很佩服這個顧三麻子的果敢與睿智，可以說是一個粗中有細的指揮者，雖然言語有些輕佻誇張但字裡行間卻透露其整個人縝密的思維。
先，這顧三麻子已經給自己強調是鄭芝豹自己太傻，一而再再而三的進入圈套，如果不教訓一下實在可惜，而且顧三麻子自己還故意將鄭芝豹引誘到比較遠的地方進行攻擊也算是考慮周全，甚至主動提出自己甘願承擔後果的話，看得出來，也還算有擔當。
也因此，也不由得朱由校不對這個顧三麻子的態度由惱怒變成喜愛。
“傳旨給顧三麻子，朕準允他繼續在南海一帶相機行事，鄭氏海盜的事他不用管，朕乃堂堂大明帝王還犯不着在一個海盜頭子面前掙臉面，左右不承認就是！但違背朕的意旨的事是不能就這麼輕易算了的，不過看在他大勝的份上，允許他戴罪立功，立即協助兩廣總督商周祚解決廣州被圍和收回澳門居住權的事！”
朱由校說完就讓那錦衣衛信差先退下去，但沒過多久，又有一個八百里加急的信差傳來了“大捷”的聲音。
三人不由得一愣，都不由得凝神聽着外面的聲音。
還是楊嗣昌的耳朵比較尖，最先聽清了內容，忙笑道：
“回稟陛下，是澳門大捷的消息！
以微臣推測，那個顧三麻子只怕再擊敗鄭芝豹後並沒有立即去廣州府城而是另闢蹊徑趁着佛郎機等大部去了廣州府時偷襲了澳門，使得澳門重新歸於我大明！而如此以來，這些佛郎機船隊的後路也就被切斷，廣州之圍自然也就迎刃而解！”
聽楊嗣昌這麼一說，李明睿不由得笑道：“楊侍郎倒是厲害，竟如親歷現場一般，只是不知道你的推測是否屬實？”
朱由校也有些興奮，對於澳門這個地方，他作爲後世人對此的情感要更深些。
儘管明確簽訂澳門被長久租借的不平等條約是清末，但他畢竟是第一個被外夷控制達數百年之久的地方，是朱由校這個大明帝王沒辦法容忍的羞辱。
待這信差一來，便迫不及待地親自奪過奏疏來閱覽，最後也不由得拍了桌子笑道：“果然如卿所料，這顧三麻子還真有些辦事，如今澳門與廣州之事都已解決，我大明南海艦隊也算是正式在珠江口站穩了第一步，接下來就是要設澳門爲府，在澳門成立市舶司，開啓大明海洋貿易的第一步，鄭芝龍不是想在閩浙一帶控制我們大明商品的出口來賺取中間差價嗎，如今我以珠江口爲出口，看他如何趕來阻止，若是真來阻止，朕也不妨以此爲理由剪滅他！”
說着，朱由校就命李明睿着手負責恢復和展澳門作爲外貿重要門戶的事，同時又命人傳旨給皇家織造局和皇家工業公司以及軍械司等立即做好準備去澳門設立機構，以準備他日通過此地外銷產品，同時朱由校還命令皇莊也準備在澳門設立機構，以備將來從南洋一帶購進糧食和其他南洋特色瓜果菜蔬等。