紅十一師整編爲第一二師，以包抄穿插和阻擊作戰爲主要發展方向。第一二師同樣爲三旅編制，新增一個騎兵旅，以適應未來的平原和草原作戰需要。第一二師師長仍由喬信明擔任。
紅十二師主要部隊即閤中央紅軍骨幹整編爲第一三師，以城市攻堅和巷戰爲主要作戰方向。一樣爲三旅編制，增加一個裝甲旅。以此次在華東戰場上繳獲的國民黨部分裝甲部隊爲基礎逐步發展成我軍第一支裝甲部隊。調任許光達爲第十三師師長。
同時，將原來根據尋波指令，負責押東南根據地輸送給中央的大量軍械物資和糧草輜重，這兩天剛剛到達重慶地區的紅三方面軍內線軍團紅八師二旅的主力部隊，劃歸第一集團軍編制，在對其進行中央紅軍骨幹補充和增編後，組成第一四師。第一四師同樣爲三旅編制，原紅八師二旅改編爲第一四一旅，主要發展方向，仍然爲海軍陸戰和島嶼攻堅爲主要作戰方向。新增第一四二和第一四三旅。第一四二旅主要發展方向，也爲海軍陸戰和島嶼攻堅爲主要作戰方向。第一四三旅爲空降旅，利用這次重慶繳獲的機場和部分飛機進行空降作戰訓練。以適應未來空降作戰需要。調任劉亞樓出任第十四師師長。
原紅三方面軍外線軍團直屬的炮兵一旅、工兵一團、防化團、輜重團、警衛團等部隊，均在進行補充整編後，併入第一集團軍。
以上各師和直屬部隊均有中央紅軍抽調大量骨幹人員充實補充，使其政治覺悟和精神風貌、部隊作風均得到較大提高。
第一集團軍編制達到了驚人的十五萬人，而且幾乎爲全德式裝備配置，可謂當前紅軍中最戰鬥作風最爲彪悍、武器裝備最爲強勁的一個集團軍。也是軍委手中最犀利的一把絕世寶劍。第一集團軍和貴州方向的第二集團軍以及新組建的特戰部隊一樣，屬於軍委的直屬兵團。
第一集團軍幾乎是爲尋波量身定做的，從誕生一開始，就作爲軍委的戰略打擊部隊，得以名揚海內外。
和第一集團軍同時成立的，還有直屬軍委的特戰總隊。
特戰總隊由原紅三方面軍外線軍團特戰一大隊大隊長周剛山出任司令，紅軍特種作戰的締造者尋波兼任特戰總隊政委。
特戰總隊和人民海軍、人民空軍一起組成解放軍特戰部隊，直屬軍委領導，特戰部隊總司令由尋波兼任，總政委由主席兼任。
根據規劃，全軍各野戰軍和軍委直屬集團軍均可配置一到兩個特戰大隊。和各級軍隊的特務團等特戰部隊不同的是，各野戰軍特戰大隊均歸特戰總隊直接領導。特戰總隊肩負着全軍的特戰部隊領導、調配、管理、培訓、考覈等重任。各特戰大隊，在行政上由特戰總隊統一管理，統一領導。其他野戰軍特戰部隊，由特戰總隊統一配給，派駐。
特特戰大隊隊員在特戰總隊經過培訓考覈合格後，纔可以配備到各野戰軍特戰大隊中。各野戰軍在特戰總隊授權下，有權指揮派駐到各野戰軍的特戰大隊，命令特戰大隊直接配合野戰軍作戰，接受各野戰軍指派任務。若無特戰總隊授權，各野戰軍無權指揮特戰大隊的任何行動。
通過全軍篩選，經過層層選拔，此次，在全軍選出了一千五百多人，新組建了五個特戰大隊，並且從特戰一大隊、特戰二大隊、特戰三大隊中抽出了不少的特戰隊員骨幹，加上原來特戰大隊的教練班子，組成了新的特戰總隊教練班子，雲集到重慶周邊地區，對這五個特戰大隊經行極其嚴苛的訓練。
軍委還根據在重慶地區俘獲的部分軍用和民用飛機，以及俘虜投誠的航空兵和大量地勤人員，組成人民空軍。
同時將在黃石成立的紅三方面軍海軍部隊升格爲軍委直屬的人民海軍。只是因作戰環境需要，人民海軍暫歸第三野戰軍代管理。
遠在貴州的紅軍第二集團軍在對紅七師捕獲的貴陽俘虜經行改編，並且在當地徵召了一批新戰士後後，已經發展到了十一萬多人。
紅軍第二集團軍，正式改名爲解放軍第二集團軍，下轄第二一師、第二二師、第二三師、第二四師。負責貴州方向作戰任務。爲軍委直轄集團軍。
同時，由中央紅軍一軍團、紅二軍團主力爲基礎，整編了紅三方面軍外線軍團六個師，加部分直屬部隊，組成第一野戰軍。
第一野戰軍編制爲三個集團軍，分別爲第一一集團軍，第一二集團軍，第一三集團軍。每個集團軍暫編爲兩個主力師編制，等條件成熟擴編爲三個主力師編制。各師編制分別在集團軍編制後面編排數字，如第一一集團軍下轄兩個主力師分別爲第一一一師和第一一二師，第一二集團軍下轄兩個師分別爲第一二一師和第一二二師。其他集團軍下轄主力師均安此類推。
第一野戰軍人員當前編制爲十三萬人。
第一野戰軍司令部主要成員幾乎由紅一軍團原班人馬組成。第一野戰軍司令爲林帥，政委聶榮臻，參謀長左權。
由中央紅軍軍委縱隊和紅三軍團等其他中央紅軍部隊爲骨幹，組建第二野戰軍。
第二野戰軍編制同樣爲三個集團軍，每個集團軍暫編爲兩個主力師編制，同樣需要等條件成熟擴編爲三個主力師編制。第一野戰軍人員當前編制爲十三萬人，其中整編的投誠戰士，主要以此次重慶戰役中捕獲的川軍爲主。
第二野戰軍司令爲劉伯承，政委楊尚昆，歷史上在攻克遵義時犧牲的紅三軍團參謀長，因爲尋波的到來改變了時局，現在鄧萍仍爲紅三軍團參謀長，此次被調任第二野戰軍參謀長。
除了對中央中軍和紅三方面軍外線軍團進行了整編外，軍委還對紅三方面軍內線軍團，紅四方面軍等全國其他紅軍部隊提出了整編計劃。要求兩個方面軍按照次方案執行。
將原紅三方面軍外線兵團整編爲第三野戰軍。下轄四個集團軍，分別第三一集團軍，第三二集團軍，第三三集團軍，第三四集團軍。
每個集團軍爲三個野戰師編制，總人數約九萬人。第三野戰軍在完成了此次湖南、江西方面作戰的捕獲的大量俘虜人員整編，同時承接了南方各省堅守的紅軍戰士兩萬人後，已經發展成擁有近四十萬正規軍的強大部隊。
因此，此次第三野戰軍總編制已經達到四十萬人，是當前解放軍中實力最強大的一個野戰軍。軍委任命粟裕爲第三野戰軍副司令、代司令，從江西老區剛到皖浙贛根據地的陳毅被任命爲第三野戰軍副政委、代政委。同時調任鄧子恢爲第三野戰軍參謀長。
紅四方面軍當前人數爲十萬人。根據整編計劃被整編爲第四野戰軍。紅四野戰軍下轄兩個集團軍。分別爲第四一集團軍，第四二集團軍。每個集團軍暫時下轄兩個師，等時機成熟再增加至三個師。第四野戰軍整編後人數爲十萬五千人。
第四野戰軍司令徐向前，政委陳昌浩，軍委調任葉劍英出任第四野戰軍參謀長。原紅四方面軍黨代表張國燾這次被增選爲*****常委兼解放軍副總政委，調入中央工作。
整編方案非常具體詳盡，軍委直接下達的人事任命到師一級，對師以上幹部進行了統一調派。師以下、團以上軍隊人事任命由各野戰軍和集團軍各自推薦，由軍委批准後執行。團以下軍隊認識任命由各野戰軍和集團軍自行任命，人員名單報備軍委存檔。