再說一下羅汝才和李栓柱那邊的情況，崇禎十三年年末的時候，李栓柱便率領了一萬多他麾下第三鎮的兵將，攻入到了四川，並且攻克了夔州，奪取了這個重要的入川的橋頭堡。
隨即在崇禎十四年也就是天元元年年初的時候，羅汝才便也趕回了荊州坐鎮，徵發物資和兵馬源源不斷的開始進入夔州，支援李栓柱所部。
李栓柱這個老將，現如今已經是一個非常成熟的將領了，完全已經具備了獨當一面的能力，在率部攻下了夔州之後，他便開始穩紮穩打的朝着重慶府方向進兵，先是在一月間打下了萬縣（今萬州）進而很快攻下了達州，在達州一戰之中，李栓柱遭遇到了四川名將張令，張令此人乃是四川非常有名的一員猛將，善使強弩，有着神弩將的稱呼，在四川一帶的大將之中，身份僅次於女將秦良玉，在這個時候，張令其實已經是一個七十歲高齡的老人了，可是在李栓柱率軍入川之後，他還是奉四川巡撫邵捷春的命令，披掛上陣，率軍在達州抵住了李栓柱的大中軍。
張令在達州一帶，率麾下官軍和李栓柱進行了一場激戰，張令果真乃是一員猛將，在兩軍陣前，連連發弩，一連射殺了李栓柱麾下幾員軍將，險一些導致李栓柱麾下一支人馬崩潰，但是張令的勇猛畢竟抵不過大中軍手中犀利的火銃，在張令率軍試圖突擊李栓柱麾下的兵陣的時候，老將張令身先士卒，結果當即便中槍倒地，被他的手下家丁搶回去的當晚，便死在了軍中，隨即張令麾下的官軍便自行瓦解，李栓柱這才得以打下了達州。
張令一死，對於四川的官府和官軍來說，無疑使一種精神上的巨大打擊，邵捷春嚇得連忙派人將四川名將也是大明鎮東將軍秦良玉和他麾下的白桿兵請到了重慶府，保護他和重慶府的安全。
而秦良玉這個時候也已經是年近七十的老人了，可是還是奉命率領她麾下的五千白桿兵趕至了重慶府駐防。
可是秦良玉見到邵捷春之後，聽罷了邵捷春的打算，不由得哀嘆了一聲，對手下將領說：“邵捷春終歸是一個文人，根本不知軍事，現如今他將軍力盡數收攏在一馬平川的重慶府周邊，而刑天賊則控制了夔門，就如同騎在我等頭上一般，隨時可以居高臨下殺入下來，而我們則無力與之相抗！
於今之計最好的辦法當是集結兵力，反攻夔門，將夔州府克復，將刑天賊軍擊退出夔門，死守夔門方能救得了四川！只可惜邵巡撫卻沒有這種見識，畏敵如虎，不敢派兵反擊，如此下去，四川恐怕要完了！”
果不其然，李栓柱在二月拿下了達州之後，便開始分兵對重慶府周邊用兵，連連擊敗數員川將，將先是拿下了重慶府北面的廣安州，進而又打下了重慶東部的涪州，四川官軍幾乎沒有能一戰之軍，在大中軍猛烈的炮火之下，往往是一觸即潰，損失異常慘重。
三月初的時候，李栓柱便基本上率部將重慶府周邊的州縣給掃蕩一空，四川富庶這一點確實不假，李栓柱自從入川之後，幾乎便不再需要後方的物資支援了，出了需要彈藥上的補充之外，軍餉糧秣可以說全部都依靠着他們的繳獲自行解決，而且還將大批繳獲之物，源源不斷的運出了四川，轉送到了武昌府交給了設在武昌府的總後勤部。
所以戰爭對於勝利一方來說，是有着巨大紅利的一種行動，某種程度上，也是推動戰爭的一種動力，肖天健讓李栓柱攻打四川，除了有不讓李自成先期奪佔四川的想法之外，便還有通過攻略四川，來獲取大量的財物，來補充他大軍北伐的用度的想法，四川水系發達，灌溉便利，而且歷史上受自然災害以及兵禍較少，所以四川在明末之前，一直都非常富庶，大明崇禎初年的時候，財政困難，便從四川調出了很多銀兩，解決了財政困難的問題，實際上四川民間也是非常富庶，家財萬貫的有錢人，在四川是非常多的，歷史上張獻忠入四川，掠獲的金銀財物，據說可以裝滿幾百條船，這個傳聞雖然可能不太真實，可是從一個側面上也印證了四川的富庶程度。
所以李栓柱率軍入川之後，所過之處根本就不擔心徵集不來糧餉的問題，所以入川之後，基本上便不再需要後方爲他的兵馬提供太多的物資支持了，即便是需要，也只是需要彈藥方面的補充，再加上他們的繳獲，有時候連彈藥他們都可以一定程度上讓隨軍工匠們自行解決。
邵捷春竭盡所能，想要守住重慶府，可是在三月底的時候，李栓柱還是集結起了入川的兵力，開始對重慶府發動了猛攻。
鎮東將軍秦良玉領兵在重慶府城外和李栓柱所部進行了最後一次決戰，可惜秦良玉麾下的白桿兵，基本上是由長槍兵構成，這些石柱兵將們，雖然在秦良玉的率領下很是勇猛善戰，但是當面對這個時代武裝十分先進的大中軍的時候，卻再也無法再現他們的勇猛無敵了，長射程武器的缺失，使得他們根本就沒有公平的機會和大中軍正面交手，所以會戰的結果是秦良玉所部大敗崩潰，秦良玉只得率領殘部，突圍逃回了老家石柱，無力再出戰和李栓柱爲敵了。
秦良玉白桿兵一敗，整個重慶府的軍心頓時大衰，李栓柱率部猛攻重慶府通遠門，邵捷春恐慌之下，下令死守重慶府，守軍無奈之下，只能在通遠門一帶死守，李栓柱猛攻通遠門數日不克，氣的李栓柱站在城外直罵娘，眼看守軍在城門和城牆上矢石俱下，使得他麾下的兵將屢攻屢挫，而重慶府城城牆基本上都是以條石壘築而成，異常高大堅固，炮轟也無法轟塌城牆，接着天又降下大雨，使得攻城不得不停止了下來。
所以三月間李栓柱在重慶府城外頓足不前，整整大半個月時間都未能破城，直至肖天健領兵北伐之後的三月底，李栓柱才利用火藥炸塌了一小段通遠門一帶的城牆，率部攻入到了重慶府城中。
邵捷春這個巡撫一聽說通遠門被破，便立即帶着家丁從城西水門乘船逃出了重慶府，逃往了成都府，但是城中瑞王和許多官吏卻沒有能逃走，大部分被李栓柱率兵俘獲。
說起來這個瑞王朱常浩也是倒黴孩子，他本來是被封在漢中的，而他的瑞王府本來也在漢中，修的是極盡奢華，可是沒成想前兩年漢中卻被李自成奪佔，朱常浩於是倉皇從漢中逃竄，一溜煙的入川，跑到了重慶府之中，這兩年便留在了重慶府，現如今重慶府卻又被大中軍攻破，結果他這個瑞王也算是當到頭了，被李栓柱給抓了個活的。
李栓柱抓住瑞王之後，得知這廝在重慶府城中這兩年作威作福，憑着他的身份在重慶府城內外欺行霸市，欺男霸女，沒少幹壞事，當地官府因爲他是王爺，拿他也沒有辦法，現如今落在他的手中，李栓柱自然不給他客氣，當即便將瑞王剁了腦袋，掛在了通遠門城樓之上。
不過對於重慶府城中的百姓，大中軍一如既往的軍紀嚴明，對普通百姓秋毫無犯，很快便贏得了重慶府城內外的民心。
傳說歷史上張獻忠攻下重慶府的時候，兇性大發，不但殺了瑞王，還殺了四川巡撫以及城內所有官吏，就連城中百姓也不放過，來了一場大屠殺，即便是活着的人，也斬去他們的右手，這件事不知道是不是真的，但是大中軍到了重慶府之後，這裡的百姓卻並沒有遭到任何禍害，李栓柱入城直呼，相反按照刑天軍的舊例，先是開倉放賑，解決了城內外百姓吃飯的問題，進而纔派憲兵對城中一些豪紳勳貴以及官吏的家進行抄沒，起獲了大批的財物糧食，滿足了他們大軍的需求。
四月初李栓柱再次率兵出重慶府，開始攻向了成都府，在北方三路北伐大軍正高歌猛進期間，李栓柱在四月底的時候又一次攻克了成都府，將四川巡撫邵捷春給擒拿了起來。
邵捷春這個四川巡撫也就此當到頭了，歷史上邵捷春因爲沒有能擋住張獻忠入川，被朝廷給抓起來逮問，邵捷春自知無法逃過一刀，便在獄中仰藥而死！但是在這個時代，邵捷春也算是徹底盡忠到底了，被李栓柱抓住之後，大罵不降，最終被李栓柱一怒之下砍去了腦袋。
至此四川基本上便被大中軍控制了大半，接下來李栓柱便開始逐步的對四川北部進行清剿，逐步的將一座座州府縣城給攻克下來，至天元元年十月間的時候，李栓柱基本上已經將四川全境給大部收入了囊中。
至於大明鎮東將軍秦良玉，在重慶府兵敗之後，便帶領殘部撤回了石柱老家，對於她這些土家人，李栓柱也按照肖天健的意見，對其採取懷柔政策，不發兵侵入他們生活的領地之中，並代表大中朝，承認他們的地位，並且派人爲其送去了大中朝新頒發給秦良玉的告身，繼續任命秦良玉爲土司，並且保留大明給予她的封號，一切待遇從舊。
秦良玉對大明很是忠誠，拒絕接受大中朝給予她的告身，但是考慮到族人之後的生存，而且她也瞭解了大中軍的可怕，所以在重慶府被破之後，她也沒有繼續再率兵出戰，和大中軍爲敵，兩方就這麼暫時互不侵犯，使得四川境內的土家人漸漸的安撫了下去。
對於秦良玉這個大明朝著名的女將軍女英雄，肖天健給予她了極大的尊重，重慶之戰之後，打掃戰場的時候，李栓柱奉旨對於戰死戰傷的白桿兵也給予了優待，傷者給予妥善的照料和救治，死者則收殮其屍體，派人讓其家人前來收屍運回家中安葬，並且爲其提供棺材和通行上的便利，這些舉措都使得土家人沒有了繼續和大中朝爲敵的慾望，也沒有人想跟着大明朝一起殉葬了，雖然秦良玉對大明忠心耿耿，但是重慶一戰大敗之後，她麾下的白桿兵損失慘重，族中大部分人不願意再跟刑天軍爲敵，而她在返回老家之後，也生了一場大病，故此替大明討伐刑天軍之事，也就不了了之了。