劉明遠按照後世的模式編制了陸軍和海軍，最重要的目的是清楚，同時也是想和這個時代的文官系統分離開來。
讓文武各自有自己的系統，完全不相干，這也是劉明遠心中的一種嘗試，同時也是爲了保證權力的穩定。
同時劉明遠也開始實行軍銜制，全部採用後世的軍銜制，徹底將文官官階系統區分開，完全沒有了可比性。
劉明遠制定最基層的士兵爲列兵、然後就是士官，士官分爲三級，有初級、中級、高級。之後是尉官，分爲少尉、中尉、上尉。然後就是校官、分爲少校、中校、上校、之後就是將官、分爲少將、中將、上將，最後就是元帥。
劉明遠準備在平定湖廣之後，開始全面實行軍銜制，心中初步估算也要等到龍鳳五年的下半年，這期間他需要準備。
軍中的指揮權一切都按照軍銜決定，這也是劉明遠最重要的一個改革，同時也是直接廢除了將來可能出現的權貴問題，軍隊中只看軍銜，不看職務。
同時在軍隊編制中，劉明遠新增設了工兵和醫務兵、炮兵、觀察員等全新的編制，這也是劉明遠根據戰爭形態的發展，組建的全新兵種。
其中工兵主要的任務就是爆破，這也是因爲懷遠軍中隨着黑火藥的大量使用，需要一些專業的士兵來使用這些黑火藥，於是工兵就產生了。
懷遠軍中的黑火藥主要用處就是火器，還有就是炸開敵人的城牆，這些都是工兵和炮兵的事情。
醫務兵則是戰場救治，這也是劉明遠大力發展的兵種，而且醫務兵的重要性也得到了懷遠軍將士們的認可，在軍中，醫務兵是最可敬的人。
至於炮兵，則是將其專業化，配備上觀察員，將專業的訓練難度降低，一般的炮手只需要訓練操作火炮就可以，因爲有觀察員給他們準確的方位和目標。
這些都是劉明遠軍事改革中的一個重點，將軍隊系統化，各兵種也要全面專業化，最重要的是區分開，這樣可以便於指揮，而不是之前一擁而上的打法，各個兵種的職業化也將得到加強。
同時劉明遠也制定了全新的服役法令，對之前的懷遠軍的服役進行了全面的梳理，此時劉明遠治下有四千萬人口，那麼這也就是說兵源基本上不是問題。
此時隨着懷遠軍征戰了將近十年，尤其是在江南的這五年中，軍隊人數開始瘋狂擴張，同時也要面臨大量士兵轉業的問題。
劉明遠制定的服役法大部分沿用之前的法令，列兵服役五年，士官服役十年，至於尉官和校官，則是二十年，將官和元帥是終生制，直到六十歲之後可以制仕，也就是退休。
劉明遠沒有制定退休金政策，這也是因爲現在還不成熟，他現在根本就不具備這樣的條件，而且他還沒有面臨大規模退休的時代。
所以劉明遠繼續沿用這個時代的制仕方式，那就是等到這些人離開軍隊轉業之後，將他們安置到地方擔任職務，武將可以進入維持穩定的地方部分，這也是劉明遠建立地方行政改革的一部分。
等到六十歲之後，這些人就可以全部退休了，然後他們會得到一份豐厚的制仕金，同時也將得到一份田地，作爲安置。
同時劉明遠強調家族生活方式，鼓勵一個家族的人生活在一起，這樣就可以很好地解決養老問題，兒女和子孫都在家中生活，老人就有人照顧。
而且這個時代和後世最大的不同就是醫療和教育的費用非常低，也是因爲現在的醫學治療方式不同，主要是以草藥治病，費用就相對低一些，至於教育，劉明遠在基礎教育上是實行全民免費制的。
至於大量的普通士兵轉業，劉明遠則是以安置地方爲主，發放轉業金，然後安置地方生產，或者進入工廠生產。
同時劉明遠開始着手建立驛站系統，將物流和人員運輸融爲一體，這也需要大量的人員，也是安置轉業軍人的好地方。
對於軍隊改革，還有一個非常重要的部門，那就是樞密院，劉明遠在樞密院中依然採用軍銜制，也就是樞密院全部都是軍人的地盤，沒有文官，這是懷遠軍將士們最歡喜的地方，他們以後也不用擔心被文官指揮了。
這也是劉明遠將文官體系全面分離的象徵，文官在地方任職，根本就管不到軍隊，也沒有插手的權利。
劉明遠又對樞密院進行了改革，樞密院是軍隊作戰指揮的部門，責任重大，其中包含戰略制定，情報收集、後勤糧草、鎧甲兵器等。
於是劉明遠將樞密院細化出了一些部門，參謀部、後勤物資部、裝備部、兵部。
這四個部門也是職能不同，參謀部主要是制定戰略方向和方針，戰術制定和推延，管轄情報部門和軍令傳書部門，也是樞密院最重要的一個部門。
後勤物資部則是負責糧草錢糧的管理，也就是一個錢袋子，軍隊的所有財務都是在後勤物資部存放，運輸等。
裝備部則是管理陸海軍的軍事武器裝備的生產，鎧甲、刀槍、火炮、戰船等等，全部都是裝備部管理，懷遠軍治下的大量軍工廠都是裝備部管理。
兵部則是負責管理士兵的思想教育，軍法，軍籍檔案，轉業復原，新兵招募訓練、文工團等等，下面主要的管理部門就是軍事院校和新兵訓練基地等。
劉明遠同時規定，樞密院只有指揮作戰的權利，但是沒有調動軍隊的權利，一切指揮作戰落實到調動軍隊上面，將必須要得到劉明遠的批准，並且在軍令上簽字蓋章。
同時樞密院直接對劉明遠負責，這也是爲了避免其他人攙和到軍隊中，而且樞密院和文官體系完全分離，這是前所未有的事情，歷朝歷代都沒有這樣做。
此時懷遠軍無論是在編制上，還是全新的軍銜，還有管理指揮上面，都和文官區分開了，直接避免了文人指揮軍隊的事情出現，這也是廣大懷遠軍將士們的心願。
同時劉明遠也制定了非軍事人員的管理和編制，其中主要涉及的就是文通團和一些文職人員，這些人是不授予軍銜的。
畢竟懷遠軍是以軍銜爲準的，如果一個作戰部隊的上校遇上了一個文工團的少將，這該怎麼辦，到時候聽誰的。
雖然可以做出區分，但是劉明遠還是直接砍掉了這一塊，軍銜只授予作戰部隊，其中醫務兵授予軍銜，至於後勤保障人員，像文工團，建設工程人員，軍工廠工人和技術人員，管理人員、文職人員都不授予軍銜，按照另外一套管理辦法執行，同時這些人也不會成長的太高，劉明遠制定了一套類似文官的制度管理，但是他們還是要歸屬到樞密院管轄的。
同時劉明遠本着精簡的方法，避免後勤人員太多，大於作戰人員的現象出現，規定作戰部隊中後勤人員不得超過戰鬥人員一成。
於是在一個一萬兩千人的師中，後勤人員在一千人左右，其中包括醫務兵，運送糧草的雜兵，野炊做飯，運送傷員，文職人員、管理後勤物資等等，基本上可以滿足需求了。
隨後劉明遠又製作了全新的軍服，這也是一個非常重要的部分，之前的懷遠軍的軍服只能用寒顫來形容，雖然比一般的義軍好很多了，但是還是沒有專門的軍服和禮服，這也是劉明遠爲了增加軍人榮譽感的一種重要方式，那就是軍服。
這也是文武體系重要的區別之一，劉明遠結合這個時代服飾的特點，同時也參考了後世軍服的樣式，制定了一套全新的軍服。
之前懷遠軍也有軍服，但是那只是便裝，主要以黑色爲主，然後外面穿上鎧甲，雖然鎧甲非常漂亮，但是裡面的便服反倒是一般般。
劉明遠設計的軍服爲兩種，一種是陸軍軍服，一種是海軍，陸軍以黑色爲主，海軍以藏藍色爲主，都是暗色，也是凸顯軍隊的氣質。
兩種軍服款式都一樣，只是顏色不同，在配上不同的裝飾，樣式劉明遠採用了後世德軍軍服的樣式，上身爲翻領修身上衣，下身爲寬鬆的長褲，然後配上皮靴、腰帶。
帽子則是採用簡單的直筒帽，一個圓形長筒帶着帽檐的帽子，頂部是平的，主要是因爲這個時代的男子都留有長髮，所以不適合那種非常緊湊的帽子，這也是一款非常實用，而且也非常美觀的軍服。
帽子頂部都是平的，但是將軍和士兵還是有區別的，將軍的軍帽除了單一的黑色和藏藍色之外，還配上了紅色，同時帽頂上面還有一個突出的紅色纓穗，元帥爲金色纓穗，這樣顯得更加有氣質和威嚴。
陸軍和海軍最重要的區別就是軍服的顏色，同時還有明顯的標誌，那就是胸口的一枚標籤，鑄造出來的一隻雄鷹，展開着長長的雙翼，雄鷹的身體中間是一個文字，海軍是“海”字，陸軍則是“陸”字，這也是一個重要的區別，同時也增加了軍服的美觀。
軍服配有肩章，這也是軍銜重要的標誌，同時袖子上面也配有標誌，這個就是部隊番號的標誌。
列兵和士官的軍服都是單衣的黑色或者藏藍色，等到尉官和校官的軍服的翻領上面刺有領花，同時還帶着紅色的條文，將軍和元帥的軍服翻領是紅色，上面刺有金龍的圖案。
劉明遠設計的這是一種常服，也可以作爲訓練服使用，或者在外面穿上鎧甲，就可以參見戰鬥。
之前懷遠軍的服裝全部改爲訓練服，沒有被廢棄，同時劉明遠還增設了軍大衣，還有加厚棉服，這些都是平時訓練或者日常中軍人穿着的服飾，至於戰鬥中，則是常服或者訓練服外面穿戴鎧甲，這些已經足夠了，因爲如果軍人穿戴的太厚，對作戰是有影響的。
劉明遠的軍事改革也是讓身邊的衆人一陣驚駭，他們從來沒有見過這樣的軍事制度，最重要的是將文官體制全部分開，保證了軍隊的獨立性，既讓文官沒有插手軍隊的機會，也避免了武將做大的可能。