在皇太極死後，他與多爾袞一起成爲了清朝的攝政王之一。
他盡心盡力輔助着多爾袞，一同處理朝政。福臨即位時，濟爾哈朗四十五歲，多爾袞三十二歲，濟爾哈朗年長十三歲，兩人同爲輔政王。儘管擁有崇高的軍功、威望和地位，但可能受父親舒爾哈齊與哥哥阿敏命運的影響，濟爾哈朗爲人很是低調。
因此，福臨繼位以後，他主動要求將自己排在多爾袞前面的名次放到多爾袞之下，並要求諸王大臣商討國事時，只報告多爾袞即可，不必報告自己。他諭令部院各官，以後有事先啓知睿親王，把自己的名字放在後頭。從此，多爾袞排名在前。
濟爾哈朗能力固然有限，但辦起事來一向兢兢業業。擔任輔政王后，他在盛京盡心輔佐幼帝，多爾袞則率領大軍攻明，直到山海關戰敗爲止。山海關之敗後，爲了安頓民心，並且拉攏濟爾哈朗，多爾袞隨後便代福臨封濟爾哈朗爲信義輔政叔王。多爾袞爲人專擅，權力慾極強。濟爾哈朗卻一事當前，首先考慮如何明哲保身。這種性情地差異，決定了濟爾哈朗在處理與多爾袞的關係時，總是一味退讓，心甘情願的甘居下風。
在被封爲信義輔政叔王之後，他從中看出了多爾袞因爲山海關之敗而對自己產生的戒心。爲最大程度地保住自己。他上書滿清朝廷言道：
雖然山海關清軍戰敗，但卻將國內的形式穩定住，將明軍抵擋在了滿清境外。而這一切都是由於蒙受皇叔父攝政王的福澤，考慮到攝政王素有風疾，跪拜不便。請求在皇上面前免於跪拜。對於這樣地請求，多爾袞恬然受之。
而在這個時候，盛京複雜多變的局勢，一觸即發的內亂，也讓這位信義輔政叔王嗅到了其中巨大的危險。一方面濟爾哈朗對大清是忠心耿耿的，他不願意看到這樣地事情發生。
而在另外一個方面。他非常害怕牽扯到兩白旗和兩黃旗之間的爭鬥當中。明哲保身是他一貫的人生哲學。但是，面對兩方的極力拉攏和誘惑，他又怎能真置身於世外？
他曾經對自己的親信泰木太固憂心忡忡地說過：
“當年我等追隨太祖、先帝用兵，戰無不勝，攻無不克，皆在於我滿人上下一心，三軍用命。而現在卻僅僅因爲一次戰鬥的失敗，朝野上下鉤心鬥角。都想着要置對方於死地。我看這樣下去不用明朝人打來，我們自己已經能把自己搞亂。搞死了。
攝政王會用兵，能用兵，但爲人卻太剛愎自用，聽不得意見，視兩黃旗爲水火不容之敵。非要除之而後心快。反觀索尼這些人也是如此。索尼稱病不肯上朝。就是在那提防着多爾袞加害他。哎，再這樣下去怎麼得了啊…”
泰木太固也同樣擔心地說道：“七日後便是太后壽誕。攝政王言爲振奮我滿人士氣，要在宮中大擺放宴席，他邀請了各旗旗主，索尼也在邀請地行列之中。我看，索尼沒有藉口不能來，到了那一天便是雙方攤牌的時候了。”
“太后婦人，皇帝幼小，其都無法脫離攝政王的擺佈。我雖然一力奉承於多爾袞，可，可早晚有一天我也會成爲他的眼中釘，肉中刺…”濟爾哈朗苦笑着說道。
“王爺何不聯絡索尼等人，以求自保之策？”泰木太固以言語試之道。
濟爾哈朗搖了搖頭：“前幾日，索尼派來的那個叫阿克頓的也曾經來找過我，但卻被我拒絕了。我還是那個意思，能避免的就儘量避免，實在避免不了的想着辦法也要避免。其他人可以爲了權利大肆爭奪，可是我卻不行啊…”
他並不是真地就那麼淡薄名利，他只是實在不想看到大清內亂。當年努爾哈赤一手開創下來的這片江山，在皇太極地手中發揚光大到了無以復加的地步。眼看着大明就要被打敗，八旗軍隊即將入主中原的時候，卻忽然發生了這樣的事情。
身爲先帝的託孤重臣，他要維護住這片江山，盡力調和兩派間地矛盾。可是現在他卻覺得自己是如此地渺小，如此的無能爲力。他根本無法阻止住什麼，很多他一心想要避免地事情，卻又只能眼睜睜地看着它發生！
七天，還有七天，大清最大的內亂也許就要發生了。他不想去理會誰贏了，誰輸了，他只想讓這場動亂儘早結束。他只想讓大清儘早走上以前的正規。可是，自己能做到嗎？
漢人的官員洪承疇和祖大壽在昨日也找到了自己，隱晦地告訴自己，漢軍是支撐他來主持朝政，穩定大清的。意思已經很明顯了，漢人希望自己來取代多爾袞的位置。
對於漢人的態度，他秉承了皇太極的做法，要重用漢人，因爲沒有人比他們更加了解大明瞭，但是，多爾袞執政後卻採取了截然相反的態度。他曾經勸說過多爾袞，但卻被這位攝政王所蠻橫的拒絕了。結果現在怎麼樣呢？
吳三桂所指揮的漢軍正紅旗，勢力一天比一天大了，甚至連盛京發生的叛亂都靠着吳三桂才能夠平息。而這個時候多爾袞纔想起要拉攏吳三桂。但對於羽翼漸漸豐滿地吳三桂來說，這樣的拉攏不顯得稍微晚了些嗎？
在如此複雜的局面了，他不能直接拒絕洪承疇和祖大壽的好意，他只能委婉地告訴兩人，不管大清發生了什麼事情，都希望他們能穩住漢八旗。而且他向洪承疇和祖大壽保證。自己將盡自己最大的努力，來保證漢八旗的利益。
洪承疇聽到這樣地話，笑了，他笑着告訴濟爾哈朗：
“王爺，您真的認爲您能夠做到嗎？置身事外。明哲保身的做法只能帶給您傷害。有些必須立刻做出的決定，是無法遲疑半分的。等到刀架到了脖子上，再後悔就晚了。我們現在和大清地利益是聯繫在一起的，同樣不想看到大清自己內部亂了起來。
可是，一些事情卻必須要去做，難道您到現在還認爲多爾袞繼續執政會讓大清重新強盛起來嗎？你取代他的位置。比任何人都要來得更加合適。只有您才能重振大清的聲勢。而我們，將永遠站在您這一邊。希望您能夠仔細地考慮一下…”
他的話的確讓濟爾哈朗爲之心動。當然，他爲地不是自己，而是整個大清的未來。明朝可以在走向末路的時候獲得新生，大清又爲什麼不可以呢？也許，越來越不得人心的多爾袞真的不再適合繼續坐在這個位置上了…
洪承疇最後告訴他：“我們知道您的苦處，我們也完全和您現在的心態一樣。其實，您不必做出任何樣的舉動。就讓多爾袞和索尼去鬥好了。等雙方鬥到精疲力竭地時候，再由您出來收拾殘局。這樣的結果難道不是所有人都願意看到地嗎？”
恢復大清強大的想法。讓濟爾哈朗怦然心動，沒有人比自己更加了解多爾袞這個人了。
多爾袞對於皇位，實際上是非常向往的。由於他在諸王大會上首倡立福臨，格局一成，便難以出爾反爾。再推翻前議了。雖然他高踞攝政王之位。掌握大清軍政大權，只在一人之下。卻在萬人之上，但畢竟沒有暢其所願，還是一種缺憾。
因此，在激烈動盪的戎馬生涯之餘，他的整個人便陷入一種，自相矛盾、懊悔愁苦自怨自責地痛苦之中。他地權力慾愈益熾烈，到後來，這種象火一樣烤炙着他的心地慾望，竟使他做出種種大逆不道的舉動，偷用御用器皿、私造皇帝龍袍等等。
在這麼任其發展下去，早晚有一天他會廢除皇帝而自代之的。素來以忠臣自詡的濟爾哈朗，不願意，也害怕這樣的事情在自己面前發生。否則，將來在自己死後，還怎麼有臉去見地下的皇太極？
“你們先回去吧，朝廷的事我自有分寸。”濟爾哈朗一臉的痛苦之色：“洪大人，祖大人，你們雖然不是滿人，但卻和我們滿人一般無二，我只希望要是盛京發生了什麼變故的話，請你們千萬讓吳三桂約束好自己的軍隊。其餘的，我會處理好的…”
“濟爾哈朗終於開始心動了。”當走出濟爾哈朗的家中，洪承疇笑着對祖大壽說道：“一來是人的本性，對權利那種天生的渴望，二來就是他也嚴重不滿多爾袞的作爲。等到多爾袞和索尼的矛盾總爆發後，我相信他一定不會袖手旁觀的。”
祖大壽微笑着說道：“這對我們來說也是一次最好的機會。既然多爾袞不拿我們當人看，我們當然也就反對他。我想等到盛京的這次變故結束，最大的獲利者不是索尼或者多爾袞中的任何一個人，更加不是濟爾哈朗，而是我們這些在清朝的漢人！”
洪承疇笑得更是開心，他們等待這一天已經很久了。
他有的時候會好奇地想到，在清朝的內部，出現漢人執政會是什麼樣的狀況？看着那些過去從來看不起漢人的滿人，聽從着漢人的指揮，那豈不是一件最有意思的事情？
而在這個時候的索尼處，接到了太后壽誕，讓索尼赴宴的命令，也讓正黃旗大大小小的頭目之間產生了嚴重的分歧，以勒克德渾、義子撻木格樂爲首的，嚴重反對索尼去盛京，在那裡，只怕多爾袞早就準備好了屠刀在等待着他。
但是才從盛京回來的阿克頓可，卻明確地表示義父可以去，而且必須要去。
多爾袞和索尼之間的矛盾已經越來越表面化了。在這個當口，索尼一旦因爲畏懼而不去盛京，只會讓那些正處在觀望中的旗主，對索尼的爲人表示出失望。但去了，表示索尼根本就不害怕多爾袞，能夠最大限度地拉攏到對多爾袞不滿，但勢力不夠的中間派。
他詳細地給索尼分析了盛京的形勢。目前只有阿濟格等少數大臣，旗幟鮮明的繼續支持多爾袞。而包括多爾袞的親信多鐸等人在內，已經愈發地對多爾袞不滿，已經流露出了找更能幹的大臣來取代多爾袞地位的想法。
而做爲新生的力量漢軍正紅旗吳三桂，已經和索尼結盟，一旦發生爭鬥，就算無法明着出來幫助索尼，但也同樣不會站到多爾袞一方，在四面楚歌的情況下，失去了絕大多數人支持的多爾袞，即便是想借着這個機會幹掉索尼，也根本不會得到朝廷上上下下的任何支持！
相反，這對於索尼來說卻是個千載難逢的機會。
在阿克頓的構思裡，正黃旗在索尼動身之後，秘密向盛京方向靠攏。鑲黃旗則嚴密監視住兩白旗的動作，與正黃旗起犄角之勢。一旦盛京發生變故，立刻由鑲黃旗牽制住兩白旗，而以正紅旗對盛京猛攻，迅速控制住整個大清朝廷…
對於義子的建議，索尼考慮了很久，這纔對他的部下們說道：
“進盛京，我絕不能示弱於多爾袞。一切計劃都按照阿克頓的主意辦。阿克頓，由你負責指揮兩黃旗的調度，勒克德渾輔助。撻木格樂，你精心挑選一百勇士，隨我一起進入盛京！”