起義具有宗教色彩
宗教是一種文化現象，也是許多人的精神寄託，在社會生活中起着特殊作用，在封建社會裡尤爲重要。歷史上有很多農民起義，都是以宗教爲掩護，著名的黃巾起義，就是通過創建太平道而形成的。元末農民大起義，同樣具有濃厚的宗教色彩。
力量最強的紅巾軍起義，最初是與白蓮教、明教、彌勒教等民間宗教結合而發動的，起義的領導者通過宗教形式，進行宣傳和組織聯絡，最終形成了起義洪流。起義者頭裹紅巾，所以稱爲紅巾軍；又因焚香聚衆，也被稱作“香軍”。
在反元鬥爭中，白蓮教起了關鍵性作用。白蓮教是長期流傳民間的一種宗教結社，淵源於佛教的淨土宗。淨土宗是中國佛教宗派，始於東晉。東晉高僧慧遠大師，在廬山的東林寺建立了白蓮社，爲建立淨土宗奠定了基礎。後來經過多年發展，到了唐代，形成了教義，淨土宗正始創立。淨土宗也叫“蓮宗”。
北宋時期，淨土宗唸佛結社盛行，多稱爲白蓮社或蓮社。到了南宋，江蘇崑山的僧人茅子元，在淨土宗基礎上創建了新的教門，稱爲白蓮宗，後來叫做白蓮教。
白蓮教崇奉阿彌陀佛，敬奉祖先，希望實現淨土，其教義簡單，通俗易懂，符合民衆願望，因而發展很快。白蓮教又是一種半僧半俗的團體，教徒不出家、不剃髮、不穿僧衣，與平常人一樣，因而吸引了大批民衆參加。
元朝統治天下的時候，白蓮教已經形成較大規模，元朝統治者擔心會對他們造成威脅，曾經兩次下令禁止。白蓮教公開活動受到限制，便轉入地下，仍然不斷髮展，形成了許多秘密團體。
元朝統治者壓制白蓮教，使得許多教徒對元朝懷有敵意；白蓮教徒多數是漢人，他們敬奉祖先，不甘忍受外族壓迫。因此，許多地方的白蓮教組織，都秘密從事反元活動。元朝統治者忽視白蓮教的力量，禁止的力度並不大。
元朝後期，統治集團內部爭鬥激烈，甚至爆發戰爭。繼任的皇帝不熟悉漢文化，統治無方，朝政混亂，社會黑暗，白蓮教勢力趁機興盛起來。他們雖然沒有全國性的組織，宗派衆多，不能協調一致，但教徒卻遍佈各地，形成了大小不一的團體，多者數千人，少者數百人，成爲一種雖然鬆散卻十分龐大的力量。
元朝末期，元朝統治腐敗衰落，社會矛盾集中爆發，各地起義此起彼伏，白蓮教徒便成了反元的急先鋒和骨幹力量。著名起義領袖彭瑩玉、韓山童、劉福通、徐壽輝、明玉珍等人，都是白蓮教的首領或信徒。
白蓮教對推翻元朝起了重要作用，功不可沒。朱元璋建立明朝以後，忌憚白蓮教勢力，嚴厲進行禁止，但白蓮教仍然不斷髮展，在明清時期持續活躍，直到封建社會結束，白蓮教才逐漸消失。
在反元鬥爭中，與白蓮教同樣起着重要作用的，還有明教。明教的正式名稱叫摩尼教，是公元3世紀波斯人摩尼創立的二元論宗教。大約在唐朝的時候，摩尼教通過新疆傳入中國內地，吸收了道教等民間信仰，得到較快發展，到宋朝時翻譯爲明教，逐漸形成了一股不小的宗教勢力。
明教的核心教義認爲，世界從一開始，就存在着光明與黑暗的鬥爭。明教崇尚光明，反對黑暗，戰鬥性比較強，屢有反政府之舉，因而經常用來作爲造反的工具。北宋方臘、南宋鐘相起義的時候，都曾經利用過明教的勢力。
在元末農民大起義中，明教與白蓮教聯合起來，以“明王出世”號召民衆起來造反。韓山童的兒子號稱“小明王”，朱元璋建國號爲明，都與明教有關係。不過，朱元璋在統一天下之後，在禁止白蓮教的同時，也取締了明教，致使明教逐漸衰落消失了。
與白蓮教、明教共同反元的，還有彌勒教。彌勒教產生於南北朝時期，由一個叫傅大士的漢人創立。傅大士是浙江義烏人，一生未曾出家，以居士身份修行佛道。
彌勒教主要宣揚“彌勒佛下凡救世”，在元末農民大起義中，不少團體打着這個旗號，聚衆造反。河南趙醜廝起義，就以“彌勒佛當有天下”爲號召，揭開了元末大起義的序幕。
元朝皇帝多數缺乏治國能力，不懂得引導、利用宗教，對宗教基本上採取放任不管的態度，結果宗教被農民起義所利用，形成了強大力量，摧毀了元朝統治，也顯示出了宗教的巨大能量。所以，切不可忽視宗教的力量。
在元末農民大起義中，有一個僧人發揮了重要作用，他就是南方紅巾軍領袖彭瑩玉。