劉秀滅掉赤眉軍
赤眉軍佔領了長安，但形勢並不樂觀。長安以南和以西地區，存在許多割據隴勢力；長安以東，劉秀已經建都洛陽，正在橫掃中原；特別是，劉秀派去的鄧禹軍隊，已經發展壯大，正在對長安虎視眈眈。劉秀，纔是赤眉軍的頭號敵人和心腹大患，而赤眉軍卻麻木不覺。
《後漢書》記載，在赤眉軍西進入關的時候，劉秀就派鄧禹率兩萬兵馬進入關中。劉秀此舉的目的，不是與赤眉軍交戰，而是在關中打下根基，擴充力量，並監視赤眉軍的動向。劉秀的戰略佈局，是先掃平中原，再回頭收拾赤眉軍。所以，任憑赤眉軍與更始帝打得你死我活，鄧禹並不理睬，只顧埋頭髮展自己的實力。
鄧禹足智多謀，善於謀大事。鄧禹的軍隊，紀律嚴明，不搶掠、不擾民，深受民衆擁護，每天都有數千人歸順。赤眉軍攻佔長安以後，劉秀命鄧禹趁其立足未穩，進攻長安。鄧禹卻沒有執行，他認爲，赤眉軍是烏合之衆，沒有頭腦和遠見，尤其是長安缺糧，時間一長，必會自亂，沒有必要現在去打。
於是，鄧禹率軍繞到了長安西北，佔領了北地，就是現在甘肅的慶陽。北地地廣人稀，糧食豐富，是有名的糧倉。鄧禹在這裡整訓隊伍，收集糧食，養精蓄銳，想坐等赤眉軍自亂，輕鬆獲利。事實證明，鄧禹的策略是對的。
果然，赤眉軍佔據長安以後，得意洋洋，天天飲酒作樂。宴會之上，諸將喝得醉醺醺的，爭相誇功，大呼小叫，有時一言不合，就相互鬥毆。有一次，赤眉軍舉行宴會，宴會還沒有開始，諸將就吵鬧爭鬥起來，亂成一團。負責警衛的士兵，經常吃不飽肚子，受不了酒肉香味的誘惑，乘其混亂，跳進牆去，搶奪酒肉，以致於互相殘殺，死了一百多人。
劉恭見赤眉軍必定成不了大事，就勸弟弟劉盆子讓出皇位，以求自保。於是，在一次朝會的時候，劉盆子下了寶座，解下玉璽授帶，向羣臣叩頭說：“現在雖然立了皇帝，可大家還是像過去一樣做強盜，招致四方怨恨，這是立錯了皇帝的緣故。懇求各位將軍，讓我退位，你們再立一個賢能的皇帝吧”。劉盆子說完，叩頭不止，痛哭流涕。
參加朝會的有幾百人，聽了劉盆子的話，沒有不憐憫的，於是全部離開座位，向劉盆子叩頭請罪，說：“是我們不好，對不起陛下，從今以後，不敢再放縱了。”樊崇把劉盆子抱上寶座，給他掛上玉璽綬帶。劉盆子仍然哭鬧不止，但身不由已，沒有辦法。
朝會完畢，將領們各自回營，緊閉營門不出，果然安靜了一段時間。二十天以後，由於沒有吃的，將士們又紛紛出來搶掠了。
其實，赤眉軍大多數將士，都是淳樸的窮苦農民，並非掠奪成性之輩，他們搶掠財物，主要原因是沒有吃的。當時糧食缺乏，許多人只能挖蘆根野菜吃，每天都有餓死的。
赤眉軍在長安只待了幾個月，城中糧盡，沒有辦法，只好撤離長安。他們也知道北地有糧食，但到了北地，爲時已晚，糧食早被鄧禹收走了。赤眉軍都是“今朝有酒今朝醉，”目光短淺，沒有長遠打算。
赤眉軍只好繼續西行，到天水一帶尋找糧食。當時，擺在赤眉軍面前的頭等大事，就是糧食，沒有糧食，幾十萬大軍將陷入絕境。
割據天水一帶的軍閥叫隗囂，隗囂軍隊以逸待勞，迎頭痛擊赤眉軍。偏巧天降大雪，赤眉軍不適應西部地區的嚴寒氣候，凍死者無數，兵力銳減到二十萬人。赤眉軍無奈，只好調頭東返。
赤眉軍撤離長安之後，鄧禹自然舒舒服服地進了長安城，此時見赤眉軍回返，立即派軍攔截。不料，赤眉軍已經是窮途末路，打仗不要命，把鄧禹軍隊打得大敗，然後，蜂擁奔向長安。鄧禹不想硬碰，率軍撤出，赤眉軍第二次佔據了長安。
長安城裡一片廢虛，已無財產可搶，赤眉軍便盯上了城外的皇陵。長安城外，有許多西漢皇帝、皇后、王妃的墓葬，裡邊埋着大量金銀珠寶。墓中凡是用玉裝殮的屍體，有些還栩栩如生，有的士兵不僅搶光了財寶，還幹出姦屍的勾當，連赫赫大名的呂后屍體，也沒有幸免。赤眉軍立了漢朝皇帝，卻對漢朝帝妃如此凌辱，真是絕妙的諷刺，說明他們對漢朝並沒有什麼好感。
鄧禹聽說以後，卻是怒火中燒，立即領兵來打，不料卻連吃敗仗。赤眉軍已近瘋狂，無人能敵。這個時候，劉秀平定中原大局已定，鄧禹便向劉秀請求援兵。
劉秀知道關中缺糧，不想派大軍前去，只派馮異率數萬人馬，帶足糧草，去接濟鄧禹。劉秀囑咐馮異，不要與赤眉軍主力在關中決戰，只要把他們趕到東邊來，就可以了。劉秀在東邊布好了大網，以逸待勞，準備伏擊赤眉軍。
鄧禹由於連吃敗仗，心中窩火，見馮異帶來的軍隊兵強馬壯、糧草充足，就想與赤眉軍交戰，一雪前恥。馮異不同意，鄧禹就自帶一支人馬，去攻擊赤眉軍，結果又是大敗，鄧禹只帶二十四騎逃回。這一次，劉秀的策略是對的，鄧禹有些失算了。
公元27年，赤眉軍糧食已盡，無法在關中立足，便想東返，回到山東老家去。這正是劉秀所希望的，劉秀已經在赤眉軍東返的道路上張網以待，準備徹底消滅赤眉軍。
赤眉軍剛走到殽山腳下，就遭到馮異軍隊的伏擊，被俘八萬多人。樊崇料定東返路上，必有多路伏兵，就帶領剩下的十幾萬人，轉而南下，不料仍然落入了劉秀的陷井。
劉秀親自指揮大軍，將赤眉軍團團包圍。這個時候，赤眉軍連餓加凍，已經失去了戰鬥力。樊崇無奈，只好率衆投降了。劉秀賜給他們食物，讓十多萬飢餓之師，飽飽地吃了一頓。
後來，樊崇等一些高級將領，被劉秀殺害。劉盆子則被劉秀奉養，得以善終。
毛偉人曾經說過：“沒有文化的軍隊是愚蠢的軍隊，而愚蠢的軍隊是不能戰勝敵人的。”赤眉軍的經歷，就充分證明了這一點。
劉秀佔領了中原和關中，下一步，他就要收復遼闊的西部地區了。當時，盤據在西部地區的有四大勢力，劉秀需要採取不同的策略，分別予以征服。