雖然世界不同，性質也不一樣，但是說起來虛擬世界的各種規則用各種程序表現出來卻也更加的直白，而現實世界的規則雖然相對更加的嚴密和隱晦，但是有了經驗的申若愚在一天之後，還是憑藉他那強悍的變態的精神不斷地擾亂時間和空間以及各種自然現象，並在變化之中找到了真正的規則之力！
三天之後，申若愚所在的房間之內各種空間震盪和時空漣漪不斷出現，甚至有時候會莫名的出現一陣狂風和一絲火焰還有不斷跳躍的閃電，但是這些看似威力無比的自然現象卻沒有對房間內的東西造成任何傷害，彷彿這些力量是有意識一般。
而此時的申若愚，在他的感覺之中自己好像有一次看到了那顆石頭帶他看過的宇宙的爆發和最終的毀滅，只不過這一次他不再是如同上次那般的只是在看而已，而是開始用心的體會宇宙爆發時空間和時間的形成，觀察這些規則到底是如何構成的整個宇宙，看着宇宙是如何一點點的擴大並自發的平衡起宇宙的秩序，又是如何逐漸從一種平衡之中再次走向混亂，最終直到宇宙再次毀滅~~~~！
隨着他在夢境中或者說入定中解析規則，他的精神力量開始如流水一般的消耗起來，同時他的體溫也開始變得越來越高，臉上也顯出了一絲痛苦，就好像是一臺運算過快的馬上就要過載的電腦一般，不過就在申若愚身上的超納米材料的衣物都被點着的時候，申若愚體內的元能開始自動的運轉起來，元能每流過一個地方，那個地方的高溫和高熱就會迅速被元能所吸收掉，等到申若愚全身的溫度都降下來之後，元能“嗖”的一下就鑽進了申若愚的大腦部位，轉眼間，申若愚身體的溫度就正常了下來。而有了元能的支援，申若愚的精神力也快速的得到了補充，原本一臉痛苦的申若愚此時也逐漸舒緩開來，除了他的衣服不見了之外，此時全都恢復了正常！
又過去了兩天的時間，關閉着的房門終於從裡面被打開了，換上了一身新衣服的申若愚神清氣爽的走了出來。這次閉關雖然元能和精神力都沒有太多的增長，但是對於現實世界的各種規則的理解和運用卻是有了很大的收穫，對於時間和空間的理解以及運用更是達到了一個新的境界，此時他如果想要從自己的世界內召喚出什麼人再也不用打開傳送門了，而是可以直接將其就拉倒自己身邊，這樣一來不但節省了不少時間。對於使用能量的損耗也少了很多！
將最近幾天的研究成果觀看了一番，申若愚滿意的點了點頭，這個世界基本上已經沒有什麼資源可以利用了，但是母體或者說矩陣的這種培養人類的方式確實很值得學習，這樣一來他手下的強化克隆人在培養的過程中就能得到學習和培養，更能在這其中篩選出最爲出色和忠誠的人員，幾乎是省下了各種灌輸和學習的時間。而且在這一過程中申若愚還可以收穫到巨大的能量，最爲關鍵的是這沒有一絲污染和廢物產生啊！
通過這些天的觀察和研究，申若愚手下的智腦依靠着遠比這個時代更加先進的技術，已經基本上完全掌握了這個世界的人體電池和虛擬技術，並且在通過申若愚自身所傳回來的各種資料之後，在母體的技術之上更是做了進一步的改良和完善，至少做到了不再需要那落後的金屬插頭以及可以隨意控制對人物的保護等，不會再出現在虛擬世界內死亡就等於真正死亡這種情況。
同時這段時間智腦通過分析之後。交給了申若愚好多關於母體矩陣的漏洞以及如何撲捉殺死電腦人的可行性方案，其實說白了就是要申若愚依靠他強大的精神力去束縛住那些程序生命而已，並且將一部戒指形狀的智腦交給了申若愚，這個戒指到時候將會陪着申若愚一起具現到虛擬世界，這也是智腦通過以太網絡和亞空間網絡新想出來的主意，因爲這個矩陣或者說是智能AI到目前爲止只是初步涉及了以太網絡，但是對於亞空間網絡可是一點頭緒還沒有呢。所以也不怕被其發現。
不用再進入虛擬倉的申若愚此時舒服地坐在了一架人體自適應按摩椅上，那上面無數的電磁探針隨着申若愚的躺下自動向下降了下去，申若愚只感覺自己好像失重了一般的舒服，渾身輕飄飄的。他滿意的點了點頭，這椅子還是他曾經看一部電影《金剛狼2》上面重病的大BOSS曾經用過呢，沒想到自己這次只是趁傳資料的機會示意了一下，自己的那些手下就給做了出來，而且看上去更加的舒適和美觀！
躺到了椅子之上，任由着椅子從各個地方伸出許多小吸盤一般的貼片貼到自己身上，申若愚在一陣提示中再次回到了虛擬世界，當申若愚剛剛出現在自己的書房之中，他就聽到了外面一陣吵雜和混亂，有些不高興的走出了書房，剛一出門他就看到了正堅守在外面的墨菲斯和尼奧等人，而珍妮正口吐鮮血的躺在翠蒂妮身邊，而在他們身邊的則是申若愚的管家以及他所僱傭的僱傭兵！而在他們的對面是以史密斯等三人爲首的一大羣警察和特戰隊等政府方面的暴力組織。
申若愚眼神猛地一冷，別的人他可以不管，死了也就死了，可是眼前的珍妮卻是他在這個世界的第一個女人，雖然他並不愛她，但是他看得出來珍妮卻是真的拿真心在喜歡他，對於一個個性很強的外國女性來說，珍妮幾乎從來沒有違背過他的任何意願，就連被墨菲斯帶走這件事她都幾乎沒有猶豫就聽從自己的意見，而現在這個女孩正在那裡奄奄一息的看着他，眼神中還充滿了不捨和幸福，那是在慶幸自己在生命的最後一刻見到自己麼？申若愚不知道，但是現在他感覺自己心裡似乎有什麼東西被融化了。
說起來很長，其實申若愚出來的那一瞬間就明白了情況，一定是史密斯等人不甘心自己的失敗，並且在叛徒的出賣之下得知了墨菲斯等人進入這個世界的時間，至於爲什麼會出現在申若愚的莊園裡？因爲申若愚已經答應他們自己這裡可以作爲以後他們自由出入母體的據點。沒想到這次一進來就被史密斯等人堵在了這裡並且掐斷了周圍的電話線，因爲擔憂申若愚的安危，珍妮幾次想去別墅的其他地方尋找申若愚，結果在交鋒中珍妮的腹部中彈，要不是想要見申若愚最後一面，估計此時她在已經死去了！
知道了事情的經過，申若愚強壓着怒火。毫無顧忌的走到了珍妮身旁，他看着眼前這個彷彿突然煥發了生機了女孩緊緊地抓住了她的手說道：“珍妮，我來了，對不起，你相信我麼？”
珍妮喘着粗氣緊緊的抓住申若愚的手，帶着幸福的笑容斷斷續續的說道：“我相信。你~~你就是我~~~我的神，我~~~我好想一直陪在你身邊！”
“相信我就好，你現在別說話，我一定會把你治好的，難道你忘記了麼？這裡只是虛擬的世界，你所受到的一切傷害只是幻覺而已，給我一點時間好麼？堅持住！我一定會救你的。然後我帶着你去看真正的世界，去一個美麗的世界，哪裡不會再有烏雲，也不會有戰爭，好麼？相信自己，如果你真的愛我的話就不要輕易放棄，這一切都是你自己的感覺而已！只要堅信你沒有受傷，想着留在我身邊你一定會沒事的。相信我，我是神~！無所不能的神！等着我的治療好麼？”
珍妮虛弱的點了點頭，用帶血的手勉強的撫摸了一下申若愚那俊美的臉龐說道：“你~~你就是我的神~！我一定不~~不會離開你的！你要救~~救我啊！”
申若愚有些感動地點了點頭，然後用力撕開珍妮受傷部位的衣服，用右手覆蓋在了珍妮的傷口之上，同時也第一次睜開了自己的眼睛，頓時申若愚的手心爆發出前所未有的暗金色光芒。有了亞空間網絡的幫助以及這次關於規則理解上的突破，他終於可以在這個世界具現出他自己的一大部分真實力量了，雖然還不完全，但是此時他就是這個虛擬世界的神靈~~！什麼母體矩陣設計師。掌握了這個世界規則的他此時纔是最爲全能的存在！
因爲珍妮受傷的原因，申若愚決定不再玩下去了，原本計劃的旅遊方案此時全都被申若愚的憤怒所代替，而在現實世界，申若愚所在的飛船也收到了信號，在地面的一陣震動之中，龐大的宇宙戰艦暴力的從地下飛了出來，並且在矩陣的監視之中囂張的飛向了矩陣所在的龐大的機械城市，而作爲地球目前的主宰，矩陣此時也極爲震驚，他不知道這艘明顯要比它所掌握的科技要高明不知道多少倍的戰艦究竟是怎麼出現在地球的？而這艘戰艦突然出現又究竟是爲了什麼？如果它知道是因爲自己手下的一個電腦人傷害了一個女人才導致了自己即將結束的原本應該還有好幾個月的生命（申若愚在玩夠了之後還會解決他的），估計它一定會把史密斯這個電腦人刪除一百遍啊一百遍吧？
虛擬世界中，隨着申若愚手中泛起的暗金色光芒，在他全力感應下，珍妮的身體變成了一堆看似無序，但其實有規律可循的綠色程序，一隻手按在傷口之上，他的另一隻手彷彿是撫琴一般的勾動了幾個構成珍妮身體的綠色字符，然後他再次閉上眼睛順着綠色字符的牽引精神力無限的散發了出去，並順着這一絲絲聯繫很快就找到了位於母體之上的珍妮的本體，下一刻，在虛擬世界中的珍妮傷口奇蹟般的復原了，子彈也順着傷口被擠了出來，原本奄奄一息的珍妮顯得有些蒼白的臉色再次變得紅潤起來，她不可思議的看了看申若愚然後又摸了摸自己的傷口，最後喜極而泣的猛地抱住了申若愚，然後狠狠地親在了申若愚的嘴上！
可惜正當兩人甜蜜的時候，墨菲斯有些煞風景的探出了他的那顆大光頭說道：“不好意思，我不是故意要打擾你們的，只是你們能不能等安全了以後再親熱？外面的火力越來越猛了，我們快頂不住了！”
聽到墨菲斯的話，珍妮有些尷尬的放開了申若愚，然後有些憤怒的再次拿起了身上了手槍惡狠狠地向着外面的警察就是一梭子，而申若愚則是莞爾的一笑，伏在珍妮的耳邊說道：“寶貝兒，一會兒不要走了，我有一個秘密要和你說，現在你就好好休息吧，外面的敵人交給我就好了！”
申若愚隨即毫無防備的站起了身，這一下可嚇得墨菲斯還有珍妮等人一大跳，就算你功夫再厲害你也擋不住子彈啊，就算你是電腦人也躲不開外面那麼多的子彈啊！
可是讓他們膛目結舌的事情發生了，申若愚就這樣大搖大擺的走了出來，可是所有向他飛去的子彈好像長了眼睛一般的竟然全都繞着他飛了出去，申若愚低着頭，彷彿沒有看到周圍的子彈一般，悠閒的像是在逛自己後花園一般向着史密斯他們走去！
史密斯惡狠狠地看着申若愚，手中的槍械泛起了一陣微光，然後變化成了一把威力巨大的M500轉輪手槍，而且看起來似乎還是一把特製型號，其巨大的槍口無愧其手炮的稱號，隨即史密斯獰笑着向申若愚連開了五槍，巨大的轟鳴聲震得周圍的警察都紛紛捂住了耳朵。
開完槍之後，史密斯的嘴角也泛起了微笑，早已經擁有了智慧的他此時已經可以想象出申若愚那被轟的支離破碎的身體，然而他的笑容還未完全展開，便僵硬在了他的嘴角之上！