黃超大部分精神一直在矩陣核心之處，追隨着史密斯的重生過程，在這個“意外”中，史密斯是不能出現了，一個具有感染程序能力的意志出現，他是黃超的精神分化，正是黃超超級智能的具現。
它甚至有個比較萌的名字，叫做黃超智智，當然在這裡，他將自己整容爲史密斯，這是整容術規則力量，他在具有史密斯外貌的同時，其實已經具有了這個程序所有的認證特徵。所有矩陣中的程序，都會把這重生的程序當成史密斯，一切又迴歸正規。
在機械帝國中，機械大帝也在思考人類的動向，錫安的所爲跟他計算相符，而華國出現了一些意外，但並不影響大局。“救世主只能出現在矩陣這樣的精神聯網中，這是人類的精神高度聯合，催生出的不規則變量。華國想破解救世主秘密，根本不具備相關條件，他們沒有矩陣這樣的嚴格精神網絡。”
華國自己的精神網絡，是非常寬鬆的，矩陣之所以有神奇之處，正是因爲它每時每刻在壓榨億萬人的精神，那些人與外界斷絕聯繫，全部生命意義都投入了矩陣之中。
即使是狂信徒，也不能向他們那樣，不間斷地祈禱一輩子。黃超把機械大帝當成邪神來看待，正是因爲電影裡各種暗示和隱喻。
“黃主任，我們的進展十分緩慢，那些細胞雖然複製出來，但是無法分離有效物質，克隆組已經克隆了數百個救世主胚胎，但是他們長成成人，還需要二十年時間。研究工作已經陷入停滯。”
在矩陣裡，黃超和華國的黑客進行聯繫，他帶着安慰的語氣說道：“關鍵是矩陣，我們必須破解矩陣的奧秘。矩陣每隔幾十年，就會有一個救世主出現，這件事說明了什麼。我們要突破自己的心靈，必須要在矩陣中進行。外界的研究是基礎研究，但是我們要提高戰力，還是需要從矩陣入手。我現在已經待在了一個安全的地方，保證連續在線，我將親自觀察矩陣的變化。”
黃超伸出手，澄清的綠茶，從花紋古樸優美的茶杯中騰飛出來，在空中翻卷變形，成爲一隻水鳥，在屋子中自由的飛行起來：“你看，我現在做的還不錯。我就要繼續待在矩陣中。組織一個隊伍，我要最精英的一批人，讓他們來矩陣見我，我要帶領他們開啓自己的心靈。外界的研究必須按照計劃進行，哪怕一時沒有收穫，但那最後將成爲我們民族的財富。”
一批人馬聚集到黃超身旁，其中張浩、鄭玄也赫然在列。這些人都是華國的滲入者，因爲他們本來就是在矩陣裡解放心靈的人，戰力和墨菲斯等人相當。
黃超笑道：“很高興見到大家，現在我來給你們講一講人生哲理……”
同時，尼奧黃超接到其他船員的求救，有一個孩子已經覺醒，他正在被特工追逐。黃超處理這種事情駕輕就熟，他從雲端飛下去，攪動起大團的雲氣，那個孩子已經爬到了樓頂，他發現自己被特工和警察包圍，於是他仰天跳了下去。
黃超狂飆而至，身後帶起的強風，已經把汽車、樹木、建築摧毀。他一把撈住了這個孩子，把他帶進了高空，對方在他的保護下，沒有受到高速的傷害。
“尼奧，我就知道，你會來救我！我一直在心裡向你祈禱！我知道，你們是真的！”這個非主流的孩子激動地叫道。
黃超看到他立刻想起來，這就是電影里尼奧的跟屁蟲，他在對方跳樓的時候把他救起來，能夠給人留下極深的印象。黃超仔細想了想，沒有把這個小孩扔下去。現在他根本不怕普通的逗AA比和傻AA逼。
“淡定孩子，接下來你要好好學習，錫安需要你來建設，另外不要崇拜哥。”黃超諄諄教誨道。這孩子立刻被他影響了，他對黃超還是極度虔誠，但是至少不會再來黃超面前多事。
黃超帶他來到了黑客基地，自然有人接應，他們鎖定了男孩的真實身體，然後把他強行踢出矩陣，在從下水道里把他撈出來。黃超繼續到處解決麻煩，他心裡對這些覺醒者有些無奈：“這些覺醒者，都堅信世界的虛假，追求神秘的黑客。其實他們的性格全是中二少年啊。我們救出的人大部分都是這種非主流，在正常人眼裡就是誘騙中二少年的黑暗組織。”
黃超在教導華國的戰鬥成員，他在潛移默化中用精神影響他們，他們全部成爲了黃超的狂熱信徒，他們精神發生了變化，立刻體現在矩陣中。隨着時間推移，他們每個人心靈都進一步解放，矩陣的規則難以限制他們，力量與日俱增，每個人都可以和特工過招。這批訓練成員，配合斷網保護裝置，讓華國在矩陣裡也有了一批不死的超級黑客，這讓大家都感到安心。黃超的思路是可行的。
而這一切其實是黃超拿出來遮蔽所有人的煙霧彈。他在外界的身體化爲尼奧，待在尼布加拉撒號上，此時正在等待墨菲斯的徵召。
崔妮蒂禮貌地說道：“尼奧，墨菲斯叫你進入矩陣。”黃超點頭：“我這就來。”兩個人不像電影中有神秘親密關係。崔妮蒂本來對黃超有好奇有敬佩，這很容易轉化爲愛情，何況還有先知的話讓她心亂如麻：她會愛上救世主。
然而黃超幾句精神催眠，就讓崔妮蒂消除了念頭。這樣，先知的預言反而成真了：崔妮蒂會愛上救世主，黃超他不是救世主啊！尼奧本人，還在黃超的儲物空間裡。
幾人進入矩陣，得知機器人開始進攻錫安，有二十五萬烏賊正在往下挖，指揮官拉克要求所有人回防，而墨菲斯則要求一艘船留下，他們要和先知保持聯繫。
黃超冷眼旁觀這些鬧劇，他出去了打了來襲的特工。然後史密斯黃超也粉墨登場，把特工感染成了史密斯的形象。程序複製了外表，但是這些史密斯強度不同，他有一個領頭的。