中國軍隊主動出擊丹東已經讓日本感到十分驚訝，而之後的火燒丹東更是讓日本錯愕不已。無論是日本外交官僚還是一些軍閥政治家，他們所認識中國人都是懦弱無能，並且處處掣肘害怕事情會有額外的影響，尤其是北洋政府和麾下的北洋軍，除了貪生怕死也找不到別的形容詞來加以形容了。
雖然當北洋政府大張旗鼓的建立中央軍時，潛伏在北洋政府高層的許多諜報人員多多少少暗示袁世凱對中央軍所寄予的厚望。但日本本土情報機關的研究和推論，所謂的中央軍只不過是爲了維護個人絕對統治權的名義罷了，中央軍除了編制上擴大了一些之外，從軍官到兵員幾乎一成不變，無非是換湯不換藥的勾當。
可是事情結果似乎是出人意料，但似乎也還在意料之中。
之所以驚訝，還是對於中央軍頑強堅守陣地，以及毫不在乎各種外界影響而悍然反守爲攻，儼然已經是擺出了擴大遼東戰爭的態度。至於火燒丹東從各種方面來說都是一種不道德的野蠻行徑，但由此也能看出遼東的中央軍本質上仍然是舊式軍隊的作派。
從中央第十師發動對丹東的突襲當天，日本本土各方面政治勢力便按耐不住，主戰派紛紛叫囂增兵遼東，民主派和知識分子卻認爲應該嚴懲第五師團擅自行動，並且儘可能更快的結束遼東戰爭，並消除此次軍事衝突的影響。
即便袁肅下令從第二天開始便組織人力武力搶救火災，丹東鋪天蓋地的火勢已然到了失控的地步。救火前前後後進行了三天多時間，在救火期間還造成了超過一百人員的傷亡，這纔在十一月九日的時候勉強控制了火勢。
丹東中部城區和部分南部城區被大火付諸一炬，損毀的民房超過千餘間，四個街區徹底淪爲廢墟。大部分日本駐丹東的官署、軍事單位、倉庫乃至火車站、渡口等等，九成以上同樣遭到不可恢復的毀害。
不可否認，在大火燒燬的五分之二城區之中，之前沒有來得及轉移的普通老百姓或多或少都有誤傷，其中有中國的老百姓也有朝鮮、日本的僑民，甚至據日方初步統計大約還有十七名日籍官員於火海中失蹤。
至於具體的傷亡統計，中國方面也僅僅只會做一些遮遮掩掩的草率調查，相信真正仔細的調查工作最終還只會是日本方面來不遺餘力的投入其中。
在這三天裡，第五師團依然被困在遼東防線上動彈不得，日本第二艦隊每天消耗大批的物資爲登陸部隊提供掩護，甚至開始動用預備給十八師團進攻青島所用的物資。蓋州的第五師團主力部隊本巷戰和陣地戰雙重困擾，較之之前幾天的大陣仗而言，雖然傷亡得到了有效遏制，但進攻的步伐卻寸步難移。
師團司令部聞訊丹東的遭遇，全體上下都顯得異常激動。
大谷喜久藏連續發出了七八封電文，又是告奉天領事館要求外交譴責，又是發到北京東交民巷請公使館出面主持此事，又是連發請願電到東京，要求內閣爲丹東一事嚴厲追究中國責任，並即刻批准下令增兵遼東。
同時，師團司令部衆多軍官、參謀和幕僚一致要求調動十八師團前往普蘭店和莊河，截擊中國陸軍第十師。並且在能力之餘還要儘快向蓋州發起增援。
大谷喜久藏早先就有策動十八師團的意願，只不過神尾光臣一直不願配合。而現在有了丹東事件做爲誘因，他覺得是時候向神尾光臣攤牌，如果十八師團還是不肯出兵，那麼自己也只能宣佈作戰失敗，並以死向天皇謝罪。
隨即他在十一月九日下午派遣副官大久保公治攜帶自己的親筆書信返回旅順，全權負責說服十八師團儘快參戰。臨行前他還特別囑咐，不管神尾光臣的態度是什麼，大可從十八師團司令部其他將領身上着手遊說。只要十八師團大部分軍官支持作戰，神尾光臣迫於壓力一定不會再袖手旁觀。
就在第五師團把最後希望寄託於第十八師團出兵的時候，日本內閣就丹東事件召開了兩次緊急會議，然而這兩次會議的結果都不是很理想。雖然聲音各有不同，但大部分仍然是責怨第五師團擅自行動的不對，如今招來惡果那也是咎由自取。
日本軍閥政治勢力當中並非全部人都支持遼東開戰，畢竟對於許多軍閥政客而言，他們老早以前就把目光轉向世界大戰的戰場上，而絕非是僅限於遠東地區的紛爭。因此到最後還是以主和立場爲主的聲音稍微佔據了上風。
十一月十日這天上午，日本內閣正式委任外務省副大臣內藤新平爲首相特使，即刻啓程趕赴中國與北洋政府發起正式的外交談判會議，就遼東局部軍事衝突一事能夠和平解決進行磋商。同時勒令要求日本駐華公使日置義儘快就《二十一條》一事拿出解決方案，如果不能妥善處理此次外交危機，將被“勸退辭職”。
陸軍省也在遼東開戰第十二天後做出了更詳細的申明，和對旅順司令部下達措辭更爲嚴厲的命令。之前十二天因爲內閣與國會就遼東問題爭執不休，駐華公使館也因爲遭到遊行示威而被切斷聯繫，也不清楚到底該如何節制第五師團。所以都只是下達和發出了一些含糊其辭的官文、命令。
此次陸軍大臣岡市之助受大隈重信首相的明確指示，對旅順司令部做出軍法限制令，要求第五師團立刻向中國軍隊停戰，各路部隊全員返回旅順要塞待命。同時又朝鮮和本土分別派遣軍法調查官和憲兵隊，針對此次擅自開戰一事進行嚴厲的徹查。
海軍大臣八代六郎也即刻致電第二艦隊駐旅順海軍基地，命令第二艦隊迅速停戰，海軍運輸船協助營口第五師團撤離，艦隊全部返回旅順海軍基地待命。
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