當初，爲儘快攻下夔州府城，楊明臨時招募了十萬多流民組成臨時大軍。本小說手機移動端首發地址：除此之外，還招降了譚文等部共四五萬官軍，可以說現在楊明手裡的軍事力量已經膨脹到了近二十萬大軍。
但素來奉行精兵簡政的楊明可不願意讓只不過僅有兩府十三縣的領地供養二十萬大軍，所以在擴編漢家軍之前必須先對這二十萬大軍進行裁撤。
楊明已經讓商道行等人做了估算，夔州和綏定兩府的田地與人口最多可供給十萬同大明官軍同樣待遇的職業軍隊，而且這還是在忽略兩府田地沒有被士紳地主大量兼併的前提下估計的。關鍵是楊明給予漢家軍戰士的待遇可比官軍要優厚得多，所以養軍花費只會比同樣數量的官軍多不會比他們少，因而楊明只能決定將這二十萬大軍裁撤到三萬人左右。
裁撤後的三萬人自然要編入漢家軍，且與漢家軍原部人馬打亂混編。最高編制依舊是營，但由四個營擴充爲六個營，原直屬憲兵大隊升級爲憲兵營，除此之外，還添加了一個新五營，且鑑於譚文在夔州攻防戰與重慶攻防戰中的卓越貢獻被任命爲新五營的參將，而新五營的僉事則是雷龍。
同新五營一樣，漢家軍原四營也各自增添了一名僉事。所謂僉事，其實是楊明爲加強對各級軍隊的思想政治與紀律工作而增設的職位，實際上就相當於後世的政委，且楊明也已聲明各營僉事與各營參將的品級一樣，都是正三品，但僉事主要負責思想教育與政治宣傳工作，兩者並無統屬關係，但僉事有最後決定權。
由於漢家軍擴編，每一營的編制人員達到了五千人之多，因而楊明便在標級編制下增設了一司級編制，其中標級編制統屬一千人，而司級編制則統屬兩百人，隊級編制則擴充到一百人，伍和什依舊是基本作戰單位，統屬人員數量不變。
同營級編制要增設一名僉事外，楊明在隊以上的編制中也分別增設了一名類似政委職務的職位，其中標級是鎮撫，司級是都事，隊級是知事。起初，漢家軍各級軍官們都很不理解自家公子爲何要這樣做，畢竟誰都知道謀可歸於衆人，但斷必須歸於一將的道理，可如今一個指揮系統出現兩個首領，到時候在戰場上豈不是會亂套。
但當楊明選用的僉事、鎮撫等軍官大都是漢家講武堂畢業的漢家村老戰士時，衆人才回過味來，知道公子這是在加強對漢家軍的控制力。雖然，新五營參將譚文等新派軍官知道楊明這是在有意鉗制他們，但他們也沒有怨言，至少明面上沒有，反而心裡還更加敬服楊明的高明之舉。
漢家軍一下子從五千人擴編到三萬人，也就意味着又需要提升一大批戰士充任基層和中層指揮官。但同上一次一樣，楊明在此之前依舊要對這些亟待升級爲軍官或中高層軍官的戰士進行系統培訓，培訓基地依舊是漢家講武堂，但時間有所延長，需要接受培訓的學員更多。
儘管有許多老戰士和優秀軍官去了講武堂，但這並沒有對漢家軍的新一輪新兵訓練產生影響。在第二期學員畢業之前，楊明就已經開始着手進行第三期學員的招生工作了，第三期學員中大多數是畢業於西林書院和原服務於東鄉縣軍政府參謀部的參謀以及從警衛團中選拔的優秀人才。
第三期學員在入校後的第一件事就是接受由留守張家場的漢家軍老戰士進行的軍事訓練，因而這些學員一進入漢家軍就很快地對漢家軍的新兵開始了訓練，且開展的效果很好，再加上依舊是老兵帶新兵，且這些新兵多數是從實戰中表現優異且經過一定臨時訓練的戰士，因此並不需要訓練太長時間。
“待新兵訓練結束後，第一營立即接防武寧縣、萬縣、雲陽縣一帶，以防重慶府方向的官軍，但並不是讓你一味防禦，可以自由發揮，伺機殲敵或者儘量攻取一些小城鎮或村落，以求蠶食盡官軍的地盤幷包圍他們的重要城池，但不要攻打這些城池，以免引起官軍的大規模反撲；
第二營則接防太平縣、紫陽縣、乾溪縣一帶，以防北邊的馬科所部，但儘量不要與他發生衝突，以免引起李自成的警覺，我們現在還不是多面樹敵的時候，從某一方面來說，我們和李自成還是同一陣營的，畢竟我們面對的是同一個敵人。
第三營駐防在新寧縣、東鄉縣、通江縣一帶，以防範保寧府和順慶府方向的官軍，戰略方針同第一營一樣，小打而不大打；
第四營駐防在大寧、大昌以及奉節縣一帶並操練水軍，以備將來攻取川鄂重鎮時用。
新五營負責剿滅兩府境內的土匪頑寇，務必在兩月內剿滅，憲兵營則分駐兩座府城和東鄉縣，作爲總預備隊使用。
另外，第一營和新五營暫時由相應的僉事領着，蘭官偉和譚文兩人另有安排”，楊明剛宣佈完軍隊安排方案，就見蘭官偉有些不高興地“啊”了一聲：“不是，公子，你給我們安排什麼呀，我想我們兩個用不着去學習吧，我在秦巴山區的時候就把你的什麼十六字戰決背熟了，還有譚將軍也是文武雙全，知道的不比你少。”
“就是因爲你們具有基本的軍事素養，我才讓你們去幫我培訓講武堂的學員，有意見嗎？”楊明說着又好揮手道：“算了，有意見也要保留，講武堂這麼多學員，我事情又多，一時也忙不過來，就這麼定了，你和譚文都以司業之職和講武堂呂浪一起負責講武堂學員的培訓事宜，我會抽空來檢查的！”
“您說什麼就是什麼了，我們自然不敢違背您的命令，只是不知我們要休整多久，爲什麼不一鼓作氣在朝廷發大兵來剿之前多攻下幾座要地，以免陷入被動”，蘭官偉說道。
“現在我們才佔領夔州府全境，根基還未穩就縱兵征伐會吃大虧的，到時候即便佔據再多的城池也只是流竄作戰的賊寇而已，就會落入張獻忠、李自成之流，若勝了還好，若是敗了連個退身之地都沒有，要想實現長期作戰，就必須有能夠爲自己源源不斷提高兵員與糧食的根據地，知道嗎？”