後來秦始皇再次巡行天下，當年七月，行至沙丘時病重，秦始皇命中車府令趙高寫遺詔給扶蘇，遺詔內容是讓扶蘇將兵權交給蒙恬，趕快回咸陽主持喪事並繼承帝位。
當時遺詔已經封好，還沒來得及交給使者送去，秦始皇便不幸去世。
秦始皇死後，趙高和丞相李斯等人與秦始皇的小兒子胡亥陰謀篡改秦始皇的遺詔，立胡亥爲太子。同時僞造一封遺詔賜給扶蘇，列舉扶蘇和蒙恬的罪過，命令他們自殺。
胡亥派使者將遺詔送到上郡給扶蘇，扶蘇看到遺詔內容，就哭泣着走入內宅，準備自殺。
蒙恬阻止扶蘇說：“陛下如今在外，還未立太子，派我率領三十萬大軍把守邊疆，讓公子你來監督，這是關係天下安危的重大任務！如今只因一個使臣到來，你就想自殺，你哪裡知道這不是奸詐的詭計呢？我請求你重新去請示一下，等請示之後再死也不遲！”
使者在旁邊一再逼迫催促，扶蘇對蒙恬說：“如果父親命令兒子自殺，那還要再請示些什麼呢？”說完便自殺而死。
公子扶蘇和李建成二人的死亡，最大的不同就是。
謀害李建成的李世民，功勳卓著，帶領唐朝走向繁榮昌盛，引領大唐盛世，成就了一代明君，而胡亥則二世而亡，終於導致了大秦的滅亡。
此時，風雲面前的公子扶蘇，就是一位翩翩有禮的公子。
每次看到扶蘇，風雲都忍不住在想，如果要是扶蘇沒有死，是他繼承了皇位，那這個世界又改發生什麼樣翻天覆地的變化呢？
或許沒有如果，關於始皇帝爲什麼一直不立太子這個事情，風雲也有自己的看法，他認爲扶蘇是始皇帝最大的威脅，始皇帝從未有過想傳位給扶蘇的意思。
因爲楚國和秦國世代聯姻，外戚集團從宣太后羋月起，就一直是秦國宮廷影響力極大的勢力。從陳勝吳廣起兵反秦後，宣佈楚國復國，並同時打着扶蘇和楚國名將“項燕”的旗號，也能看出，扶蘇身上極可能留着楚國公主的血，楚地的百姓纔會對他有天然的親近感。
秦滅楚戰爭中，楚國公子出身的秦國丞相昌平君起兵反秦，導致秦將李信大軍兵敗。因此事件，秦始皇處死另一位楚國公子出身的重臣昌文君，更剷除了楚氏外戚集團。對秦始皇而言，這無異於一次極大的背叛，也對流着楚國血脈的扶蘇充滿戒備。
扶蘇本身就代表着楚氏外戚集團重新崛起的希望，再加上對朝政要務更自有主張，屢次悖逆秦始皇的政治舉措，實際上已成爲反對郡縣制、反對焚書坑儒，反對北修長城南伐百越、反對沉重賦稅和徭役、反對大修宮室和驪山陵墓的那些勢力團體的代表人物。
“立儲以嫡，無嫡立長”，是華夏世界從商朝和周朝起，通行了上千年的禮法準則。
秦始皇生前爲加強集權，未立皇后，自然沒有嫡子，因此作爲庶長子的扶蘇，按禮法就是皇位當然的第一繼承人。
對秦始皇來說，原本就和他政見截然不同的扶蘇，更因此成爲他皇位的最大潛在威脅，不能不心生忌憚，才一直不願立他爲皇太子，不肯給他正式的儲君名號。
秦始皇感受到了扶蘇的直接威脅，卻沒有斷然廢掉、甚至殺掉扶蘇，同樣是源於扶蘇是各方反對秦政制度集團的共同代表，斷然處置並非萬全之策，要防止這些勢力孤注一擲，變起肘腋。
所以，秦始皇選擇了溫水煮青蛙的手段，先放逐扶蘇去邊疆做監軍，調虎離山之後，從而方便自己一步步削弱其勢力。
而對支持扶蘇繼位的那些勢力集團來說，能接觸到三十萬精銳大軍的兵權，也可以樂觀理解成對扶蘇的信任和看重，當然不會因此就奮然一搏。他們之後就把目光都投向北疆，集中精力放在幫助扶蘇得到長城軍團統帥蒙恬的信任和支持上。
古訓雲“五大不在邊”（太子、君主的同母弟、君主貴寵的公子、王孫 、累世正卿等五種人，不宜久居邊地，因爲他們有權有勢，和君主關係親密，一旦久居邊地，很容易心懷不軌，起兵反叛。）所以，如果當真是君主十分屬意的繼承人，是絕不可能讓他久居邊塞的。
春秋時期，晉獻公以分封之名，將太子申生放逐出外，舉國臣民就都知道他要廢太子了。
對照此前例，始皇帝把扶蘇發配邊疆之舉，同樣說明了扶蘇根本就不是他真正中意的繼承人，纔不肯讓扶蘇久居國都咸陽，和李斯爲代表的朝堂大臣、趙高爲代表的宮廷近臣處好關係，爲未來繼承皇位做準備。
扶蘇以皇子監軍後，和他要監察的蒙恬並未相互制衡，反而關係密切，結爲一黨，更加劇了始皇帝對他的忌憚之心，同時也就愈發將扶蘇排除於皇位繼承人選之外，同時對蒙氏兄弟也不再如從前一般信任了。
當秦始皇病重之時，在處置身後事的緊要關頭，卻將蒙毅這個親信重臣派遣出外，同樣證明了直到此時，秦始皇依舊沒有考慮過傳位扶蘇，纔會特意將已經成爲扶蘇的重要盟友的蒙毅支開。
否則的話，如果秦始皇死時，蒙毅若在場，那麼以他長期隨侍秦始皇，還曾懲處趙高，在一衆親信近臣的極高權勢和威信，這些近臣絕不可能一邊倒地支持李斯和趙高。
兩派相爭動盪之下，哪怕李斯和趙高取勝，消息也勢必走漏，難以保密。扶蘇蒙恬知道秦始皇已死的消息後，又怎會老老實實地認命自殺？
秦始皇死前，接受了李斯、馮去疾等親信大臣的提議，選擇幼子胡亥即位，只因爲一個庸碌的弱勢君主上臺，秦始皇生前各項既定政策也會被延續下去。
而假如扶蘇做了皇帝，秦始皇一生心血草創的大一統帝國的各項制度，都可能被自有主張的扶蘇推翻，秦始皇生前竭力打擊的外戚勢力、宗室勢力、儒家士人勢力，都可能捲土重來，那麼自以爲”功蓋三皇、德超五帝”的始皇帝，又豈能容忍和甘心？