現在國朝初定，大清與蒙古的關係就是一個雷點，誰摻和進去都不會有什麼好下場。太皇太后尚在，誰要打壓蒙古就要受到她的報復，可是滿洲大臣們也不肯支持他們，畢竟誰也不想在自己頭上找一個祖宗，康熙也對蒙古極爲警惕，不過礙於皇祖母的緣故不敢大肆出手。
太皇太后也知道孫子的心思，所以她只能找一個新的大清與蒙古之間的連接點，就是再立一個蒙古皇后。最好這個蒙古皇后能生下子嗣，否則像她的侄女孝惠章太后那樣，沒有孩子只能成爲一個吉祥物。
不過康熙隱約也知道太皇太后的打算，不過現在康熙已經有了嫡子，自然不肯再立一個蒙古妃子，即使是爲了諸位皇子的安全，康熙也更不能讓後宮多幾個蒙古妃子。
康熙知道他的皇阿瑪後宮中子嗣凋零，多災多難，這裡究竟有多少蒙古妃子的手筆只有他們自己知道，甚至連自己的皇祖母都在其中插手。怎能不讓康熙膽寒，連他都是因爲自小養在宮外，即使如此，他也患上了天花。
要康熙說他的皇父做得最正確的一件事就是沒讓後宮中的蒙古妃子生下孩子，否則以他皇祖母的性情，哪能容忍他皇父這麼多年，早就將他皇父給廢了立蒙古妃子生下的皇子了，連他都不一定能活到登基。因此康熙自然不肯讓蒙古妃子再次充入後宮。
而且太皇太后所說的大清與蒙古聯姻，康熙一個字都不相信。看這次太皇太后選的秀女不是科爾沁的人也與科爾沁有關。而蒙古可不是隻有科爾沁，多年來科爾沁憑藉着與大清的關係，佔了多少水草豐盛的牧場。
得到了這麼大的利益，但本身科爾沁軍事方面的實力並不是特別高，還不是憑藉着大清的威懾才立足。
在蒙古科爾沁的女兒們嫁到各部，後來的大清公主撫蒙政策多半借鑑科爾沁。科爾沁在草原上立足的根本就是強大的姻親關係，而非是勇猛的戰士。
與其他不同的是，科爾沁聞名於世的多是女人，如孝端文皇后哲哲，她以側福晉之禮嫁給皇太極，後來被冊封爲皇后。孝莊文皇后也就是常常被稱爲孝莊太后的順治帝的生母，生下順治帝福臨得以封后。還有皇太極最愛的女人宸妃海蘭珠。
因此在崇尚勇武的蒙古大草原上，科爾沁並不能夠服衆。
康熙發現在大清與其他蒙古諸部的交往中，科爾沁在其中起到的角色耐人尋味。在太皇太后掌權後，除了科爾沁部，其他的蒙古諸部與大清的關係日漸疏遠。
如嫁給太宗皇太極的懿靖大貴妃，當時地位上在孝莊太后之上，她是阿霸垓郡王額齊格諾顏之女。原爲末代可汗林丹汗囊囊福晉，生子阿布奈。天聰九年金軍包圍林丹汗的族人，準備正式征服察哈爾。新守寡的囊囊太后爲了族人的性命向後金大汗皇太極讓出北元的玉璽。也是孝莊太后敵人之一。
隨着懿靖大貴妃在孝莊掌握權力後，她所代表的勢力逐漸與大清漸行漸遠。之後因爲董鄂妃的緣故，懿靖大貴妃更是恨極了孝莊太后。董鄂妃原本是博穆博果爾的嫡福晉，後來順治帝福臨搶奪弟妻，博穆博果爾死因不能說是沒有孝莊太后的手筆。懿靖大貴妃與孝莊太后更是反目成仇，她指使自己的長子阿布奈（林丹汗兒子）對科爾沁多番打擊，孝莊太后奈何不了懿靖大貴妃，也只是眼不見爲淨。
後來在康熙八年，孝莊太后告訴康熙要除掉阿布奈，因爲他疑似有叛亂之舉，康熙並未懷疑孝莊太后的話，就以多年不朝覲等爲由，削其親王爵，將其監禁於盛京，並令其子布爾尼襲爵，將安親王嶽樂之女嫁予他爲妻。
康熙作爲一個帝王所想的終究與孝莊太后一個女人不一樣，孝莊對懿靖大貴妃這個搶奪自己丈夫的女人深恨不已，只要找到機會就要打擊她的勢力，出於女人天生的嫉妒心，孝莊太后對這個更得夫君看中的女子極爲厭惡。
而康熙看中的只是懿靖大貴妃深厚的實力，畢竟身爲林丹汗的大福晉還生有兒子，林丹汗的大部分勢力都由她繼承。
林丹汗身爲蒙古的末代大汗，成吉思汗的嫡系後裔、達延汗的7世孫。地位尊貴，曾經是蒙古草原的共主，理論上整個蒙古都是他的。在大義上，即使是科爾沁，名義上也是他的屬下。
林丹汗在蒙古的號召力極高，康熙想要穩定蒙古，對於阿布奈雖然讓其監禁在盛京，但並未虧待他。
但在康熙接受順治帝的勢力後才知道，這一切都是孝莊太后爲了打擊懿靖大貴妃而使出的計謀，這不由讓康熙懷疑孝莊太后以別人危害他地位的名義害了多少人。
康熙細思極恐，想着過去在太皇太后的建議下他除掉的人，如果他們都是無辜的，那麼有多少人因此而敵視他的呢？這時康熙作爲帝王常有的疑心開始冒出來。即使他們不是無辜的，但康熙想到自己可能一直在太皇太后的控制下處理朝政，多少理解了皇父順治的無奈，可康熙作爲一個能名聞後世的諡號爲‘清聖祖’的皇帝來說，他怎麼會甘心想自己的皇阿瑪那樣受到孝莊太后的鉗制。
康熙因此吩咐暗衛讓其調查之前他曾在孝莊口中對他不利的人。
康熙自繼位後，真正除去的人並不多，鰲拜就是其中一個，也是被他引以爲傲的功績，還有關於四大臣，孝莊經常在康熙耳邊灌輸四大臣會是他親政的阻礙，過去的康熙深信不疑，確實，隨着康熙的成長，四位輔政大臣對他的決定反對的越來越多，太皇太后也時常教他一些方法對付他們，之後康熙與四位輔政大臣之間的嫌隙也越來越多。
曾經他也疑惑作爲皇阿瑪的親信，怎麼對他這個皇阿瑪的繼任者那麼敵對？他問過太皇太后，太皇太后只告訴他是四大臣看不起他，要他努力將來扳倒他們。
現在想來他們敵對的多半不是他，而是他背後的孝莊太后，即使康熙知道他們的確有可能是因爲不願失去得到的權利，但康熙固執地認爲其中肯定有孝莊太后的作用。