海軍方面一直在進行出征前的訓練和相關部署，根據聯合艦隊整編方案，海軍方面從現有船隻中抽調出戰船85艘編入聯合艦隊的常備艦隊，包括福船、樓船、蒼船、三桅炮船等原吳淞水師的全部主力戰船。
餘下42艘大小戰船（含破舊維護）則充爲警備艦隊，負責近海防護、長江水道的保障及商船護送任務，並根據魏公公“軍民兩用”的要求，警備艦隊還承擔近海救援、搶險救災等非戰鬥任務，並定期組織沿海漁船、商船做一些針對性的演練，包括新兵的訓練、民兵的組織。
到目前爲止，大明皇家海軍兵員組成仍以原吳淞水營爲主，官兵人等共計4260餘。整編爲聯合艦隊常備艦隊的官兵共計3000人，裝備了各式輕重火炮200餘門，其餘火器、水雷、火龍若干。
莫看官兵人數不多，但實力卻是強悍，因爲是實打實的滿編，因而魏公公聽說福建方面竟然動員舟師上萬，當時就斷定福建方面在吹牛，那個姓黃的巡撫是在往自己臉上貼金。目的無外乎是戰後分果果，而那個黃承玄是浙黨出身，所以也可以認爲這是浙黨方面在誇大實力，爲將來的戰利品分割做籌碼。
公公可不是那種眼光短淺之輩，他若貪小利，也不會拉着浙黨一起出海了。公公深知，偉大的海事大業不可能由他一個人完成，他一個人再有本事，終究有力不及的時候。而中國自古以來有一點最壞，那就是因人成事，也因人壞事。
好比韓信成也蕭何，敗也蕭何。公公希望沿海的士紳商人們都能主動投身海事大業，如歐州般人人下海，這樣才能形成一個舉國思維，一個舉國體系。大明已經落後這個航海時代，如果不舉國投入，單靠魏公公自己是很難趕上超過那些西洋白人的。
很有可能公公眼下鬧的歡，可等哪一天他咯屁之後，就要拉清單了。因此，公公不介意別人打他的主意，想多佔些東西，多得些利益。他鼓勵這種想法，因爲只有貪圖利益，才能不斷進取。貪婪有時候未必是缺點，反而是優點。人類社會的進步，不就是因爲想過的更好麼。
莫說浙黨和那些暗地裡都是幫海盜的沿海世族豪強了，就是東林黨，魏公公都樂意和他們攜手並進。
總之，公公不怕你們貪，不怕你們要，就怕你們不貪不要。只要你們能把海貿做大，讓老百姓跟着沾光，公公就打心眼裡高興。這世間，就是那麼奇怪，如果當官的都是清官的話，老百姓要罵孃的。原因無它，清官多不幹事，幹事則多貪官。
浙江和福建兵馬實力，公公門清。福建那邊不去說它，吹就吹吧。浙江這邊，吹也得有底氣啊，公公可是親自帶兵掃蕩過定海衛的。
說句不客氣的話，這年頭甭管是沿海還是九邊，哪個帶兵的能像魏公公這般重視軍隊建設呢。就公公手頭現有兵水陸兵馬，恐怕都能獨當一鎮，單論戰鬥力的話，甚至都能和兵力最多（定額八萬九千，實有兵四萬餘）的遼東鎮一較高低。
當然，這也是託了魏公公是宮中出來的福，只向皇帝一人負責，不受體制限制，又能搞來大錢，這官兵素質和裝備就肯定到位。若不然上面撥一百兩軍費，層層漂沒下來就餘二十兩，公公就是有天大的本事也得和那巧婦一樣，爲無米之炊頭疼，最終得過且過，只把家丁養好就行。
聯合艦隊方案是公公精心設計的，他希望通過聯合艦隊這個“臨時”性的軍事編制把浙江、福建的兵馬攏在一起，繼而打造一個沿海軍事集團，最終依託這個軍事集團佔領東亞、東南亞，和西洋人一決高低。
公公很慶幸，他來的是萬曆晚期，如果是萬曆中早期，這個設想就不可能實現。得萬曆信任太監的福，只要他年年有孝敬，年年往內廷運銀子，萬曆駕崩之前，沒有人能把他魏公公扳倒。
而且，朝政上對魏公公今後的發展也有一個利好消息。那就是浙黨出身的方從哲將取代東林黨出身的葉向高領導大明帝國這艘大船。有個浙黨的首輔在，公公和浙黨方面的合作肯定沒有問題。哪怕是貴爲首輔，方從哲也不可能背叛他的出身。
按照公公自個擬的聯合艦隊整編方案，艦隊將設司令部及司令長官、補佐幕僚、參謀長、參謀副長、首席參謀等職司。這是個完全後世，甚至可以說是現代化的海軍編組方案。如果完全以公公的整編方案建設大海軍，未來大明帝國的聯合艦隊一定能傲視全球。
可惜的是，因尚未和浙江、福建水師會合，三方也沒有進行軍事層面上的磨合，所以這個整編方案目前也只是紙面上的東西。而在浙江和福建將領來看，這個勞什子聯合艦隊不過就是把原來的把總換個頭銜叫炮術參謀、原來的旗手改個名叫航海蔘謀，原來的參將叫參謀長，原來的總兵官便是司令長官......
但不管浙江和福建那邊到底如何看待這個聯合艦隊，對於公公給出的整編方案上不上心，有沒有完全按照這個整編方案整頓他們的水師，公公這邊反正是投入心血的。
聯合艦隊整編方案的核心其實就是參謀作業，不難發現，參謀這個職司在艦隊官制中佔了很大比例。而早在吳淞水營改編爲大明皇家海軍時，魏公公就組建了參謀司。
在參謀作業這一塊，他老人家真的十分重視，早早就安排參謀司的蔣西鳳從軍中及民間挑選招募識字的年輕人，開辦參謀作業班，進行各式參謀作業的培養，如製圖參謀、航海蔘謀、水雷參謀、聯絡參謀、機關參謀、後勤參謀等。
這些參謀們平均年齡只有25歲，最小的只有16歲，但是其中有功名的寥寥無幾，只有兩個在蘇州店鋪當夥計的童生。
參謀司前前後後一共辦了三次訓練班，共爲皇軍培養了參謀學員268名，雖然這些參謀學員所學和後世的參謀人員相比有很大的落後性，但相對於這個時代卻是先進且優秀的多了。
爲了讓這些參謀學員能夠更好的將所學應用於實踐之中，公公北上之時便帶了第一批的學員，途中進行考覈，根據各自成績打分以便進行分配。遼東寬奠掃擊戰時，又有參謀學員數十名隨軍，經歷了大大小小的戰爭考驗，如今隨着海軍、陸軍的正式成立，這些學員們便正式成爲皇軍一員，從普通一兵晉升爲總旗、小旗銜。
蔣西鳳主持了學員分配，其中被分到聯合艦隊的參謀學員有120人，餘下148人被分在陸軍，近衛師團分得95人，臺灣警備師團則分得53人。
本來蔣西鳳覺得臺灣警備師團只是乙等師團，而且現在整個師團才三千多人，那些師團長、聯隊長不少人都告假回家鄉招兵去了，加上這個臺灣警備師團的將領都是魏公公的親朋好友，所以怎麼看這個師團都是個三流部隊，因此好不容易培養出來的參謀人材應當優先分配在甲等師團。
可魏公公不幹啊，是，臺灣警備師團是他老人家的三大姑七大姨組成的，看起來跟個家族企業似的，可正因爲如此，纔要加強臺灣警備師團的戰鬥能力啊。而且，誰告訴你蔣西鳳咱家這個臺灣警備師團永遠就是乙等師團了。在魏公公的堅決反對下，蔣西鳳這纔不得不派了53名學員補入臺灣警備師團。
聯合艦隊中的參謀學員，官職最高的是機關參謀，官職最低的是政務參謀。陸軍方面，則全部分配在大隊、中隊一級，因陸軍是師團制，只有師團一級設有參謀長，加之學員們年紀和資歷都不足，因而按魏公公的意思，全部擔任大隊、中隊一級的作戰參謀，協助主官進行軍事訓練、戰時負責通信、製圖、後勤等事務。
這也算是從小做起，慢慢磨練，不出意外的話，將來這一批作戰參謀中一定會踊出無數將星。
爲了統一海陸兩軍的指揮權，魏公公已正式將自己提督海事太監所在本部命名爲大明皇帝親軍指揮本部，簡稱大本營。大本營下設海軍參謀本部，陸軍參謀總部，各總部又下設軍事作戰司、通信聯絡司、後勤審計司、兵要地誌司、文書諜報司等一系列軍事機構。
根據大本營發佈的“甲寅皇軍二號訓令”表明，聯合艦隊之常備艦隊、警備艦隊；陸軍之甲等師團、乙等師團完全歸於親軍指揮本部統一指揮。
聯合艦隊司令長官人選暫時空出，皇家海軍之常備艦隊由總兵官王大力擔任，接魏公公令後，王大力立時組織海軍上下檢修戰船，補充淡水、糧食，隨時做好升帆遠航準備。
陸軍方面，鄭鐸率領第一旅團三個聯隊隨海軍前往福建中左所，爲近衛師團主力開拔做準備。
當日，魏公公親率陸海兩軍將領往碼頭送行，賦詩曰：“赤壁一戰乾坤轉，東風送我第一船！”
皇明興廢，在此一舉。