島原之亂的領導人天草四郎，本名益田時貞，父親益田好次是小西行長的家臣。後來時貞被過繼給天草甚兵衛，改名爲天草時貞。天草自小聰穎過人，有神童之稱，且外表俊秀。有一位相士曾對天草說：“閣下面相尊貴，本應掌握天下，只可惜生德川時代，難成大事。”
天草接受天主教思想，民衆宣傳“天地本同根，萬物是一體，其間並無尊卑之別”的教義，被教民奉爲“天童”。
1637年，天草四郎領導了島原、天草的信徒***，史稱“島原之亂”。
島原之亂的領導人，大多是大阪冬、夏之陣逃出來的西軍浪人，其大部分是西軍的天主教徒。西軍戰敗之後，站錯隊的大多數大名不是被沒收，就是被減封。老大都保不住了，小弟就不用說了，很多武士都丟掉了飯碗。
其一部分失去主君之後，就逃到了島原、天草等地方。其比較著名的有出仕天草家、志岐家的“天草五人衆”等豪族。他們招募各地浪人，終推舉天草四郎作爲總大將。
天草四郎的領導下，起義軍迅速佔領島原半島南部的原城，於城上豎立起十字架，掛上畫有十字架和聖像的旗幟。他們宣佈要推翻幕府，建立“地上天國”，成立天主教信仰的政府。據統計，參加***的教民共三萬七千餘人，其有戰鬥力的爲一萬三千餘人。
同年12月，幕府先後接到島原、天草農民起義的消息，急忙派遣板倉重昌爲幕府專使，赴州領導***起義軍。板倉到達州後，對起義軍動兩次進攻，但均以失敗告終。
因此，幕府又派譴鬆平信綱前往州督戰。獲此消息後，板倉感到幕府對自己不信任。1638年元旦，鬆平信綱到達州之前，板倉對原城起義軍動了突擊進攻。但是天草四郎領導的原城義軍的奮力抗戰下，板倉軍隊大敗，損失三千餘人，板倉重昌戰死。
鬆平信綱到達州後，以板倉的失敗爲教訓，採用包圍的戰術，企圖等待城糧，義軍自動瓦解。與此同時，沒有什麼辦法的幕府軍居然請求荷蘭人幫忙炮擊原城。但是荷蘭人也沒有多少大炮，攻擊同樣的不給力，一番折騰之後仍然沒有什麼實際效果。
別看荷蘭人也是信天主教的，但他們動起手來也一點不會客氣。看到這個，大夥是不是有些眼熟。沒錯，這幾乎就是國太平天國起義的前奏。當年，歐美列強照樣是幫助韃子，一點兒也沒有考慮什麼香火之情。
然而，由於圍城，糧食缺乏，義軍戰鬥力大大下降。1638年2月28日，幕府軍動十餘萬軍隊對義軍起總攻擊，因飢餓力衰，義軍大敗，原城陷落。天草四郎及其屬下全部義軍戰死。島原、天草農民起義宣告失敗。
島原之亂結束後，幕府的各藩也受到了嚴厲的處罰，鬆倉家的當主被判斬之刑，天草領的領主寺澤高堅被減封，後來江戶狂自殺。
島原之亂的失敗，是天主教後一次***世的歷史舞臺上出現。天草四郎領導的起義軍，依靠着狂熱的信仰，可以用不到一萬五千人的兵力抵擋十餘萬人的幕府軍隊近一年，可見一支被宗教***之後的軍隊的堅定性。
正是因爲這樣，天主教被幕府加的敵視，打擊力進一步加大。
此後，天主教從此一蹶不振，對於天主教的信仰完全轉入地下，人數也非常少。自1549年以來傳入***的天主教幾乎消失，歷時僅僅不到90年。直到明治維時期，天主教才重開始擡頭。
天主教***撲街的原因有很多，分析起來主要有有三點，其實都是他們自找的。
其一，天主教這種一神教，有着極強的排他性，他們傳教過程，所表現出來的對***神道教、佛教，以及儒家思想的反對和藐視，也是自古以“神國”自尊，深受儒家思想影響的德川統治者所不能容忍的，這是對積澱已久的***傳統化的挑戰，自然會引起***統治者強烈反感和抵制。
此外，天主教還反對***社會的一夫多妻制和蓄妾行爲，反對墮胎、切腹、販賣人口等。天主教的此些倫理思想都是直接地、正面地與***傳統倫理道德思想相對立，相沖突，兩者之間的矛盾是不可調和的。
其二，天主傳教規模的擴展，信徒的激增，引起幕府的恐慌。1581年，***全國信徒約有15萬人。到17世紀初，***全國的天主教徒已激增至75萬人之多，天主教已深入民間，遍佈***各地。傳教士通過把信徒組織起來，編成講、組進行有計劃、有組織的傳教活動。此種傳教行爲使德川幕府深感不安，深恐這些天主教徒被豐臣秀吉的遺族、舊臣以及反德川勢力所利用，組織***。
而且天主教逐漸滲透到德川幕府統治的內部，形成幕府統治的潛威脅。天主教不斷滲透到***社會的各個階層之，許多地方大名、領主、央官吏以及德川氏的近臣都成爲虔誠的天主教徒。1609年生的“切支丹武士”岡本大八與“切支丹大名”有馬晴信的瀆職事件，已引起了德川幕府的高警覺和震驚。且許多切支丹大名、武士，對天主教的虔誠程遠遠超過了對幕府的忠誠。
此外，位於***西部地區的多數大名、領主，基本上都是對德川幕府心懷不滿的那種。他們要麼是豐臣政權的遺族或舊臣，要麼就是像島津那種，一向對央政權陽奉陰違的土皇帝。
而天主教有着很強的凝聚力，就似一張無形的網，將他們緊緊連一起，形成一種潛力量。這些潛力量一旦爆或被天主教所利用，則足以動搖德川政權的統治。
爲此德川幕府爲穩固政權統治，必然會採取相應的措施來抑制和打擊天主教。
其三，也就是重要的一點。那就是天主教這個外來的西方宗教，並不像是他們宣傳的那樣善良，也並非是僅僅爲了信仰。要不荷蘭人怎麼會幫助幕府，對天草義軍開炮。
這些傳教士可都是侵略的開路先鋒，他們與歐洲殖***義侵略勢力有着千絲萬縷的聯繫，使***統治者一直對其心存疑慮和恐懼。雖然他們***採取了和平的傳教方針，但那完全是因爲***比較強大，他們一時吃不下。
天主教當年一直都是這樣，如果遇到軟柿子，就直接捏了，比如倒黴的印第安人和非洲人，還有菲律賓和越南等地區。而遇到強大的，則是採取滲透、和平演變等較緩和的方式進行，比如對國、***、印等地區，就是使用的這種政策。當然，使用這種政策的地區，他們都無一例外的遭到了可恥的失敗。
如1596年的“聖?菲力蒲號事件”，就把天主教的侵略本質暴露無疑。豐臣秀吉的部將增田長盛與該船船長談及西班牙的廣闊領土是如何得到時，船長回答說：“先派傳教士，使其國民成爲信徒，然後派遣軍隊與信徒裡應外合，征服該國。”豐臣秀吉聞此後，隨即開始第一次禁止天主教，並對天主教傳教士和信徒進行大肆***。
後來的德川幕府也是一樣，他們爲維護***和民族尊嚴，防止西方殖民勢力利用天主教東侵，即採取極爲殘酷的禁教政策打擊消滅天主教，也是可以理解的。
當然，到了現代社會，這些顧慮都已經不存了，所以天主教才重展起來了。但是經過了這麼多年的壓制，他們再也牛叉不起來了。
到了現，***的天主教信徒也不過才50萬人多點，別說不能和佛教、神道教等老牌宗派相比，就連一些大點兒的邪教都比不上。
而且別忘了，現代***人的宗教思想是很隨意的，比起同屬東亞的韓國人，完全是兩回事。所以這50萬的水分相當大，虔誠教徒能有5萬人，教廷都可以感謝上帝了。