導師C0N009也是死於一場車禍。
已經在那個秘密基地與世隔絕的生活了五年的他，突如其來的被總監找去談話，給他一次探親的機會。
他本來就不屬於軍方，他是一名大學教授，在秘密基地之外有他摯愛的妻子和一雙兒女，得到這個消息後，他立馬答應了，興沖沖收拾了幾樣東西，跟山本正夫交代了一些工作方面的注意事項，便鑽進一輛軍車出了基地。
五天後，秘密基地的總監又把山本正夫喊去了。
總監一臉哀容，拍了拍山本正夫的肩膀，把一份報紙鄭重的塞進了他的手裡。
山本展開看時，赫然見到驚人的一行標題——失蹤五年的教授終於現身，卻是在全員死亡的車禍現場。
山本正夫緊咬牙關，努力壓制着內心的震驚和悲痛。
這些日子裡，這位導師於他簡直如兄長和父親一般，雖說他待人淡薄，卻是充滿善意與真誠的，對於十幾年孤僻苦悶中成長的山本正夫來說，是極爲難得的人間的溫暖。
山本正夫紅着眼，失魂落魄的聽着總監言不由衷的連番說辭，他先是感慨了一番C0N009的不幸，沒幾句，便開始恭維起山本正夫的天賦與學識來，幾分鐘而已，便換了一副臉色，笑嘻嘻的恭喜他，成功繼任導師的崗位，極盡拉攏收買之能事。
不過，這一切看在山本正夫眼裡，卻令他感到十分的噁心。因爲在導師臨走前，除了叮囑工作之外，還滿懷傷感的說了一句：“希望他們真的可以給我這機會，看見我的妻兒，哪怕一眼也好啊。”
“怎麼？這次不就是准許老師回家探親的麼？”不解的山本問道。
導師無奈的搖了搖頭：“還記得我給你提過的那個負責人麼，慈悲的佛者，與偏執狂作對的那個?”
“出車禍的那個？”山本詫異道，他不明白導師爲何在此時提到他，那個十幾年前就死掉的人。
“是，呵呵，”導師苦笑，眼睛裡已滿是悲慟，“那是我的老師。”
C0N009沒再多說什麼，扭頭出了研究室。
聰明如山本正夫早已猜到了導師話裡的意思，他是被他們謀殺的。
山本正夫再一次封閉了自己的內心，不過，自打真正擔任該項目的負責人後，山本正夫才發現這個項目的研究已經進入了難以打破的瓶頸期。
軍部懷疑導師C0N009故意拖慢進度，導師也不願意跟那幫武夫多加辯解，因而招來了殺機。
系列情報三，山本正夫的研究
此時的山本正夫還沒有表現出明顯的政治傾向，對於一個初學者，他更希望在自己的專業領域有所建樹，在這個生物學、病毒學、遺傳學扎堆，滿眼盡是頂級的研究設備和浩如煙海的研究資料的地方，山本正夫一下子便被吸引住了，很快便從導師被軍部謀殺這樣的事件中抽離出來，全心全意投入到研究之中。
山本正夫發現，在過去的幾年中，那些最初接觸過病毒樣本的研究人員陸續感染身亡，真正的病毒樣本便被封藏起來，大概有一年左右的時間，山本正夫只在C0N009的帶領下見過一次那份樣本。
它被放在地下一百多米深的儲藏室中一間特殊的房間裡，那個房間只放了那一份病毒樣本。整個房間有六道厚厚的由不鏽鋼、玻璃、陶瓷、鉛錫合金等不同材質做成的大門。
重重門禁，與其說是爲了防止病毒樣本被盜——更像是防止那些病毒跑出來。
對於這種病毒傳播媒介和傳播路徑，大家始終無法研究透徹，因而也無法確定哪種材質可以完全的隔絕這種病毒的傳播。
病毒樣本不僅存放保密，就連研究者在觀察時，也只能穿上厚厚的隔離服，保持五米以上的距離，以望遠鏡觀察。
事實上在大批的研究人員感染病毒死亡後，軍方高層也同意了停止對病毒樣本的研究。
秘密基地內關於該病毒的實驗之類，主要是從哪些感染者的屍體入手，而在那些屍體中又找不到病毒的存在，這樣的研究模式，自然無法取得實質性的進展。
山本正夫用了半年多時間熟悉前人研究成果，形成了自己的一些觀點和猜想，便向軍方派駐的總監提出要求，必須重啓對病毒樣本的直接研究，否則絕對無法取得實質性進展，耗費再多的人力財力都是徒勞。
對於山本正夫的請求，軍部自然不會置之不理——這是個顯而易見的道理，哪怕是一個對生物學、病毒學毫無見地的大兵都能理解，不直接研究那些病毒，當然不會有什麼正確的結果。
唯一的障礙就是如何展開對病毒樣本的研究？
這不是研究者有沒有那個膽識和勇氣，決策者想不想的問題，還有金錢、人力等等，都不是問題。
問題是在這之前，人們已經投入了大量的人力、財力，專門研究這種病毒的感染路徑和媒介，以及何種材料能夠有效隔絕它的傳播。結果都不是很理想。
曾經有一位研究員，穿戴了以橡膠等材質特製的塑膠衣，從頭頂到腳底嚴密包裹，僅僅留了鼻孔處接駁了防毒面具，終於從那份樣本中分離出一毫克的病毒樣本。
那件事確實大大鼓舞了人們，可三個月後，那位研究員，還有他的兩位助手，還是被感染了，生命衰竭而死。
大家推測這是一種活性極強的病毒，它們甚至可以吸附在空氣中的微塵上進行傳播，甚至它們自身都可以分離出細小的個體，漂浮於空氣中，從而進入人的空氣系統——就連那些防毒面積都無法徹底感覺它們。
山本正夫還特別研究了那位前輩留下的塑膠隔離服和一間特製的實驗室，發現他的做法確有可取之處，問題很可能出在病毒樣本取用、培養的過程中，以當時的設備，還是無法做到讓病毒與外界完全隔絕。
山本正夫查看資料發現，他們在實驗室中抽取、培養病毒，完成相關動作後再放回地下儲存室，在不針對病毒樣本做實驗的時候，他們在實驗室中則放鬆了警惕，不再穿戴那些笨重的隔離設備——畢竟那些設備套在身上，實在難受的要命——而這，也真的要了他們的命，那些漂浮於實驗室空氣中的病毒，要了他們的命。
山本正夫向總監提出自己的建議，首先他肯定了前輩的做法，既然有三個月的安全期，就說明他的做法有一定的效果，只是還需要加強。
而他，山本正夫希望得到一次遊學的機會，目前基地中的人員、設備已經是日本最頂尖的了，日本本土已經沒有希望找到解決問題的辦法，只能去歐美國家遊學，在那裡尋找一些可能性。
這一要求則直接促成了山本正夫的作爲一名間諜的人生旅程。