888年初，秦宗權派大將石璠帶領萬餘人攻擊宣武軍之陳州、亳州，朱全忠遣朱珍、葛從周將數千騎應敵，葛從周奔陣生擒石璠，大敗蔡軍。唐僖宗見朱全忠屢勝，便以全忠爲蔡州四面行營都統，代替時溥，討蔡之諸鎮兵皆受朱全忠節度。徐州時溥怏怏不樂，不聽其號令。在兵力大增後，朱全忠猛攻秦宗權，大敗秦宗權於蔡州之南，分諸將立二十八寨以包圍蔡州。這日，朱全忠親自到前沿督諸將攻城。在蔡州南城即將攻克時，朱全忠腋下忽中一流矢，流血滲衣。嚇得朱全忠出了一身冷汗，心說道“太險了。幸好沒中要害！”左右之人趕忙圍了過來，朱全忠誡囑他們道“萬勿泄露此事，城池垂克，不可影響士氣。”不久蔡州南城就被攻下，朱全忠越想越是後怕，看着秦宗權已不足爲憂，便留兵圍城，自己向汴州返回，從此他再不敢親臨陣前。
到汴州後，朱全忠得到唐昭宗之召書，要其護送劉瓚到楚州就任刺史。朱全忠與朱珍商議道“此番往楚州，又要經過時溥之地，我想他必會再次出兵阻攔。我給你五千兵力先行，另派李唐賓領兵一萬餘爲後繼。若遇到時溥軍隊，萬勿與之交鋒，立即撤退，待李唐賓到來後與其合兵再攻擊。時溥前番不聽帝詔，這回若再出兵阻截，我們便是師出有名，可趁機將其滅掉……”
朱珍帶領兵將護衛劉瓚前去赴任，果真遇到了時溥所派李師悅帶領的截擊部隊，朱珍依計而行，與李唐賓將其大敗，朱珍陣斬李師悅，之後乘勝又攻下了沛縣、滕縣，斬殺擒獲一萬餘人。時溥得知後親自將步騎七萬屯在吳康鎮，準備來奪。朱全忠就派龐師古領兵數萬前往，與朱珍合兵一處，在吳康鎮一戰大敗時溥。朱全忠還另外派兵攻克了宿州。時溥的勢力被大大削弱。
已近歲末，秦宗權被圍困數月，勢力日蹙，上下離心，人人都欲出降。終於，其將領郭璠發動兵變，將秦宗權折斷膝骨，送給朱全忠，並領兵出降。889年二月，朱全忠將秦宗權送至京師，在獨柳斬首。唐昭宗大爲高興，加朱全忠兼中書令，並進爵東平郡王。全忠既克蔡州後，軍勢更盛，志驕氣滿，竟想兼任鹽鐵轉運使。他派人向皇帝道出此意後，衆臣都畏其聲威，無一敢拒絕者。唐昭宗也因其功大欲要答應。唯獨宰相孔緯認爲不可，他私下與唐昭宗說道“鹽鐵乃天下之大利，國需之根本。若舍此與之，朱公將獨佔大利，他日若反，我們無糧養兵，朝廷危矣。”唐昭宗這纔沒有應允，孔緯還聲色並厲的向朱全忠使者說道"若朱公必要此職，非興兵不可！"在使者回復給朱全忠後，朱全忠略加收斂，也放棄了這個念頭。
再說朱全忠派朱珍對陣時溥，時溥屢敗。因與天平鎮地勢相接，時溥便與朱氏兩兄弟結爲聯盟，又知河東是其死對頭，便向李克用求救。李克用這時正有戰事，難以抽出兵力，但亦不願坐視不管，便派其將石君和帶五百騎兵前往。
時溥以石君和騎兵爲先鋒出戰，朱珍小有不利，退入營中。考慮到作戰不利，朱全忠可能會親自到來，朱珍令諸軍嚴明紀律並清理馬棚、修整軍械裝備以迎接其到來。唯有李唐賓的裨將嚴郊怠慢無禮，受到了軍候範權的嚴厲斥責，並被派人嚴密監察。李唐賓是朱珍之副，二人驍勇不相上下，兩人統軍屢建大功，日久生隙。李唐賓素來不甘居朱珍之下，因此遭到了朱珍的嫉恨。這時李唐賓見其下屬受到如此之待遇，認爲是朱珍故意找茬，帶着一臉怒氣來找朱珍訴說此事，言辭激烈。朱珍大怒：“唐賓膽敢對主帥無禮！”令左右之人將其擒下，立即斬殺。
朱全忠聽聞後，心中大驚。朱珍擅殺大將，罪不可赦。可若治他的罪，戰事方殷，豈非自折股肱？他召敬翔與之商議，敬翔說道：“必須殺。如今這時代，將驕便難駕馭，公不見屢有節度使被其副將所殺繼而取代嗎？公是有大志之人，爲大事者必先正刑令！絕不可姑息一將，殺了朱珍正好以儆效尤，杜絕以下犯上之心。”朱全忠問道“那之後，當以誰爲將？”敬翔道“龐師古、葛從周俱是有勇有謀之將，朱珍每戰前也必與他倆商議策略，是以多立功勳。此兩人俱有統馭之才！”敬翔所推舉之人正和朱全忠心意。因爲當年攻蔡州時，有次戰役，朱全忠臨陣馬踣，蔡州兵衆來追甚急，葛從周扶朱全忠上馬，奮命以衛，拼死與敵格鬥，才使朱全忠先脫離危難。然而葛從周身中數槍數箭，面部被斫一刀，身受重傷，爲衆所圍，所幸救援來到來才免於一死。從此葛從周面上留下了道很深的傷疤。“刀疤葛”的綽號也在軍中暗暗傳開。
敬翔又接着說道“不過，我還有一個更合適的人選！”朱全忠疑惑道“是誰，快說！”“正是公之長子朱友裕。友裕武力絕倫，少年時便從公征戰黃巢。攻華州時，有一敵將登城牆大罵，諸將彎弓而射，無一中者。友裕一箭使其墜落，三軍大喜，稱讚聲震盪山谷。更何況令子生性寬厚，頗得士心。以之爲將，必能服衆！”朱全忠點了點頭。
於是朱全忠令武士拿住朱珍，責其專殺之罪，要將其斬首示衆。朱珍之將丁會久從朱珍戰，聽說後大驚，趕忙帶十餘名裨將來勸“朱珍屢立大功，還請明公三思啊！況且目前戰事正緊，臨陣斬將乃兵家大忌啊！”朱全忠絲毫不聽，丁會一衆仍然跪求不已。朱全忠惱了“老子要殺便殺，誰敢再阻攔，連他一起殺了”拿板凳砸向丁會，諸將這才退下。
890年四月，時溥出兵攻擊朱全忠故鄉——碭山，朱全忠令其長子朱友裕帶兵攻擊，斬殺三千餘人，石君和因重傷被俘於陣。這時唐昭宗下了討伐河東之詔書，朱全忠遣使者請糧並借道於魏博藩鎮以伐河東，魏博節度使羅弘信不答應。朱全忠又請於鎮州，鎮州節度使王鎔方與李克用修好，亦不答應。朱全忠大怒，雖說時溥還沒解決，仍決定攻打魏博。十二月他令大將丁會、葛從周渡過黃河，攻取黎陽、臨河，龐師古、霍存攻下淇門、衛縣，朱全忠親自以大軍爲後繼。
891年正月，羅弘信在內黃駐軍。朱全忠麾軍前攻，五戰皆捷，直打到永定橋，斬首萬餘級。羅弘信這時害怕了，派出使者帶着豐厚的財物去請和，表明願從此附於朱全忠，唯其命是聽。以後若有戰事，出兵出糧，一切都聽從調遣。朱全忠這才接受了其和，還軍河上。