在唐僖宗與田令孜還沒商議好如何對付“流寇”時，王仙芝與黃巢的勢力已漸成燎原之勢。他們將部衆分爲十餘股，王仙芝與尚君長、柴存、畢師鐸、曹師雄、柳彥璋、劉漢宏、李重霸原爲八大王，各爲一股之首領，黃巢與其兄黃揆、弟弟黃鄴、侄兒黃存、外甥林言等亦各爲一股首領。到875年的年末時已經轉掠河南十五州，遠者已深入淮南地區。他們採取流動式作戰，攻陷一城後，就將其搶掠一空。然後再轉向其他城池進行攻掠。不計一城一地的得失，不留兵士進行守城。
“金眼蛤蟆爭努眼 翻卻曹州天下反”的歌謠也傳入了宮中，唐僖宗聽說黃巢的名字後大爲驚懼，害怕他就是自己夢中的那個黃衣小孩。急忙與田令孜商議應對之策。唐僖宗問道“流寇形勢發展這麼快，如此猖獗，阿父可有良策啊？”
田令孜故作不慌不忙的說道“依我看，不如集合諸道節度使對其進行圍追堵截，相機進剿。可剿則剿，若實在難以剿滅，可以配合招撫，令節度使們見機行事吧！我覺得他們也就只能猖狂一時，不會動搖我們大唐社稷的。陛下且請放寬心吧。前些時候節度使薛崇爲賊所敗，這次我們不妨用宋威，宋威平龐勳時立功不小，其人多計謀。可以使他爲諸道兵的總帥。”唐僖宗聽後果真再不擔憂了，向田令孜說道“我就知道阿父自有策劃。那這事就全都委託給你了。”於是田令孜使唐僖宗下詔，使平廬節度使宋威爲諸道行營招討使，淮南、忠武、宣武、義成、天平五軍節度使都受其節度，相機進剿。
876七月，王仙芝攻沂州，宋威領軍與其在城外交戰，大敗王仙芝，王仙芝本人得以逃命。邀功心切的宋威妄奏王仙芝已死，田令孜領百官向皇帝稱賀，皆以爲流寇不過如此，便下詔遣散了諸道節度使之兵。但僅僅三日後，就有州縣上奏王仙芝尚在，多處州縣都受其攻掠之苦。皇帝只得重新召集諸路兵，可這些兵士心中都很不樂意，他們剛準備休息就又受到召喚，皆怨憤思亂。
在八月時，王仙芝又攻陷陽翟、郟城。想到東都洛陽有危險，皇帝便詔昭義節度使曹翔領步騎兵五千及義成兵保衛東都宮殿，左散騎常侍曾元裕爲招討副使，守東都，又詔山南東道節度使李福選步騎兵二千守汝州、鄧州要路。王仙芝很快就進逼汝州，李福所派出的裨將及其軍隊被全殲。九月時王仙芝就攻陷了汝州，活捉刺史王鐐，之後直逼東都，洛陽大震，士民開始帶家眷財物紛紛逃出城。後來王仙芝又揮兵南下，到了冬季末，王仙芝、黃巢大軍接連攻陷郢、復、申、光、廬、壽、舒、通等州。江淮地區危急日甚一日。宰相鄭畋緊急上言道：“自沂州奏捷之後，仙芝愈肆猖狂，屠陷五六州，瘡痍數千裡。宋威衰老多病，自妄奏以來，諸道多所不服，如今停留在毫州，毫無進討之意。曾元裕擁兵蘄、黃，亦望風退縮不前。若使賊陷揚州，則江南亦非國有。臣深知崔安潛威望過人，張自勉乃驍雄良將，宮苑使李彖乃西平王李晟之孫，嚴而有勇。請以崔安潛爲行營都統，李彖爲招討使代宋威，張自勉爲副使代曾元裕。”
鄭畋所言不錯，宋威確實玩寇不前，他私下與曾元裕謀道："龐勳之滅，康承訓功勞最大。但卻因衆官所嫉，讒言四起，誣其作戰不力，最終被革除官職。我們即便剿匪成功，能免於禍嗎？不如留賊與其周旋，萬一賊首僥倖做了天子，我們也不失爲功臣。”因此宋威故意與王仙芝之軍保持一舍的距離，顧望不進。皇帝知道後，開始考慮鄭畋的建議。
不久後，王仙芝舉衆大攻蘄州。蘄州刺史裴渥，是王鐐做知舉時所保舉的進士，王鐐就爲仙芝做說客以說裴渥。於是裴渥與仙芝約定，斂兵不戰，並答應爲之奏官，使皇帝招撫王仙芝，王仙芝大喜。裴渥開門迎接仙芝及黃巢等人入城，大置酒席，多贈寶貨。並向皇帝上表請求招撫王仙芝一衆。唐僖宗召集羣臣商議招撫事宜。諸宰相多數認爲：“當年先帝不赦龐勳，一年多的時間就將其消滅。如今仙芝乃小賊，非龐勳可比，若赦罪並贈其官爵，怕會更加助長奸宄之輩的作亂之心。”田令孜則認爲賊勢浩蕩久久未平，再戰下去後果不知如何，招撫是最好的辦法。懷着這種苟且圖安的心思，皇帝聽從其決定。便下旨封王仙芝爲左神策軍押衙兼監察御史，派出一中使前去蘄州授予仙芝官爵。仙芝得此官爵甚喜，王鐐、裴渥都爲其稱賀。
王仙芝野心並不大，以爲自己以一鹽販子做到朝廷如此大官，更有何求？可是黃巢卻非容易滿足之輩，立志定要滅唐稱帝而後快。再說，這次招撫，僅賜王仙芝一人官爵，黃巢等人都沒有份。黃巢大怒說道：“當初我們共立大誓，約定同取江山，事成後平分天下。你忘了誓言嗎？我黃巢當初真是看錯了人，不該救你。如今你想獨自入宮做官，要將我們這五千餘人置於何地？”大怒之下揮拳毆擊王仙芝，王仙芝受傷出血，部下趕忙上前分開兩人。衆義軍皆不恥王仙芝之自私行爲，紛紛大怒，喧噪不已。
王仙芝雖然很是憧憬朝廷官爵，但迫於衆怒，他不敢接受詔命。被迫與部衆一起大肆掠奪蘄州。城中之人，半數被逐，半數被殺，住宅民房盡被焚燬。裴渥趁亂逃奔鄂州，皇帝的使者逃奔襄州，王鐐仍被義軍所拘。經此一番分歧，王仙芝與黃巢分道揚鑣，三千餘人跟從王仙芝及尚君長，二千餘人跟從黃巢。
不久後，王仙芝攻陷鄂州。黃巢攻陷鄆州，殺了節度使薛崇。黃巢心想義軍一分爲二，戰鬥力大減，不如先委屈自己與仙芝再次聯合，待事成後再將其除掉。於是派人去說王仙芝，希望能夠合軍共事。王仙芝爽快答應。