現在的時間是18:00，學園都市內的學生經過十一個小時的疏散撤離幾乎已經全部離開了學園都市。
而那些沒有自我行動能力的人都由軍隊統一組織撤離，比如醫院病牀上的病人和“去精留粗”中的那些孤兒。
說幾乎也只是因爲按照美琴偷出來的名單上還有幾十人沒有從學園都市內撤離，但是考慮到這些人可能是某些人爲了方便行動安排的假身份，所以美琴覺得這幾十個人在整個計劃面前無足輕重。
況且在政府和軍隊近十個小時的撤離宣傳下仍然待在學園都市、不聽指揮的人，美琴表示這些人沒救了。
仍然是美琴去過的那個軍事基地，仍然是那個有着大屏幕的會議室，身後站着一羣指揮學園都市行動的軍方高層的美琴正在和小泉首相視頻通話。
“首相先生，我認爲真正的計劃已經可以實施了！”
美琴隨意的翻看了一下沒有撤離人員的名單，發現全是一些動漫中聞所未聞的名字，既然這樣也就不用顧及他們了。
“好的，我在此下達內閣會議做出的決定，攻擊計劃正式開始實施！”
“是！！”“是！！”
屏幕中兩鬢微白的小泉首相嚴肅的說些，但是想到能夠將學園都市納入政府統治，小泉首相眼底也閃過了一絲激動。
雖然首相現在是被美琴控制了，但是剷除學園都市這個霓虹的國中之國也是讓他一直殫精竭慮的事情，現在能夠藉助美琴大人的手解決這個麻煩，小泉首相覺得自己心裡有些驚喜和惶恐。
“副官，疏散部隊撤離出來了嗎？”
給美琴遞過軍服、負責學園都市整個行動的山本將一向旁邊的年輕副官詢問道。
坐在指揮室首席的他看着面前的大屏幕頭也不擡，瘦削健壯的身體中一股軍人的鐵血氣息隱而不發，嚴厲的話語讓旁邊的年輕副官微微低下了頭。
“是，學園都市內部軍隊已經全部撤離！”
旁邊的年輕副官雖然覺得有些匆忙，但是仍然回答道。
“好，命令特殊部隊攜帶學園都市暗部組織地圖進攻，除了我們的人，明天早上我不想看到學園都市內還有任何活着的人！！”
山本將一說到最後臉色陰沉的說，本來再遠的人員撤離也不會超過五個小時，現在整整用了十一個小時，這讓本來打算在美琴大人面前表現一下的山本將一心情有些不快了。
“明白！！”
聽到山本將一不在乎學園都市剩餘幾十人的命令，旁邊的年輕副官身體被軍方行動表現出來的殘酷嚇得抖了一抖，但是他立刻強自鎮定下來接受了命令。
等到山本將一徑自離開年輕副官才輕呼了一口氣，想到剛纔的命令，年輕副官正了正臉就向旁邊的電話走去。
這次崩潰學園都市計劃的收尾階段就是由特殊部隊執行了，特殊部隊共三萬人，他們的任務是在儘量不損傷學園都市內部建築和儀器的情況下殺死所有留在學園都市的人。
不管…他是大人還是小孩，甚至學園都市內的小孩更加危險，是遇到之後優先消滅的目標。
特殊部隊在進入學園都市後是分爲三人一組的小隊，這支特殊部隊沒有任何的大型槍.械，內部隊員的基本裝備是紅外透視儀和閃光彈。
每個小隊由兩人攜帶可以穿透數面厚實牆壁微型次聲波武器，一人攜帶大量的閃光彈、毒氣彈和催淚彈進行輔助，當然近身的手槍和軍刀他們身上也不會少。
進入學園都市後的特殊部隊直奔一個個研究基地和暗部地下組織，紅外線掃描確認敵人，然後次聲波直接穿透數面牆壁讓敵人體內器官碰撞、體內大出血死亡。
幾乎沒有任何的損傷，敵人在靠近前甚至隔着幾條通道就被發現擊殺，特殊部隊迅速的佔領了一個個在白天軍隊久攻不下的據點，高科技新式武器碾壓實彈武器的局面被盡徹淋漓的展現出來。
軍隊的殺人武器從來不只是機槍大炮，坐在所謂火力強大的驅動鎧中又如何，驅動鎧在設計時可沒考慮防禦次聲波的攻擊。
況且就算真的有這種設計的話，那不到一米厚的護甲真的能防禦可以穿透五十多米厚度混凝土的次聲波嗎？
毫無疑問，在早上太陽重新升起的時候，學園都市已經被軍隊完全佔領。
殘留的地下組織、秘密基地？
在亞雷斯塔那裡找到的資料全部包括在內。
留下來反抗的其他能力者？
在遠處就被紅外透視儀發現的他們就已經死在次聲波上了，能力者的身體可還是普通人，而軍人仔細認真的素質也讓能力者們根本沒有靠近的機會。
學園都市已經被霓虹政府收復，內部被亞雷斯塔封鎖的關於大腦開發和超能力的資料也被政府收入。
世界各國控制的科學家都涌入學園都市吸收着內部的知識，反正在各國首腦都被美琴控制、地球聯盟隨時可能正式成立的情況下還是集合全球的力量發展研究比較好。
既然學園都市已經被政府掌控，現在還只能充當移動威懾性武器和吉祥物的美琴也沒事幹了，反正她對行政管理和科學研究並沒有很大的興趣。
這種事情美琴還是打算交給專業的人來作，作爲門外漢的她在這些方面可不敢隨便指手畫腳的，其實美琴只是懶癌晚期發作不想動了而已。（鹹魚臉）
思來想去，美琴發現自己沒事做了，然後只能認命的回家了。
時間嗖的過去了幾個月，學園都市在霓虹政府…哦不…地球聯盟霓虹分部的掌控下再次開放了。
在這段時間有些仗着自己具有超能力、恣意妄爲的傢伙引起了很大的治安混亂，爲了解決這種情況聯盟霓虹分部再次重啓了學園都市。
所有學園都市曾經的學生必須回到學園都市學習，拒不實施者政府將進行強制措施。
學園都市的招生範圍也不再僅限於霓虹，世界各地的孩子都可以送來學園都市接受大腦開發和超能力開發，當然給學生樹立正確的價值觀也成爲了學園都市教學的重中之重。
學園都市的治安再次由教師組成的警備隊和學生組成的風紀委員負責管理，政府對這套制度維持治安穩定的能力表示了肯定。
但是爲了防止學園都市再次出現大量的不良，霓虹分部決定增撥款項除了私人空間外在每個地方都安裝攝像頭，一旦發現勒索、霸凌、非法集會的現象立刻進行制止和懲罰，懲罰按照嚴重情況勞改、拘留、電刑、廢除能力趕出學園都市等不止。
時隔幾月，御阪姐妹和初春、佐天、黑子等人再次在學園都市會面。