細菌戰早在14世紀就已經由蒙古人首先使用，當時在進攻黑海城市卡法的時候，蒙古軍隊使用投石機把帶有鼠疫病菌的屍體拋入了城內，致使城內居民和軍隊很快就感染了鼠疫。
由於鼠疫這種病傳播的速度很快而且致死率達到了70%，卡法城很快就不攻自破。
不過由於當時的隔離和衛生條件所致，鼠疫蔓延到了全歐洲，並且肆虐了近300年，導致近3000萬人死亡，在當時的歐洲，人們談黑死病而色變，黑死病就是鼠疫。
由於爪哇島上氣候炎熱、植被豐富、動物資源極多而且人口密集，對於鼠疫的傳播和擴散都是非常有利的條件。所以，在論證了好多條方法之後，劉芾決定對爪哇島使用細菌武器，以便用最快、最便宜、最徹底的方式，消除掉爪哇島上的2000多萬爪哇人。
會不會遭到世界輿論的譴責？劉芾認爲輿論這個東西只能影響不夠強大的人和團體，如果力量差距太大，輿論毫無作用，而現在這個時期，正式一個好機會，所有比南海聯邦強大的國家都在打仗，所以劉芾不太怕什麼輿論。
況且劉芾覺得，按照自己的佈置，雖然不敢說一隻蒼蠅都飛不出去吧，但是想要把爪哇島上的情況帶出爪哇島去，也非常非常的難。
那島上的荷蘭人會不會向荷蘭政府發報揭發，那就不是劉芾能解決的問題了，兩國已經處於交戰狀態了，誰會相信荷蘭政府的指控呢？
會不會遭到良心的譴責？劉芾一點也沒感覺到良心有啥問題，從政的人如果還有良心，那就不是一個合格的政客，需要你有良心的時候，你就要馬上把良心掏出來，展現給大衆，並且還要讓大家看清楚，自己的良心比別人都長得大；而不需要你有良心的時候，你就得馬上忘掉這個東西，彷彿世界上從來就沒有這個詞出現過。
至於如何把鼠疫病菌帶入爪哇島並且傳染給當地人，這個就不是劉芾需要操心的事情了，據說內務部和研究所的一些技術人員將在蘇拉威西島上建立一個戰俘營，哪裡將關押着被封鎖艦隊俘虜來的爪哇人。
他們在這個戰俘營中被關上一段時間後，就會感染上由研究所提供的鼠疫病菌，然後這些人就會被裝上一條船，在封鎖艦隊的護送下，返回爪哇島。
爲了加速病菌的蔓延，這些被送來的俘虜的原籍將遍佈整個爪哇島，並且按照原籍被護送回爪哇各地。
負責這個戰俘營的是內務部的特別行動隊，這隻隊伍將接管整個戰俘營所在小島的一切防務，任何試圖靠近這個小島的船隻都將會遭到水下幾艘潛艇的攻擊。
而負責接送戰俘的海軍軍艦，也只能遠遠的停泊在海島以外幾海里的地方，再由戰俘營的船隻把戰俘接到小島上去；等到護送的時候，海軍軍艦上都將有內務部的人員負責監督，嚴禁一切海軍人員接觸戰俘船隻上的人，如果不聽勸告和命令，這些內務部的監督人員有權對軍艦上的所有人使用武力，包括艦長。
這個研究所將持續3個月的時間，在結束研究任務之後，這個島上將遭到凝固汽油彈的洗禮，並且被標記爲不適合人類居住的島嶼，由研究所監控起來。
第一波戰俘在1917年7月3日，被押上了一艘500噸左右的貨船，並由2艘驅逐艦護送，駛往了他們的出發地，爪哇島上的三寶壟。
這一船30多人，都是三寶壟的本地人，是一個小家族，世代在這裡經營菸草生意。當幾個月以前爪哇島被封鎖之後，他們的生意就沒法做了，於是大家一商量，最後決定，帶上所有家當，悄悄出海，前往馬來西亞去投奔親戚吧。
因爲他們都非常害怕，他們感覺到，這幾百年以來，欺負當地的華人都成了爪哇島上的一個傳統節日了，從來都沒出過啥問題，但是這次不一樣了，那個剛剛建國沒多久的南海聯邦突然站出來爲華人出頭了，而且一口氣幹掉了荷蘭人的多一半遠東領地，並且把爪哇島封鎖的嚴嚴實實，別說做買賣了，就算是下海打漁，都時不時的會被機槍掃射。
而且以前騎在他們頭上的荷蘭人、白人老爺們，對這種狀況毫無辦法，不僅是沒辦法，就連他們自己都自顧不暇了，剛剛被封鎖之後的幾天裡，有好幾艘掛着荷蘭旗子的船隻都在海上被擊沉了。
彷彿是故意給荷蘭人示威，這些船隻大多是剛剛出港就被擊沉，船上的白人老爺們全都被淹死在海水中，而那些從海水裡冒出來的黑黑的大傢伙，卻禁止一切打算去救人的船隻接近，如果有船隻膽敢不停勸阻，立刻就會被水下的其他大黑傢伙擊沉。
在確定沉船上的所有人都淹死之後，這些大黑傢伙會慢慢的沉入海水中，繼續監視港口的動靜。有了這種殺神在港口外待着，只要是頭腦稍微清楚點的人，都不會駕船或者坐船離開碼頭半步。
而他們這一大家子人，是在10天以前由三寶壟登上這艘貨船，打算趁夜前往馬來西亞，不過在剛剛離開港口幾海里，就被一艘南海聯邦的潛艇發現了，結果就是被俘，然後被送到了這個小島上。
剛剛被送到這個小島上的時候，這30多人的小家族發現島上有一個由幾十間木板房組成的小營地，而在營地中，已經有了上百名和他們一樣的偷渡客在居住了。
他們大多按照船隻、家族、出發地等信息被安排在一所或者幾所木板房中，每天由穿着一身套頭怪衣服、臉上的玻璃面具上還連着一個管子的人負責送飯送水。除了不準外出之外，他們的伙食和待遇還都不錯，而且木板房中還有廁所。
在居住了幾天的時間之後，他們會被送上自己原來的船隻，然後被遣返回爪哇島，而他們不知道的是，在這幾天的生活中，他們中的一部分人已經被攜帶着鼠疫病菌的跳蚤叮咬過，在他們體內，已經感染上了鼠疫病菌，並且將在幾天之後發作。
在遣送回爪哇島上第一批帶菌俘虜的同時，所有參與封鎖爪哇島的南海聯邦部隊就都收到了一條命令，命令內容就是爪哇島上正在流行一種瘟疫，所以禁止封鎖部隊接觸一切來自爪哇島上的人員和物品，所以以後看見不明船隻之後，只有一種選擇，那就是開火擊沉，並且連海上的船隻碎片都不許打撈。
在運營了13天之後，島上的戰俘營在一個清晨被宣告廢棄，所有的工作人員都將登上一艘客船，並由3艘潛艇陪伴着在海上漂泊10天，在確定無人感染之後，才能返回聯邦的土地上。而那個小小的無人海島，則在客船離開之後，由海軍的一艘重型巡洋艦上的2架水上飛機負責投放燃燒彈，把戰俘營連帶着島上的植被，全部付之一炬。