舞衣道，“但是有個病例，足夠推翻浦田的理論，那個病人當時就住在我們醫院裡。但是，病人的病情突然惡化，死掉了。就像這個例外沒有存在過一樣。”野田吃驚，“難道浦田他……”舞衣道，“沒錯。浦田故意給那個病人開了錯誤的藥物，纔會導致病人的病情急速惡化而死的，爲了要保留他那個不堪一擊的理論。我之所以會知道這個，就是上個星期，彩子拒絕和他結婚，我陪他出去喝酒解悶的時候，他不僅不後悔，還忿忿不平地說出來的。他說像他這個可以自由決定別人生死的人，竟然會被一個小他十歲的女孩，耍得團團亂轉，這真是個愚蠢的世界！”
野田難以置信，“怎麼會……”舞衣道，“所以我就和他講道理，我跟他說，像他這樣的醫生，竟然草菅人命，這是會遭報應的，可是這人根本就不屑一顧。所以我從醫院的實驗室裡將氰化鉀偷了出來，我要他明白像他這樣，視人命如草芥的醫生纔是最愚蠢的。”
高木道，“那麼，在浦田的車子儲物箱裡，放藥瓶的人，也是……”舞衣道，“沒錯，那個也是我放的。我故意把他的駕照藏起來，就是爲了讓他做出不安的行動，看起來很可疑，似乎要自殺。你的運氣還真是不錯呢，大偵探！多虧下了這場雨，否則你根本就找不出我是兇手的證據。”新一道，“不，就算沒有連衣帽的問題，我本來也打算請警方鑑識一下你這身衣服了。因爲從你保留沒用的奶和糖來看，我就已經認定那個犯人是你了。”
舞衣吃驚，千鈞嘆氣，“與浦田先生打開杯蓋的時間不同。舞衣小姐，你從洗手間回來的時候，話劇就已經開始了吧？話劇一開始，體育館就漆黑一片了，你就算把杯蓋打開，也沒辦法分辨出是是冰咖啡還是可樂。而你還留着奶和糖，就非常可疑了。”新一道，“所以我非常肯定你就是兇手，你早在這之前就已經打開過杯蓋了，這纔會知道里面的東西裝錯了。”千鈞道，“不過這也拜彩子學姐將冰咖啡換成了可樂所賜。”
舞衣嘆息，“真是傷腦筋啊！作爲同一所高中的學生，我還是要忍不住讚歎你的觀察力。”高木走過來，“好了，請跟我們去警局吧！”舞衣答應，高木道，“三谷先生，野田小姐，蜷川小姐，你們三個人，請跟我一起到警局做筆錄吧！”三人也都答應了。和葉道，“我突然覺得平次今天好像變成魔術師的助理了。”平次沒好氣，“這有什麼辦法啊，誰讓這裡是東京呢！我當然不能搶工藤的風頭了。”千鈞道，“說來說去，比起新一，你終究差了一大截啊！”平次不服，“什麼啊？”
目暮稱讚，“啊，還真是值得信賴啊，工藤。你小子分析案情，真是簡潔又犀利啊！”新一謙虛，“沒什麼，還好啦！”毛利哼了一聲，“不過跟我比起來，你還還不夠火候。”目暮道，“怎麼樣，新一、千鈞，你們這次就和我一起去聽嫌疑犯錄口供吧！”新一急忙道，“不了，我們就不去了。我還有些事情要處理。”目暮有些失望，“這樣啊！”新一低聲道，“警部，請不要提我和這件案子的關係，你就對外宣佈是千鈞幫助警方破獲的案子好了。”
目暮疑惑，“這是沒有什麼問題了，可你最近也太謙虛了吧？”新一笑道，“獎勵金髮給千鈞，或者是我，不都是一樣的嗎？那張卡是我們共同的偵探資金卡。”目暮點頭，“這倒也是。毛利，我們走了！”毛利道，“好的，警部。”平次疑惑，“工藤，你爲什麼不跟着去聽嫌疑犯錄口供呢？以後也許能作爲偵破案件的參考呢！”千鈞道，“笨蛋，當然是有事情要交待了！”新一道，“不好意思，無論怎樣的犯罪手法都是人想出來的。只要動動腦筋，遲早可以想出來一個合情合理的答案。”
新一突然捂住了胸口，臉色難看。千鈞大驚，“喂，新一，你怎麼了？”新一道，“不好意思，對於人爲什麼要殺人的理由，不管別人怎麼解釋我就是不懂，就算我能夠理解，我也無法接受，真是的……”千鈞不屑，“你又在發表你的非殺人理論，真是個理想主義者……喂喂，你沒事吧？新一！”新一捂着胸口倒了下去，千鈞大驚，一把扶住他。新一大叫不好，“糟了，怎麼這麼快？好不容易恢復原來的樣子了，我以爲一切都在計劃之內。”
之前，灰原給出的第三個選擇，就是她參考白乾成分製造出來的aptx4869解藥的試驗品。但是這個藥物的副作用還不能確定，沒準吃下去就會一命嗚呼。灰原笑道，“怎麼樣，要不要試試看，新一？”柯南苦笑，“我就知道你在那拿我當實驗品，我好像沒有別的選擇了，對吧？”灰原笑道，“沒錯。如果你希望有一天能重新變回工藤新一的話，遲早要嘗試一次。放心，我不會讓你那麼容易死掉的，你這樣的實驗品，我可只有一個哦！”
回到現實，麻美和小蘭都跑過來，“新一！”“新一這是怎麼了？”“你沒事吧，新一？看上去很難過……”“要不要去醫院？”新一悲摧到了極點，“如果在這裡變成柯南的話，大家就都知道我的身份了！可惡，身體……身體動不了了……”千鈞急忙道，“我馬上帶他去醫務室！”新一暈了過去，千鈞將其扛起，以極快的速度跑向醫務室，“平次，你來處理一下善後事宜！”千鈞順便給假扮柯南的的灰原使了個眼色。平次一愣，“什麼善後事宜？”繼而馬上明白過來，是讓自己想辦法遮掩住工藤新一出現的秘密。小蘭和麻美也追上，“新一！”
醫務室，千鈞悄悄注入了一定的生命原力，確保了新一不會有問題。灰原進來後，簡單看了一下，示意沒有大礙，只是藥物的副作用發作了。不久後，工藤新一睜開眼睛，“這是什麼味道，保健室嗎？對了，我被千鈞帶到這裡來了。蘭和麻美的臉色怎麼這麼蒼白？也是啊，一個人在眼前突然縮小……奇怪，我的手……”千鈞笑道，“新一，你終於醒了啊！再不醒只好送你去醫院啦！”
新一坐起來，內田麻美鬆了口氣，“太好了，你終於醒過來了！我們都好擔心啊！”小蘭道，“真是的，你別讓人家操心好不好？”新一這才發現，那些最熟悉的同學和朋友都在這裡，新莊靜楊、小雅、武居直子、園子、澤口雲靈、花井亞希子、橫野曉月、千水千尋、和葉、量子等一幫女生，平次、千口文良、猿野飛霄、土曾普立、田口立彬等一幫男生，全都站在四周，見他醒過來，都高興起來。新一感動過後，卻覺得非常奇怪，“我沒有變小啊！”
案件尾聲，鴻上舞衣出於義憤殺死黑心醫生浦田耕平，被法庭判處了3年徒刑。千水千鈞因破獲該起學園祭殺人事件，警視廳給以b級獎勵，雖然這件案子事實上是工藤新一破獲的。浦田耕平的害人事件也被揭發出來，遭到了醫學界、大衆媒體的一致譴責。米花綜合醫院也因此受到圍攻，蜷川院長不得不宣佈對醫院內部進行整肅。事後，米花綜合醫院賠償了被浦田害死的病患大筆的補償金，這件事纔算揭過去。
這一天的事情，就稀裡糊塗過去了。鑑於新一的身體欠佳，什麼話也只能留在第二天再說。大家也都各自散了，明天還要繼續上學。平次與和葉、千尋三人也都連夜出發，返回大阪了。千鈞送新一回到工藤家後，也帶着小雅等人返回了千鈞宅。直子、曉月跟着花井一起回家了。路上，靜楊詢問千鈞，到底新一最近在外面忙什麼。千鈞只好胡說八道，編了一堆瞎話。灰原假扮的柯南，跟着小蘭回到毛利偵探事務所，小蘭雖然覺得柯南有些怪怪的，但也沒有多想，整個人還沉浸在男友歸來的喜悅中。
第二天一大早，小蘭帶着柯南來到工藤宅，可勁地按動門鈴。直到打着哈欠託着切片面包的新一出來開門，“來了，來了……”新一大叫，“啊，你煩死了！只要按一次鈴我就聽到了！”新一叼着麪包向裡面走，小蘭推門進來，“喂，新一，今天到學校的工作，你都知道了嗎？”灰原照舊戴着口罩冒充柯南，跟在後面。新一沒好氣，“還不是和去年一樣，又要我們爲學園祭清理善後嘛！我現在正在準備，你在這裡等一下吧！”說着話，新一就進裡面門了，還順手把門關上了。
小蘭笑着將門拉開，看着慵懶不堪的新一，“還在這裡，真的是新一哦！這不是夢！他真的回到這裡來了。太好了，柯南……奇怪，人呢？”柯南已經不見了。屋內盥洗室，新一對着鏡子打上領帶，“果然還是原來的身體感覺最實在了！”灰原走進來，“你可別太得意忘形啊！你到底在想寫什麼啊？”新一回頭，“啊，灰原……”
灰原道，“你不要弄錯了，你的身份之所以沒有被揭穿，完全靠我調製的解毒劑，還有阿笠博士發明的口罩變聲器，才讓我暫時做了你的替身。我們原來可是說好的，只讓你在私底下和她見面的。沒想到你竟然當着那麼多人，大出風頭。”新一道，“對不起了，我只要一看到事件的真相，就沒辦法剋制那種衝動了。而且我也沒想到你調製的解毒劑，會成功地讓我的身體變回原來的樣子。”
灰原冷冷看過來，新一道，“果然……還是不行嗎？”灰原道，“你好好謝謝千鈞和大阪那個朋友吧，那天你倒下之後，千鈞就向他暗示了整件事情，然後帶你去了醫務室。爲了不讓事情泄露出去，平次把大家都召集起來，囑咐全場的人不要把事情說出去。理由是畢竟是學校畢業校友的殺人事件，被社會大衆知道會引起很大問題。不過這個聲明能夠遮住多少人的口，我不清楚。但是在這件事結束前，我就用這個樣子，代替你待在小蘭身邊。而你自己要注意，別太引人注目……”
新一道，“灰原，你爲什麼要爲我做這麼多？你該不會喜歡上我了吧？”灰原大怒，“你去死吧！我要不是看在千鈞的面子上，再加上咱們同病相憐，誰會管你的死活？你的身份要是被揭穿了，那時候我和千鈞都會受到池魚之災，我纔不得不幫你的。如果只有我一個人變小，那就輕鬆多了，我就不用費這麼多心機保守這個見不得人的秘密了。”新一汗，“果然是這樣。既然有解毒劑，你沒有想過立即變回原來的樣貌嗎？千鈞可是很期待的呀！”
灰原冷哼，“笨蛋，你吃的那個是試驗品，我要不要吃，還要等我仔細觀察過你的身體變化後，沒有問題再做決定。萬一吃出事情來，可不是鬧着玩的。”新一道，“那個，灰原……”灰原皺眉，“你還有什麼事情？”新一道，“能不能別用柯南的聲音，說出這種女孩子的語氣呢？聽着很噁心啊！”灰原道，“是嗎？我覺得這樣挺好的，裝男生的感覺真不錯。”新一抓狂，“啊，噁心死了！”
三人離開工藤宅，向學校方向走去。小蘭道，“我真的嚇了一跳呢！誰會想到黑衣騎士突然變成新一你了。根本連臺詞都沒有看過，竟然有勇氣去做替身。就是因爲你沒按照劇本繼續演下去，這齣戲亂七八糟根本不像樣子了。”新一這才明白，“園子那個混蛋！還有，千鈞他們那羣傢伙是成心想看我的笑話啊！”當時，園子告訴新一，“聽好了，黑衣騎士上臺後，立即抱緊公主，親吻下去。在這之前，絕對絕對不能說話！”而千鈞等強盜隊伍全都在發笑，當時新一還有些莫名其妙，現在回想起來，全都明白了。