中國公學的組織是一種民主的政體。公學的發起人多是革命黨人，故學校成立之時，一切組織多含有試行民主政治之意。全校分執行與評議兩部，執行部的職員是學生投票互選出來的，有嚴格的任期，並且對於評議部負責。評議部是由班長和室長組織而成的，要定期的開會，有監督和彈劾職員之權。選舉、嚴格的任期是民主制度區別於專制制度的重要特徵，執行部對評議部負責並在評議部監督下行使行政權，則有民主制度下行政權和約束、立法機制分立的雛形。把權力置於監督之下，防止獨裁和權力的被濫用，這同樣是民主制度的題中應有之義。
評議部開會時往有激烈的辯論，有時到點名熄燈時方纔散會，說明大家對執行這個制度是很認真的。
兩江總督端方每月撥銀1000兩，派四品京堂鄭孝胥爲監督。學校有了官派的監督，民主的政體便發生了障礙，執行部久不改選，評議部也有度止的危險。
兩江總督端方，其實是個新派人物。戊戌變法中，朝廷下詔籌辦農工商總局，端方被任命爲督辦。他全身心的投入到新籌辦的部門當中，他曾一天連上三折，其工作熱情與效率，可見一斑。
升任湖北巡撫不久，隨即辦起了六十餘所新式學堂並派出大批的留學生（其子也赴美國留學）。
光緒三十年（1904年），代任兩江總督創建暨南大學。之後，他調任湖南巡撫。半年內便建有小學堂八十多所。據說，端方在調任江蘇巡撫時，上任伊始便革除了各州縣例送紅包給新任巡撫大人的陋習，並用紅包的錢選派兩名學生出國留學，一時傳爲美談。
在歷任上述封疆大吏期間，端方鼓勵學子出洋留學，被譽爲開明人士，“奮發有爲，於內政外交尤有心得”。
中國公學簡直就是個革命黨人的培訓學校，能夠爲這樣的學校每月撥銀1000兩，是很能說明問題的。可惜，這樣一個開明之人，最後還是死於革命黨人之手，不能不令人惋惜。
胡適寫到：“到了申之秋，評議部與職員發生激烈的衝突，結果致絕大多數學生整隊退學，自行組織中國新公學，仍繼實行民主政治，支持至一年餘始解散。這三年多的維形民主國，在中國政治革命上是很可紀念的。＂
1952年12月23日，胡適在中國公學校友會歡迎會上講話中，又強調了中國公學當年的共和民主的政體在教育上的試驗意義，他說：“中國公學和中國教育制度以至民主的政治制度，也有很深切的關係。當時我們母校的教育制度，有着一點獨持的作風，這種作風便是民主制度在教育上的試驗，當時校內並不設校長，而三位幹事共同負責處理校務，成爲學校行政機關。另外由全體同學推舉班長、室長，實行自治，並且選舉評議員，組織評議會，成爲學校的立法機關。一切校務雖由幹事部負責執行，但必須先經評議會通過，完成立法程序。”
後來當過中國公學副校長的亮功至把這種“學生治校”的制度，和歐洲中世紀大學創始時的制度作了比較，充分肯定了它在中國教育史上的創新意義。
中國公學實行的這種高度民主自治的管理制度，自然受到廣大革命熱情高漲的同學的歡迎與擁護。但從實際出發，它在中國這塊土壤上，顯然缺乏充分持久發育的外部條件。
至少有三個方面的原因，使中國公學的“民主共和國”於解體的危機。
一、學校內留日學生逐漸減少(部分又回日本復課了)，而新招的學生逐漸增加，已不是當初發起創學時學生與管理彼此不分界限的情形。
二、當時上海社會和官方，對這種辦學制度的忌疑與不滿日益增大，缺少社會尤其教育界人士的理解與同情。
三、學校沒有兩江總督端方的官費資助便辦不下去，而接受了官方的資助，便無法抗拒官方在管理制度上插手學校。
最初創立時不設校長，幹事部的幹事分任教務、度務、商務，後來推鄭孝胥爲校長，聘馬君武爲總教習。馬君武赴國外留學後，總教習之職便度止。公學受兩江總督的津貼之後，校長改爲監督。第一任監督是鄭孝胥，第二任爲夏敬觀，同時成立了鄭孝胥、張賽、熊希齡等幾十人參加的校董事會，推舉張賽爲會長。在董事會制與監督制的雙重壓迫下，學生自治的民主政體開始瓦解。
儘管鄭孝胥、夏敬觀這一些社會名流忙於詩壇和文壇，對校務毫無興趣，但公學的民主政體已經受到嚴重壓抑。原來公選的幹事改爲由學校聘任的教務長、庶務長、齋務長，而且新校章取消了評議部這個以學生爲主體的“立法機關”。這就激起了廣大同學的強烈不滿。他們抓住校章上“非經全體三分之二承認，不得修改”的“法”條文向校方表示抗議，認爲三位幹事自修改校章是非法的，取消評議部也是非法的。
爲此，全體同學就組織了一個“校友會”，類似於現在的學生會組織。校友會與三位幹事爭議了幾個月，終於達成了由全體學生修改校章的協議。又費了幾個月，開了許多會，校友會把修正意見整理出了一個草案，議定一本新校章。誰知校章草案遞上去後，監督與董事均不承認，於是雙方的情緒衝突便不可避免。“修憲”成了這次大風潮的導.火.索。
190年舊曆九月三日，校友會召集大會，向全體學生報告關於新校章交涉的經過。大會未散，監督貼出了佈告，完全否認學生有改訂校章之權，把先前三幹事與全體學生達成的協議撕段了。緊接着又出了兩道佈告，一道是“集會演說，學堂懸爲萬禁，……校友會以後不準再行開會”。
從中國公學分立出去的新公學，同學們頂住了一切困難，一心一意要把新公學辦成一所教員好、功課緊、管理嚴的好學堂。
因缺少教員，新公學的教務千事李琴鶴要求胡適擔任低年級各班的英文教員，他深信胡適當時的英文程度足可以當一名合格的英文教員。條件是：每週三十小時課，月薪十元。因爲是自家同學當教員，薪水不能領全額，需得拖欠一部分。
胡適答應了，原因很簡單，他的困窘的經濟狀況不允許他繼續求學。聘爲教員的被信任感與榮譽感使他感到欣悅，而巨大的責任感，又使他一開始，就十分認真而熱情地面對自己的這個全新崗位。那時他還不足十七週歲。
胡適當了一年新公學的英文教員，每天上課六小時，還要批改作文卷子。胡適教書生涯的第一批桃李中，出了幾位相當有名氣的人物，如饒毓泰、楊杏佛、嚴莊、張奚若等，他爲有這樣的優秀學生而感到自豪，也爲自已沒有誤人子弟而感到欣慰。
胡適後來說：“以學論，我那時怎配教英文？但我是個肯負責任的人。肯下苦功去預備功課，所以這一年之中還不曾有受窘的時候。＂又說：“這一年的教書生活雖然很苦，於我自己卻有很大的益處。我在中國公學兩年，受姚康候和王雲五兩位先生的影響很大，他們都最重文法上的分析，所以我那時雖不大能說英國，卻喜歡把英語文法的結構拿中國文法來做比較。在文法方面得着很好的練習。”
《競業句報》的編輯鍛鍊了胡適的白話作文能力，當新公學的英文教員則磨出了胡適紮實的英語水平。而這也成爲了他後來人生的兩個重要基點。
中國新公學在艱難困苦的條件下支撐了一年多。老、新兩.箇中.國公學在競爭中，儘管新公學的聲望比老公學高，學生也比老公學多，但新公學的經費拮据已經到了十分嚴重的境地，一年之中虧空已在一萬元以上。
儘管同學們大家經濟上同舟共濟，學校仍是入不敷出。教員欠薪或拿不到全薪，幹事處常常受到各種捐稅部的責難和警告。前邊說過，主要幹事朱經（後改名朱經農)因經費困難憂愁過度，曾經神經錯亂地跳到一條小河裡，幸遇人救起，不曾喪命。
學校雖然派出了陣容強大的募捐團四出活動，畢竟短期內沒有相當樂觀的效果。也就在這個時候，老公學又發出了調停合併的信息。“中國新公學”的招牌，一天不去，“中國公學”便一天不得安穩發展，更怕新公學的募捐成功，對立局面便更會曠日持久地僵持下去。
老公學提出相當寬厚的調停條件，期望將新公學歸併回來：
一、凡新公學的學生願意回去的，都可以回去；
ニ、新公學的功課成績全部承認；
三、新公學所有虧的債務，一律由老公學擔負清償。
靠一班少年學生的熱情和精力辦學，究竟不能持久，新公學方面不能不認真考慮這個調停條件。所以到了1909年舊曆十月，新公學正式接受了調停條件，決議解散，願回老公學者，自動回去。
大部分學生回去了，但仍有多人不回去。胡適就是死硬派中的一員。
中國公學的這一次風潮，在少年胡適的腦海裡，之所以留下有磨不去的印象，以至於他在後來的年代裡又多次反覆地談論。最主要的原因就在對民主政體的首次訓練或考驗，自己掌握自己命運，自己管理自己的信念的認真實踐。
或許，正是在這次風潮中，胡適初步培育起了他崇尚民主自由的精神家園和意識形態。他始終爲曾經參與了這次風潮並堅持到底，而感到一種“情緒上的饜足”。
儘管二十多年後，他在《四十自述》中撰寫這一段歷史事實時，已經充分意識到青年人理智被感情壓抑的一面，但他更強調處在青年人對立面的中年人“和青年人同樣的失去了運用理智的能力”。
他指出：“專責備青年人是不公允的。”
從一個認識的高度，“保護了青年人神聖而純潔的熱力心志與難能可貴的犧牲精神”，這裡當然也珍藏了他自己少年時代那一份極其珍貴的悲壯情緒。
他在記敘中國公學風潮這一段歷史時無疑充滿了激情，因爲這一段歷史的回憶似乎很不尋常地勾引起並廝纏住了胡適當年的少年意氣。或許這又正是他成了大名的二十年後，願意出任他的母校的校長的一個潛在的心理原因，並或多或少顯出了其間的一種微妙纏綿的少年情結。