米柱在入宮之後，己和皇帝等有了初步意見，他們必須藉此機會，掌握主導權，掌握和控制更多的兵權，所以總督一職，志在必得。
米柱有許多的計劃，也需要總督的配合，所以他推薦了好友亓詩教，至於說文臣領兵，這是必須的，權柄這麼重的官員，必須是文官，他本就是副都御史，加兵部尚書銜，可以節制地方文武官員。
孫承宗道：“戶部可以拔100萬銀兩、五十萬石糧草，作爲平亂之用！”孫承宗這計相，平日極其吝惜，但是一旦有兵事、災變時，就變得極其大方，百萬紋銀糧草劃出，眼睛都不眨一下。
米柱則建議：“孔德興指揮的皇家衛隊一部，加上黑水衛隊共有六千多人，正在洛陽待命，可以讓他們立即出發，前往長江邊，由船隊運送西進，可以在最快時間內抵達。”
朱由校道：“孔德興什麼官銜？”
米柱道：“錦衣衛千戶、皇家衛隊一鎮參謀長。”
朱由校道：“任命孔德興爲皇家衛隊一鎮師正，率部入川助剿。”
皇家衛隊四鎮師正，總兵級，向由五軍都督府四位都督遙兼，這是虛銜，實權掌握在參謀長和各團團正之手，孔德興野路子出身，一直在黑水衛隊幹，黑水衛隊的總教官，負責訓練和招募僱傭兵，他招募到的新兵，有的轉往皇家衛隊，有的轉往皇家陸軍，一部分自用，一部分發往南洋。
這是米柱第一個小弟，當秀才時便來投，也有過人的武藝和軍事本領，在錦衣衛、皇家衛隊、黑水衛隊之間遊走，遊刃有餘。
皇帝朱由校曰：“善！”大軍出征，可不是一件容易事，你必須招集人手，準備武器裝備、一路上的吃喝拉撒等等，加上趕路的時間，一倆個月內趕至四川都正常，那時的叛軍，不知攻下多少州縣了。
原本從貴州調兵是良策，但米柱這麼一說，非但不能調兵，還要增兵以防水西安氏，這就讓四川在短期之內陷入無兵可調的局面，面對叛軍的反撲，只能靠自己了，在開局之時，叛軍佔優，處於進攻一方。
頂過了這一波，朝廷大軍雲集，這纔是反攻之時。
可以這麼說，如果不是亓詩教出任四省總督，米柱是不會調動黑水艦隊和黑水衛隊這些硬傢伙的。
演義野史中經常有借兵之說，兵如同老婆，是不可能借的，借了就不屬於自己，可以以僱傭兵的形式參戰，事後許以好處，但借兵日後再還如同借老婆日後再還。
但亓詩教是米柱一黨成員，有共同的政治觀點，互爲奧援，當然樂於助他。
兩支部隊的調動，可以讓援軍於七日內抵達重慶，這是以往不敢想像的。
而且他飛鴿傳書長江上的內河艦隊，他們作爲前鋒立即出發，溯江西進，最快三日可達，可以爲沿江州縣提供火力支持。
確定了總督人選，又派出了前鋒部隊，大臣們開始出謀劃策，調動更多的資源和部隊，奔赴前線，前去支援。
奢祟明爲永寧宣撫使，屬於明將，他屬於叛亂，所以這叫平叛之戰。
朝廷當即命令一飽學之士，寫一篇征討的檄文，直斥其非，更是公開的聲稱免去奢祟明一切職務，誅滅其九族，追隨者一律處斬，對於造反的，一直是這麼的嚴厲兇狠。
東廠提督更是指出，東北打仗、西南叛亂，朝廷舊有制度難以應付如此險惡嚴峻形勢，建議成立軍機處。
朱由校以內閣在太和門外，恐漏泄機密，同意於寢宮附近隆宗門內設置軍機房，選內閣中謹密者入值繕寫，以爲處理緊急軍務之用，輔佐皇帝處理政務。
朱由校一口氣從內閣六部之中挑選了一大羣人入值。
軍機處又叫南書房，用他的話是擇詞臣才品兼優者入值，入值者主要陪伴皇帝賦詩撰文，寫字作畫，有時還秉承皇帝的意旨起草詔令，撰述諭旨。
南書房非崇班貴檁、上所親信者不得入，所以它完全是由皇帝嚴密控制的一個核心機要機構，隨時承旨出詔行令。
它沒有專門的官員，軍機處沒有正式衙署，只有值班房，在隆宗門內，靠近康康帝寢宮養心殿，以便於軍機大臣被召見議事。
無專官，無衙署，就使軍機處成爲一種特殊的機構，召見時，皇帝指示各項事件應如何辦理，有時向軍機大臣詢問情況，聽取他們的意見，以作出裁決，軍機大臣根據旨意，草擬文書。
米柱成立軍機處的最終目的，是爲了剝弱內閣的權力，如果能做到像是清宮一樣，形成決議上諭後不走內閣，立即以軍機處名義下發，這就可以大大加強皇帝的權力。
因爲這軍機處沒有定員沒有級品、俸祿，其它官員也不好反對。
孫承宗爲軍機處領班大臣，另有熊廷弼、袁應泰、米柱、張惟賢等爲軍機大臣，另設有軍機行走十多名。
只有葉向高敏銳意識到，皇帝寵信軍機處，權力集中在軍機處，其權力就無限放大，繞過內閣，邊緣化內閣只是遲早問題。
不過軍機處成立，確是大大加強了效率，天亮之時，新任欽差大臣，四省總督亓詩教就率領馬隊，直奔四川，不搞什麼告天祭拜祖廟那一套，而是立即出征，皇帝爲他配備了一個營皇家衛隊騎兵，三千名黑水衛隊騎兵，輕車簡從，全速南下，他們將在長江邊上，乘船西進，最遲十日之內，扺達四川，主持戰事。
米柱送亓詩教出城，亓詩教嘆道：“米兄！你確定是這一項優差？”
米柱道：“總督四省軍務，手持尚方寶劍，生殺予奪，這不是優差，什麼纔是？只怕回京之後，大人必定更進一步，米某也高攀不起了。”
亓詩教說道：“瞧你說的，平定奢祟明之亂，沒有米兄支持，能成事嗎？只是行軍打仗，絕非亓某所長，恐有負聖望？”
米柱道：“西南平亂的主力，是皇家衛隊、黑水衛隊、白桿兵，黑水艦隊也會陸續加入，這些武裝力量，皇上只會任命信任的人去管，大人的主要任務，是調動四省軍力平亂，協調各省撫將之間的關係，壓縮叛軍的生存空間，剪除隔絕叛軍外援，殲滅叛軍，戰後重建等等！”
亓詩教笑道：“米兄已有腹案？”
米柱道：“這一切，自然是以亓兄爲主，本官只是提供一些意見，僅供參考，亓兄有幾支精銳在手，自然可以居中調度，運等帷幄，作戰計劃由皇家衛隊第一鎮擬訂，情報由錦衣衛西南司負責提供，錢糧由軍機處負責，亓兄有什麼好擔心的。”
這麼大的支持力度，亓詩教爲之寬心。
因爲西南戰事，米柱決定臨時成立錦衣衛西南司，由馬尚風和牛歡喜負責，他們兩個同時掛錦衣衛指揮僉事銜，負責廠衛在西南幾個省的所有業務，這幾個省的百戶衛所全歸他們指揮調度，同時擁有詔獄特權，可以秘密逮捕官員，獨立審判，權力極大。
米柱道：“這是本官的令牌和密碼本，有此令牌和密碼本，亓兄可以動用廠衛在西南所有的人力物力，它會成爲亓兄的臂助。”
亓詩教這才確信，米柱是真心幫助他的，連錦衣衛分司都讓他調用，這權力大了去了，足可以讓他一展所長了。
亓詩教率領馬隊，迅速南下，有直奔南京，在福建休息的鄭芝龍也接到命令，立即率領一支輕型艦隊前往南京待命，在與欽差大臣會合之後，沿江西進，協助清剿叛軍。
在亓詩教離開京城前，收到重慶第二份戰報，馬祥麟率領三千精兵入衛重慶，大破叛軍於江邊，斬殺五千餘人，激戰兩時辰，打退了叛軍進攻，與叛軍對峙中。
這份戰報一出，滿朝文武百官爲之彈冠相慶，重慶天險，只要它守得住，局勢就不會迅速的崩盤，一切就在可控之中。
朱由校大笑：“馬祥麟！朕知道這傢伙，伏波將軍馬援之後，朕的護國麒麟。”
連嚴厲的葉向高都道：“米提督運籌帷幄，決戰千里，力挽狂瀾於既倒。”
米柱謙虛的道：“下官只是做了份內之事，不過手下們，這一次確實做得漂亮，皇上必須有所表示纔是。”
朱由校道：“馬祥麟乃石柱世襲土官，土皇帝一個，給塊金也不換，這樣吧！加龍虎將軍銜，另有秦良玉，巾幗英雄，加四川總兵官銜，牛歡喜和馬尚風己驟升至錦衣衛指揮僉事，加蟒袍一襲，以示榮耀！”
葉向高趁皇帝高興，說道：“老臣斗膽向皇上討個人情。”
朱由校欣然道：“閣老請說！”
葉向高道：“老臣斗膽，求皇上給殉職的徐可求等一個正名！”
朱由校臉色立即不好看了，他說道：“徐可求昏庸糊塗，尸位素餐，錦衣衛多次示警，都視如不見，不但害死自已，還累及百姓，使天府之地陷於戰火，念及其己當場身死，就以原職之禮安葬吧？”追封、諡號和撫卹那是不可能的了。