內閣三人組確定下來，六部長官也有了人選，南京朝廷終於開始運轉。
剛剛成立的朝廷，大明的局勢又如此複雜，事務極多，史可法、路振飛、王鐸三個閣老每日忙的連軸轉，處理着龐大而繁雜的事務。崇禎更是徹夜批閱奏摺，勤政程度一如以前。
有感於人手不足，大學士王鐸經史可法同意，奏請崇禎要求增加內閣成員。五月二十五日，經過廷推，禮部尚書錢謙益成了第四個內閣成員。王鐸自感資歷威望均不如錢謙益，主動避讓，錢謙益便成了史可法路振飛之後排位第三的閣老。
朝廷新立，各部門缺額嚴重，接下來的時間，圍繞着各個重要部門的空缺，各個內閣成員以及南京一衆官員展開了激烈的人事鬥爭。特別是哪些想要在仕途上更進一步的官員，想方設法走着門路，拜門庭拉關係八仙過海各顯神通。
逐漸的，官員們形成了三個派系，一是以內閣首輔史可法爲首的清流派，其中成員包括刑部尚書呂大器工部尚書何應瑞等人；再就是內閣次輔路振飛的淮揚系，重要成員就是戶部侍郎王寅，左中允袁可望等人；第三派則是錢謙益爲首的東林派，包括閣老王鐸、吏部尚書張慎言，戶部尚書高弘圖等人。
三個派系中，以錢謙益的實力最強，路振飛的淮揚系實力最弱。畢竟錢謙益是東林黨黨魁，在官紳中威望極高，很多東林黨出身的官員自然而然的向其靠攏。
但因爲在福王之亂中，錢謙益首鼠兩端，失分極多，導致了一些持身甚正的官員瞧不上他的爲人，而選擇投到了人品正直品格高尚的首輔史可法麾下。
淮揚系雖然實力最弱，但路振飛深受崇禎信任，未來的前景分毫不差。而錢謙益和史可法又都屬於東林黨，兩系的官員原本一家，所以整個朝堂局勢可以說是錯綜複雜。
不過因爲朝廷新立，有太多的利益可供大家瓜分，所以大家還未出現太大的分歧，也就沒有太過激烈的黨爭出現，暫且算得上是一團和氣。
現在朝廷最重要的事情有兩個，一個是如何面對北方的強敵，再就是怎麼處理涉及到福王之亂的人員。
北方的消息逐漸傳來，在吳三桂的帶路下，滿清大軍入關，吳三桂和滿清聯軍在山海關擊敗了李自成的大順軍。匪首李自成被迫退出了北京，清軍和闖賊如今正在北方進行激戰，一時半會兒還不會對南方形成威脅。
針對如何處理吳三桂的問題，朝堂上衆官員分成了兩派，一派認爲吳三桂以爲崇禎殉國，爲了替崇禎復仇，這才借兵剿賊，是大大的忠臣，史可法錢謙益均持此意見。另一派以次輔路振飛爲首，認爲吳三桂引清兵入關，相當於引狼入室，事實上已經背叛了大明，吳三桂此人已經不再是大明的臣子，根本指望不得。
朝堂上，兩方針對這個問題展開了激烈的論戰，路振飛勢單力薄，在辯論上根本不是對方的對手。爲了支持路振飛，陳越也上了奏摺，言之鑿鑿道吳三桂絕對不會再回大明，加入了論戰。
然而，就連崇禎都對吳三桂抱有幻想，認爲他迫於無奈才借兵剿賊，不是真的背叛大明。在崇禎心裡，闖賊要遠比滿韃更可惡。滿韃只需要些子民財產就會退兵，而闖賊可是要奪去他的江山的。
北京城破，皇后自盡，三個皇子至今下落不明，這已經是崇禎心中永遠的痛。他恨闖賊恨的痛徹心扉，所以引清兵入關的吳三桂在崇禎心裡一點都不可恨，相反崇禎對吳三桂還有絲絲的欣賞和感激。若是沒有吳三桂借滿韃剿賊，闖賊在北方站穩腳跟下一步肯定是出兵南伐，自己又如何能夠安穩的坐在南京？
既然吳三桂是忠臣，自然不能寒了忠臣之心，朝廷經過商議之後，決定派兵部侍郎左懋第、前總兵陳洪範、兵部值房郎中馬紹渝三人的代表團前往北京。
一是向吳三桂宣旨，封其爲薊國公，世襲罔替，併發白銀五萬兩、糧食十萬石犒賞關寧軍，由太僕寺正卿沈廷揚督率船隻運送。沈廷揚曾經督率過海路漕糧運送，經驗極爲豐富。
使團的第二個任務就是和滿清朝廷商議，商談聯合剿賊事宜，並試探滿清的底線，看其是打算佔據大明的疆土還是和以前一樣撈一筆就走？看看能否通過談判讓滿清歸還北京，爲此付出一些銀兩財富也不是不可以。
朝廷的第二件大事自然是處理福王之亂善後事宜，福王被抓，一衆從犯相繼落網，是時候給這次叛亂畫個句號。
內閣經過商議奏請崇禎同意，決定由刑部、大理寺、都察院三個部門共同審理福王叛亂之事，錦衣衛衙門負責監督協助。蓋因福王之亂影響極大，審理的規格極高。
其實福王之亂事情極爲簡單，處置起來也不復雜，福王以莫逆之罪無可辯駁，按照寧王之亂先例，福王朱由崧處死，除福王之藩。
福王之亂主謀馬士英已經自盡，其家人男的發配軍前效力，女的發教坊司爲奴。主謀太監盧九德，除以凌遲刑法。
忻城伯趙之龍、誠意伯劉孔昭，參與叛亂之舉，均處死，抄沒家產。
然而在魏國公徐久爵以及其他勳貴的處理上，審案人員發生了極大分歧。
右都御史李沾堅持認爲徐久爵並未參與福王之亂，平南侯對徐久爵的處置有失公允，應該宣判徐久爵無罪。
刑部尚書呂大器卻認爲徐久爵在福王登基之時選擇了服從，也許其是迫於福王的兵威，但爲人臣子者不能效忠君王屈從叛逆，本身就是背叛，再加上徐久爵在平南軍攻城時，響應福王號召出錢招募了一些鄉兵，所以其並非無辜。
在福王登基之時，呂大器是少數沒有選擇屈從之人，所以有底氣說這話，但是在其他官員看來，若是因爲屈服就被定罪，那朝廷大部分官員都有罪了，若是選擇了處置徐久爵，他日也可能以同樣的理由處置自己。所以大理寺和都察院的官員都極力反對處置徐久爵。
雙方發生了極大的分歧，審案陷入了僵持。