因爲風暴偏離了航線，使得鄭森大軍沒有直達馬尼拉灣，這也就失去了攻打的突然性，使得攻打馬尼拉城困難了許多。
西班牙人在呂宋總人數也就不到兩千，其中還有一半是家屬。不到一千的軍隊控制着這麼大的島嶼，自然非常的吃力。
不過呂宋的土著大都被西班牙人殺怕了，早已沒了反抗的勇氣，有馬尼拉城堡和炮臺在，荷蘭人、英吉利人也不敢打馬尼拉的主意。
所以，在西班牙人眼裡，並沒有能威脅到他們再在呂宋的存在的勢力。唯一有威脅的恐怕就是越來越多的明人移民，不過西班牙統治者一直在壓制明人，並挑撥本地土著和明人之間的關係，玩弄平衡玩的非常溜。
當鄭森帶軍抵達呂宋島時，西班牙人大都分散在馬尼拉四周的廣闊空間，忙着收集香料以及向土著部落收稅。聞聽有明軍船隊到來匆匆集結軍隊，退守在馬尼拉城。不過集結的軍隊總數也就五六百人而已。
然而就這點人馬，也給鄭森帶來了沉重打擊。
兩萬多軍隊登陸馬尼拉，面對的不過是數百西班牙軍，不管是鄭森還是鄭軍諸將，都認爲打下馬尼拉城並無問題。
登陸的第三日，在鄭森的命令下，周全斌等將帶着五千軍隊開始向馬尼拉城展開進攻，士兵們擡着匆匆扎就的攻城竹梯，向着馬尼拉城衝去。然而等待他們的先是猛烈的火炮，然後是犀利的火銃。
在馬尼拉城堡外有西班牙人的炮臺，用以控制附近海灣，協助守城。正是這炮臺逼得鄭軍船隊不得不在遠離馬尼拉城十里的海岸下錨停泊。而現在又給攻城的鄭軍帶來了極大的打擊。
沉重的彈丸呼嘯而來，落在行軍的鄭軍隊列中，被砸在擦着碰着均是骨斷筋折。雖然造成的傷亡不算很大，但對士氣的打擊卻是很大。哪怕再堅固的盾牌，在巨炮面前也是白搭。
好容易攻到了炮臺附近，周全斌指揮着士兵進攻炮臺時，卻遭到不遠處馬尼拉城的猛烈射擊。炮臺就在馬尼拉城外五十步的地方，不論從哪個地方進攻都會遭到城頭的攻擊。
僅僅是攻打炮臺的戰鬥，便付出了三百多人的傷亡，而炮臺卻未傷分毫。
攻打馬尼拉城堡的行動更是虎頭蛇尾，在堅固的棱堡面前，每一個進攻的士兵都要面臨來自三面的打擊，而棱堡的結構又讓進攻方的兵力完全無法展開。
死傷了一千多人，周全斌等將不得不撤了下去，第一次進攻敗了。
鄭森召集諸將，籌劃攻城的辦法，可面對堅固的城堡，所有人都沒了主意。這種棱堡和大明四四方方的城池不同，就如同長滿利刺的刺蝟，簡直讓人無處下嘴。
“總制，咱們的糧食不多了，必須得儘早拿出辦法。”鄭芝豹說道。
“強攻不行，咱們就圍着！
三叔你負責帶人發動呂宋所有明人，把他們召集起來爲咱們所用。呂宋大部分莊園的主人都是咱們明人，總人數有兩萬多人，咱們沒有糧食他們卻有，花錢從他們手裡收購糧食，並警告他們不許給城裡的西班牙人提供任何糧食物品。
全斌你們負責帶領一半的軍隊和召集的明人民夫，拿着從本地百姓家裡找到的工具，在馬尼拉城外三裡的地方挖土修牆，給我修築土牆把馬尼拉城圍起來，我要把城裡的西班牙人徹底困死！
剩下的軍隊則在河流兩岸平坦的地方開墾田地，進行屯田。咱們已經沒有了任何後援，只能自己種糧自己吃，現在纔剛剛入夏，這呂宋氣候溫暖溼潤，現在種下糧種，秋後還能收穫一季秋稻。”
鄭森把盤算好的一一吩咐下去。強攻馬尼拉城堡失敗，他便做出打持久戰的準備。手下就剩下這點人馬，他不願再耗費在無謂的攻城之中。
你馬尼拉城堡不是堅固嗎？老子便把你圍起來困死，看你城堡裡的糧食能夠堅持多久？
接下來的日子，在鄭森的指揮下，兩萬多軍隊挖溝築牆、開荒種地，忙的是熱火朝天。
而對鄭軍的到來，呂宋的數萬明人都持歡迎態度，呂宋的明人大都來自閩粵兩省，沒有不聽說鄭家名聲的。這些人爲了生活背井離鄉遠赴海外，然而來到海外依然遭到西班牙人的殘酷壓迫。
擔心越來越多的明人威脅到自己的統治，西班牙人扶持呂宋土著極力壓制着明人，不僅徵收沉重的稅賦，沒過一段時間都會進行一次屠殺。歷史上西班牙人對明人的大屠殺共發生過兩次，一次是萬曆三十五年，一次是崇禎十二年，每一次都是人頭滾滾，數以萬計的明人慘死在西班牙和土著們的屠刀下。崇禎十二年的大屠殺，共計五萬明人慘死。
然而明知道西班牙人對待明人殘忍的態度，可還是有無數的明人漂洋過海來到這裡謀生，這不能不說是一種悲哀。因爲西班牙人的統治固然殘酷，可呂宋溫暖溼潤的氣候，無數肥沃的土地還是讓閩粵一帶無地的貧民趨之若鶩。西班牙人賦稅雖重，卻重不過士紳地主，只要辛苦勞作，賺取養家餬口的銀子絲毫沒有問題，在呂宋，大部分明人過得要遠比在家鄉好。
不過明人到底是明人，不管走到哪裡都認同自己華夏的身份，現在來自大陸的軍隊雖然讓他們不安，卻還是積極幫助着鄭軍將士在島上立足。
他們拿出自家的糧食，他們幫着軍隊修築圍城的土牆，修築防禦工事。因爲他們知道，一旦鄭軍敗走，西班牙人絕對饒不了同爲明人的他們。
看着明人軍隊竟然做出長久圍困的姿態，眼看着城外的土牆越伸越長，城堡內的西班牙人也急了，若是這樣持續下去，馬尼拉城便會被明人徹底圍死。城內雖然有不少糧食物質，可又能撐多久？
而諾大的呂宋羣島，西班牙人也只擁有馬尼拉和宿務兩個據點，宿務島上的西班牙人更少，人數只有二百餘人，便是知道這邊被圍也無力援救。而距離馬尼拉最近的軍隊便是新大陸，西班牙人在墨西哥有着強大的軍隊。可是新大陸距離呂宋數萬裡之遙，等到墨西哥總督知道呂宋的消息再派軍隊前來，哪裡還來得及？
所以，西班牙總督知道，必須得主動出擊，只有擊敗明人軍隊，馬尼拉纔有守住的希望！