率衆暴亂的三個張營票帥都在混戰中爲韓袞部所斬殺。韓袞部的到來，扭轉了局勢，王來興部隨之反攻，兩下合力，將張營的兵士們驅逐回了東面的張營大寨，並且堵住了幾處寨門。
張營中，支持暴動者本就不是全部，現在暴動的主要策動人皆已腦袋搬家，望着寨外被趙營用長杆挑着來去示衆的三顆血色頭顱，營中的溫和派重新佔據上風。韓袞秉承趙當世的叮囑，不斷派人入營遊說，威逼利誘下，張營最終放棄了再動干戈的念頭，轉而開門求和。
被張妙手帶去褒城的有一千五百餘人，留在城固的，還剩四五千之衆，其中包含了許多老弱婦孺。韓袞與王來興基於穩妥的考慮，沒有放任自流，而是先將營中丁壯全都繳了械，之後不顧勞煩，一步一趕，將這四五千人監督着一路“押解”到了褒城。及張妙手部和看管他們的趙營後營、馬軍營俱入褒城，已是三日後。但在兩日前，趙營的整編已然開始着手。
這次的整編，單從結構與規模上看，超出以往任何一次。主要參與者不止趙營的一幫老人，昌則玉、惠登相等新附衆也包括了進來。戰爭需要謀定而後動，比戰爭更重要的內務更是如此。直到韓袞、王來興帶着張妙手上下人馬到了褒城，爲期兩日的整編研討纔算有了個結果。
整編的首要成果，排第一位的，就是確定了趙營日後可能會在很長一段時期內都奉行不變的軍事體制
先說軍隊編制，在反覆討論後，趙當世“博採衆長”，確定了一個具有長期穩定性的方案：編制的最高級別爲“軍”，往下轄有若干“營”。每個營下面轄有若干“司”。每個司則如最初一樣，五百人一滿編，轄有五個“隊”。每隊百人，分五“行”。每行二十人，分四“伍”。伍是趙營最小軍事單位，由五人組成。
軍、營、司、隊、行、伍六級，構成了趙營的軍制主體。
一軍之長的職位，趙當世考慮了很久，也參考了過往歷朝諸多軍職，最後還是打算以“總兵”稱之。雖說趙營尚爲流寇，用此官軍之銜未免不倫不類，但話又說回來，拿一個生僻的古時軍職出來，恐怕很多軍將兵士心中都沒有概念。而“總兵”二字固然粗濫，理解成本卻也最小，各級軍將一目瞭然便知此爲一軍之最高職。
徐琿開始表現出對此的強烈抵制，但昌則玉舉了元末的例子，當時正朔在元，可天下叛軍，無論文武大多套用元軍官職以便於管理，也包括後來成功開國的朱元璋。甚至現在明軍的許多軍職追根溯源，都是來自於蒙元。況且當今流寇中，並不乏取官軍職務自用的例子。以此類比，趙營的舉止實不足爲奇。
趙營現在是“名不正言不順”，但衆人拼命至今的意義，不就在打破桎梏、推翻暴‘政嗎？若是自己在心底裡都沒有給自己一個正確且長遠的定義，一直自認爲寇、自甘墮落，那繼續發展的意義何在？
徐琿被昌則玉一番話說得啞口無言，看上去還有些不快，但終究沒再堅持。與他相反，侯大貴等人則是一臉興奮。想自己苦哈哈大半輩子，不想有朝一日還能撈個“總兵”噹噹，不管是官是賊，手底下好歹也有成百上千的兵士管着。只此一點，就比明廷無數吃空餉度日的光桿總兵要強上不少。
一軍除了總兵，尚有“參軍”作爲輔佐。參軍無實權，只是在軍務上給予總兵建議與指導，這對已經習慣了文員在側的趙營衆軍將來說，並不難理解。
軍之下，是營一級別。主職與前同，稱爲“千總”，千總身邊亦仿效總兵，有“參謀”爲輔。其下的司，稱“百總”如舊，再下隊、行、伍則分別稱“隊長”、“行長”、“伍長”。
以上是爲趙營野戰部隊的軍事編制。除此之外，趙營還視日漸重要的其他具體事務，設置了六個最爲緊要的職位——親養司指揮使、特勤司指揮使、稽察使、教練使、錢糧使、內務使，統稱“六使”。
親養司指揮使和特勤司指揮使都是從當初的夜不收中細化出來的職位。籠統來說，親養司即趙當世的親兵衛隊，負責保衛主帥，而特勤司是將夜不收的打探、監視、滲透乃至刺殺等等特殊職能分出來組成的機構。
稽察使的主責在於制定軍紀，並糾察各種失職、瀆職行爲，量刑定罪也在其職權範圍內。
教練使則負責統帶諸多“教頭”，這些人都是營中選拔出來的武林高手，各種流派都有，負責在訓練時給予軍官、兵士格鬥技擊上的指導與更正。
錢糧使職如其名，主管全營糧秣供給、錢財支出等。
內務使職責很泛，既掌兵冊，也管理甲冑軍械等諸多雜事，隨軍人員的管理也在其職務範疇。同時，趙當世還將諸如“火器監造”這樣的部門塞到了這裡，雖然就現在來說，參與研發製作火器的人微乎其微，也沒什麼成果，但也不影響趙當世的“長遠考慮”。
至於趙當世本人，“闖將”只能算是個諢號，要歸於趙營系統顯得正規的稱呼，則是“大都督”。“大都督”之名歷史悠久，但趙當世選擇它，主要來源也是明軍。明廷設過都督之職，但不常有，剛好拿來用。
制度既然粗定，接下來人員的調整勢在必行。在此之前，趙當世首先根據各部遞交上來的詳細冊籍以及數日前的戰損，對現有歸屬在趙營底下的所有兵馬數目作了一個詳細的統計。
就趙營本部來說，與祖大弼一戰後，刨去當場戰死的以及這幾日陸續死亡、確定傷勢已經無法再支持戰鬥的等等冗兵後，前營三個司，前司郭虎頭部剩三百來人，後司白旺部不足兩百人，中司李延義部大致保持千人。整個前營減員一半多。
中營前後司白蛟龍、吳鳴鳳兩部合一起，同樣堪堪半數，大約千人。左營覃進孝外戰未歸，不計。右營郝搖旗勉強算到兩千人，後營王來興也差不多這個數目。馬軍營韓袞不算廉不信部，一千馬軍不到。
所以統計下來，趙營本部在褒城的，只有六千五百步軍，一千馬軍。且大多數部隊編制殘缺，難以再戰，所以補充之事不可再拖。
轉看惠、熊、張三部，惠登相五百人不到，熊萬劍部經過裁汰，可用者三千人，張妙手部不管那些老幼婦孺，嚴格遴選，也有三千可戰之兵。故而，通過這三人的配合或強制配合，趙營的重立，就建立在嫡系部隊與補充進來的這三方人馬的基礎上。
從最大的方面看，趙營分兩軍，一謂“老本軍”，一謂“先討軍”。
老本軍顧名思義，即是趙營之核心，是根本所在。有這個威望以及能力擔任老本軍總兵的，非侯大貴莫屬。先討軍乃趙營野戰主力，任總兵之人也沒有懸念，徐琿是也。
兩軍的參軍，先討軍還好說，直接就確定了偃立成。這個與劉孝竑同出施州衛大族的士子有着與劉截然不同的性格，非常能與人打交道。之前，他輔助侯大貴，經過一段時間的相處，成功打消了侯大貴對於讀書人的厭惡，並取得侯大貴的信任。且從他平素裡的言行舉止以及對軍務方面的貢獻來說，還是頗爲靠譜的。趙當世認爲把他調到徐琿身邊，並不存在問題。
反倒是老本軍的參軍，趙當世深思熟慮良久，懸而不決。侯大貴與徐琿的脾氣，一個似火，一個似冰。侯大貴此人，你只要能被他接納，就如同融入了他的火焰，會得到極大的信任與自由；但徐琿不同，他是個主見很強的統帥，很多時候，軍隊的事，都是他一個人說了算，旁人若有異議，很可能遭到他的強烈反感。早前，在徐琿左右的是水丘談，這人也是從施州衛與劉、偃一併出來的士子。但這水丘談精於書牘算數，卻訥於言行更不通軍事，所以徐琿只是把他當一個筆桿子使，兩人之間從未產生過意見上的分歧與爭論，也因此一直相安無事。把偃立成調過去配合徐琿，很重要一點也是看中的偃立成爲人處事的圓滑。
但偃立成一走，拿誰輔佐侯大貴成了老大難問題。參軍之職十分緊要，趙當世不會輕易把人擺上去，他的本意，是在昌則玉、覃奇功、穆公淳三人中擇一。然而通過昌則玉的言行趙當世明顯能感覺到，其人之志，絕不在於一將身邊，換句話說，他願意犧牲武營餘部來換取加入趙營，就是希望能在趙當世身邊博得一席之地。且憑他的能耐與見識，把他下放，也着實大材小用，趙當世以後用得到他的地方還有很多，必須留在身邊。本來穆公淳很合適，他擅長出奇計，但眼光不高，放在戰術層面的作戰部隊裡剛剛好，但這人脾氣差，又挺孤傲，把他和性急火爆的侯大貴綁一塊，有什麼後果可想而知。所以思來想去，還是寬容大度，又沉穩幹練的覃奇功爲第一人選。有他在身邊，侯大貴既能得到約束，也能得到指點。只是此時當事人不在，趙當世也怕覃奇功接受不了這樣的安排，所以就暫時定了個方案，準備等見了覃奇功再行確認。
老本軍下四營，按例分前、左、右、後，每營二千人。千總分別是白蛟龍、吳鳴鳳、熊萬劍與張妙手，與之對應四營的參謀則是惠登相、劉擁金、白旺、李延義。惠、熊、張先前地位擺在那裡，不安排個高職，也難服人心，只不過對於這三人，趙當世始終秉持着“明尊暗控”的手段。尤其是惠登相，早年名頭太響，趙當世不能不未雨綢繆，連個千總都不敢給他，而是將他放在白蛟龍身邊監視。熊萬劍、張妙手名義上是千總，但實權反倒在身邊參謀白旺和李延義手裡頭。這一點，趙當世不說破，他們也都心知肚明——從他們宣佈效忠趙當世的那一刻起，他們就再也無法左右自己命運，明哲保身，緊緊閉上自己的嘴，是他們最好的也是唯一的選擇。多提一句，張妙手的後營一如既往，基本上是主管後勤的，稽察使、內務使、錢糧使的工作，也都和他的後營息息相關。
先討軍下三營，分前、左、右，其中前營三千人，左、右兩營各二千人。千總分別是郭如克、覃進孝與郝搖旗，對應的參軍則是宋侯真、路行雲與楊招鳳。郭如克即郭虎頭本名，他這幾個月歷經血戰，立下功勳無數，趙當世對他的忠心與能力已經頗爲肯定，營中的其他軍將也對他十分認可。就連一向不服人的郝搖旗也會說一句：“虎頭這個千總，該當的。”他在數日前的戰鬥中受了重傷，不過萬幸的是，他以及白旺、白蛟龍，傷都不及要害，經過全力施救，已然在快速恢復中，只有被馬正面撞飛的周文赫，骨頭斷了幾根，肚腹裡也出了血，尚昏迷不醒。
郭虎頭既然升到了高職，考慮自然多了起來。他之前只不過是嗆入濃煙導致昏迷，所以醒過來是最快的。在聽說自己當上了千總後，他十分鄭重地託人轉告趙當世，說自己想了很久，決定以後放棄“郭虎頭”這個不登大雅之堂的諢號，從此任何場合都用本名“郭如克”，以顯正式。當然，趙當世以及故人們相見，“虎頭”二字還是可以說的。趙當世聞而莞爾，對他這個請求，照準無誤。
覃進孝未歸，暫將他部劃到先討軍。值得一提的是，營中缺乏人才，趙當世本來想似前番，不給覃進孝的身邊放置參謀。但韓袞從城固回來後給趙當世引薦了兩人，一個路行雲，一個郭名濤。這兩個無比難啃硬骨頭，撐到今日，終於肯低下頭顱，爲趙營效力了。