張璁和桂萼給羣臣擬了罪狀，說他們欺君罔上，皇帝仍然要堅持將“本生”二字去掉。對於文官們來說，這是一個大命題，去掉“本生”意味着興獻王朱佑沅在尊號上可以跟弘治皇帝平起平坐，那麼官員們旨在對弘治皇帝的照顧則形同虛設。
官僚們對張璁、桂萼這種迎合皇帝，背叛士大夫羣體的叛徒感到十分氣憤，以楊廷和兒子楊慎爲首的一批翰林學士們打算趁張璁、桂萼進宮的時候將他們二人圍毆致死，結果是張璁、桂萼提前得到消息躲在武定侯郭勳府上幾天幾夜不敢出來，帝國已進入瘋狂。
楊慎的名望不僅僅是作爲楊廷和的兒子而存在，他曾經作了一首詞《滾滾長江東逝水》被羅貫中收錄到他的小說《三國演義》中，楊慎是翰林院的激進派，他看起來似乎是大明朝的衛道士，但是其不知乃父的行爲恰恰違背了禮法。
羣臣紛紛上奏反對嘉靖朝令夕改，失信於天下。皇帝將這些奏章紛紛留中，七月十五日這天羣臣散朝回來在路上議論紛紛，衆人談起成化年的往事。當時成化皇帝的生母周太后不願意跟英宗的皇后錢太后合葬，這也就意味着周氏想讓錢氏另行安葬。周氏的蠻橫觸怒了文武百官，二百多人齊聚文華門痛哭，大明朝第一次官員集體請願活動就這樣發生了，最後還是周氏屈服，官員們獲勝。
談着成化年間的往事，再聯想到如今的時局，衆人越說越激動。楊慎再也忍受不了，捋起袖子高呼：“國家養士百五十年，仗節死義，正在今日。”衆人紛紛響應，將正在散朝的官員攔了下來，並說“誰不去，衆人將共擊之。”
這次又聚集了二百多人，衆人齊跪在左順門前，這左順門是宮內宮外奏章傳遞之處。二百多人跪在那裡齊聲吶喊、痛哭，一人領頭，其他人附和，整座紫禁城聲動震天。剛上完朝正在吃早飯的嘉靖忽然聽見外面亂糟糟的，便讓人去打聽，得知百官前來請願，便讓宦官勸百官們回去，宦官們的勸說毫無效果，局面從清晨一直持續到午後。
朱厚璁這位十七歲的少年此刻早已君臨天下，他面臨主政以來的最大一次考驗，前進一步將會獨掌乾坤，退後一步將會萬劫不復。農曆的七月，正值暑季，午後毒辣辣的太陽照曬着整座紫禁城，整座皇宮一片靜謐，或許還有蟬在鳴叫。皇帝傾聽着外面的聲音，羣臣的哭喊時斷時續，還有人在捶門，一聲聲捶在皇帝的心上，皇帝在心想，他們呆會會不會拿圓木撞門而入。
皇帝已經開始索要名單，宦官拿起紙筆跑到左順門口記錄請願的人名。很快，左順門被打開，大批的錦衣衛衝了出來，將一百多人抓進詔獄，衆人開始哭喊，聲徹寰宇、撕心裂肺。
二日後，廷杖開始，五品以下的一共180多人被廷仗，17人被打死。至此，這場大禮儀之爭已接近尾聲，文官們面臨徹底失敗的結局。皇帝得以去掉“本生”二字，稱自己父親爲皇考，稱弘治皇帝爲皇伯考。在皇帝的大棒政策下，所有人開始噤若寒蟬，士大夫的理想與豪氣傾刻間都已煙消雲散，所謂的“文死諫”竟是這般脆弱和不堪一擊。
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皇帝的勝利不是偶然的，此時士大夫集團還沒能聯爲一體，皇帝還能夠分而治之，而此後嚴嵩、張居正的失敗結局使得文官們明白了跟皇帝合作的後果；另外，更爲重要的，在大禮儀之爭的開始，以楊廷和爲首的文官們自己挖了個陷阱往裡面跳，在自己對禮儀問題還沒弄懂的情況下，就輕易下決斷，結果是自己的漏洞被對手一個一個挑了出來。
此次的左順門事件使得官員們明白了衝動的後果，自己含辛茹苦得來的功名不能就這麼輕易沒了。從這裡我們也可以看出存在於官僚羣體中的一種難題，那就是在君主和自身這個團體之間抉擇的問題，如果遵循君主的心思，則被同僚們所排斥，如果跟同僚們附和在一起，則往往則被其連累。在張璁上奏章駁斥楊廷和之前，湖廣巡撫私下裡就已經寫了份駁斥楊廷和的奏書，只是畏懼楊廷和而不敢上奏。從這裡我們可以看出每個人都有民主與的一面，對與自己觀點相同的則表現出民主，對與自己觀點相異的則表現出。重要的是要掌握住輿論的權力，而這又需要有雄辯能力。
大禮儀問題清楚的表明我們這個帝國存在的問題，那就是帝國的精力更多的消耗在這種禮儀問題上，彷彿這纔是國家政治生活中的頭等大事，只要禮儀的問題、道德的問題搞好了，我們這個國家就會長治久安，而國家的稅收、農業生產問題、軍隊建設問題不是決策者應該考慮的問題。
左順門事件是明王朝君臣關係的分水嶺，從此君臣那種融洽關係已基本不復存在，對抗成了國家政治生活中的主流，我們這個帝國已經不再具備溫情，它似乎進入一個人人皆小人的時代。
張璁、桂萼自然就成了羣臣眼中的小人，雖然有皇帝的寵信，但仍舊擺脫不了衆人的敵視，張璁與桂萼也開始發展自己的勢力來抗衡這幫官僚。他們首先想到了楊一清，楊一清曾公開反對楊廷和，在張璁等人的活動下，楊一清出山掛兵部尚書銜再次擔任三邊總制，還有其他退休在家已高齡但是在大禮儀中支持皇帝的官員被張、桂二人活動出仕，另外還有一些因反對楊廷和遭罷免的官員也被張、桂二人弄了出來，這樣，在朝中正式形成兩派，而皇帝喜歡看着臣子們鬥來鬥去，張璁此時成了他制衡官員們的工具。
左順門事件並不是大禮儀之爭的終結點，此後嘉靖和他的那些支持者們不斷將朝堂上的矛盾鬥爭往大禮儀事件上扯，藉此加大對反對派的清洗。