沈有容當然不甘心就這樣讓荷蘭人逃走，悍然率船隊追擊荷蘭人的艦隊，雙方在海上再次纏鬥起來，此戰一直從深夜打到天明，沈有容軍燒燬海盜戰船三十餘艘，擊沉海盜戰船十餘艘，燒燬荷蘭戰列艦兩艘，擊沉荷蘭戰列艦兩艘，不過自己這方也傷亡慘重，帶來的六十艘戰船隻剩下二十艘，士兵也只餘二千多人。
這時盤踞在澎湖水寨的荷蘭人又派了六艘戰列艦趕來增援，沈有容不得不帶着殘部撤離戰場。此戰沈有容軍雖然表現出了極高的作戰水平，但也難以言勝，不過還是極大地打擊了荷蘭人的囂張氣焰，不敢再封鎖漳州出海口了！
通過此戰沈有容也意識到要想將荷蘭人從澎湖列島趕走，除了請郭致遠出山別無他法，所以他親赴東蕃，單膝跪在郭致遠面前，悲聲道：“請大人爲福建百姓計，率軍出戰吧！……”
對沈有容，郭致遠當然不能像對陳子貞那樣搪塞了，連忙把他扶起來，嘆了一口氣道：“沈將軍快快請起，非是郭某不願出戰，實在是名不正，言不順啊！……”
沈有容並不知道郭致遠有着更長遠的佈局，有些不理解地憤然道：“名分真的那麼重要嗎？沈某在大人麾下時，大人常說國家民族大義高於一切，此時卻置國家民族大義於不顧，養寇自重，斤斤計較，不肯率軍出戰，莫非也是說一套，做一套，沈某真是看錯你了！……”
郭致遠也不惱怒，呵呵笑道：“沈將軍你誤會我了，我非是養寇自重，西洋人有句話說得好，上帝欲使之滅亡，必先使其之瘋狂，我想要的不是一次戰役的勝利，而是中國沿海數百年的太平！我要這個名分也不是爲了我自己，而是爲了中國沿海的長治久安，要想我中國沿海不被外敵侵略，就必須有一個秩序制定者，否則就算我這次將荷蘭人打敗趕走了，下次我離開了東蕃，荷蘭人或者其他的西洋人又來侵犯又該如何是好呢？……”
沈有容有些似懂非懂地撓了撓頭道：“大人，沈某是粗人，你就別繞來繞去的了，你就直說該如何做吧，只要你肯率軍出戰，便是要沈某赴湯蹈火，沈某也在所不辭！不過沈某位卑言輕，你若要沈某幫你向朝廷討要名分，怕是很難辦到……”
郭致遠微微一笑道：“你辦不到，自然有人辦得到，這樣吧，你去泉州找徐先生，他應該知道該找何人……”
沈有容只好去泉州找徐光啓，徐光啓如今已經升任泉州府知府，他對福建沿海如今被荷蘭人肆虐的狀況也很是着急，也不太明白爲什麼郭致遠不肯出山率兵出戰，聽沈有容把郭致遠的原話一說，徐光啓對郭致遠的用意就清楚了，只是對於郭致遠說的那個能幫郭致遠向朝廷討要名分的人卻一時間沒找到頭緒，摸着鬍鬚沉思了一會兒，突然眼睛一亮，用力一拍大腿道：“我怎麼把這尊大佛給忘了，找到他，此事必成！……”
郭致遠讓徐光啓去找的人是誰呢？此人就是兩度出任明朝首輔的葉向高！萬曆三十六年(1608年)後，葉向高就一人主持閣務達七年之久，人稱“獨相”，由於萬曆皇帝長期不上朝，葉向高這個首輔着實是當得心力憔悴，所以在萬曆四十二年(1614年)，他連上六十二道奏疏請求致仕，終於獲准回鄉，而在天啓元年(1621年)，他又會被起復，二度入閣爲首輔，由此可見其在朝中的地位。
葉向高是福州府福清人，此時就在福清老家養老，雖然已經致仕，但作爲曾經的首輔，他不可能對國家大事不關注，所以對郭致遠這些年的作爲和福建沿海如今面臨的嚴峻局勢自然十分了解，徐光啓和沈有容一來，他就知道他們的來意了，在詳細向沈有容詢問了當日與荷蘭人交戰的經過後，他也意識到如今能夠收拾局面的只怕只有郭致遠了。
作爲福建人，葉向高當然希望自己的家鄉長治久安，希望郭致遠能夠出山率領自新軍將荷蘭人趕跑，不過對於是否上奏摺向朝廷保舉郭致遠，他卻有些猶豫，他能兩度出任首輔，對於識人之道自然也是有些心得的，但對於郭致遠這個人他着實有些看不透，你說他有不軌之心吧，他又能不遠千里跑到遼東去抄後金的後路幫朝廷出力，你說他忠心吧，他又連殺朝廷命官這種大逆不道的事也敢幹。
像葉向高這樣的人是很愛惜自己的名聲的，要是他向朝廷上奏摺保舉郭致遠，如果郭致遠將來起兵謀反，那他就晚節不保了，所以他猶豫了好一會兒，才沉吟着對徐光啓和沈有容道：“子先（徐光啓字子先）、士弘（沈有容字士弘），你們兩位都曾在郭致遠麾下效力，你們能和老夫說說他到底是怎樣一個人嗎？……”
徐光啓知道葉向高這樣問是在顧慮郭致遠是否有不軌之心，連忙道：“郭大人是徐某平生所見之天才，文韜武略過人，朝廷不肯重用他，實乃朝廷之損失，朝中大臣說其有圖謀不軌之心，實屬嫉賢妒能，郭老大人仙逝前，郭大人曾當其面對天起誓，此生永不叛明！又豈會行謀逆之事？……”
葉向高一聽也動容道：“此事當真？！……”
沈有容也連忙道：“沈某平生從不服人，但對郭大人，沈某隻有佩服二字，沈某敢以項上人頭擔保，郭大人對朝廷絕無反意！……”
葉向高其實已經信了，這個時代的人對於孝道可是非常看重的，郭致遠能在郭正域臨死前當着他的面發誓永不叛明那就絕不可能變卦，加上徐光啓和沈有容對郭致遠的評價也這麼高，他心裡再無猶豫，高興地拍掌道：“如此我大明又得一棟樑之才！老夫這便起草奏摺，上報朝廷，請聖上下旨奪情讓郭致遠在官守制，並保舉郭致遠爲福建海道副使，總領福建沿海海防……”