此戰之中，縣衙被水匪攻破，十名自衛隊員裡面有兩人受傷，一名隊員在屋頂作戰時被射中了一箭，大腿被射了個對穿。另一個傷員是第一次殺出去與西牆外水匪近戰時受傷的，右胸正面被刺了一刀，肺葉被刺穿，形成了開放性氣胸，若不是按照章澤天制定的規範及時堵住傷口包紮的話，此時恐怕已經死了。即使暫時搶回來半條命，也還要看他能否有運氣扛過感染這一關，生死仍未能確定。
除了自衛隊員之外，臨時持長槍上陣的前衙役之中有兩人當場戰死，六人受傷。寶應本地的八名衙役因爲跑得快，倒沒有受傷。
新組建的民團二十個人與水匪列陣對抗，死傷更是慘重。包括被班長刺殺的那個逃跑的團丁在內，共有六人陣亡，其他人多數帶傷。
此戰直接殲滅參與進攻的水匪精銳近五十人，抓獲帶傷俘虜六人，只有十幾個水匪逃跑了。
直觀看來，縣衙是獲得了一次漂亮的完勝，雙方的傷亡比例同樣完美，但是章維對此卻不太滿意。如果他的戰前準備再充分一點，或者能夠提前動手抓捕潛入城中的水匪的話，手下人的傷亡就可以避免大半了。
章維沒有給逃跑的水匪喘息的機會，天亮之前就召集全體衙役在全城範圍內展開大搜捕，城外的四個班的民團也被調回城裡協助搜捕，城門爲此關閉了整整兩天。
寶應縣城不大，兩天時間足夠把城裡翻了個底朝天。在這次搜捕中，沒有當場抓住的十二名水匪悉數被擒，另外還有幾個倒黴的江洋大盜被意外抓獲，沒有路引身份不明的可疑人員更是被抓了二十多人，連說不清楚身份的乞丐也被抓捕一空，城裡的環境爲之一清。
藉此機會，章維再次招新，將民團總數擴大到二百人。
那些來自即墨縣衙的原衙役們，在戰鬥中的戰力雖差，卻因爲這次戰鬥與章家實實在在地拉近了距離。戰死的人被追任爲互助會會員，享受烈士待遇，活下來的也同樣加入了互助會，並因爲這次戰鬥得到了或多或少的獎勵，對章家的認同感直線上升，成爲了真正的自己人。
民團的表現有些良莠不齊，多數人戰鬥頑強，戰果顯著，給後來的新團丁樹立了不錯的榜樣。因爲臨陣脫逃被當場處死的那個也沒有被過分追究，與其他戰死的同伴一樣得到了豐厚的撫卹。
在這一仗的指揮之中，幾個優秀的自衛隊員和團丁得到了提拔，其中就包括指揮縣衙防守作戰的胡作興，指揮城外民團作戰的代理排長，自衛隊戰士翁二賴，指揮碼頭戰鬥的排長侯成，還有城裡民團的代理班長，當地人富紹華等。
按照自衛隊的習慣，戰鬥之後組織了總結會，民團也仿照自衛隊朝廷了總結，評出了立功隊員報青島總部審批，同時將總結出來的經驗教訓落實到今後的訓練和作戰之中。
這次面對水匪進攻的戰鬥，章維取得了全面的勝利，他的心中卻仍舊不爽，自衛隊的指揮員侯成也不爽，依章澤天指揮作戰的性子，面對敵人時不能一味被動挨打，總要殺到水匪的老巢之中去，把敢於伸手的敵人消滅掉才行。
只是章維和侯成手中的兵力實在太少，根本無力外出作戰，也只能作罷。
章維面對的麻煩還不止這些，被俘虜的一百多名水匪，以及被擊斃的一百多名水匪都要處理。這些水匪在當地百姓之中的名聲並不像其他地方的山匪海盜那麼差，處理起來便有一些不方便。如果全部殺掉，或者交給上級報功的話，就有些浪費了。可是如果像青島那邊那樣看押起來的話，寶應這邊又不具備那樣的條件。
侯成提出將這些人押回山東去，章澤天那裡正缺少人力，這些身強力壯的水匪都是好勞力，正好可以交給章澤天用。
只是目前第一批運糧回山東的船隊尚未返回，他們再也分不出人手來押送這些水匪俘虜了。
無奈之下，侯成只好在南崗張興霸的莊子裡面開闢出一片地方，建成了一個戰俘營，將這些水匪先關押起來，進行初步的訓練，找些活計讓這些人做着，以防他們有閒心鬧事。
經過初步甄別審訊之後，侯成發現這些水匪多數都是船工或漁民出身，操船之類的工作做得最爲純熟，幹起農活或土建之類的事情卻笨拙無比。進一步審問之後，他發現這些人裡面竟然有兩個不錯的船匠，修船造船的本領相當不錯，至少俘虜們都是這麼說的。
這次俘獲的水匪開來的船隻數量不少，其中有一些已經在戰鬥中被損壞，正好需要修理。侯成便把這些壞船都開過來，讓兩個船匠帶着水匪們修理，倒也算是人盡其才了。
章維那邊清查皇糧之事的報告還沒有弄妥當，又出了水匪攻打縣衙之事，被各種文書工作弄得焦頭爛額。他與幾位師爺，以及書吏們關在縣衙的書房之中商量了幾天，將這兩次大事件的成果縮減了又縮減，最後編纂出來兩份報告，遞交到了淮安知府連祥的案頭。
在這兩份報告之中，查獲的糧食總數被減少到了十一萬石，銀子更是一兩沒有。而戰鬥中擊斃的水匪變成了三十多人，俘虜到的活口也只有閉城搜捕到的那些零散強人和盜賊，青雲寨的水匪俘虜被全部隱瞞了下來。
章維也是沒辦法，他總不能把自衛隊的戰力直接展示到朝廷面前，否則章家在山東面臨的就會是官軍的圍剿了。所以更多的功勞都被推到了建立不久的民團身上，他爲了建設民團已經花費了近萬兩銀子，又爲民團保留了萬多兩銀子的經費便也是順理成章之事。
被章維隱瞞下來的水匪俘虜們不會浪費，將來都要運回青島去進行“勞改”，充當一陣子免費勞動力，同時培訓他們對章家莊的歸屬感，爭取將他們培養成自己人。
那些被當場擊斃的水匪同樣沒有被浪費，章維找人聯繫了駐紮在洪澤湖邊的一位大文水師的張姓千戶，將那些被俘虜認過的水匪屍首都賣給了那位張將軍。