接到總部的命令後，2B和9S立刻趕了回去。
一個超大型的機器造物突然出現在城市中。
他倆找到了飛行機甲，經過一番鏖戰，最終打敗了頭目。
它在最後時刻自爆，將城市的地面，炸出一個大窟窿。
與此同時，總部檢測到，從窟窿中涌出了大批外星人的訊號。
它們已經消失了幾百年，現在卻突然露面，背後似乎藏着什麼陰謀。
總部直接向現場的二人，下達了探索地底的命令。
2B和9S便沿着機械造物爆炸後產生的窟窿，進入通往地底的山洞。
通過多道金屬閘門後，二人進入了一個巨大的金屬空間，像是某種指揮中心。
在這裡，有許多外形像章魚的外星人，只不過它們早已死去，變成了乾屍。
而且，裡面還放着外星人母艦的殘骸。
這時候，突然出現兩名銀髮男子，外形和沙漠中消失的人造人很像。
“他們”一個叫亞當，一個叫夏娃。
根據“他倆”的介紹，早在幾百年前，機械生命體就將外星人全滅了。
機械生命體是不斷進化，完成自我強化的兵器。
沒花多少時間，它們的智慧水平便已經超過了外星人。
現在，它們的興趣放在了月球上的人類。
根據收集到的資料，人類的很多行爲都難以理解。
它們希望能捕獲人類，進行一番研究，解開這個謎團。
甚至還邀請2B和9S幫忙。
當然，這個請求毫無疑問被拒絕。
交涉失敗，雙方自然打了一架。
但兩名銀髮男子並沒有糾纏太久，便突然消失掉，只留下一句莫名其妙的話：
“這就是我們造物主的結局……你們所相信的人類又怎麼樣了呢？”
2B和9S搜查了大廳，沒找到新的情報，便接到命令原路返回。
9O通知說，目前所有接入點都能傳送——將自我數據傳送回總部的臨時身體。
這樣就不用每次都用機甲飛回基地了。
二人直接傳送回總部，彙報了金屬大廳的情況。
司令表示，既然外星人已經被滅絕了，人類議會將擬定一個新的對策。
至於這個消息，2B和9S一定要保守秘密，不能透露給他人。
同時，她佈置了新的任務——調查機器人村長帕斯卡爾。
因爲，人類議會對這個特殊的機械生命體很感興趣。
他倆剛傳送到地面，便接到新消息：寄葉部隊有同伴叛變，襲擊了反抗軍營地。
二人受命去抓捕這些叛徒，很快就遇到了兩個——22B和64B。
經過一番追殺，消滅了目標後，對方的原隊長-8B姍姍來遲。
二人接着又聯手幹掉了8B。
9S對於殺死同伴這件事，顯得難以接受。
但叛徒們確實襲擊了反抗軍營地，造成了很大損失。
結果，回去問詢阿妮摩尼後，發現並沒有這樣的事情。
這種感覺，有點像總部存心栽贓這三人。
9S聯繫通訊系統，希望能查到事件資料，卻發現都被刪除，任務是司令直接下的命令。
對方還特別提醒9S“小心一點”。
這個小插曲結束後，二人前往機器人村莊，和帕斯卡爾聊了會天。
瞭解了它爲什麼選擇和平，以及對外星人和其他機械生命體的印象。
他們還獲悉，廢墟都市的東北方向，是一個巨大森林，裡面有機械生命體建造的【森之國】。
這個情報比較有價值，二人便打算那裡繼續調查。
路上遇到的機械兵，很像是騎砍中的領主，由一個騎士帶着好幾個步兵。
它們一邊宣誓用生命保衛國王，一邊英勇戰鬥。
讓人感覺，它們彷彿是忠誠的衛隊一樣。
二人繼續探索這片巨大的森林，找到了一座廢棄的城堡。
消滅了無數悍不畏死的衛兵之後，2B和9S在宮殿中，發現了一個躺在搖籃中的機器人嬰兒。
原來，它就是“森林之王”。
突然間，一個黑影落下來，揮刀砍死了這個“王”。
她外形和2B很像，也是銀髮黑衣，身材凹凸有致，只不過頭髮更長，神情更加淡漠。
這時候，總部傳來消息，目標是被通緝的叛徒A2，命令當場消滅掉她。
經過一番交手後，A2跳上了牆壁，只是冷冷地看着他們。
9S指責對方背叛了寄葉部隊。
然而，A2卻說寄葉部隊纔是背叛者。
她傳達完這個消息，便離開了城堡。
二人向總部彙報了此事，司令非常關心他倆的安危，並聲稱A2是非常危險的個體，建議以後遠離她。
9S想打聽A2叛逃的資料，但司令以機密爲理由，拒絕回答。
回到反抗軍營地後，阿妮摩尼佈置了一個新任務：
他們的部隊在海上佈置了一艘航空母艦，現在馬上就要返航補給。
需要2B和9S過去幫忙警戒。
二人穿過下水道，來到水淹之城的碼頭附近。
這時候，接到了司令的通信。
她表示航母正收到攻擊，命令二人裝備機甲過去支援。
他倆穿上機架，趕到航母位置時，一大波敵人已經圍了上來，就連艦身都被打得起火燃燒。
2B和9S合力解決掉一座巨大的圓盤狀飛行器後，從海里突然鑽出一頭金屬巨獸，將航母攔腰咬斷。
這時候，其他寄葉部隊成員也趕來協助，分擔了壓力。
9S有了一個想法，他讓2B啓動岸上的電磁軌道炮，近距離攻擊巨獸。
她趁着巨獸張嘴的時候，接連擊中它的喉嚨，炸得它渾身騰起熊熊火焰。
就在他倆都以爲巨獸被摧毀了的時候，對方卻復甦了。
而且，它的整個軀幹都浮出水面——之前看見的只是冰山一角。
它發出的強大震盪波，讓所有的機甲都停止運轉了。
正在這關鍵時刻，帕斯卡爾和它的同伴及時趕到，救下了2B和9S。
經過帕斯卡爾的介紹，他們瞭解到：
這臺金屬巨獸屬於古代武器，它存在的意義就是摧毀人工智能機器人。
可是，後來它失去控制，不分敵我開始攻擊。
於是便將它丟棄到深海中，沒想到現在卻再次甦醒過來。
突然間，9S想到了消滅巨獸的方法，不過需要2B拖住敵人。
在2B的配合下，他啓動了岸上的導彈，擊倒了巨獸。
巨大的爆炸衝擊中，總部與地面的通信出現了嚴重的故障。
當2B甦醒後，發現9S已經失去蹤影。
導航系統也只偵測到9S的微弱信號，但無法確定他的準確位置。
2B回到營地後，獲得一種特殊的掃描儀。
通過掃描儀，她追蹤到9S的蹤跡：
原來他被爆炸的衝擊波掀飛，墜落到了城市中心的大窟窿中。
她趕到墜落位置後，終於檢測到了9S的信號。