北宋朝廷派在歙州的守將，名叫郭師中。因郭師中武藝超強，在東南諸將中，勇不可擋，老虎見了都犯愁，故此有“病關索”之綽號。
病關索郭師中聞聽方臘起事，且攻佔了清溪、睦州。早已氣憤填膺。現在，得知方臘部將鼓譟而來，要攻佔歙州，頓時焦躁起來，忙調遣兵力，統兵出城，迎擊方臘南軍。
方臘軍擂鼓前進，郭師中迎面而來。
兩軍甫經對陣，方臘軍中，忽然突出一班披髮仗劍的人物，將劍向空一指，隨即橫劍齊向官軍，併力衝入。
因承平已久，官兵本不知戰，更提防不住方臘軍有妖法，哪個敢去攔阻？霎時間旗亂轍靡，如鳥獸散。郭師中見狀，禁遏不住。混亂中，於亂軍中馳馬衝過來一南將來，大叫一聲：“看刀！”咔嚓一下，砍郭師中於馬下。可憐有“病關索”之稱的郭師中，頃刻間，並一命嗚呼了。
南軍潮水般衝往歙州。留守歙州官軍，見主將陣亡，大驚失色，不戰自潰，眼見得歙州被陷。
佔領歙州後，呂師囊留兵駐守，遂又率部，揮軍東進。呂師囊部，兵鋒所向，勢不可擋，連克富陽、新城，兵臨杭州城下，將至城郭壕邊，威逼北宋浙江統治中心杭州。
杭州乃是北宋兩浙路的首府，又是造作局所在地，也是朱勔曾經的收刮花石綱指揮中心之一，聚集着大批官吏和富商、地主。
因戰略要地，且繁花錦繡，故此，杭州城城郭闊遠，人口稠密，北依旱路，南臨大江，西面皆湖，守備甚是嚴謹。
呂師囊部聚集杭州城下，做攻城準備。
爲協助呂師囊攻克杭州城，方臘急派皇太子方天定率部馳援，會同呂師囊部，共同圍困杭州，伺機攻克。
方天定率兩萬兵馬星夜疾馳，於杭州城下，與會同呂師囊匯合。兩人暗自設計，來攻杭州。
杭州知州趙霆，登城西望，遙見寇來如檣，已是驚慌得很。
趙霆正在遙望中，猛然見方臘軍陣中，衝出幾個長人，約高丈許，首戴神盔，身披氅衣，左手持矛，右手執旗，面目猙獰可怕。那趙霆頓時嚇得魂不附體，驚慌錯亂。
其實這種長人，統是大木雕成，中作機關，用人按捺，所以兩手活動，遠望如生。趙霆膽小如鼷，曉得什麼真假，當即下城還署。
知州府中，趙霆心神不定，躊躇起來。
躊躇了一陣後，趙霆拿定主意。三十六着，逃爲上着。
趙霆竟收拾細軟，挈了一妻一妾，趁着城中驚擾的時候，改裝出衙，一溜煙地奔出城外，自顧自逃命去了。
杭州置制使陳建，廉訪使趙約，見賊軍圍城，忙趨入州署，想與趙霆會商守禦事宜，不意署中已空空洞洞，並無一人。兩人見狀，急得跌腳；無奈之下，慌忙退出署門。
此刻，方臘匪黨已打破城門，一擁入城，攻往知州府。
陳建、趙約剛從知州府署門出來，正迎面碰着鼓譟而來的賊軍，逃避不及，雙雙被縛。
不多時，方臘隨後軍也進入杭州城中。前軍獻上陳建、趙約。方臘下令，將陳建、趙鈞斬首示衆。陳建、趙約遂被斬首，頭顱掛於城門之上。
方臘那廝煞是兇狠，既入城中，令黨羽遍捕官吏。方臘匪軍遂全城搜捕，統共獲得若干名，一一綁在州署門前。
方臘高坐堂上，置酒縱飲。
方臘放眼看到綁在州署門前的官吏，遂傳令道：“朕飲一盃，你等將所獲官吏殺一人，可斬首，可刀剮，務要有趣方好。”
隨即，方臘於大堂上縱酒。
方臘每飲一盃，兵士從綁在署門前官吏羣中推出一人來，或斬首，或刀剮，變着法兒殺人，最兇的是不令全屍，或臠割肢體，或剜取肺腸，或熬煮膏油，或叢鏑亂射，備極慘酷。
方臘見狀，興奮異常，高聲說道：“就是這般！朕即上位，就是要爲民除害，如此這般，方足紓公憤。”
也是朱勔惹了衆怒，百姓見狀，皆高聲叫好，全無憐憫之情。
方臘又下令黨徒，四處縱火，滿城屠掠，除有姿色的婦女取暴婬樂外，滿城軍民，多半殺死，直殺了六日方止。
除此之外，方臘還令衆匪收刮錢財，以備軍資。
呂師囊得知方臘已進入杭州，遂前來覲見方臘。
呂師囊望方臘致禮後，稟道：“吾主在上，臣有所言。”
方臘看了眼呂師襄，說道：“有話就講！”
呂師囊便奏道：“吾主在上，朱勔作惡，皆是奸臣蔡京使壞；正是那蔡京提攜了朱勔，使得朱勔爲害俺江南地方。臣聞蔡京祖上墳塋即在杭州，可派人尋找，挖出那廝祖上遺骨，暴於光天化日之下，以泄民憤。”
方臘聞奏，大爲讚許，遂派兵士，尋找蔡京祖墳。
方臘黨徒，多方打探，尋找到了蔡京祖墳，七手八腳，搗毀了蔡京祖上墳塋，挖出了蔡京祖上遺骨，拋灑於街，算是泄憤。
杭州既破，東南大震，告急警報，有如雪片，飛投京中。
時任宰相乃是剛剛排擠了蔡京的王黼。
此時王黼與童貫串通一氣，正準備着按與金人達成的約定，整師北伐，收復雲燕十六州呢，故此無暇顧及小寇。
那王黼怕徽宗見責，竟將警奏擱起，並不上奏。因此，江南方臘匪患，深居宮中的徽宗皇帝，並不知情。
時有淮南發運使陳遘，來京辦事，見匪情急矣，宰相王黼尚遮掩隱瞞，心中激憤，遂避過王黼，進入宮中，直接奏陳徽宗。至此，徽宗乃始知此番亂事。
徽宗既聞陳遘奏報，大吃一驚，急令童貫爲江、淮、荊、浙宣撫使，譚稹爲兩湖制置使，王稟爲統制，分率禁旅，即日南下。
又因陳遘疏中，謂浙兵無用，須調集外旅，速平匪亂。徽宗深以爲然，乃復飛飭陝西六路精兵，同時南征。
於是邊將辛興忠、楊惟忠統熙河兵，劉鎮統涇原兵，楊可世、趙明統環慶兵，黃迪統鄜延兵，馬公直統秦鳳兵，冀景統河東兵，六路兵馬，共歸都統制劉延慶節制。總計內外各軍，調赴東南，約得十五萬人。
各軍陸續南下，免不得費時需日。
至童貫等率兵抵達金陵，已是宣和三年孟春月中。
這時，方臘轉陷婺州，又陷衢州。衢州太守彭汝方被執，押至方臘處。不待方臘審問，彭汝方開口便罵，左一個賊，又一個寇，怒罵不休。方臘大怒，令將彭汝方斬首示衆。彭如方遂被南軍兵士拉出大廳，斬首示衆。
沒過幾日，方臘軍又攻陷處州，縉雲尉詹良臣率數十人出御，爲賊所擒，誘降不屈，也被殺死。
隨即，方臘嗣令杭州守賊方天定引衆六萬，陷崇德縣，轉攻秀州。
方天定得令，率南軍六萬衆，在攻陷了崇德縣後，又驅兵馬，來到秀州城下，將秀州城團團圍住，晝夜攻打。幸虧秀州統軍王子武，果敢善戰，號召兵民，登陴力御，斗大的秀州城，兀自守住，未被南軍攻破。
童貫率軍抵達金陵，稍事休整，留偏將劉鎮把守金陵，他率軍急進，抵達鎮江後，聞知秀州被圍，急檄王稟馳援，去救秀州。正巧熙河將辛興宗、楊惟忠亦領兵到來，兩路軍遂夾攻方天定，方天定支持不住，只好退走，秀州解圍。
方臘東攻不克，轉圖西略，連陷寧國、旌德諸縣，官軍被其牽制，又只得分軍西援，一時顧不到浙西。
童貫率兵，到了蘇州，知道花石綱引起的民憤太大，立刻私自用宋徽宗的名義，下了一道詔書，承認錯誤，並且撤銷了專辦花石綱的“應奉局”，把朱勔撤職。
東南的百姓看到朝廷取消了花石綱，徽宗皇帝也下了罪己詔，承認了錯誤，罷免了朱勔，總算是出了一口惡氣。
這時候，童貫使用了和談與征剿兩種手段，先是派人到方臘那裡下降書，承諾只要方臘投降朝廷了，保證不殺，並給予一定的官職；另一方面整頓戰備，準備進剿方臘。
信使打出了寫有“信使”二字的三角旗，一路尋至方臘行營，下了招降書。
那方臘全不似水泊梁山的宋江。對朝廷的招安，方臘嚴詞拒絕，將招降書唰唰幾把撕成碎片，擲於地上，喝令鍵卒，扯翻了信使，摁於地上，照屁股打了一頓棍棒，攆將了出去。
童貫派去的信使屁股被打得皮開肉綻，忍着痛疼，一瘸一拐地走了。
信使回到童貫大帳，將招降方臘不成反被棍打的情況，報告給了童貫。童貫聞聽到這個情況，氣得暴跳如雷，急令部屬，抓緊戰備，準備征剿方臘。
戰備整頓完畢，童貫再行進發，進剿方臘匪軍。
方臘起事，聲勢雖然鬧得挺大，但若是真打起仗來，遠不是訓練有素的官兵對手。所以，在童貫大軍的征剿下，方臘節節敗退，一直退到了幫源峒。
童貫指揮各路援軍，共計有三十萬人馬，四下裡將幫源峒圍困了起來。
方臘見情勢危急，急令部下帶領大部隊突圍，他自己帶領一小部分人員，牽制官兵。
方臘手下幾大元帥均不同意，紛紛說道：“聖上，您帶着部隊突圍，我們給您打掩護。”
方臘聞言，急令道：“情勢危急，不要再爭了。與你們相比，我的目標更大，童貫那個佞賊盯得是我，不是你們，只要你們能安全突圍，便是留得了青山，何愁沒有柴燒？你們要保全力量，繼續戰鬥。”
說完，方臘拖着已經受傷的身體，帶領一小隊人馬，突然殺向官兵，以此吸引官兵注意力，掩護其他人突圍。
衝至官兵陣中的方臘，揮舞着大刀，接連砍死數十名官兵。
方臘的刀刃砍得捲了起來，不能再用；於是，方臘便跳下馬，舉起一塊塊石頭，使勁地擲向官兵。
官兵中，有認得方臘的，大喊一聲：“此賊乃方臘！”
官兵聞聽到對方是方臘，爭功心切，揮舞着刀槍，圍了上來。方臘身邊的石頭也投擲完了，只能赤手空拳地與官兵對打。朝廷官兵見方臘已是困獸猶鬥，紛紛衝上去，搶着砍方臘的頭，好回去邀功。
可惜方臘沒有陳碩貞的運氣，此時，除了洶涌而上的官兵外，並沒有鳳凰飛至自己身旁，他好騎了鳳凰離去。當時方臘，身陷衆圍，寡不敵衆，被官兵一陣大刀，砍成了肉醬。
自此，方臘起義被滅，餘衆也陸續被征剿。
關於方臘的死，這是一種說法，似乎不甚有意思。
另一種說法來自《續資治通鑑》。
據說，宣和三年四月，王淵的裨將韓世忠，潛行至清溪溪谷，向一婦人問路，說要進峒去捉拿方臘。地方民衆也恨方臘濫殺無辜，欺男霸女，爲非作歹。那婦人便指給了韓世忠進峒的路徑。
韓世忠帶着手下三十餘名兵卒，衝入峒中。
峒中，方臘正擁抱着一個婦女在取樂。
方臘見韓世忠殺至眼前，急推開了懷中擁抱着的美婦，跳將起來，和韓世忠格鬥。
那韓世忠也是個有力氣的人。年輕時，韓世忠於大江游泳，一個大蟒蛇要吃他，他愣是用兩手掰住了大蟒蛇的上下脣，終是用計斬殺了大蟒蛇。
那方臘再猛也猛不過大蟒蛇嘛！
現在，韓世忠與方臘鬥成一團。
角鬥中，韓世忠猛然轉身，待方臘來攻他時，伸出一臂，將方臘死死勒住。方臘被勒的差點噎過氣去，韓世忠遂捆了方臘，押出峒去。
守候在峒口的是韓世忠的頂頭上司辛興宗。那辛興宗見韓世忠逮了方臘，命部下將方臘接收，把逮了方臘的功勞記在自己頭上。
這種說法也不甚有意思。
還有一種是民間的說法。
說方臘起兵前，其行蹤被他曾經扛活的里正方有常獲悉，方有常遂打算往縣衙裡去告發。不期想，方有常要告發方臘起義的消息被方臘知道了，方臘遂殺了方有常一家六口，只有方有常小兒子方庚因外出得免。
方庚聽說大軍征伐到此，爲報家仇，遂帶大軍，突入幫源峒中，擒獲了方臘。
上述說法都過於簡單，最有意思的是施耐庵老先生在《水滸傳》中的說法。
因爲本書接下來將講述水泊梁山招安後征剿方臘的情況，所以，本書取方臘乃是讓花和尚魯智深擒獲了的說法。
那魯智深乃宋江手下的步兵頭領，遵照師父智真長老“逢夏而擒，遇臘而執，聽潮而圓，見信而寂”的偈言，在追趕方臘殘軍的時候，追入山林迷了路。
此時，出現了一個老和尚，帶着魯智深在山裡轉來轉去，最後轉至一茅草屋外，安頓着魯智深歇了。
那老和尚告訴魯智深說：“這屋裡已經給你準備好了一應食宿，你只管在這裡待着，如果這兩天看到樹林中鑽出一壯大漢子來，無需多說，只管打翻了抓住就是。”說畢，老和尚便自己離開了，只丟下魯智深一人在山林中。
魯智深目送老和尚離去，便進屋休息。
第二天，魯智深起了牀，躺在屋外草地上休息，果然見一壯大漢子從樹林中鑽將出來。魯智深想起老和尚的叮囑，也不搭話，只管提了禪杖，一杖將那漢子打倒在地，捆綁起來，再提溜起那人，仔細一看，被打倒捆綁之人，乃是方臘。