陝甘的回民暴亂雖然被平定的七七八八了，但是殘餘分子卻逃竄到了新疆地區。回民和新疆的維族人，還有中亞的各國百姓都信仰伊斯蘭教，他們之間同是穆斯林兄弟，關係十分緊密。
因爲當時朝廷的主要精力都放在處理太平天國和洋人的事務之中，所以導致朝廷對新疆的控制力度大減。從1862年開始，新疆各地，尤其是回民較多的北疆，都豎起了反清旗幟。庫車、喀什、吐魯番等各大城池都成了一個個的反清勢力，組織了自己的武裝和清軍互相攻伐。
這些亂賊，勢力大的，就是手底下有個幾千人，勢力小的，就是三五十個人聚集在一起。所以在初期根本沒有引起朝廷的注意，只是派少量部隊前去平定叛亂。
但是，這些亂民之中，有一個算是比較有政治智慧的，此人名爲司迪爾，他佔據着喀什城（維吾爾老城），手中有精兵八千，是新疆排名比較靠前的大軍閥。司迪爾爲了壯大，自稱“埃米爾”，並且派使者到浩罕國去請“聖裔”來做他們的領袖。
浩罕國位於今天的烏茲別克斯坦，是中亞的重要國家，也是一個伊斯蘭教國家。浩罕國境內，有相對來說比較多的聖裔。所謂聖裔，就是先知默罕默德的後裔。在信奉伊斯蘭教的穆斯林眼中，聖裔是崇高的，尊貴的。穆斯林的國家理應由聖裔來管理，其他人都不具備這個資格。
司迪爾希望能夠找到一個聖裔，這樣就可以讓自己更具有號召力，其他的維族勢力也會因此歸附到他的旗下。
1865年春，浩罕國大將阿古柏受命帶兵護送“聖裔”布素魯克到喀什。抵達喀什之後，阿古怕和布素魯克也不客氣，竟然將邀請他們來的司迪爾趕出了喀什城。布素魯克和阿古柏雀佔鳩巢，當地了喀什老城的新主人。
司迪爾沒想到竟然請進來一條狼，差點把自己吃了，當然大怒。於是就帶兵七千，對阿古柏和“聖裔”布素魯克起了進攻。
阿古柏此人勇悍無雙，而且這次還有“聖裔”的支持，佔據了宗教高度，所以他竟然帶着一百多騎兵大敗司迪爾的七千人馬。其後，阿古柏又多次擊敗司迪爾，收編了司迪爾的部隊，將司迪爾逐出新疆。
同治四年（1865年）四月，阿古柏扶持“聖裔”布素魯克在喀什建立“哲德沙爾汗國”。建立國家之後，阿古柏南征北戰，迅的在新疆南部打下了一大片土地。
同年夏，阿古柏率軍進攻喀什（漢城）。喀什是清軍在南疆的唯一一個根據地了，一旦此城丟失，則朝廷的勢力就會被徹底的驅逐出南疆。
而朝廷在北疆實際上也基本沒有掌握幾個城池了，所以，此戰如果戰敗，大清相當於就會丟了整個新疆。
此刻，接到喀什被圍的消息之後，原本對新疆的局勢抱着放縱態度的朝廷終於忍受不住了，如果再任由這種局勢展下去，這片“新得的疆土”就會失去。
但是朝中此時卻分成了兩派，一派堅定的認爲，大清的主要敵人是英、法列強，現在國家的精力應該是放在處理海防之上。至於新疆，本就是乾隆爺剛得到的領土，而且又遠離中原、土地貧瘠，所以可以暫時放棄，等到朝廷勢力強盛之時再兵征討。
另一派則認爲，海防重要，塞防也同樣重要。新疆五千裡江山是經過康熙、雍正、乾隆三代，上百的時間才征戰得來的，不可輕言放棄。
在朝中，兩派人馬生了爭論，其後，各地方大員也紛紛表態。在地方上，江蘇巡撫李鴻章主張放棄新疆，而閩浙總督左宗棠主張征討新疆。
李明峰在得到消息之後，立刻上清廷，表明立場，請求朝廷立刻派兵出征新疆，驅逐阿古柏。但是慈禧卻回了李明峰一封密信，信中將朝廷的難處都寫了出來。
就比如李鴻章等人，也不是不想要新疆這大片領土，而是朝廷力有不怠。打仗是要銀子的，而新疆地區局勢複雜，絕不只是阿古柏的問題，所以這就註定了這場仗是要花費大量銀子。
假如整場戰役需要投入二十萬兵力，耗時兩年的話，那就需要至少花費兩千萬兩白銀。這還是樂觀估計，實際上新疆的阿古柏勢力的背後還有浩罕國、沙俄、大英帝國的影子。要是他們再插手，那事情可就不妙了。
而且即便只是兩千萬兩白銀，那也不是朝廷可以承受的起的。北洋水師的籌建費用，已經耗盡了朝廷未來五年的一切盈餘，朝廷不是不想征討新疆，而是沒有銀子征討新疆
李明峰知道，如果在遼東靠奏摺來表明態度，朝廷不會重視，所以連忙啓程，親自入京，他要當面和慈禧太后探討一下新疆問題。畢竟這麼廣大的土地，怎麼能說放棄就放棄呢？
後世爲了一個小小的釣魚島，都能爭鬥幾十年，現在新疆這塊土地，可比釣魚島大上萬倍，竟然說不要就不要了？
李明峰將遼東的事務暫時交給了杜翰、焦佑瀛、劉銘傳、李秀成等人處理，自己坐着轎子，帶着幾百親兵護衛就奔北京去了。
八月初，李明峰進京，慈安太后、慈禧太后和醇親王奕澴、工部尚倭仁、禮部尚寶鋆、刑部尚綿森等人在乾清宮東暖閣和李明峰見面了。
看着風塵僕僕的李明峰，慈禧太后有些不解的問道：“太師大人，你從遼東大老遠跑回來，就是爲了新疆的事情？”
在慈禧看來，李明峰可是絕對的自私自利者。正所謂無利不起早，現在朝廷無論是否征討新疆，和李明峰的干係都不大，慈禧實在是想不明白，李明峰爲什麼這麼重視萬里之外的那塊貧瘠的土地。
李明峰解釋道：“新疆可不是什麼小事，此地雖然民風彪悍，物產又不豐富，但是此地卻是大清之門戶。沙俄雄踞西北，對我虎視眈眈，英吉利控制印度，也時刻覬覦着新疆。如果大清不採取有效手段的話，三年五載之內，新疆就會成爲沙俄或者英國的勢力範圍。
到時候洋人的大軍，就直接駐紮在陝甘的眼前了到時候，大清就會時刻受到洋人的威脅，連自強的時間都沒有了”
目前主掌朝政的醇親王奕澴說道：“朝廷兵力有限，無力征討。而且目前國庫空虛，根本拿不出軍費來。”
所謂的朝廷兵力有限，李明峰也知道是怎麼回事。實際上現在光北京附近能夠調動的兵力，起碼就有二十萬，陝甘能調動的也不下十五萬人。只不過朝廷不放心南方的曾國藩和北方的李明峰，朝廷主力不敢離開京師。所以纔有兵力有限一說。
李明峰無奈的道：“那此事就交給臣來辦理”
寶鋆驚道：“常勝軍都是火器部隊，所費銀兩更加巨大。此戰起碼需要數千萬兩白銀來支持，太師大人，你要想清楚啊。”
寶鋆也同樣是對李明峰有比較深的瞭解的官員，他也實在是無法理解，李明峰企圖自掏腰包征討新疆到底是爲了什麼。要知道，即便新疆這塊土地被常勝軍控制了，也沒有什麼作用。
新疆距離北京有七八千里的路途，沒有戰略價值，而且土地貧瘠，收不上來什麼稅銀，再加上當地回民生性彪悍，當地部族、宗教力量雄厚，所以這塊土地無論到了誰的手裡，都是負擔罷了，得不到什麼好處。
李明峰也不理會衆人的懷疑，繼續說道：“沒辦法了，只能以戰養戰康熙爺和乾隆爺在新疆怎麼做，我就怎麼做。朝廷只需提供糧草和運輸便可，至於武器彈藥，我可以從洋人手中賒，至於軍餉，那就看我的手段了”
慈禧聞言，也初次露出了凝重的神色，因爲她看出來了，李明峰決不是說着玩的，他這是真的要出兵征討新疆了。
就如李明峰所說，新疆對地方勢力來講是個負擔，但是對國家來說，卻是個戰略要地。新疆能有效的緩衝沙俄和英國對大清的壓力，如果新疆在大清手中，則沙俄要從西北進軍京師，英國要從西南進軍京師，那起碼就要經過長達萬里的路途。
這一路上，大清有足夠的時間和距離還準備反擊。但是如果新疆落到了列強控制的傀儡政權手中，那就不一樣了。英國或者沙俄的軍隊直接部署在新疆，就會直接威脅陝甘，朝廷就不得不將主要兵力佈置陝甘來防守了。
這樣一來，大清的壓力可就太大了。稍有不慎，就是個滅國的結局。
慈禧將目光望向了奕澴、倭仁等重臣，希望他們能給出一些建議。
老頑固倭仁搖了搖頭，嘆了口氣，語氣沉重的說道：“太師大人忠君愛國之情，溢於言表，另老朽汗顏。”
倭仁這個老頑固當然是主戰的，但是他萬沒料到，一直被他當成洋鬼子的走狗的李明峰竟然能主動要求去征討新疆，要知道，這次弄不好是要直接面對洋人的。
從這次以後，倭仁對李明峰的看法也有了很大的改觀，不再事事都針對李明峰了。
沒等別人表意見，慈安太后就搶先說道：“恩，常勝軍只有不到十萬人馬，所耗費糧草也不會太多，妹妹，此事就這麼辦，你看如何？”
慈安此言一出，別人都有些驚訝。這位太后基本上是和泥塑的菩薩一般，本就極少上朝，就是上朝，也往往是一言不，所有事情都由慈禧拿主意。今天慈安太后言提出自己的見解，也算是破天荒了。
慈禧伸手輕輕的拍了拍慈安的手，示意她暫時不要着急，轉口問道：“李太師，你看此戰需要多久能夠得勝，你準備調動多少人馬，你還需要朝廷做什麼？”
李明峰道：“回聖母皇太后，阿古柏不成氣候，所轄人馬不足五萬，而且還分守各地。所需顧慮的不是阿古柏，而是他背後的浩罕國和沙俄。但是目前英國人死盯着沙俄，咱們只需要能夠利用好英俄之間的矛盾，沙俄這個障礙就能排除。
至於浩罕國，雖然實力不小，但是還不放在我的眼中。這次我準備調動五萬人馬前去，如果順利，只需一年就可平定新疆。朝廷需要做的，就是幫我籌集糧草，並且將糧草和武器彈藥即時送到甘肅嘉峪關一代，並且還請朝廷賦予我調動新疆境內的軍隊和官員的權力。”
出了嘉峪關，就是新疆範圍了，朝廷在嘉峪關外的軍隊已經不多了。所以李明峰也沒有強制要求朝廷將糧草、彈藥送到前線，能送到嘉峪關，李明峰就可以自己去運了。
慈禧點了點頭，應道：“既然太師肯出兵，那哀家也不好勸阻。不過，此戰只可勝，不可敗。若是落敗，那後果你應該知道。”
李明峰道：“臣明白”
新疆地區的人都信仰伊斯蘭教，和陝甘的回民有千絲萬縷的聯繫。現在陝甘民亂，可算平定了個七七八八，如果朝廷在新疆被穆斯林打的大敗的話，那陝甘地區的回民恐怕也會趁亂而起。
而且沙俄早就滲透進了新疆，這次朝廷征討新疆，一定會激怒沙俄，如果大清戰敗，沙俄一定會得寸進尺，繼續往嘉峪關內部滲透。到時候不但新疆丟了，就是陝甘能否掌握在朝廷手中，也都是未知之數了。
慈禧看到李明峰去意已決，不禁站了起來，高聲道：“好，那哀家就任命你爲欽差大臣，總管新疆一切軍民事務。有權調動嘉峪關外大清兵力、官員，有權進封三品以下官吏，有權陣前斬殺二品以下命官。”
李明峰聞言，連忙跪下，高聲道：“臣李明峰謝太后隆恩，萬歲萬歲萬萬歲”