因爲撤退及時，加上做好了完全的措施，在巴塞河東岸和軍隊內部並沒有爆發瘟疫，但是在這半個多月來，秦、日不管地帶，巴塞河東到瀾滄江以西的廣大區域瘟疫肆虐，人和畜牲成批的死去。
不要說派去偵查疫情的人了，就是飛機在天上偵查都可以看到大量的死屍，王漢章非常擔心瘟疫會傳到秦國，因此不得不每天讓士兵消毒，同時不得和靠近巴塞河邊上的水，另外水一定要燒開才喝，關係到將士們的性命，將士們到是非常的配合。
不過半個月來，瘟疫越來越嚴重，雖然有河流隔開，但是連動物都會傳染，王漢章不得不防，王漢章在6月10日便下令，巴塞河東岸五十里內的人全部遷移，而且是迅速的遷移，王漢章只給軍隊一個禮拜，不走的格殺勿論，離開的將可以得到安置。
巴塞河中下游土壤肥沃，也是原來泰國最繁華的地區，居住這大量的人口，要是瘟疫一旦傳過來，那死的不僅是土著，還有王漢章的軍隊，另外還有不少的華僑，此地人口也是非常的密集，依照秦國的實力，一旦瘟疫爆發，恐怕沒有防治的能力，因此從源頭上杜絕是防止瘟疫爆發的最好辦法。
到了王漢章發行貨幣的時候，人員基本離開，軍隊給他們兩個選擇一時去東邊接受安置，另一個是去河西的瘟疫區，第三個就是被當場誅殺，土著們很清楚現在只有東邊或者的可能性最大，看着中國軍隊凶神惡煞的樣子，他們想要張口的話也吞進了嘴裡。
僅僅這一下就有一百多萬人需要安置，還好把印度人趕走之後留下了數額巨大的糧食，要不然真的不知道怎麼辦了，原本大家建議讓這些土著帶着糧食離開，不過王漢章認爲那樣的話不知道要多久了，恐怕瘟疫正好感染了他們，所以只讓這些人帶着少數衣物和他們認爲重要的東西立即離開。
在瀾滄江以東的日軍做的事情也跟秦國做的差不多，石原四郎經常派出他的防化兵去檢驗疫情，看看自己研究的成果怎麼樣。
另外他們也在江東進行消毒，當然他不是在乎土著的性命，他是在乎自己的士兵，如果瘟疫蔓延過來也不好，土著也不能死光了，這寫土著現在存在下去至少可以提供更多的糧食給日本，總不能死光了之後要軍隊去種糧。
石原四郎看着部下的報告，他對實驗的效果很滿意，他的研究確實非常的有效，在他認爲日本有着這種武器，那任何人都會膽寒。
如果瘟疫區的土著們不走在瘟疫區等死，那日後秦、日雙方可以在幾個月後去接收這些乾淨的土地，不過土著們明顯不是那種坐以待斃的傻子，瘟疫蔓延後，膽量的有錢土著紛紛找船離開，另外還有一些土著們合夥造船離開那片土地。
華軍還沒有打過來，日本人就跑了，後來華軍來了就走了，另外從越南來了大量的難民，經過半個月的時間，現在土著們都知道了，原來是日本人搞的鬼，日本人給越南人注射了瘟疫，然後把這些越南人趕到他們的土地，繼而禍害他們，這些最開始是由一些土著醫生和警察聯合推斷出來的，他們告訴了親朋好友，他們的親朋好友在告訴他們的親朋好友，事情就這樣傳開了。
隨着瘟疫無法遏制，不管願意不願意離開，都得離開，離開去哪裡都是人生地不熟的，不過離開要是是九死一生，恐怕不離開是十死無生了，這場瘟疫太厲害了。
特別是那些有些錢財的人，瘟疫弄不弄死他或許還不好說，但是瘟疫爆發後，窮人變得焦躁起來，政府也已經完全癱瘓，他們這些人自然成爲了衆矢之的，有仇的報仇，沒仇的也看上他們家的嬌妻美眷，糧食、錢財。
另外一些膽大的土著已經結合起來，他們當中還有一些以前的警察或者軍隊，他們想要離開這裡，但是去哪裡不要錢呢，因此這個時候要想弄到錢只有吃大戶了。
現在所有人都把富戶當初眼中釘肉中刺、肥羊，土著們就像發了狂的牲口隨時張開他們攜帶病毒的血盆大口吞噬這些有錢人。
許多有些危機感的富戶已經離開，那些沒有離開的有的已經被消滅了，有的則和其他富戶聯合起來，結寨自保，不過看着外面的局勢越來越不受控制，他們也終於下定決心離開。
土著們能離開的陸陸續續的離開，他們前往印尼甚至菲律賓，還有馬來半島，雖然這些地方都在日本的控制之下，但是日本人並沒有對這些地方進行任何的防護、控制，日本人壓根沒想過瘟疫會傳染到這些地方，石原四郎沒想過這個問題，他只關心他的研究成果。
日本軍部和在越南的日軍高級將領也沒有想過，他們的心思開始沉浸在用瘟疫消滅秦軍和遠征軍幾十萬人，後來計劃失敗，他們沉浸在自責和殺戮當中。
6月中下旬，先期離開的土著們抵達了東南亞各島，他們有些人是開始離開並沒有染上病毒，但是隨着抵達的人越來越多，離開瘟疫區的人越來越多，終究還是有不少攜帶了病毒的人離開瘟疫區到了印尼、菲律賓、馬來亞等地。
6月22日，一切病毒的潛伏着出現了發燒發熱的症狀，因爲之前沒有出現什麼特殊的情況，他們家裡也沒人得瘟疫，現在又離開了泰國，他們也沒想過是瘟疫，還以爲是感冒了，因此並不是太在意。
在加上他們現在是外來者，語言不通，另外有種做賊心虛的感覺，因此不敢公開露面，免得招惹什麼麻煩，在他們看來要是被人知道他們從瘟疫區過來，當地人定然會擔心他們會把瘟疫傳染給他們，到時候估計會被人打死了，所以一般的感冒他們相信忍着點休息一下就好了。
但是到了第二天因爲沒有及時的治療，那名土著的身體上已經出現了不同程度的潰爛，其次身上還起了很多水泡，這時土著們才感覺到不同尋常，他們很快意識到是瘟疫，因爲他們聽說過這次得了瘟疫的人之後出現的情況就是這樣的。
但是土著們不敢去治療，一來恐怕會花很多錢，二來就是得了瘟疫之後被人發現，尤其是他們是外來人，到時候後果不勘設想，恐怕他們最輕也是在這裡被趕走，要是重一點直接被打死。
可是得了瘟疫的人是自己的家人，又不能不管不問，一家人陷入了思考，到底該怎麼辦呢，直接弄死再埋了，看着患者無辜、可憐的眼神他們下不了手。不管他，讓其自生自滅，好像還能接受。
不過留在這裡也不是辦法，他們好不容易找了個地方安頓下來，最後一合計，下不了手的話，乾脆把這個患者帶到外面，讓其自身自滅了，這樣不殺他自己的良心也會好受一點，於是這名可憐的土著就比家人無情的弄到了城外拋棄了。
土著此事已經有氣無力，只能看着家人離開在那裡求他們不要拋棄他，可是沒有用，他的家人已經走的越來越遠。
第二天這名土著在飢渴餓、病痛中死去，他的屍體也被野狗吃掉，還有田鼠也來分享難得的葷腥。還有聞到血腥味的肉食鳥類也加入了盛宴。這些動物就這樣帶着病毒去了別的地方，把病毒傳播到了其他地方。
在接下來的幾天內，有相當多的逃來的土著發作，他們有的是最後被埋掉了，有的則和那名被拋棄的土著一樣，被扔到了一個沒人的地方。
有幾個死後被當地的印尼土著出於各種原因碰過，還有他們的家人也因爲接觸了他們，也攜帶了病毒。
而接下來印尼越來越多的人出現了鼠疫、傷寒等瘟疫的症狀，逃來的人知道自己是得了瘟疫了，他們感到絕望。
印尼土著則和開始泰國人一樣以爲是感冒什麼的，不過越來越多的人得了這種病，而一些有錢人則帶家人看病，得知這並不是感冒，最後才得知原來是瘟疫，一切的症狀都表明是瘟疫，但是他們不敢聲張，在任何國家，不管以飽讀詩書還是大字不識一個，但是任何人都知道瘟疫是什麼，要是得了瘟疫，大家就把真的懼你而遠之，甚至攻擊你。
就這樣泰國、柬埔寨的瘟疫已經全面爆發之時，印尼等地也逐漸小規模的爆發開來，最開始的諱疾忌醫，加上印尼近7000萬龐大而密集的人口，炎熱的天氣，簡直是瘟疫的溫牀，瘟疫很快就席捲了印尼的蘇門答臘、加裡曼丹和爪哇三個印尼人口最多的島嶼。
而日本人一直在瘟疫全面爆發之後才得知，想要防控已經來不及了，日本駐印尼軍急的向熱鍋上的螞蟻，他們立即要求石原四郎來查看疫情，並給他們攜帶必須的藥品。