12月24日，在恐怖中，安全區的歐美委員們點燃蠟燭，和難民們度過了一個終身難忘的並不平安的平安夜。拉貝是後來才趕到的，因爲他需要在自己的房子裡盯着，不讓日軍翻牆而過去騷擾那裡的難民。按費奇的說法：拉貝每次都展示出令日軍望而生畏的納粹臂章。叫他們怎麼進來的就怎麼出去。這天晚上，在威爾遜醫生的琴聲下，委員們一起唱了聖誕歌曲，他們在心中默默祈禱，希望上帝能夠降福南京。
1937年12月24日是人類史上最殘酷的平安夜。
天亮了，聖誕節到了，南京人民和安全區的委員們又將面臨新的恐怖，所以費奇肯定地說：“我深信日軍在南京的暴行，是世界現代史上絕無僅有的最黑暗的一頁！”
大屠殺期間，安全區一共救助了20萬以上的中國難民。但在後來，有一段時間，安全區的作用似乎被忽略了，有不少關於南京大屠殺的文章使用了一個帶有諷刺意味的題目：“安全區內不安全。”當然，著者是想強調日軍的暴行無處不在。但是不是因爲有暴行發生就抹殺掉安全區的作用和委員們的努力呢？答案顯然是否定的。甚至可以這樣說，南京大屠殺的倖存者，絕大部分來自安全區。
而且，由於西方記者的離開，日軍的暴行大多見於委員們的日記、報告、信件，包括：《拉貝日記》、《費奇日記》、《馬吉日記》、《威爾遜日記》、《麥卡倫日記》、《魏特琳日記》、《南京戰禍紀實》（史密斯調查報告）、《南京毀滅的日子》（克勒格爾日記）等。
關於用攝像機拍攝的南京大屠殺的動態畫面，現在能找到的不多了。除了日本隨軍記者伊藤敏鬆拍攝的第6師團新街口斬首暴行外，最著名的當是美國牧師馬吉冒着生命危險偷拍的畫面。
馬吉有一部16毫米攝影機，大屠殺期間，他用該機器拍攝了長達105分鐘的動態畫面，其中包括日軍在安全區內抓人的鏡頭。在鏡頭中，身材矮小的日本士兵手持上了刺刀的步槍，抓捕中國青年男子。一個鏡頭是，一名老婦跪在地上苦苦哀求，但日軍置之不理，還是把她的親人帶走了。還有在鼓樓醫院拍攝的被日軍殘害的中國平民的鏡頭，其中有被日軍用火燒得面目變形的男子，有被日軍用戰刀把脖子幾乎砍斷的婦女。身中37刀後接受威爾遜醫生治療的李秀英，也出現在馬吉的鏡頭裡。
很多年以後，當我們看到動態的南京大屠殺暴行畫面時，其震撼是無法用語言描述的。
後來，馬吉把電影膠片給了費奇。費奇離開南京時，乘坐日本軍用火車到上海。用費奇的話說，在火車上，他和“一羣人們所能想象的最可憎的日本兵”同坐一節三等車廂。記錄南京大屠殺的6卷16毫米的電影膠片就藏在他的衣服裡。
伸出人道主義救援之手的還有棲霞山江南水泥廠的工作人員丹麥人辛德貝格和德國人京特，二人於南京郊外建立難民收留所，救助了3萬多名中國人。
在南京危如累卵的時候，在各國僑民和使館人員都離開的時候，那些德國人、美國人和丹麥人選擇了留在命運未卜的危城，在南京最寒冷的年月，將正義、勇敢和熱情的手伸向中國人，正如費奇所說：
難民們曾無數次對我們所付出的努力表示感激，我們內心時常充滿溫暖。其實，與他們所遭受的苦難相比，我們的損失與不便顯得微不足道。未來會怎樣？近期的未來絕不會是光明的，但中國人有一種不可征服的忍受苦難的能力和毅力，還有許多其他的優良品德。正義最終必將贏得勝利。無論如何，我將永遠是快樂的，因爲我將自己的命運與他們連在了一起。
再見！南京！
南京陷落後的第5天，美國《紐約時報》刊登了從南京返回上海的記者狄丁所寫的報道，題爲《南京中國戰俘盡遭屠殺，日軍恐怖暴行蔓延》。這是國際上對南京浩劫的最初報道。報道中，狄丁作了以下分析：“發生這些事（大屠殺），日軍似乎只有一個目的，那就是使其他地方的每一箇中國人有一個深刻的印象：如果對日軍進行抵抗的話，那麼就會有南京這樣的場面和結果。”
日軍在南京的暴行不是一個偶然事件。
看一個細節：
第10軍第114師團第127旅團第66聯隊第1大隊（大隊長一刈勇策少佐）的戰鬥詳報有如下記載：
根據旅團部命令，俘虜全部殺掉。其方法，可以十幾名爲一組，分批槍殺……下午3時30分，召集各中隊長，就俘虜處置問題交換意見。經討論決定，把俘虜平均分給中隊（第1、第3、第4中隊），以50名爲一組由大監禁室帶出，第1中隊在宿營地南谷地，第3中隊在宿營地西南窪地，第4中隊在營地東南谷地附近，刺殺這些俘虜……各部隊應於5時前完成準備，5時開始刺殺，7時30分結束。
這份戰鬥詳報中記載的屠殺行爲是有計劃、分步驟的。
詳報中，提到“根據旅團部命令，俘虜全部殺掉”，該大隊所屬的第66聯隊的上級是第127旅團，旅團長爲秋山充三郎。秋山自然是接到了第114師團的命令，而師團長末鬆茂治的命令則顯然來自柳川平助的第10軍司令部。
誰下給第10軍司令部的呢？
再看看上海派遣軍的屠殺令。該軍下屬的第16師團士兵澤田正久回憶：“（在南京戰中我所在的部隊）俘虜了1萬多名中國兵，遂報告軍司令官，司令部命令立刻予以槍決。”在這裡，提到了上海派遣軍司令部的命令。師團長中島今朝吾在陣中日記（1937年12月13日）中則說：“因爲採取了大體不留俘虜的方針，故決定全部處理之。據知，僅佐佐木旅團就處理掉約15，000人，守備太平門的一名中隊長處理掉1300人，現集中在仙鶴門附近的中國兵約有7000到8000人，不過，要處理這七八千人，必須有相當大的壕溝……”
山田支隊在烏龍山、幕府山周圍俘虜了數以萬計的中國士兵。山田栴二曾向上作過“請示”，得到的答覆是：“按軍司令部的責任去幹。”“責任”指的是什麼？顯然是按照命令去屠殺。
命令最初是從哪下的呢？
長勇。長勇是上海派遣軍情報主任參謀，同時還兼着華中方面軍的參謀。向第10軍下達屠殺命令，用的是他後一個角色。向上海派遣軍下達命令，用的是前一個角色。長勇後來在日本駐朝鮮軍中做聯隊長，曾跟田中隆吉有一次對話，稱自己以司令部的名義將“不留戰俘”的命令下達到了各部隊。
作爲“櫻會”二號人物長勇，是最激進的昭和軍閥之一，在殘忍暴躁上甚至超過他的老大橋本欣五郎。這個福岡縣人跟挑起七七事變的一木清直是同學，1944年任駐沖繩第32軍參謀長，戰敗後與軍司令官牛島滿一起自殺。
提到長勇的，還有鬆井石根的副官角良晴，他在《七生賦》中這樣記載：當時下關聚集了13萬中人和平民，欲渡江而無船。
第6師團的人詢問如何處理，長勇回答：攻擊。
按角良晴的說法，當時他將此事稟告鬆井，隨後有這樣的對話：
鬆井：13萬中國人，都殺了不好吧，隨他們去吧。
長勇：裡面可能有敗殘兵。
鬆井：也許有吧，但放了他們，可避免我軍軍紀太過混亂吧。
長勇：是。
但當第6師團再次詢問如何處理時，長勇依舊說：攻擊。
角良晴作爲鬆井的副官，在對話的記錄中，有意爲主人開脫罪名（當時鬆井應在蘇州或上海），但卻從側面記述了長勇之殘酷。而且，這個事件並非角良晴單方面記載，在日本貴族院慰問團團長德川義親那裡也有類似的記載，按德川的描述，面對軍民夾雜的人羣，日軍機槍手“有些猶豫”，但長勇抽刀親自把機槍手砍了，又換了別的機槍手。這個描述雖然誇張，但有一點是肯定的，那就是：多個人在回憶中都提到長勇。而且，長勇自己也承認命令是他下達的。
當然，長勇之外，朝香宮鳩彥、柳川平助、塚田攻、飯沼守、武藤章、田邊盛武等人對屠殺令的發出也有着不可推卸的責任。而華中方面軍司令官鬆井石根，應負總體上的責任。
進入南京後，鬆井也確實對不執行整肅軍紀命令的中島今朝吾、武藤章等人進行了“訓斥”，並專門召開會議說軍紀問題。
會議上，鬆井說：這所有的努力，就因爲這暴行，一切都完了。
鬆井說完後，被召集起來的中島今朝吾、谷壽夫等人都笑了。中島還說：那是應該做的。
但無論鬆井在當時的日記中對發生的事情感到“失望”，還是戰後受審時流露出的“懺悔”，都無以挽回1937年冬天南京的慘烈場面。作爲當時的一軍最高統帥，鬆井不能約束自己的部下，他罪責難逃。
可以得出如下的結論：
鬆井石根應爲南京大屠殺在總體上負責；
朝香宮鳩彥、柳川平助、長勇，則是南京大屠殺最高責任人，即下命令者；
塚田攻、武藤章、飯沼守、田邊盛武等參謀則推波助瀾；
中島今朝吾、谷壽夫、山田栴二、吉住良輔、末鬆茂治、草場辰巳、佐佐木到一以及諸多聯隊長是南京大屠殺的直接責任人。
在大屠殺中，哪支日軍部隊暴行最重？
幾乎所有的文章都習慣這樣入筆：“在鬆井石根和谷壽夫的指揮下，日軍開始了長達6周的大屠殺。”當時，之所以這樣定義第6師團，是因爲該師團是第一個殺入南京城的，而且它的師團長谷壽夫在戰後於南京接受了審判並被執行槍決，爲人們所熟知，所以給很多中國人留下第6師團是南京大屠殺首犯，甚至是唯一施暴部隊的印象。
第6師團罪行罄竹難書，自不必說。在大屠殺中，下關江邊是第一大屠場，第6師團駐紮的雨花臺、中華門排在第二的位置上，從南京陷落到12月21日第6師團開向蕪湖，在這天裡，每天都有中國戰俘和平民被帶到這裡屠殺。
但第6師團並不是南京大屠殺中殘殺中民最多的日軍師團，殘殺中民最多的師團是中島今朝吾的京都第16師團。
因爲這個師團是南京警備部隊，駐紮南京時間最長，12月21日以後的暴行，都可以計在第16師團的名下。這些暴行加上21日以前該師團的暴行，就可以判定，在整個南京大屠殺期間，這支來自京都的部隊屠殺中民最多，這個數字有可能超過10萬人。
1945年戰爭結束後不久，中島得病而亡，僥倖躲過了審判。當時，在南京，中島對部下的屠殺所持的態度，不是默許而是鼓勵。中島甚至對前來“整肅軍紀”的東京來人（陸軍參謀本部情報部部長本間雅晴）說：“中國人算什麼？有多少殺多少。”
中島的殘暴一度讓東京“感到爲難”，擔心這樣下去會影響“皇軍的形象”，指出“中島君所部的行爲，有失人道”（陸軍省要員阿南惟幾語）。
鬆井石根在日記中也寫道：“（暴行）果然是第16師團長以來的表現引起的。”
對很多南京大屠殺的倖存者而言，日軍給他們留下三個深刻印象：個子矮、都留着長長的鬍子——中島部隊。
除第16師團和第6師團外，山田支隊的屠殺也非常兇暴。在過去，該支隊在南京的行爲一直被忽略。山田支隊在南京陷落後一直駐紮在江邊的上元門一帶，實施了大屠殺期間最大的一起暴行，即草鞋峽大屠殺。在這次屠殺中，中民共計57，000多人遇難（以平民爲主）。加之在大灣子和魚雷營的屠殺（以戰俘爲主），遇難於山田支隊槍口下的中民至少有8萬人（該支隊士兵稱超過7萬人）！這一數字排在中島今朝吾第16師團之後，排在谷壽夫第6師團之前。
南京陷落後不久，鬆井石根、柳川平助和朝香宮鳩彥，被昭和天皇召見，賜予三人以鑲有皇室菊花的銀瓶；對谷壽夫、中島今朝吾、草場辰巳、佐佐木到一、牛島滿五人，則進行了嘉獎。
當然，南京浩劫還有隱秘的內因。
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1937年身在南京的日軍士兵，在屠殺時沒有什麼負罪感。他們在國內時，都是平常得不能再平常的年輕人，可踏上中國土地後，這一切都變了。
關於日本的民族性格，最矛盾的一點是優越感與自卑感並存，也就是所謂的畏強凌弱。回顧歷史，日本在20世紀的盟友相繼是英國、德國和美國。日本人對作爲強者的西方人懷有自卑感，對多年來被他們連續戰勝的中國心存不屑。
日本人對中國人的輕視，直接表現在以殺人爲娛樂、以殺人爲遊戲、以殺人爲比賽上。但對待歐洲人和美國人，他們就是另一張面孔了。在安全區內，幾個日軍正在屋裡****中國婦女，被拉貝看到，他朝那些日軍揮動着德國國旗。日軍看到後，面色驚慌地說：“啊，德意志！德意志！”說完，扔下中國婦女，灰溜溜地跑了。費奇把在一寓所裡將強姦婦女的日軍轟走後說：“看到這些‘勇敢’的士兵在我們的驅趕下竟翻越裝有倒刺的圍欄而逃，我們只有嗤之以鼻。”1937年的南京，在日軍的刺刀下，中國人人人自危，西方人雖然天天往返於日軍面前，但沒一個人受到傷害。後來，馬吉牧師這樣回憶道：“我們都感到意外，我們竟無一人被殺。”
日本700年武士爭鬥史，使他們養成一種復仇文化。1937年，日軍在上海傷亡慘重，向南京追擊途中，沒後勤保障的行軍令士兵們“苦不堪言”，而且又遇到中隊的步步抵抗，終於兵臨南京城，第9師團首戰遇阻光華門，凡此種種，使日軍在陷城後產生了報復心理。第16師團第30旅團長佐佐木到一在回憶時說：
（掃蕩暫時結束）俘虜接連不斷地前來投降，達數千人。態度激昂的士兵毫不聽從上級軍官的阻攔，對他們一個個地加以殺戮。回顧許多戰友的流血和10天時間的艱難困苦，即使他們不是士兵，也想說：都幹掉！
松岡環女士在《南京戰：尋找被封閉的記憶》中實錄了很多日本士兵的回憶，其中第16師團第33聯隊士兵吉川定國這樣說：
有幾百個中國俘虜被集中在一起，望着俘虜，我產生了憤怒的情緒，認爲我們之所以這樣辛苦，都是因爲你們的緣故！於是，我們把俘虜一個個地刺死。
士兵三本木一平說得更爲直接：
看到自己的戰友和同一個村的人戰死，便懷恨在心，覺得（在南京）殺死中國人是理所當然的事情。
日本的島國環境，讓他們養成在毀滅和殘忍中發現“美”的習慣。在日本的文化中，殘忍不是作爲被憎恨的對象存在的，而是作爲一種審美標準存在的。最極端的例子是日本人切腹時追求的那種精緻和程序。具體到軍隊，便形成以殘忍爲核心的集體要求：對自己殘忍，表現在平時的訓練中，如用冷水澆身、互相抽耳光、以木劍刺殺、大雪中站立、烈日下暴曬；對他人殘忍，這自不必說，在1937年的南京已被日軍發揮到頂點。如果說德國人在奧斯維辛對猶太人的屠殺充滿了“工業味道”，只是把一批批人趕進毒氣室，那麼日本人在南京的屠殺方式就複雜得多了，他們花樣百出，讓中國人在死之前得到上最大的痛苦。山田支隊的士兵在“處理”一批中國戰俘時發生了衝突，有的士兵希望用刺刀刺，有的士兵則建議用機槍掃射，有的士兵則認爲砍頭更“過癮”。在一陣吵嚷後，最後終成協議：分批採用不同方式處置，結果日軍“皆大歡喜”。